Шиладитья ДасСарма (род. 1957) - молекулярный биолог, известный своим вкладом в биологию галофильных и экстремофильных микроорганизмов. [1] [2] Он является профессором Университета Мэриленда в Балтиморе. Он получил степень доктора биохимии в Массачусетском технологическом институте и степень бакалавра химии в Университете Индианы в Блумингтоне . Прежде чем занять должность преподавателя, он проводил исследования в Массачусетской больнице общего профиля , Гарвардской медицинской школе и Институте Пастера в Париже.
Шиладитья ДасСарма | |
---|---|
Родившийся | 1957 г. |
Национальность | Американский (натурализованный) |
Альма-матер | Университет Индианы ( BS ) Массачусетский технологический институт ( PhD ) |
Известен | Жизнь в экстремальных условиях, галофилы, археи, астробиология |
ДасСарма работал на факультете Массачусетского университета в Амхерсте (1986–2001), Биотехнологического института Мэрилендского университета (2001–2010) и Медицинского факультета Университета Мэриленда , Института морских и экологических технологий (с 2010 года по настоящее время). Он является исследователем и преподавателем молекулярной генетики, геномики и биоинформатики, а также наставником студентов, аспирантов и докторантов, а также младших преподавателей. Широко известно, что он сыграл важную роль в создании исследований галофилов [3] и экстремофилов.
Исследовать
Галофилы
В ранней работе (1980-е годы) он обнаружил мобильные генетические элементы у галофильных архей [4] [5], будучи аспирантом у Х. Гобинд Хорана (лауреат Нобелевской премии) и Уттама Л. Радж Бхандари из Массачусетского технологического института. Он также показал, что промоторы транскрипции у архей [6] отличаются от промоторов у обычных бактерий, что способствовало принятию трехдоменного взгляда на эволюцию, предложенного Карлом Вёзе .
В 1990-х он организовал и возглавил команду, которая расшифровала первую последовательность генома и генетический код галофильного микроба Halobacterium sp. NRC-1. [7] [8] [9] Эта работа показала, что его белки очень кислые, что дает понимание того, как белки могут функционировать в условиях высокой солености и низкой активности воды. [10] [11] [12] Последовательность генома помогла в дальнейшем установить достоверность архей [13] благодаря обнаружению сходства с высшими эукариотическими организмами и отличий от бактерий.
Позже, в 2000-х, его работа также предположила, что определенные гены приобретаются посредством горизонтального переноса генов, например гены аэробного дыхания . Пост-геномные исследования в своей лаборатории установлены основные и подпись белки в галофильном Archaea , [14] и функция многих генов и генетических элементы, включая происхождение множественной репликации, [15] Вообще факторы транскрипции, [16] и ремонт ДНК системы. [17] [18]
Астробиология
Недавнее исследование DasSarma (2010-е) антарктического галофильного микроорганизма Halorubrum lacusprofundi привело к дальнейшему уточнению понимания функции белка в сочетании с высокой соленостью и холодными условиями. [19] Такие исследования могут объяснить, как жизнь могла адаптироваться к новой среде обитания, включая внеземную среду. [20]
ДасСарма предположил, что пигменты сетчатки, первоначально обнаруженные у галофильных архей, возможно, предшествовали пигментам хлорофилла на ранней Земле, назвав его гипотезой « Пурпурной Земли ». [2] [21] Это предложение обеспечивает потенциально новую биосигнатуру для дистанционного обнаружения жизни.
Биотехнологии
Лаборатория DasSarma сыграла важную роль в изучении всплывающих наночастиц газовых пузырьков ( GVNP ) у Halobacterium sp. NRC-1 и разработал систему экспрессии для биоинженерных GVNP для биотехнологических приложений. [22] Эти наночастицы могут представлять собой ценную платформу для доставки антигена, разработки вакцины и других биомедицинских и экологических приложений [23] [24]
Рекомендации
- ^ "Экстремальные галофилы - модели для астробиологии" (PDF) . Микроб . 2006 г.
- ^ а б «Экстремальные микробы» Американский ученый » . www.americanscientist.org . Проверено 11 июля 2016 .
- ^ ДасСарма, Шиладитья; ДасСарма, Прия (01.01.2001). Галофилы . John Wiley & Sons, Ltd. DOI : 10.1002 / 9780470015902.a0000394.pub3 . ISBN 9780470015902.
- ^ Simsek, M .; DasSarma, S .; RajBhandary, UL; Хорана, HG (1982-12-01). «Мобильный элемент из Halobacterium halobium, который инактивирует ген бактериородопсина» . Труды Национальной академии наук . 79 (23): 7268–7272. DOI : 10.1073 / pnas.79.23.7268 . ISSN 0027-8424 . PMC 347320 . PMID 6296826 .
- ^ DasSarma, S .; RajBhandary, UL; Хорана, HG (1983-04-01). «Высокочастотная спонтанная мутация в гене бактерио-опсина в Halobacterium halobium опосредована мобильными элементами» . Труды Национальной академии наук . 80 (8): 2201–2205. DOI : 10.1073 / pnas.80.8.2201 . ISSN 0027-8424 . PMC 393786 . PMID 6300900 .
- ^ ДасСарма, Шиладитья; RajBhandary, Uttam L .; Хорана, Х. Гобинд (01.01.1984). «Бактерио-опсин мРНК в штаммах Halobacterium halobium дикого типа и бактерио-опсин-дефицитных штаммах» . Труды Национальной академии наук . 81 (1): 125–129. DOI : 10.1073 / pnas.81.1.125 . ISSN 0027-8424 . PMC 344623 . PMID 16593404 .
- ^ Ng, WaiLap V .; Ciufo, Stacy A .; Смит, Тодд М .; Bumgarner, Roger E .; Баскин, Дейл; Фауст, Джанет; Холл, Барбара; Лорец, Кэрол; Сето, Джейсон (1998-11-01). "Снимок большого динамического репликона в галофильном археоне: мегаплазмида или минихромосома?" . Геномные исследования . 8 (11): 1131–1141. DOI : 10.1101 / gr.8.11.1131 . ISSN 1088-9051 . PMID 9847077 .
- ^ Нг, Вайлап Виктор; Кеннеди, Шон П .; Mahairas, Gregory G .; Берквист, Брайан; Пан, мин; Шукла, Хем Датт; Ласки, Стивен Р .; Балига, Нитин С .; Торссон, Вестейн (2000-10-24). «Последовательность генома вида Halobacterium NRC-1» . Труды Национальной академии наук . 97 (22): 12176–12181. DOI : 10.1073 / pnas.190337797 . ISSN 0027-8424 . PMC 17314 . PMID 11016950 .
- ^ «NSF - OLPA - PR 00-69: Международная исследовательская группа« Последовательности генома вездесущего микроба » . www.nsf.gov . Проверено 11 июля 2016 .
- ^ Кеннеди, Шон П .; Нг, Вайлап Виктор; Зальцберг, Стивен Л .; Худ, Лерой; ДасСарма, Шиладитья (01.10.2001). «Понимание адаптации видов Halobacterium NRC-1 к экстремальным условиям окружающей среды посредством компьютерного анализа последовательности генома» . Геномные исследования . 11 (10): 1641–1650. DOI : 10.1101 / gr.190201 . ISSN 1088-9051 . PMC 311145 . PMID 11591641 .
- ^ Каран, Рам; Кейпс, Мелинда Д .; ДасСарма, Шиладитья (01.01.2012). «Функции и биотехнология экстремофильных ферментов при низкой активности воды» . Водные биосистемы . 8 (1): 4. DOI : 10,1186 / 2046-9063-8-4 . ISSN 2046-9063 . PMC 3310334 . PMID 22480329 .
- ^ ДасСарма, Шиладитья; ДасСарма, Прия (01.06.2015). «Галофилы и их ферменты: негативное применение» . Текущее мнение в микробиологии . Экологическая микробиология • Экстремофилы. 25 : 120–126. DOI : 10.1016 / j.mib.2015.05.009 . PMC 4729366 . PMID 26066288 .
- ^ DasSarma, S., JA Кокер, П. DasSarma. 2010. Археи - Обзор. В энциклопедии микробиологии, 3-е издание, Academic Press, M. Schaechter (ed.), P. 118-139.
- ^ Кейпс, Мелинда Д .; ДасСарма, Прия; ДасСарма, Шиладитья (01.01.2012). «Ядро и уникальные белки галоархей» . BMC Genomics . 13 : 39. DOI : 10.1186 / 1471-2164-13-39 . ISSN 1471-2164 . PMC 3287961 . PMID 22272718 .
- ^ Berquist, Brian R .; ДасСарма, Шиладитья (15.10.2003). "Архейный хромосомный автономно реплицирующий элемент последовательности из экстремального галофила, Halobacterium sp. Штамм NRC-1" . Журнал бактериологии . 185 (20): 5959–5966. DOI : 10.1128 / JB.185.20.5959-5966.2003 . ISSN 0021-9193 . PMC 225043 . PMID 14526006 .
- ^ Кокер, Джеймс А .; ДасСарма, Шиладитья (01.01.2007). «Генетический и транскриптомный анализ генов факторов транскрипции в модельной галофильной архее: координация действия TbpD и TfbA» . BMC Genetics . 8 : 61. DOI : 10.1186 / 1471-2156-8-61 . ISSN 1471-2156 . PMC 2121645 . PMID 17892563 .
- ^ Каран, Р; DasSarma, P; Бальцер-Кубичек, Э; Weng, RR; Ляо, СС; Гудлетт, Д.Р .; Ng, WV; Дассарма, S (2014). «Биоинженерная радиорезистентность путем перепроизводства RPA, одноцепочечного ДНК-связывающего белка типа млекопитающих в галофильных архее» . Прикладная микробиология и биотехнология . 98 (4): 1737–1747. DOI : 10.1007 / s00253-013-5368-х . PMC 4096848 . PMID 24292079 .
- ^ Вайс, Рик (2007-09-25). " ' Superbugs' может принести пользу Humans" . Вашингтон Пост . ISSN 0190-8286 . Проверено 11 июля 2016 .
- ^ ДасСарма, Шиладитья; Кейпс, Мелинда Д .; Каран, Рам; ДасСарма, Прия (11 марта 2013 г.). «Аминокислотные замены в холодно-адаптированных белках из Halorubrum lacusprofundi, чрезвычайно галофильного микроба из Антарктиды» . PLOS ONE . 8 (3): e58587. DOI : 10.1371 / journal.pone.0058587 . ISSN 1932-6203 . PMC 3594186 . PMID 23536799 .
- ^ "BioTechniques - раскрытые трюки антарктического микроба" . www.biotechniques.com . Проверено 11 июля 2016 .
- ^ «Экстремофилы и внеземная жизнь» .
- ^ ДасСарма, Шиладитья; Каран, Рам; ДасСарма, Прия; Барнс, Сьюзен; Экулона, Фоласаде; Смит, Барбара (1 января 2013 г.). «Усовершенствованная генетическая система для биоинженерии наночастиц плавучих газовых пузырьков из Haloarchaea» . BMC Biotechnology . 13 : 112. DOI : 10,1186 / 1472-6750-13-112 . ISSN 1472-6750 . PMC 3878110 . PMID 24359319 .
- ^ DasSarma, P .; Неги, ВД; Балакришнан, А .; Kim, J. -M .; Karan, R .; Чакравортти, Д .; ДасСарма, С. (01.01.2015). «Процедура 8-го Конгресса по вакцинам и независимым вирусам, Филадельфия, США, 2015 г., наночастицы галоархейных газовых пузырьков, демонстрирующие антигены сальмонеллы, как новый подход к разработке вакцины» . Процедуры в вакцинологии . 9 : 16–23. DOI : 10.1016 / j.provac.2015.05.003 . PMC 4758358 . PMID 26900411 .
- ^ ДасСарма, Шиладитья; ДасСарма, Прия (07.09.2015). "Наночастицы газовых пузырьков для отображения антигена" . Вакцины . 3 (3): 686–702. DOI : 10.3390 / Vacines3030686 . PMC 4586473 . PMID 26350601 .
Внешние ссылки
- Руководство Halophiles в Колд-Спринг-Харбор http://www.worldcat.org/title/halophiles/oclc/33850503
- Галофилы, eLS http://www.els.net/WileyCDA/ElsArticle/refId-a0000394.html
- История CBS http://baltimore.cbslocal.com/2013/03/14/researchers-study-survival-secrets-of-mars/
- Балтиморская история солнца http://www.baltimoresun.com/health/maryland-health/bs-hs-salt-vaccine-20120621-story.html
- Веб-сайт, посвященный геномам галоархей http://halo.umbc.edu/