Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Архив изображений рака ( TCIA ) - это база данных медицинских изображений с открытым доступом для исследований рака . Сайт финансируется Программой визуализации рака Национального института рака (NCI), а контракт управляется Медицинским университетом Арканзаса . Данные в архиве организованы в коллекции, которые обычно имеют общий тип рака и / или анатомическую локализацию. Большая часть данных состоит из изображений КТ , МРТ и ядерной медицины (например, ПЭТ ), хранящихся в DICOM.формат, но также предоставлены или связаны многие другие типы вспомогательных данных, чтобы повысить полезность исследования. [1] Все данные обезличенные в целях соблюдения в страховании портативности здравоохранения и Закон об ответственности и Национальных институтах здравоохранения политики обмена данных.

Ресурсы TCIA предназначены для поддержки:

  • Разработка методов компьютерной диагностики (количественная визуализация)
  • Оценка объективной воспроизводимости научных данных с помощью приемлемых стандартных статистических методов.
  • Исследование корреляции клинико-диагностических медицинских изображений с цифровыми микроскопическими гистологическими изображениями
  • Исследовательские исследования биомаркеров, для которых визуализация является ключевым элементом
  • Сотрудничество между междисциплинарными исследователями, когда визуализация имеет решающее значение для исследования неоднородности опухоли между пациентами и внутри опухоли; отслеживание временной реакции тканей - объективные измерения прогрессирования опухоли; визуализация геномики и связи и анализ больших данных (клиническая, гистопатология, геномика) [2]

TCIA признан рекомендуемым хранилищем для Nature Scientific Data, PLOS One, [3] и F1000Research. [4] Он также внесен в Реестр хранилищ исследовательских данных . [5]

История [ править ]

До создания TCIA NCI финансировал разработку Национального архива биомедицинских изображений . NBIA - это веб-приложение с открытым исходным кодом, которое было разработано для хранения и запроса изображений DICOM. Впоследствии в декабре 2010 года был инициирован TCIA для расширения деятельности по обмену данными путем финансирования компонента услуг, который поможет решить технические и политические проблемы, связанные с исследованиями в области медицинской визуализации. TCIA использует инструменты с открытым исходным кодом, такие как NBIA и Clinical Trials Processor, для предоставления своих услуг. [6] [7]

Организация архива [ править ]

Контент сайта разделен на пять категорий: [8]

  • О нас - предоставляет общий обзор сайта и организаций, ответственных за его работу.
  • Поделитесь своими данными - предоставляет обзор того, как подать заявку на загрузку данных в архив.
  • Доступ к архиву - предоставляет информацию о доступных данных, методах доступа к этим данным и метриках использования системы.
  • Исследовательская деятельность - предоставляет информацию об основных исследовательских инициативах, проводимых с использованием данных TCIA, а также информацию о правилах публикации.
  • Справка - предоставляет информацию о том, как получить поддержку с помощью архива, а также документацию и политики использования данных.

Способы доступа к данным [ править ]

К большинству коллекций в Архиве визуализации рака можно получить доступ без учетной записи, но некоторые из них ограничены определенными пользователями и, следовательно, требуют учетной записи для доступа к ним. [2] TCIA имеет несколько способов просмотра, фильтрации и загрузки данных. Они включают:

  • Массовая загрузка всего содержимого коллекции
  • Использование приложения NBIA для фильтрации или поиска в коллекциях или между ними
  • Использование интерфейса программирования приложений RESTful для фильтрации или поиска в коллекциях или между ними.

Просмотр, массовая загрузка и доступ к вспомогательным данным [ редактировать ]

Домашняя страница включает в себя список всех доступных коллекций. Также предоставляется основная информация о данных, таких как тип рака, местонахождение рака, способы и количество субъектов. При нажатии на название коллекции открывается страница, на которой описаны данные, включая их первоначальную цель исследования, как данные были созданы и как они могут быть полезны для других пользователей TCIA. Например, doi : 10.7937 / K9 / TCIA.2015.L4FRET6Z описывает коллекцию NSCLC-Radiomics-Genomics. В нижней части страницы есть ссылки для поиска или загрузки изображений и любых доступных вспомогательных данных на вкладке «Доступ к данным». Дополнительные вкладки предоставляют информацию о версиях данных и о том, как цитировать данные, если они используются в публикациях.

Многие коллекции содержат дополнительные типы данных, такие как геномика, демографические данные пациентов, сведения о лечении и экспертный анализ изображений. Эти данные обычно можно найти только при просмотре страниц коллекции, а не при поиске в NBIA или с помощью API.

Фильтрация или поиск с помощью NBIA [ править ]

На каждой странице Коллекции, а также в главном меню сайта есть ссылки на «Поиск по TCIA». Это загрузит приложение NBIA, которое позволяет выполнять простой, расширенный и бесплатный поиск текста. Результаты поиска соответствуют стандартной иерархии DICOM: пациент -> исследование -> серия. TCIA предоставляет исчерпывающую документацию по различным функциям программного обеспечения NBIA. [9]

RESTful API [ править ]

Через API также доступен ряд команд поиска и загрузки. Новые итерации API выпускаются как новые версии, так что существующие приложения, разработанные для более старых версий API, продолжают работать. [10]

Исследовательская деятельность [ править ]

Список известных публикаций, основанный на данных TCIA, поддерживается для удобства исследователей, которые могут захотеть изучить, как он использовался ранее. [11] В дополнение к рецензируемым публикациям есть также несколько крупных исследовательских инициатив, описанных в разделе «Исследовательская деятельность» на сайте.

Радиологическая инициатива CIP TCGA по радиогеномическим исследованиям [ править ]

Большое количество коллекций содержит предметы, которые были проанализированы как часть базы данных NIH / NHGRI, известной как Атлас генома рака (TCGA). Это дает исследователям возможность сопоставлять клинические изображения с использованием общих уникальных идентификаторов для каждого исследования, имеющего в TCGA обширный геномный анализ, цифровые слайды патологии и массовую загрузку индивидуальных демографических данных и клинических данных. Многопрофильная сеть исследователей, добровольно проводящих свое время, использует данные для разработки методов определения прогноза или предсказания реакции на терапию. [12] Коллекции TCGA обозначаются по номенклатуре, совместно используемой порталом данных TCGA [13](например: TCGA-BRCA, TCGA-GBM и т. д.). На них распространяется особая политика публикации, которая отличается от других общедоступных данных на TCIA. [14]

Вызов соревнования [ править ]

TCIA также предоставляет специальные наборы данных, используемые для соревнований Challenge, таких как международные профессиональные сообщества, ориентированные на цифровые изображения, такие как MICCAI, SPIE или ISBI. На сайте поддерживается каталог предыдущих и предстоящих задач. [15]

Идентификаторы цифровых объектов [ править ]

Чтобы облегчить обмен данными, многие публикации призывают авторов включать ссылки на данные, которые авторы использовали при создании результатов, описанных в их научных статьях. Кроме того, теперь доступны новые журналы для непосредственного описания коллекций данных (например, Nature Scientific Data ). TCIA присваивает идентификаторы цифровых объектов (DOI) всем коллекциям при их отправке, а также имеет возможность создавать постоянные идентификаторы, связанные с подмножествами данных, хранящихся в TCIA, которые авторы могут использовать для цитирования данных в своих научных статьях. [16]

Внешние ссылки [ править ]

  • Архив изображений рака

Ссылки [ править ]

  1. ^ Вендт, Кларк (июнь 2013 г.). «Архив визуализации рака (TCIA): поддержание и управление хранилищем общедоступной информации» . Журнал цифровой обработки изображений . 26 (6): 1045–57. DOI : 10.1007 / s10278-013-9622-7 . PMC  3824915 . PMID  23884657 .
  2. ^ a b «Об архиве изображений рака (TCIA) - Архив изображений рака (TCIA)» . Архив изображений рака (TCIA) . Проверено 24 марта 2016 .
  3. ^ «PLOS ONE: ускорение публикации рецензируемых научных данных» . journals.plos.org . Проверено 11 июня 2016 .
  4. ^ "Рекомендации по данным - F1000Research" . f1000research.com . Проверено 11 июня 2016 .
  5. ^ "Архив изображений рака | re3data.org" . service.re3data.org . Проверено 11 июня 2016 .
  6. ^ Кларк, Кеннет; Вендт, Брюс; Смит, Кирк; Фрейманн, Джон; Кирби, Джастин; Коппель, Пол; Мур, Стивен; Филлипс, Стэнли; Маффитт, Дэвид (25 июля 2013 г.). «Архив визуализации рака (TCIA): поддержание и управление хранилищем общедоступной информации» . Журнал цифровой обработки изображений . 26 (6): 1045–1057. DOI : 10.1007 / s10278-013-9622-7 . ISSN 0897-1889 . PMC 3824915 . PMID 23884657 .   
  7. ^ "Архив изображений рака" . Программа визуализации рака - Национальный институт рака . Проверено 24 марта 2016 .
  8. ^ «Архив изображений рака (TCIA) - растущий архив медицинских изображений рака» . Архив изображений рака (TCIA) . Проверено 24 марта 2016 .
  9. ^ "Руководство пользователя архива визуализации рака - Онлайн-справка TCIA - Wiki архива визуализации рака" . wiki.cancerimagingarchive.net . Проверено 24 марта 2016 .
  10. ^ "Руководство по использованию программного интерфейса TCIA (REST API) - Открытый доступ к архиву изображений рака (TCIA) - Wiki архива изображений рака" . wiki.cancerimagingarchive.net . Проверено 24 марта 2016 .
  11. ^ «Публикации - Открытый доступ к Архиву визуализации рака (TCIA) - Вики-сайт архива визуализации рака» . wiki.cancerimagingarchive.net . Проверено 24 марта 2016 .
  12. ^ "Радиологическая инициатива CIP TCGA - Открытый доступ к архиву изображений рака (TCIA) - Wiki архива изображений рака" . wiki.cancerimagingarchive.net . Проверено 24 марта 2016 .
  13. ^ Портал данных TCGA
  14. ^ «Политика использования данных и ограничения - Открытый доступ к Архиву визуализации рака (TCIA) - Вики-сайт архива визуализации рака» . wiki.cancerimagingarchive.net . Проверено 24 марта 2016 .
  15. ^ «Соревнования по вызову - Открытый доступ к Архиву визуализации рака (TCIA) - Вики-сайт архива визуализации рака» . wiki.cancerimagingarchive.net . Проверено 24 марта 2016 .
  16. ^ "Идентификаторы цифровых объектов TCIA - DOI TCIA - Wiki архива изображений рака" . wiki.cancerimagingarchive.net . Проверено 24 марта 2016 .