DsrA РНК является некодирующей РНК , которая регулирует как транскрипцию , преодолевая транскрипционного молчания по нуклеоидов-ассоциированного белка Н-NS , [1] и перевод , способствуя эффективному переводу фактора напряжений сигма, RPOS . [2] [3] Эти две активности DsrA могут быть разделены мутацией: первая из трех петель-стеблей 85- нуклеотидной РНК.необходим для трансляции RpoS, но не для действия против H-NS, в то время как вторая стержневая петля важна для антисайленсинга и менее критична для трансляции RpoS. Третья стеблевая петля, которая ведет себя как терминатор транскрипции, может быть заменена терминатором транскрипции trp без потери любой функции DsrA. Последовательность первой стержневой петли DsrA комплементарна вышележащей лидерной части матричной РНК RpoS, предполагая, что спаривание DsrA с сообщением RpoS может быть важным для регуляции трансляции. Строение DsrA и комплекса DsrA / rpoS изучено методом ЯМР.. Исследование пришло к выводу, что sRNA содержит динамическое конформационное равновесие для своего второго стержня-петли, что может быть важным механизмом для DsrA, чтобы регулировать трансляции его множественных мРНК-мишеней. [4]
DsrA РНК | |
---|---|
Идентификаторы | |
Символ | DsrA |
Рфам | RF00014 |
Прочие данные | |
Тип РНК | Джин ; мРНК |
Домен (ы) | Бактерии |
ТАК | ТАК: 0000378 |
Структуры PDB | PDBe |
Есть свидетельства того, что DsrA РНК может самособираться в наноструктуры за счет антисмысловых взаимодействий трех самокомплементарных областей. [5] [6]
Мишени DsrA
Существуют экспериментальные данные, позволяющие предположить, что DsrA взаимодействует с генами, кодирующими белок hns, [7] [8] [9] rbsD, [7] argR , [7] ilvI [7] и rpoS [10] [11] [12 ]. ] [13] через антисмысловой механизм.
DsrA складывается в структуру с тремя шпильками . Второй из них ( нуклеотиды 23–60) связывается с Hfq . [14]
Рекомендации
- ^ Следжески, D; Готтесман С (1995). «Малая РНК действует как антисайленсер гена rcsA, подавляемого H-NS, в Escherichia coli» . Proc Natl Acad Sci USA . 92 (6): 2003–2007. Bibcode : 1995PNAS ... 92.2003S . DOI : 10.1073 / pnas.92.6.2003 . PMC 42411 . PMID 7534408 .
- ^ Majdalani, N; Хитрый C; Sledjeski D; Эллиотт Т; Готтесман С (1998). «DsrA РНК регулирует трансляцию сообщения RpoS с помощью антисмыслового механизма, независимо от его действия в качестве антисайленсера транскрипции» . Proc Natl Acad Sci USA . 95 (21): 12462–12467. Bibcode : 1998PNAS ... 9512462M . DOI : 10.1073 / pnas.95.21.12462 . PMC 22853 . PMID 9770508 .
- ^ Готтесман, S (2005). «Микроорганизмы для микробов: некодирующие регуляторные РНК в бактериях». Тенденции Genet . 21 (7): 399–404. CiteSeerX 10.1.1.391.8944 . DOI : 10.1016 / j.tig.2005.05.008 . PMID 15913835 .
- ^ Ву, Пэнчжи; Лю, Сяодань; Ян, Лингна; Сунь, Итун; Гун, Цинго; Ву, Цзихуэй; Ши, Юнью (2017-09-19). «Важная конформационная пластичность DsrA sRNA для адаптации множественной целевой регуляции» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (16): 9625–9639. DOI : 10.1093 / NAR / gkx570 . ISSN 1362-4962 . PMC 5766208 . PMID 28934467 .
- ^ Cayrol B, Nogues C, Dawid A, Sagi I, Silberzan P, Isambert H (2009). «Наноструктура из бактериальной некодирующей РНК». J Am Chem Soc . 131 (47): 17270–17276. DOI : 10.1021 / ja906076e . PMID 19821568 .
- ^ Cayrol B, Geinguenaud F, Lacoste J, Busi F, Le Dérout J, Piétrement O, Le Cam E, Régnier P, Lavelle C, Arluison V (2009). «Самосборка малой некодирующей РНК DsrA E. coli: молекулярные характеристики и функциональные последствия». RNA Biol . 6 (4): 434–445. DOI : 10,4161 / rna.6.4.8949 . PMID 19535898 .
- ^ а б в г Аренда RA, Cusick ME, Belfort M (1998). «Риборегуляция в Escherichia coli: РНК DsrA действует посредством взаимодействий РНК: РНК во множестве локусов» . Proc Natl Acad Sci USA . 95 (21): 12456–12461. Bibcode : 1998PNAS ... 9512456L . DOI : 10.1073 / pnas.95.21.12456 . PMC 22852 . PMID 9770507 .
- ^ Городской JH, Vogel J (2007). «Контроль трансляции и распознавание цели малыми РНК Escherichia coli in vivo» . Nucleic Acids Res . 35 (3): 1018–1037. DOI : 10.1093 / NAR / gkl1040 . PMC 1807950 . PMID 17264113 .
- ^ Аренда РА Белфорт М (2000 г.). «Транс-действующая РНК как переключатель контроля в Escherichia coli: DsrA модулирует функцию, формируя альтернативные структуры» . Proc Natl Acad Sci USA . 97 (18): 9919–9924. Bibcode : 2000PNAS ... 97.9919L . DOI : 10.1073 / pnas.170281497 . PMC 27626 . PMID 10954740 .
- ^ Majdalani N, Cunning C, Sledjeski D, Elliott T, Gottesman S (1998). «DsrA РНК регулирует трансляцию сообщения RpoS с помощью антисмыслового механизма, независимо от его действия в качестве антисайленсера транскрипции» . Proc Natl Acad Sci USA . 95 (21): 12462–12467. Bibcode : 1998PNAS ... 9512462M . DOI : 10.1073 / pnas.95.21.12462 . PMC 22853 . PMID 9770508 .
- ^ Мадждалани Н., Чен С., Мерроу Дж., Сент-Джон К., Готтесман С. (2001). «Регулирование RpoS с помощью новой малой РНК: характеристика RprA» . Mol Microbiol . 39 (5): 1382–1394. DOI : 10.1111 / j.1365-2958.2001.02329.x . PMID 11251852 .
- ^ Следжески Д.Д., Гупта А., Готтесман С. (1996). «Малая РНК, DsrA, необходима для низкотемпературной экспрессии RpoS во время экспоненциального роста Escherichia coli» . EMBO J . 15 (15): 3993–4000. DOI : 10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00773.x . PMC 452119 . PMID 8670904 .
- ^ Следжески Д.Д., Уитмен С., Чжан А. (2001). «Hfq необходим для регуляции нетранслируемой РНК DsrA» . J Bacteriol . 183 (6): 1997–2005. DOI : 10.1128 / JB.183.6.1997-2005.2001 . PMC 95095 . PMID 11222598 .
- ^ Брешиа, CC; Mikulecky, PJ; Feig, AL; Следжески, Д. Д. (январь 2003 г.). «Идентификация сайта связывания Hfq на РНК DsrA: Hfq связывается без изменения вторичной структуры DsrA» . РНК . 9 (1): 33–43. DOI : 10,1261 / rna.2570803 . PMC 1370368 . PMID 12554874 .
дальнейшее чтение
- Santillano, D .; Boetius, A .; Раметт, А. (2010). «Улучшенный анализ полиморфизма длины фрагмента конечной рестрикции на основе dsrA сульфатредуцирующих бактерий» . Прикладная и экологическая микробиология . 76 (15): 5308–5311. DOI : 10,1128 / AEM.03004-09 . PMC 2916486 . PMID 20543035 .
- Вецерек, Б .; Beich-Frandsen, M .; Resch, A .; Блази, У. (2009). «Активация трансляции мРНК rpoS некодирующей РНК DsrA и Hfq не требует связывания с рибосомами» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (4): 1284–1293. DOI : 10.1093 / NAR / gkp1125 . PMC 2831331 . PMID 19969548 .
- Leduc, I .; Olsen, B .; Элкинс, К. (2008). «Локализация доменов тримерного аутотранспортера DsrA Haemophilus ducreyi, участвующего в резистентности сыворотки и связывании с внеклеточными матричными белками фибронектином и витронектином» . Инфекция и иммунитет . 77 (2): 657–666. DOI : 10.1128 / IAI.00819-08 . PMC 2632028 . PMID 19015257 .
- Soper, J .; Вудсон, А. (сентябрь 2008 г.). «Лидер мРНК rpoS рекрутирует Hfq для облегчения отжига с мРНК DsrA» (Полный текст) . РНК . 14 (9): 1907–1917. DOI : 10,1261 / rna.1110608 . ISSN 1355-8382 . PMC 2525945 . PMID 18658123 .
- Li, H .; Гранат, А .; Стюарт, В .; Гиллеспи-младший (2008). «RpoS, H-NS и DsrA влияют на транскрипцию оперона гемолизина EHEC (ehxCABD) в Escherichia coliO157: штамм H7 EDL933» . Письма о микробиологии FEMS . 285 (2): 257–262. DOI : 10.1111 / j.1574-6968.2008.01240.x . PMID 18616595 .
- Leduc, I .; Белый, CD; Неплуев, И .; Throm, RE; Спинола, С.М. Элкинс, К. (2008). «Белок внешней мембраны DsrA является основным детерминантом связывания фибронектина Haemophilus ducreyi» . Инфекция и иммунитет . 76 (4): 1608–1616. DOI : 10.1128 / IAI.00994-07 . PMC 2292853 . PMID 18212073 .
- Resch, A .; Афонюшкин, Т .; Ломбо, ТБ; МакДауэлл, KJ; Blasi, U .; Кабердин, В.Р. (2008). «Активация трансляции некодирующей РНК DsrA включает альтернативный процессинг РНКазы III в 5'-лидере rpoS» . РНК . 14 (3): 454–459. DOI : 10,1261 / rna.603108 . PMC 2248258 . PMID 18192613 .
- Бен-Дов, Э .; Brenner, A .; Кушмаро, А. (2007). «Количественное определение сульфатредуцирующих бактерий в промышленных сточных водах с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР) в реальном времени с использованием генов dsrA и apsA». Микробная экология . 54 (3): 439–451. DOI : 10.1007 / s00248-007-9233-2 . PMID 17351812 .
- Колева, Р .; Austin, C .; Kowaleski, J .; Neems, D .; Wang, L .; Vary, C .; Шлакс, П. (2006). «Взаимодействие рибосомного белка S1 с мРНК DsrA и rpoS ☆». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях . 348 (2): 662–668. DOI : 10.1016 / j.bbrc.2006.07.102 . PMID 16890206 .
- Джонс, AM; Goodwill, A .; Эллиотт, Т. (2006). «Ограниченная роль регуляторных РНК DsrA и RprA в регулировании rpoS у Salmonella enterica» . Журнал бактериологии . 188 (14): 5077–5088. DOI : 10.1128 / JB.00206-06 . PMC 1539969 . PMID 16816180 .
- Солнце, X .; Wartell, RM (2006). «Escherichia coliHfq связывает A18 и домен II DsrA с аналогичной стехиометрией 2: 1 Hfq6 / РНК с использованием различных участков поверхности †». Биохимия . 45 (15): 4875–4887. DOI : 10.1021 / bi0523613 . PMID 16605255 .
- Rolle, K .; Zywicki, M .; Wyszko, E .; Barciszewska, MZ; Barciszewski, J. (2006). «Оценка динамической структуры DsrA РНК из E. Coli и ее функциональных последствий». Журнал биохимии . 139 (3): 431–438. DOI : 10.1093 / Jb / mvj045 . PMID 16567408 .
- Абдулла, М .; Неплуев, И .; Афонина, Г .; Ram, S .; Rice, P .; Cade, W .; Элкинс, К. (2005). «Убийство мутантов dsrA Haemophilus ducreyi нормальной сывороткой человека происходит по классическому пути комплемента и инициируется связыванием иммуноглобулина М.» . Инфекция и иммунитет . 73 (6): 3431–3439. DOI : 10.1128 / IAI.73.6.3431-3439.2005 . PMC 1111860 . PMID 15908371 .
- Белый, CD; Leduc, I .; Olsen, B .; Jeter, C .; Harris, C .; Элкинс, К. (2005). «Детерминанты внешней мембраны Haemophilus ducreyi, включая DsrA, определяют две клональные популяции» . Инфекция и иммунитет . 73 (4): 2387–2399. DOI : 10.1128 / IAI.73.4.2387-2399.2005 . PMC 1087395 . PMID 15784585 .
- Аренда, РА; Вудсон, С.А. (2004). «Цикл Sm-подобного белка Hfq на малой регуляторной РНК DsrA». Журнал молекулярной биологии . 344 (5): 1211–1223. DOI : 10.1016 / j.jmb.2004.10.006 . PMID 15561140 .
- Mikulecky, PJ; Кау, МК; Брешиа, CC; Такач, JC; Следжески, ДД; Фейг, А.Л. (2004). «Escherichia coli Hfq имеет различные поверхности взаимодействия для DsrA, rpoS и поли (A) РНК» . Структурная и молекулярная биология природы . 11 (12): 1206–1214. DOI : 10.1038 / nsmb858 . PMC 3071270 . PMID 15531892 .
- Аренда, РА; Smith, D .; McDonough, K .; Белфорт, М. (2004). «Малая некодирующая РНК DsrA является регулятором кислотной устойчивости Escherichia coli» . Журнал бактериологии . 186 (18): 6179–6185. DOI : 10.1128 / JB.186.18.6179-6185.2004 . PMC 515158 . PMID 15342588 .
- Repoila, F .; Готтесман, С. (2003). «Измерение температуры промотором dsrA» . Журнал бактериологии . 185 (22): 6609–6614. DOI : 10.1128 / JB.185.22.6609-6614.2003 . PMC 262114 . PMID 14594834 .
- Ворхунский, диджей; Годек, К .; Litsch, S .; Шлакс, П.Дж. (2003). «Взаимодействие некодирующей РНК DsrA и мРНК RpoS с 30 S субъединицей рибосомы» . Журнал биологической химии . 278 (18): 15815–15824. DOI : 10.1074 / jbc.M301684200 . PMID 12600997 .
- Коул, LE; Кавула, штат TH; Тоффер, KL; Элкинс, К. (2002). «Сывороточный антиген резистентности Haemophilus ducreyi DsrA обеспечивает прикрепление к кератиноцитам человека» . Инфекция и иммунитет . 70 (11): 6158–6165. DOI : 10.1128 / IAI.70.11.6158-6165.2002 . PMC 130365 . PMID 12379693 .
- Repoila, F .; Готтесман, С. (2001). «Каскад передачи сигнала для регулирования RpoS: регулирование температуры DsrA» . Журнал бактериологии . 183 (13): 4012–4023. DOI : 10.1128 / JB.183.13.4012-4023.2001 . PMC 95285 . PMID 11395466 .
- Следжески, ДД; Whitman, C .; Чжан, А. (2001). «Hfq необходим для регуляции нетранслированной РНК DsrA» . Журнал бактериологии . 183 (6): 1997–2005. DOI : 10.1128 / JB.183.6.1997-2005.2001 . PMC 95095 . PMID 11222598 .
- Бонг, CTH; Throm, RE; Фортни, КР; Кац, BP; Капот, AF; Elkins, C .; Спинола, С.М. (2001). «DsrA-дефицитный мутант Haemophilus ducreyi нарушает способность инфицировать добровольцев» . Инфекция и иммунитет . 69 (3): 1488–1491. DOI : 10.1128 / IAI.69.3.1488-1491.2001 . PMC 98046 . PMID 11179317 .
- Аренда, РА; Белфорт, М. (2000). «Риборегуляция DsrA РНК: трансакции для глобальной экономики» . Молекулярная микробиология . 38 (4): 667–672. DOI : 10.1046 / j.1365-2958.2000.02162.x . PMID 11115103 .
- Аренда, РА; Белфорт, М. (2000). «Транс-действующая РНК как контрольный переключатель в Escherichia coli: DsrA модулирует функцию, формируя альтернативные структуры» . Труды Национальной академии наук . 97 (18): 9919–9924. Bibcode : 2000PNAS ... 97.9919L . DOI : 10.1073 / pnas.170281497 . PMC 27626 . PMID 10954740 .
- Elkins, C .; Морроу-младший, KJ; Ольсен, Б. (2000). «Сывороточная резистентность Haemophilus ducreyi требует белка наружной мембраны DsrA» . Инфекция и иммунитет . 68 (3): 1608–1619. DOI : 10.1128 / IAI.68.3.1608-1619.2000 . PMC 97321 . PMID 10678980 .
- Majdalani, N .; Хитрость, C .; Sledjeski, D .; Elliott, T .; Готтесман, С. (1998). «DsrA РНК регулирует трансляцию сообщения RpoS с помощью антисмыслового механизма, независимо от его действия в качестве антисайленсера транскрипции» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (21): 12462–12467. Bibcode : 1998PNAS ... 9512462M . DOI : 10.1073 / pnas.95.21.12462 . PMC 22853 . PMID 9770508 .
- Аренда, РА; Cusick, ME; Белфорт, М. (1998). «Риборегуляция в Escherichia coli: РНК DsrA действует посредством взаимодействий РНК: РНК во множестве локусов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (21): 12456–12461. Bibcode : 1998PNAS ... 9512456L . DOI : 10.1073 / pnas.95.21.12456 . PMC 22852 . PMID 9770507 .
- Клаук, Э; Берингер, Дж; Хенгге-Аронис, Р. (1997). «LysR-подобный регулятор LeuO в Escherichia coli участвует в регуляции трансляции rpoS, влияя на экспрессию небольшой регуляторной DsrA-РНК» . Молекулярная микробиология . 25 (3): 559–569. DOI : 10.1046 / j.1365-2958.1997.4911852.x . PMID 9302018 .
- Следжески, ДД; Gupta, A .; Готтесман, С. (1996). «Малая РНК, DsrA, необходима для низкотемпературной экспрессии RpoS во время экспоненциального роста Escherichia coli» . Журнал EMBO . 15 (15): 3993–4000. DOI : 10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00773.x . PMC 452119 . PMID 8670904 .
- Geinguenaud, F; Гессон, М; Арлюисон, V (22 января 2014 г.). «Термодинамические аспекты самосборки DsrA, небольшой некодирующей РНК из Escherichia coli» . Acta Biochimica Polonica . 61 (1): 179–184. DOI : 10,18388 / abp.2014_1941 . PMID 24455758 .
- Hämmerle, H; Вечерек, Б; Реш, А; Bläsi, U (1 декабря 2013 г.). «Образование дуплекса между мРНК DsrA и мРНК rpoS недостаточно для эффективного синтеза RpoS при низкой температуре» . Биология РНК . 10 (12): 1834–1841. DOI : 10,4161 / rna.27100 . PMC 3917986 . PMID 24448230 .
- Hämmerle, H; Вечерек, Б; Реш, А; Bläsi, U (1 декабря 2013 г.). «Образование дуплекса между мРНК DsrA и мРНК rpoS недостаточно для эффективного синтеза RpoS при низкой температуре» . Биология РНК . 10 (12): 1834–1841. DOI : 10,4161 / rna.27100 . PMC 3917986 . PMID 24448230 .
Внешние ссылки
- Страница для РНК DsrA в Rfam
- Страница sRNATarBase для взаимодействий DsrA с hns
- Страница sRNATarBase для взаимодействий DsrA с rbsD
- Страница sRNATarBase для взаимодействий DsrA с argR
- Страница sRNATarBase для взаимодействий DsrA с ilvI
- Страница sRNATarBase для взаимодействий DsrA с rpoS