A1CF

Доступные конструкции

Ортолог поиск: PDBe RCSB

Список идентификационных кодов PDB
2CPD

Идентификаторы

Псевдонимы

A1CF , ACF, ACF64, ACF65, APOBEC1CF, ASP, фактор комплементации APOBEC1

Внешние идентификаторы

OMIM : 618199 MGI : 1917115 HomoloGene : 16363 GeneCards : A1CF

Расположение гена ( человек )

Chr.	Хромосома 10 (человека) ^[1]

Группа	10q11.23	Начинать	50 799 409 п.н. ^[1]
Группа	10q11.23	Конец	50 885 675 п.н. ^[1]

Расположение гена ( Мышь )

Chr.	Хромосома 19 (мышь) ^[2]

Группа	19 \| 19 C1	Начинать	31 868 764 п.н. ^[2]
Группа	19 \| 19 C1	Конец	31 948 995 п.н. ^[2]

Паттерн экспрессии РНК

Дополнительные данные эталонного выражения

Генная онтология
Молекулярная функция	• нуклеиновой кислоты связывания • двухцепочечную РНК связывания • GO: связывание белка 0001948 • связывание одноцепочечной РНК • связывание РНК • связывание мРНК
Сотовый компонент	• цитоплазма • ферментный комплекс, редактирующий мРНК аполипопротеина B • эндоплазматический ретикулум • ядро клетки • нуклеоплазма
Биологический процесс	• процессинг мРНК • стабилизация белка • изменение цитидина в уридин • модификация мРНК • локализация мРНК, приводящая к посттранскрипционной регуляции экспрессии генов
Источники: Amigo / QuickGO

Ортологи

Разновидность

Человек

Мышь

Entrez


29974


69865

Ансамбль


ENSG00000148584


ENSMUSG00000052595

UniProt


Q9NQ94


Q5YD48

RefSeq (мРНК)

NM_001198818 NM_001198819 NM_001198820 NM_014576 NM_138932
NM_138933 NM_001370130 NM_001370131


NM_001081074 NM_001365078

RefSeq (белок)

NP_001185747 NP_001185748 NP_001185749 NP_055391 NP_620310
NP_620311 NP_001357059 NP_001357060


NP_001074543 NP_001352007

Расположение (UCSC)

Chr 10: 50,8 - 50,89 Мб

Chr 19: 31,87 - 31,95 Мб

PubMed поиск

^[3]

^[4]

Викиданные

Просмотр / редактирование человека

Просмотр / редактирование мыши

Apobec1 фактором комплементации является белком , который в организме человека кодируется A1CF гена . ^[5]^[6]^[7]

Джин [ править ]

В этом локусе происходит альтернативный сплайсинг, и были описаны три варианта полноразмерных транскриптов, кодирующих три разные изоформы. Наблюдалось дополнительное сращивание, но полноразмерная природа этих вариантов не была определена. ^[7]

Функция [ править ]

Млекопитающих аполипопротеина В мРНК подвергается сайт-специфический С до U дезаминирования , которое опосредовано многокомпонентной ферментного комплекса , содержащего минимальное ядро , состоящий из Apobec1 и фактор комплементации , кодируемого этим геном. ^[8] Продукт гена имеет три неидентичных мотива распознавания РНК и принадлежит к семейству РНК-связывающих белков hnRNP R. Было высказано предположение, что этот фактор комплементации функционирует как РНК-связывающая субъединица и присоединяет APOBEC1 для дезаминирования цитидина, расположенного выше по течению . Исследования показывают, что белок также может участвовать в других событиях редактирования РНК или процессинга РНК. ^[7]

Его удаление приводит к летальному исходу у мышей. ^[9]

Взаимодействия [ править ]

Было показано, что A1CF взаимодействует с APOBEC1 , ^[10]^[11] CUGBP2 , ^[12] и SYNCRIP . ^[13]^[10]

Ссылки [ править ]

^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000148584 - Ensembl , май 2017 г.
^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000052595 - Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Танец GS, Соуден MP, Cartegni L, Cooper E, Krainer AR, Smith HC (апрель 2002). «Два белка, необходимые для редактирования мРНК аполипопротеина B, экспрессируются из одного гена посредством альтернативного сплайсинга» . J. Biol. Chem . 277 (15): 12703–9. DOI : 10.1074 / jbc.M111337200 . PMID 11815617 .
Перейти ↑ Chester A, Scott J, Anant S, Navaratnam N (декабрь 2000 г.). «Редактирование РНК: преобразование цитидина в уридин в мРНК аполипопротеина B». Биохим. Биофиз. Acta . 1494 (1–2): 1–13. DOI : 10.1016 / S0167-4781 (00) 00219-0 . PMID 11072063 .
^ a b c «Ген Entrez: фактор комплементации A1CF APOBEC1» .
^ Хендерсон JO, Блан В, Дэвидсон НЕТ (ноябрь 2001 г.). «Выделение, характеристика и регуляция развития человеческого фактора комплементации апобек-1 (ACF)». Биохим. Биофиз. Acta . 1522 (1): 22–30. DOI : 10.1016 / S0167-4781 (01) 00295-0 . PMID 11718896 .
Перейти ↑ Blanc V, Henderson JO, Newberry EP, Kennedy S, Luo J, Davidson NO (август 2005). «Нацеленная делеция гена мышиного фактора комплементации апобек-1 (acf) приводит к эмбриональной летальности» . Мол. Клетка. Биол . 25 (16): 7260–9. DOI : 10.1128 / MCB.25.16.7260-7269.2005 . PMC 1190267 . PMID 16055734 .
^ a b Blanc V, Navaratnam N, Henderson JO, Anant S, Kennedy S, Jarmuz A, Scott J, Davidson NO (март 2001 г.). «Идентификация GRY-RBP как аполипопротеина B РНК-связывающего белка, который взаимодействует как с апобек-1, так и с апобек-1 фактором комплементации, чтобы модулировать редактирование C в U» . J. Biol. Chem . 276 (13): 10272–83. DOI : 10.1074 / jbc.M006435200 . PMID 11134005 .
^ Мехта A, Kinter MT, Шерман NE, Дрисколл DM (март 2000). «Молекулярное клонирование фактора комплементации апобек-1, нового РНК-связывающего белка, участвующего в редактировании мРНК аполипопротеина B» . Мол. Клетка. Биол . 20 (5): 1846–54. DOI : 10.1128 / MCB.20.5.1846-1854.2000 . PMC 85365 . PMID 10669759 .
^ Анант S, Хендерсон JO, Mukhopadhyay D, Navaratnam N, S Кеннеди, Мин Дж, Дэвидсон НЕТ (декабрь 2001 г.). «Новая роль РНК-связывающего белка CUGBP2 в редактировании РНК млекопитающих. CUGBP2 модулирует редактирование C в U мРНК аполипопротеина B посредством взаимодействия с апобек-1 и ACF, фактором комплементации апобек-1» . J. Biol. Chem . 276 (50): 47338–51. DOI : 10.1074 / jbc.M104911200 . PMID 11577082 .
Перейти ↑ Lau PP, Chang BH, Chan L (апрель 2001 г.). «Двухгибридное клонирование идентифицирует РНК-связывающий белок, GRY-RBP, как компонент эдитосомы апобек-1». Биохим. Биофиз. Res. Commun . 282 (4): 977–83. DOI : 10.1006 / bbrc.2001.4679 . PMID 11352648 .

Внешние ссылки [ править ]

Расположение генома человека A1CF и страница сведений о гене A1CF в браузере генома UCSC .

Дальнейшее чтение [ править ]

Мехта А., Кинтер М.Т., Шерман Н.Е., Дрисколл Д.М. (2000). «Молекулярное клонирование фактора комплементации апобек-1, нового РНК-связывающего белка, участвующего в редактировании мРНК аполипопротеина B» . Мол. Клетка. Биол . 20 (5): 1846–54. DOI : 10.1128 / MCB.20.5.1846-1854.2000 . PMC 85365 . PMID 10669759 .
Леллек Х., Кирстен Р., Диль И., Апостель Ф, Бак Ф, Грив Дж. (2000). «Очистка и молекулярное клонирование нового важного компонента ферментного комплекса редактирования мРНК аполипопротеина B» . J. Biol. Chem . 275 (26): 19848–56. DOI : 10.1074 / jbc.M001786200 . PMID 10781591 .
Ян И, член парламента Соудена, Смит ХК (2000). «Индукция цитидина к редактированию уридина на цитоплазматической мРНК аполипопротеина B путем сверхэкспрессии APOBEC-1» . J. Biol. Chem . 275 (30): 22663–9. DOI : 10.1074 / jbc.M910406199 . PMID 10833526 .
Блан В., Наваратнам Н., Хендерсон Дж. О., Анант С., Кеннеди С., Джармуз А., Скотт Дж., Дэвидсон Н. О. (2001). «Идентификация GRY-RBP как аполипопротеина B РНК-связывающего белка, который взаимодействует как с апобек-1, так и с апобек-1 фактором комплементации, чтобы модулировать редактирование C в U» . J. Biol. Chem . 276 (13): 10272–83. DOI : 10.1074 / jbc.M006435200 . PMID 11134005 .
Харрингтон Дж. Дж., Шерф Б., Рандлетт С., Джексон П. Д., Перри Р., Каин С., Левенталь К., Торнтон М., Рамачандран Р., Уиттингтон Дж., Лернер Л., Костанцо Д., Макэллиготт К., Бузер С., Мэйс Р., Смит Е., Велозо Н. , Klika A, Hess J, Cothren K, Lo K, Offenbacher J, Danzig J, Ducar M (2001). «Создание полногеномных библиотек экспрессии белков с использованием случайной активации экспрессии генов». Nat. Biotechnol . 19 (5): 440–5. DOI : 10.1038 / 88107 . PMID 11329013 . S2CID 25064683 .
Лау П.П., Чанг Б.Х., Чан Л. (2001). «Двухгибридное клонирование идентифицирует РНК-связывающий белок, GRY-RBP, как компонент эдитосомы апобек-1». Биохим. Биофиз. Res. Commun . 282 (4): 977–83. DOI : 10.1006 / bbrc.2001.4679 . PMID 11352648 .
Блан В., Хендерсон Дж.О., Кеннеди С., Дэвидсон Н.О. (2001). «Мутагенез фактора комплементации апобек-1 выявляет отдельные домены, которые модулируют связывание РНК, белок-белковое взаимодействие с апобек-1 и комплементацию C-U-редактирующей активности РНК» . J. Biol. Chem . 276 (49): 46386–93. DOI : 10.1074 / jbc.M107654200 . PMID 11571303 .
Анант С., Хендерсон Дж.О., Мукхопадхьяй Д., Наваратнам Н., Кеннеди С., Мин Дж., Дэвидсон Н.О. (2001). «Новая роль РНК-связывающего белка CUGBP2 в редактировании РНК млекопитающих. CUGBP2 модулирует редактирование C в U мРНК аполипопротеина B путем взаимодействия с апобек-1 и ACF, фактором комплементации апобек-1» . J. Biol. Chem . 276 (50): 47338–51. DOI : 10.1074 / jbc.M104911200 . PMID 11577082 .
Хендерсон Дж.О., Блан В., Дэвидсон Н.О. (2001). «Выделение, характеристика и регуляция развития человеческого гена фактора комплементации апобек-1 (ACF)». Биохим. Биофиз. Acta . 1522 (1): 22–30. DOI : 10.1016 / S0167-4781 (01) 00295-0 . PMID 11718896 .
Xu XR, Huang J, Xu ZG, Qian BZ, Zhu ZD, Yan Q, Cai T, Zhang X, Xiao HS, Qu J, Liu F, Huang QH, Cheng ZH, Li NG, Du JJ, Hu W, Shen KT , Лу Г, Фу Г, Чжун М., Сюй Ш, Гу Вай, Хуанг В, Чжао XT, Ху ГХ, Гу Дж. Р., Чен З, Хан Ц. Г. (2001). «Понимание гепатоцеллюлярного канцерогенеза на уровне транскриптома путем сравнения профилей экспрессии генов гепатоцеллюлярной карциномы с профилями соответствующей доброкачественной печени» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 98 (26): 15089–94. Bibcode : 2001PNAS ... 9815089X . DOI : 10.1073 / pnas.241522398 . PMC 64988 . PMID 11752456 .
Мехта А., Дрисколл Д.М. (2002). «Идентификация доменов в факторе комплементации апобек-1, необходимых для связывания РНК и редактирования мРНК аполипопротеина-В» . РНК . 8 (1): 69–82. DOI : 10.1017 / S1355838202015649 . PMC 1370230 . PMID 11871661 .
Честер А., Сомасекарам А., Цимина М., Джармуз А., Гисборн Дж., О'Киф Р., Скотт Дж., Наваратнам Н. (2003). «Комплекс редактирования мРНК аполипопротеина B выполняет многофункциональный цикл и подавляет нонсенс-опосредованный распад» . EMBO J . 22 (15): 3971–82. DOI : 10,1093 / emboj / cdg369 . PMC 169042 . PMID 12881431 .
Блан V, Кеннеди S, Дэвидсон NO (2003). «Новый сигнал ядерной локализации во вспомогательном домене фактора комплементации апобек-1 регулирует ядерно-цитоплазматический импорт и перемещение» . J. Biol. Chem . 278 (42): 41198–204. DOI : 10.1074 / jbc.M302951200 . PMID 12896982 .
Се К., член парламента Соудена, Dance GS, Torelli AT, Smith HC, Wedekind JE (2004). «Структура дрожжевой РНК-редактирующей дезаминазы дает представление о укладке и функции вызываемой активацией дезаминазы и APOBEC-1» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 101 (21): 8114–9. Bibcode : 2004PNAS..101.8114X . DOI : 10.1073 / pnas.0400493101 . PMC 419566 . PMID 15148397 .

Эта статья о гене на хромосоме 10 человека - незавершенная . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000148584 - Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000052595 - Ensembl , май 2017 г.

[3] "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid11815617-5] Танец GS, Соуден MP, Cartegni L, Cooper E, Krainer AR, Smith HC (апрель 2002). «Два белка, необходимые для редактирования мРНК аполипопротеина B, экспрессируются из одного гена посредством альтернативного сплайсинга» . J. Biol. Chem . 277 (15): 12703–9. DOI : 10.1074 / jbc.M111337200 . PMID 11815617 .

[pmid11072063-6] Перейти ↑ Chester A, Scott J, Anant S, Navaratnam N (декабрь 2000 г.). «Редактирование РНК: преобразование цитидина в уридин в мРНК аполипопротеина B». Биохим. Биофиз. Acta . 1494 (1–2): 1–13. DOI : 10.1016 / S0167-4781 (00) 00219-0 . PMID 11072063 .

[entrez-7] «Ген Entrez: фактор комплементации A1CF APOBEC1» .

[pmid11718896-8] Хендерсон JO, Блан В, Дэвидсон НЕТ (ноябрь 2001 г.). «Выделение, характеристика и регуляция развития человеческого фактора комплементации апобек-1 (ACF)». Биохим. Биофиз. Acta . 1522 (1): 22–30. DOI : 10.1016 / S0167-4781 (01) 00295-0 . PMID 11718896 .

[pmid16055734-9] Перейти ↑ Blanc V, Henderson JO, Newberry EP, Kennedy S, Luo J, Davidson NO (август 2005). «Нацеленная делеция гена мышиного фактора комплементации апобек-1 (acf) приводит к эмбриональной летальности» . Мол. Клетка. Биол . 25 (16): 7260–9. DOI : 10.1128 / MCB.25.16.7260-7269.2005 . PMC 1190267 . PMID 16055734 .

[pmid11134005-10] Blanc V, Navaratnam N, Henderson JO, Anant S, Kennedy S, Jarmuz A, Scott J, Davidson NO (март 2001 г.). «Идентификация GRY-RBP как аполипопротеина B РНК-связывающего белка, который взаимодействует как с апобек-1, так и с апобек-1 фактором комплементации, чтобы модулировать редактирование C в U» . J. Biol. Chem . 276 (13): 10272–83. DOI : 10.1074 / jbc.M006435200 . PMID 11134005 .

[pmid10669759-11] Мехта A, Kinter MT, Шерман NE, Дрисколл DM (март 2000). «Молекулярное клонирование фактора комплементации апобек-1, нового РНК-связывающего белка, участвующего в редактировании мРНК аполипопротеина B» . Мол. Клетка. Биол . 20 (5): 1846–54. DOI : 10.1128 / MCB.20.5.1846-1854.2000 . PMC 85365 . PMID 10669759 .

[pmid11577082-12] Анант S, Хендерсон JO, Mukhopadhyay D, Navaratnam N, S Кеннеди, Мин Дж, Дэвидсон НЕТ (декабрь 2001 г.). «Новая роль РНК-связывающего белка CUGBP2 в редактировании РНК млекопитающих. CUGBP2 модулирует редактирование C в U мРНК аполипопротеина B посредством взаимодействия с апобек-1 и ACF, фактором комплементации апобек-1» . J. Biol. Chem . 276 (50): 47338–51. DOI : 10.1074 / jbc.M104911200 . PMID 11577082 .

[pmid11352648-13] Перейти ↑ Lau PP, Chang BH, Chan L (апрель 2001 г.). «Двухгибридное клонирование идентифицирует РНК-связывающий белок, GRY-RBP, как компонент эдитосомы апобек-1». Биохим. Биофиз. Res. Commun . 282 (4): 977–83. DOI : 10.1006 / bbrc.2001.4679 . PMID 11352648 .

[1]