Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
SENP1
Белок SENP1 PDB 2ckg.png
Доступные конструкции
PDBОртолог поиск: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB

2CKG , 2CKH , 2G4D , 2IY0 , 2IY1 , 2IYC , 2IYD , 2XPH , 2XRE

Идентификаторы
ПсевдонимыSENP1 , SuPr-2, SUMO1 / сентринспецифическая пептидаза 1, SUMO-специфическая пептидаза 1
Внешние идентификаторыOMIM : 612157 MGI : 2445054 HomoloGene : 8731 GeneCards : SENP1
Расположение гена ( человек )
Хромосома 12 (человек)
Chr.Хромосома 12 (человека) [1]
Хромосома 12 (человек)
Геномное расположение SENP1
Геномное расположение SENP1
Группа12q13.11Начинать48 042 897 п.н. [1]
Конец48 106 079 п.н. [1]
Расположение гена ( Мышь )
Хромосома 15 (мышь)
Chr.Хромосома 15 (мышь) [2]
Хромосома 15 (мышь)
Геномное расположение SENP1
Геномное расположение SENP1
Группа15 F1 | 15 54,04 смНачинать98 038 744 п.н. [2]
Конец98 093 744 п.н. [2]
Генная онтология
Молекулярная функция• пептидаза активность
• пептидазы активность цистеина типа
• эндопептидазы активность
• ГО: 0001948 связывание белка
• гидролазы активности
• SUMO конкретных эндопептидазы активность
• SUMO конкретных isopeptidase активность
• Активность протеазы SUMO конкретной
Сотовый компонент• цитоплазма
• ядерная мембрана
• очаговая адгезия
• нуклеоплазма
• ядро клетки
Биологический процесс• негативная регуляция протеасомного убиквитин-зависимого белкового катаболического процесса
• апоптотический сигнальный путь
• десумоилирование протеина
• активация активности эндопептидазы цистеинового типа, участвующей в апоптотическом процессе
• сумоилирование протеина
• позитивная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II
• протеолиз
• регуляция дефинитивного эритроцита дифференциация
Источники: Amigo / QuickGO
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

29843

223870

Ансамбль

ENSG00000079387

ENSMUSG00000033075

UniProt

Q9P0U3

P59110

RefSeq (мРНК)

NM_001267594
NM_001267595
NM_014554

NM_144851
NM_001379573

RefSeq (белок)

NP_001254523
NP_001254524

NP_659100
NP_001366502

Расположение (UCSC)Chr 12: 48.04 - 48.11 МбChr 15: 98.04 - 98.09 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Sentrin специфические протеазы 1 представляет собой фермент , который у человека кодируется SENP1 гена . [5] [6] [7]

Общие [ править ]

На данный момент существует шесть протеаз SUMO у людей, которые были обозначены как SENP1-3 и SENP5-7 (сентрин / SUMO-специфическая протеаза) .1 Шесть протеаз обладают консервативным C-концевым доменом, который варьируется по размеру и с отдельным N-концевой домен между ними. С-концевой домен проявляет каталитическую активность, а N-концевой домен регулирует клеточную локализацию и субстратную специфичность. [8]

Особенности [ править ]

SENP1 (Сентрин-специфическая протеаза 1) представляет собой протеазу человека из 643 аминокислот с массой 73 кДа, число ЕС у человека 3.4.22.B70, которая принимает конформацию, которая идентифицирует ее как члена суперсемейства цистеиновых протеаз, содержащих каталитическая триада с описанными тремя аминокислотами: цистеин в положении 603, гистидин в положении 533 и аспарагиновая кислота в положении 550. Важным нуклеофилом является цистеин, расположенный в N-концевой альфа-спирали ядра белка, две другие аминокислоты , аспартат и гистидин расположены на конце бета-листа .[9]

SENP1 Каталитический сайт состоит из трех аминокислот: Cys 602, His 533 и Asp 550.

Местоположение [ править ]

Оба SENP1 расположены в ядре и цитозоле в зависимости от типа клетки, хотя было замечено, что он экспортируется из ядра в цитозоль через последовательность ядерного экспорта (NES), которая расположена на С-конце. SENP1 млекопитающих локализуется в основном в ядре. [10]

Функция [ править ]

SENP1 катализирует созревание белка SUMO (небольшой модификатор, связанный с убиквитином), который вызывает гидролиз пептидной связи SUMO в консервативной последовательности Gly-Gly- | -Ala-Thr-Tyr на С-конце [11], которая должна быть добавлена ​​к конъюгации. других белков ( сумоилирование ). [12] У позвоночных есть три члена семейства СУМО: СУМО-1, -2 и -3. SENP1 может катализировать любой из этих трех. Эта конъюгация SUMO с другими белками во многом похожа на убиквитинирование, однако эти модификации приводят к различным результатам в зависимости от типа модифицированного белка. [13]

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000079387 - Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000033075 - Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ↑ Gong L, Millas S, Maul GG, Yeh ET (февраль 2000 г.). «Дифференциальная регуляция сенторизированных белков с помощью новой сентин-специфической протеазы» . Журнал биологической химии . 275 (5): 3355–9. DOI : 10.1074 / jbc.275.5.3355 . PMID 10652325 . 
  6. Перейти ↑ Bailey D, O'Hare P (январь 2004 г.). «Характеристика локализации и протеолитической активности SUMO-специфической протеазы, SENP1» . Журнал биологической химии . 279 (1): 692–703. DOI : 10.1074 / jbc.M306195200 . PMID 14563852 . 
  7. ^ "Энтрез Ген: SENP1 SUMO1 / сентрин специфическая пептидаза 1" .
  8. ↑ Xu Z, Chau SF, Lam KH, Chan HY, Ng TB, Au SW (сентябрь 2006 г.). «Кристаллическая структура мутантного комплекса C603S-SUMO SENP1 раскрывает гидролитический механизм SUMO-специфической протеазы» . Биохимический журнал . 398 (3): 345–52. DOI : 10.1042 / BJ20060526 . PMC 1559472 . PMID 16712526 .  
  9. Перейти ↑ Shen LN, Dong C, Liu H, Naismith JH, Hay RT (2006). «Структура комплекса SENP1-SUMO-2 предполагает структурную основу для различения паралогов SUMO во время обработки» . Биохимический журнал . 397 (2): 279–288. DOI : 10.1042 / BJ20052030 . PMC 1513277 . PMID 16553580 .  
  10. ^ Ким YH, Sung К.С., Ли SJ, Ким YO, Choi CY, Ким Y (2005). «Десумоилирование гомеодомен-взаимодействующей протеинкиназы 2 (HIPK2) посредством цитоплазматического-ядерного перемещения SUMO-специфической протеазы SENP1». Письма FEBS . 579 (27): 6272–6278. DOI : 10.1016 / j.febslet.2005.10.010 . PMID 16253240 . S2CID 13388952 .  
  11. ^ "SENP1 - Sentrin-специфическая протеаза 1 - Homo sapiens (Человек) - ген и белок SENP1" .
  12. Перейти ↑ Xu Z, Au SW (2005). «Картирование остатков предшественников SUMO, необходимых для дифференцированного созревания с помощью SUMO-специфической протеазы, SENP1» . Биохимический журнал . 386 (Pt 2): 325–330. DOI : 10.1042 / BJ20041210 . PMC 1134797 . PMID 15487983 .  
  13. Перейти ↑ Xu Z, Chau SF, Lam KH, Chan HY, Ng TB, Au SW (2006). «Кристаллическая структура мутантного комплекса C603S-SUMO SENP1 раскрывает гидролитический механизм SUMO-специфической протеазы» . Биохимический журнал . 398 (3): 345–52. DOI : 10.1042 / BJ20060526 . PMC 1559472 . PMID 16712526 .  

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Mikolajczyk J, Drag M, Békés M, Cao JT, Ronai Z, Salvesen GS (сентябрь 2007 г.). «Малый убиквитин-связанный модификатор (SUMO) -специфические протеазы: профилирование специфичности и активности человеческих SENP» . Журнал биологической химии . 282 (36): 26217–24. DOI : 10.1074 / jbc.M702444200 . PMID  17591783 .
  • Drag M, Mikolajczyk J, Krishnakumar IM, Huang Z, Salvesen GS (январь 2008 г.). «Профили активности человеческих deSUMOylating энзимов (SENP) с синтетическими субстратами предполагает неожиданную специфичность двух недавно охарактеризованных членов семейства» . Биохимический журнал . 409 (2): 461–9. DOI : 10.1042 / BJ20070940 . PMID  17916063 . S2CID  12234952 .
  • Ченг Дж., Бава Т., Ли П, Гонг Л., Йе ET (август 2006 г.). «Роль десумоилирования в развитии рака простаты» . Неоплазия . 8 (8): 667–76. DOI : 10.1593 / neo.06445 . PMC  1601940 . PMID  16925949 .
  • Бейли Д., О'Хара П. (декабрь 2002 г.). «ICP0 вируса простого герпеса 1 локализуется совместно с SUMO-специфической протеазой» . Журнал общей вирусологии . 83 (Pt 12): 2951–64. DOI : 10.1099 / 0022-1317-83-12-2951 . PMID  12466471 .
  • Cheng J, Wang D, Wang Z, Yeh ET (июль 2004 г.). «SENP1 усиливает транскрипцию, зависимую от андрогенных рецепторов, посредством десумоилирования гистондеацетилазы 1» . Молекулярная и клеточная биология . 24 (13): 6021–8. DOI : 10.1128 / MCB.24.13.6021-6028.2004 . PMC  480885 . PMID  15199155 .
  • Xu Z, Au SW (март 2005 г.). «Картирование остатков предшественников SUMO, необходимых для дифференцированного созревания с помощью SUMO-специфической протеазы, SENP1» . Биохимический журнал . 386 (Pt 2): 325–30. DOI : 10.1042 / BJ20041210 . PMC  1134797 . PMID  15487983 .
  • Boggio R, Colombo R, Hay RT, Draetta GF, Chiocca S (ноябрь 2004 г.). «Механизм ингибирования пути SUMO». Молекулярная клетка . 16 (4): 549–61. DOI : 10.1016 / j.molcel.2004.11.007 . PMID  15546615 .
  • Cheng J, Perkins ND, Yeh ET (апрель 2005 г.). «Дифференциальная регуляция c-Jun-зависимой транскрипции с помощью SUMO-специфических протеаз» . Журнал биологической химии . 280 (15): 14492–8. DOI : 10.1074 / jbc.M412185200 . PMID  15701643 .
  • Раджан С., Плант Л.Д., Рабин М.Л., Батлер М.Х., Голдштейн С.А. (апрель 2005 г.). «Сумоилирование подавляет утечку через плазматическую мембрану K + канал K2P1» . Cell . 121 (1): 37–47. DOI : 10.1016 / j.cell.2005.01.019 . PMID  15820677 . S2CID  6314155 .
  • Велтман И.М., Вриде Л.А., Ченг Дж., Лойенга Л.Х., Янссен Б., Шенмакерс Е.Ф., Йе Е.Т., ван Кессель АГ (июль 2005 г.). «Слияние гена SUMO / Sentrin-специфической протеазы 1 SENP1 и связанного с эмбриональной полярностью гена развития мезодермы MESDC2 у пациента с детской тератомой и конституциональным t (12; 15) (q13; q25)» . Молекулярная генетика человека . 14 (14): 1955–63. DOI : 10,1093 / HMG / ddi200 . PMID  15917269 .
  • Kim YH, Sung KS, Lee SJ, Kim YO, Choi CY, Kim Y (ноябрь 2005 г.). «Десумоилирование гомеодомен-взаимодействующей протеинкиназы 2 (HIPK2) посредством цитоплазматического-ядерного перемещения SUMO-специфической протеазы SENP1». Письма FEBS . 579 (27): 6272–8. DOI : 10.1016 / j.febslet.2005.10.010 . PMID  16253240 . S2CID  13388952 .
  • Шен Л.Н., Донг К., Лю Х., Нейсмит Дж. Х., Хэй RT (июль 2006 г.). «Структура комплекса SENP1-SUMO-2 предполагает структурную основу для различения паралогов SUMO во время обработки» . Биохимический журнал . 397 (2): 279–88. DOI : 10.1042 / BJ20052030 . PMC  1513277 . PMID  16553580 .
  • Xu Z, Chau SF, Lam KH, Chan HY, Ng TB, Au SW (сентябрь 2006 г.). «Кристаллическая структура мутантного комплекса C603S-SUMO SENP1 раскрывает гидролитический механизм SUMO-специфической протеазы» . Биохимический журнал . 398 (3): 345–52. DOI : 10.1042 / BJ20060526 . PMC  1559472 . PMID  16712526 .
  • Шен Л., Татхам М.Х., Донг С., Загорска А., Нейсмит Дж. Х., Hay RT (декабрь 2006 г.). «Протеаза SUMO SENP1 индуцирует изомеризацию ножницеобразной пептидной связи» . Структурная и молекулярная биология природы . 13 (12): 1069–77. DOI : 10.1038 / nsmb1172 . PMC  3326531 . PMID  17099698 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : Q9P0U3 (Sentrin-specific protease 1) в PDBe-KB .