РАСО РНК - ген кодирует 106 нуклеотидных регулирующий некодирующий РНК . Регуляция трансляции сигма-фактора стационарной фазы RpoS опосредуется образованием двухцепочечной структуры стебель-петля РНК в вышестоящей области матричной РНК rpoS , закрывающей сайт инициации трансляции. [1] [2]
RprA РНК | |
---|---|
Идентификаторы | |
Символ | RprA |
Рфам | RF00034 |
Прочие данные | |
Тип РНК | Джин ; мРНК |
Домен (ы) | Бактерии |
ТАК | ТАК: 0000387 |
Структуры PDB | PDBe |
Клоны, несущие rprA (регуляторная РНК A RpoS), увеличивали трансляцию RpoS. Как и в случае с DsrA , RprA, как предполагается, образует три стержневые петли. Таким образом, по крайней мере две малые РНК, DsrA и RprA, участвуют в позитивной регуляции трансляции RpoS. RprA также, по-видимому, связывается с лидером RpoS. [3] RprA несущественен. [4] Вассерман и др. продемонстрировали, что эта РНК связана с белком Hfq . [5] Связывание с Hfq изменяет конформацию RprA. [6] В присутствии Hfq стабильность РАСО находится под влиянием осмолярности клетки, это зависит от эндорибонуклеазы РНКазов Е . [7]
Было показано, что RprA регулирует гены, кодирующие белок, называемые csgD , этот белок кодирует индуцированный стационарной фазой регулятор биопленки и ydaM , который кодирует дигуанилатциклазу, участвующую в активации транскрипции csgD. Эти два гена-мишени репрессируются RprA, что приводит к регуляции образования биопленок . [8]
Рекомендации
- ^ Updegrove T, Уилф N, вс X, Wartell RM (2008). «Влияние Hfq на спаривание мРНК RprA-rpoS: связывание Hfq-РНК и влияние лидерной области 5'-rpoS мРНК». Биохимия . 47 (43): 11184–11195. DOI : 10.1021 / bi800479p . PMID 18826256 .
- ^ Джонс А.М., Гудвилл А., Эллиотт Т. (2006). «Ограниченная роль регуляторных РНК DsrA и RprA в регулировании rpoS у Salmonella enterica» . J Bacteriol . 188 (14): 5077–5088. DOI : 10.1128 / JB.00206-06 . PMC 1539969 . PMID 16816180 .
- ^ Majdalani, N; Эрнандес Д; Готтесман С (2002). «Регуляция и механизм действия второго активатора малой РНК трансляции RpoS, RprA» . Mol Microbiol . 46 (3): 813–826. DOI : 10.1046 / j.1365-2958.2002.03203.x . PMID 12410838 .
- ^ Majdalani, N; Chen S; Мерроу J; Сент-Джон К; Готтесман С (2001). «Регулирование RpoS с помощью новой малой РНК: характеристика RprA» . Mol Microbiol . 39 (5): 1382–1394. DOI : 10.1111 / j.1365-2958.2001.02329.x . PMID 11251852 . S2CID 90988055 .
- ^ Wassarman KM, Repoila F, Rosenow C, Storz G, Gottesman S (2001). «Идентификация новых малых РНК с использованием сравнительной геномики и микрочипов» . Genes Dev . 15 (13): 1637–1651. DOI : 10,1101 / gad.901001 . PMC 312727 . PMID 11445539 .
- ^ Хендерсон CA, Винсент HA, Casamento A, Stone CM, Phillips JO, Кэри PD, Sobott F, Gowers DM, Taylor JE, Callaghan AJ (август 2013 г.). «Связывание Hfq изменяет структуру малых некодирующих РНК Escherichia coli OxyS и RprA, которые участвуют в риборегуляции rpoS» . РНК . 19 (8): 1089–1104. DOI : 10,1261 / rna.034595.112 . PMC 3708529 . PMID 23804244 .
- ^ Мадхугири Р., Басинени С.Р., Клуг Г. (2010). «На оборот малой некодирующей РНК RprA в E. coli влияет осмолярность». Mol Genet Genomics . 284 (4): 307–318. DOI : 10.1007 / s00438-010-0568-х . PMID 20717695 . S2CID 23732166 .
- ^ Мика Ф., Буссе С., Посслинг А., Беркхольц Дж., Цховри Н., Зоммерфельдт Н., Прутяну М., Хенгге Р. (2012). «Нацеливание на csgD малой регуляторной РНК RprA связывает стационарную фазу, образование биопленок и стресс клеточной оболочки у Escherichia coli» . Mol Microbiol . 84 (1): 51–65. DOI : 10.1111 / j.1365-2958.2012.08002.x . PMC 3465796 . PMID 22356413 .
Внешние ссылки
- Страница для РНК RprA в Rfam
- Запись RprA в базе данных нкРНК