По традиции, начавшейся с периода правления великого князя Василия III, духовником главы российского государства являлся настоятель (протопоп) Благовещенского собора Московского Кремля.
Царские духовники участвовали во всех важнейших событиях в жизни монарха и его семьи: венчании на царство, наречении имени и крещении царских детей, погребении. До середины XVI века царский духовник участвовал в заседаниях боярской думы. Царские духовники получали особое содержание, которое состояло из денежного жалования «на подённый корм и на милостыню нищим, неокладных дач товарами и деньгами, а также подарков деньгами и ценными вещами от царской семьи». Духовникам также жаловались земельные владения (например, духовник царя Алексея Михайловича Стефан Вонифатьев имел в собственности 22 двора с 43 душами мужского пола, а духовник императрицы Елизаветы Петровны Фёдор Дубянский владел 8000 крестьян).
После реформ Петра I духовник протопоп Феофан Феофилактович получил сан протопресвитера (его с этого времени носили все императорские духовники), а с переносом столицы духовники покинули Москву и, сохранив должность настоятеля Благовещенского собора, стали в Санкт-Петербурге протопресвитерами Петропавловского собора. С 1774 года императорский духовник был членом Святейшего Синода.
Традиция что настоятель Благовещенского собора занимал должность царского духовника прекратилась в 1910 году со смертью протопресвитера Иоанна Янышева. Последним царским духовником в Российской империи был протоиерей Александр Петрович Васильев, пресвитер Большой церкви Зимнего дворца.