Streptomyces albidoflavus - это вид бактерии из рода Streptomyces, который был выделен из почвы в Польше . [1] [3] [4] [5] Streptomyces albidoflavus продуцирует дибутилфталат и стрептотрицины . [6] [7]
Streptomyces albidoflavus | |
---|---|
Научная классификация | |
Королевство: | |
Тип: | « Актинобактерии » |
Класс: | |
Заказ: | |
Семья: | |
Род: | |
Разновидность: | С. альбидофлавус |
Биномиальное имя | |
Streptomyces albidoflavus Ваксман и Хенрици 1948 [1] | |
Тип штамма | |
AS 4.1291, ATCC 25422, BCRC 13699, CBS 416.34, CBS 920.69, CCRC 13699, CGMCC 4.1291, CIP 105122, DSM 40455, ETH 10209, ICMP 12537, ICSSB 1006, IFO 13010, IMRU 850, IMSNU 20133, IMSNU 21006 , JCM 4446, KCC S-0446, KCC S-0466, KCC S-1072, KCCS-0466, KCTC 9202, Lanoot R-8660, LMG 19300, MTCC 932, NBIMCC 2386, NBRC 13010, NCIB 10043, NCIMB 10043, NRRL B-1271, NRRL B-2663, NRRL BB-2663, NRRL-ISP 5455, RIA 1202, штамм ATCC 25422, VKM Ac-746, VTT E-991429 [2] | |
Синонимы [3] [4] | |
|
Малая некодирующая РНК
Бактериальные малые РНК участвуют в посттранскрипционной регуляции. С помощью глубокого секвенирования транскриптом S. albidoflavus анализировали в конце экспоненциального роста. Было идентифицировано 63 малых РНК. Экспрессия 11 из них была подтверждена Нозерн-блоттингом. Было показано, что мРНК присутствуют только у видов Streptomyces . [8]
мРНК scr4677 (мРНК 4677 Streptomyces coelicolor ) расположена в межгенной области между геном антисигма-фактора SCO4677 и предполагаемым геном регуляторного белка SCO4676 . Экспрессия scr4677 требует активности SCO4677, а сама scr4677 sRNA , по-видимому, влияет на уровни транскриптов, ассоциированных с SCO4676 . [9]
Идентифицированы мишени для двух некодирующих РНК S. albidoflavus . Было показано, что некодирующая РНК глутамин синтетазы I модулирует выработку антибиотиков. [10] Малая РНК scr5239 (мРНК Streptomyces coelicolor выше SCO5239) имеет две мишени. Он подавляет экспрессию агаразы DagA путем прямого спаривания оснований с кодирующей областью dagA и репрессирует трансляцию метионинсинтазы metE (SCO0985) на 5'-конце своей открытой рамки считывания. [11] [12]
Использование в биотехнологии
Штаммы S. albidoflavus производить различные антибиотики , в том числе actinorhodin , methylenomycin , undecylprodigiosin , [13] и perimycin . [14] [15] Некоторые штаммы S. albidoflavus могут использоваться для экспрессии гетерологичных белков . [16]
Смотрите также
Рекомендации
- ^ а б LPSN bacterio.net
- ^ Информация о штамме Streptomyces albidoflavus
- ^ а б UniProt
- ^ a b Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen [1]
- ^ Swiontek Brzezinska, M .; Jankiewicz, U .; Бурковская, А. (2013). «Очистка и характеристика противогрибковых компонентов Streptomyces albidoflavus». Прикладная биохимия и микробиология . 49 (5): 451. DOI : 10.1134 / S0003683813050025 . S2CID 17097515 .
- ^ Рой, Р.Н.; Laskar, S .; Сен, СК (2006). «Дибутилфталат, биологически активное соединение, продуцируемое Streptomyces albidoflavus 321.2». Микробиологические исследования . 161 (2): 121–6. DOI : 10.1016 / j.micres.2005.06.007 . PMID 16427514 .
- ^ Стюарт Шапиро (1989). Регуляция вторичного метаболизма у актиномицетов . CRC Press. ISBN 0-8493-6927-4.
- ^ Фокенхубер М.П., Шарма С.М., Статт М.Г., Шмидт Д., Сюй З., Дитрих С. и др. (Май 2011 г.). «Идентификация на основе глубокого секвенирования малых некодирующих РНК в Streptomyces coelicolor» . Биология РНК . 8 (3): 468–77. DOI : 10,4161 / rna.8.3.14421 . PMC 3218513 . PMID 21521948 .
- ^ Муди М.Дж., Джонс С.Е., Эллиот Массачусетс (01.01.2014). «Сложная внутриопероническая динамика, опосредованная малой РНК у Streptomyces coelicolor » . PLOS ONE . 9 (1): e85856. Bibcode : 2014PLoSO ... 985856H . DOI : 10.1371 / journal.pone.0085856 . PMC 3896431 . PMID 24465751 .
- ^ D'Alia D, Nieselt K, Steigele S, Müller J, Verburg I, Takano E (февраль 2010 г.). «Некодирующая РНК глутамин синтетазы I модулирует выработку антибиотиков в Streptomyces coelicolor A3 (2)» . Журнал бактериологии . 192 (4): 1160–4. DOI : 10.1128 / JB.01374-09 . PMC 2812974 . PMID 19966003 .
- ^ Депутат Фокенхубер, Зюсс Б. (февраль 2012 г.). « Streptomyces coelicolor sRNA scr5239 ингибирует экспрессию агаразы путем прямого спаривания оснований с кодирующей областью dagA ». Микробиология . 158 (Pt 2): 424–435. DOI : 10.1099 / mic.0.054205-0 . PMID 22075028 .
- ^ Депутат Фокенхубер, Хуэйс Н., Зьюсс Б. (01.01.2015). «Идентификация metE в качестве второй мишени sRNA scr5239 в Streptomyces coelicolor» . PLOS ONE . 10 (3): e0120147. Bibcode : 2015PLoSO..1020147V . DOI : 10.1371 / journal.pone.0120147 . PMC 4365011 . PMID 25785836 .
- ^ Брайан П., Риггл П.Дж., Сантос Р.А., Чемпионат WC (июнь 1996 г.). «Глобальная негативная регуляция синтеза антибиотиков Streptomyces coelicolor, опосредованная системой передачи предполагаемого сигнала, кодируемой absA» . Журнал бактериологии . 178 (11): 3221–31. DOI : 10.1128 / jb.178.11.3221-3231.1996 . PMC 178074 . PMID 8655502 .
- ^ Лю С.М., Макдэниел Л.Е., Шаффнер С.П. (март 1972 г.). «Фунгимицин, биогенез его ароматической части» . Журнал антибиотиков . 25 (3): 187–8. DOI : 10,7164 / antibiotics.25.187 . PMID 5034814 .
- ^ Ли CH, Schaffner CP (май 1969). «Перимицин. Структура некоторых продуктов распада». Тетраэдр . 25 (10): 2229–32. DOI : 10.1016 / S0040-4020 (01) 82770-8 . PMID 5788396 .
- ^ «Streptomyces coelicolor» . Центр Джона Иннеса. Архивировано из оригинального 19 октября 2005 года . Проверено 25 января 2010 года .
дальнейшее чтение
- Августин, СК; Бхавсар, ИП; Кападнис, Б.П. (2005). «Неполиеновый противогрибковый антибиотик из Streptomyces albidoflavus PU 23». Журнал биологических наук . 30 (2): 201–11. DOI : 10.1007 / bf02703700 . PMID 15886456 . S2CID 9722766 .
- Hain, T; Уорд-Рейни, N; Кроппенштедт, РМ; Stackebrandt, E; Рейни, Ф.А. (1997). «Дискриминация штаммов Streptomyces albidoflavus на основе размера и количества межгенных спейсеров рибосомной ДНК 16S-23S» . Международный журнал систематической бактериологии . 47 (1): 202–6. DOI : 10.1099 / 00207713-47-1-202 . PMID 8995823 .
- Ченг, Кун; Жун, Сяоин; Пинто-Томас, Адриан А .; Фернандес-Вильялобос, Марсела; Мурильо-Крус, Каталина; Хуанг, Ин (2015). «Популяционный генетический анализ Streptomyces albidoflavus выявляет барьеры среды обитания для гомологической рекомбинации при диверсификации стрептомицетов» . Прикладная и экологическая микробиология . 81 (3): 966–75. DOI : 10,1128 / AEM.02925-14 . PMC 4292468 . PMID 25416769 .
- Скиннер, Ф.А. (1953). «Ингибирование Fusarium culmorum Streptomyces albidoflavus». Природа . 172 (4391): 1191. Bibcode : 1953Natur.172.1191S . DOI : 10.1038 / 1721191a0 . PMID 13111286 . S2CID 4195458 .
- В. Эштон Актон (2013). Достижения в исследованиях и применении Streptomycetaceae: издание 2013 г .: ScholarlyBrief . Научные издания. ISBN 978-1-4816-7198-9.
Внешние ссылки
- Типовой штамм Streptomyces albidoflavus в Bac Dive - база метаданных по бактериальному разнообразию