Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
AMT
AMT-Aminomethiltransferase.jpg
Доступные конструкции
PDBОртолог поиск: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB

1WSR , 1WSV

Идентификаторы
ПсевдонимыАМТ , аминометилтрансфераза, GCE, GCST, GCVT, NKH
Внешние идентификаторыOMIM : 238310 MGI : 3646700 HomoloGene : 409 GeneCard : AMT
Расположение гена ( человек )
Хромосома 3 (человек)
Chr.Хромосома 3 (человек) [1]
Хромосома 3 (человек)
Геномное местоположение для AMT
Геномное местоположение для AMT
Группа3п21.31Начинать49 416 778 п.н. [1]
Конец49 422 685 п.н. [1]
Расположение гена ( Мышь )
Хромосома 9 (мышь)
Chr.Хромосома 9 (мышь) [2]
Хромосома 9 (мышь)
Геномное местоположение для AMT
Геномное местоположение для AMT
Группа9 | 9 F1Начинать108 296 853 п.н. [2]
Конец108 302 302 п.н. [2]
Генная онтология
Молекулярная функция• трансферазы
• активности трансаминазы
• aminomethyltransferase деятельности
Сотовый компонент• митохондриальный матрикс
• нуклеоплазма
• митохондрия
Биологический процесс• метилирование
• катаболический процесс глицина
• декарбоксилирование глицина через систему расщепления глицина
Источники: Amigo / QuickGO
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

275

434437

Ансамбль

ENSG00000145020

ENSMUSG00000032607

UniProt

P48728

Q8CFA2

RefSeq (мРНК)

NM_000481
NM_001164710
NM_001164711
NM_001164712

NM_001013814

RefSeq (белок)

NP_000472
NP_001158182
NP_001158183
NP_001158184

NP_001013836

Расположение (UCSC)Chr 3: 49.42 - 49.42 МбChr 9: 108,3 - 108,3 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши
Аминометилтрансфераза
Идентификаторы
ЕС нет.2.1.2.10
№ CAS37257-08-2
Базы данных
IntEnzПросмотр IntEnz
BRENDABRENDA запись
ExPASyПросмотр NiceZyme
КЕГГЗапись в KEGG
MetaCycметаболический путь
ПРИАМпрофиль
Структуры PDB RCSB PDB PDBe PDBsum
Генная онтологияAmigo / QuickGO
Поиск
ЧВКстатьи
PubMedстатьи
NCBIбелки
Аминометилтрансфераза
Кристаллографическая структура AMT человека. [5]
Идентификаторы
СимволAMT
Ген NCBI275
HGNCAMT 473 AMT
OMIM238310
PDB1WSR
RefSeqNM_000481
UniProtP48728
Прочие данные
Номер ЕС2.1.2.10
LocusChr. 3 п.21.2-21.1
Искать
СтруктурыШвейцарская модель
ДоменыИнтерПро

Аминометилтрансфераза - это фермент, катаболизирующий образование метилентетрагидрофолата . Он является частью комплекса глициндекарбоксилазы .

Структура [ править ]

Ген имеет длину около 6 т.п.н. и состоит из девяти экзонов . В 5'-фланкирующей области гена отсутствует типичная последовательность TATAA, но имеется единственный определенный сайт инициации транскрипции, обнаруживаемый методом удлинения праймера. Присутствуют два предполагаемых элемента, чувствительных к глюкокортикоидам, и элемент, предположительно чувствительный к гормонам щитовидной железы. Ген AMT был локализован в 3p21.2-p21.1 с помощью флуоресцентной гибридизации in situ. [6] Открытая рамка считывания из 1209 пар оснований кодирует 403 аминокислоты белка-предшественника, и расчетная аминокислотная последовательность зрелого пептида демонстрирует 90 и 68% гомологию с аналогами коров и кур соответственно. [7]

Белок, кодируемый этим геном, имеет кристаллическую структуру с разрешением 2 ангстрем . Самая последняя модель содержит два мономера, связанных некристаллографической осью 2-го порядка, 1176 молекул воды и 11 молекул сульфат-ионов в асимметричной единице. Наблюдается несколько димерных взаимодействий между остатками на N-концевой петле, на α-спирали D и на флангах с обеих сторон β-цепи 8 двух мономеров. [8]

Функция [ править ]

Белок, кодируемый AMT, катализирует высвобождение аммиака и перенос метиленовой углеродной единицы на тетрагидрофолатную составляющую. Промежуточный аминометил является продуктом декарбоксилирования глицина, катализируемого Р-белком. В обратной реакции Т-белок катализирует образование связанного с Н-белком промежуточного аминометиллипоата из 5,10-СН2-Н4фолата, аммиака и восстановленного Н-белка через упорядоченный механизм Ter Bi, в котором восстановленный Н-белок является первым связывающимся субстратом, за которым следуют 5,10-CH2-H4фолат и аммиак. [9] [10]

Клиническое значение [ править ]

Мутации в гене AMT связаны с глициновой энцефалопатией , также известной как некетотическая гиперглицинемия (NKH), которая является врожденной ошибкой метаболизма глицина, определяемой недостаточной активностью фермента расщепления глицина и, как следствие, накоплением больших количеств глицина в все ткани тела, включая мозг. Большинство случаев глициновой энцефалопатии проявляется в неонатальном периоде (85% как неонатальная тяжелая форма и 15% как неонатальная аттенуированная форма). Из тех, кто поступает в младенческом возрасте, 50% имеют младенческую аттенуированную форму и 50% - инфантильную тяжелую форму. В целом, 20% всех детей, поступающих как новорожденные, так и младенцы, имеют менее тяжелый исход, определяемый как коэффициент развития выше 20. У меньшинства пациентов есть легкие или атипичные формы глициновой энцефалопатии.[11] Неонатальная форма проявляется в первые часы или дни жизни прогрессирующей летаргией, гипотонией и миоклоническими подергиваниями, ведущими к апноэ и часто к смерти. Выжившие младенцы имеют глубокую умственную отсталость и трудноизлечимые судороги. Инфантильная форма характеризуется гипотонией, задержкой развития и судорогами. Атипичные формы варьируются от более легких заболеваний с началом от позднего младенчества до зрелого возраста до быстро прогрессирующих и тяжелых заболеваний с поздним началом. Глициновую энцефалопатию подозревают у лиц с повышенной концентрацией глицина в крови и спинномозговой жидкости. Увеличение концентрации глицина в спинномозговой жидкости вместе с повышенным соотношением глицина в спинномозговой жидкости и плазме позволяет предположить диагноз. [12] [13]Ферментативное подтверждение диагноза основывается на измерении активности фермента системы расщепления глицина (ГКС) в печени, полученном с помощью открытой биопсии или вскрытия. [14] [15] У большинства пораженных людей активность ферментов не обнаруживается. Три гена, в которых биаллельные мутации, как известно, вызывают глициновую энцефалопатию: GLDC (кодирующий Р-белковый компонент комплекса GCS и составляющий 70-75% случаев заболевания), AMT (составляющий ~ 20% случаев заболевания), и GCSH (кодирующий H-белковый компонент комплекса GCS и составляющий <1% случаев заболевания). Около 5% людей с подтвержденной ферментативной глициновой энцефалопатией не имеют мутации ни в одном из этих трех генов и имеют вариантную форму глициновой энцефалопатии. [16][17] [18]

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000145020 - Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ a b c GRCm38: Версия Ensembl 89: ENSMUSG00000032607 - Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ PDB : 1WSR ; Окамура-Икеда К., Хосака Х., Йошимура М., Ямасита Э, Тома С., Накагава А., Фудзивара К., Мотокава И., Танигучи Х. (сентябрь 2005 г.). «Кристаллическая структура человеческого Т-белка системы расщепления глицина при разрешении 2,0 А и ее значение для понимания некетотической гиперглицинемии». Журнал молекулярной биологии . 351 (5): 1146–59. DOI : 10.1016 / j.jmb.2005.06.056 . PMID 16051266 . 
  6. ^ Nanao, K; Такада, G; Такахаши, E; Секи, N; Komatsu, Y; Окамура-Икеда, К; Мотокава, Y; Хаясака, К. (1 января 1994 г.). «Структура и хромосомная локализация гена аминометилтрансферазы (АМТ)». Геномика . 19 (1): 27–30. DOI : 10.1006 / geno.1994.1007 . PMID 8188235 . 
  7. ^ Хаясака, K; Nanao, K; Такада, G; Окамура-Икеда, К; Мотокава, Y (30 апреля 1993 г.). «Выделение и определение последовательности кДНК, кодирующей человеческий Т-белок системы расщепления глицином». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях . 192 (2): 766–71. DOI : 10.1006 / bbrc.1993.1480 . PMID 7916605 . 
  8. ^ Окамура-Икеда, К; Хосака, Н; Йошимура, М; Ямасита, Э; Тома, S; Накагава, А; Fujiwara, K; Мотокава, Y; Танигучи, Х (2 сентября 2005 г.). «Кристаллическая структура человеческого Т-белка системы расщепления глицина при разрешении 2,0 А и ее значение для понимания некетотической гиперглицинемии». Журнал молекулярной биологии . 351 (5): 1146–59. DOI : 10.1016 / j.jmb.2005.06.056 . PMID 16051266 . 
  9. ^ Fujiwara, K; Окамура-Икеда, К; Мотокава, Y (10 сентября 1984 г.). «Механизм реакции расщепления глицина. Дальнейшая характеристика промежуточного соединения, присоединенного к H-белку, и реакции, катализируемой T-белком». Журнал биологической химии . 259 (17): 10664–8. PMID 6469978 . 
  10. ^ Окамура-Икеда, К; Fujiwara, K; Мотокава, Y (15 мая 1987 г.). «Механизм реакции расщепления глицина. Свойства обратной реакции, катализируемой Т-белком». Журнал биологической химии . 262 (14): 6746–9. PMID 3571285 . 
  11. ^ Aliefendiolu, D; Тана Аслан, Ай; Джошкун, Т; Дурсун, А; Чакмак, ФН; Кесимер, М. (февраль 2003 г.). «Преходящая некетотическая гиперглицинемия: два сообщения о случаях и обзор литературы». Детская неврология . 28 (2): 151–5. DOI : 10.1016 / s0887-8994 (02) 00501-5 . PMID 12699870 . 
  12. ^ Bröer, S; Бейли, CG; Ковальчук, S; Ng, C; Vanslambrouck, JM; Роджерс, H; Оре-Бле, К; Cavanaugh, JA; Bröer, A; Расько, Дж. Э. (декабрь 2008 г.). «Иминоглицинурия и гиперглицинурия являются отдельными фенотипами человека, возникающими в результате сложных мутаций переносчиков пролина и глицина» . Журнал клинических исследований . 118 (12): 3881–92. DOI : 10,1172 / jci36625 . PMC 2579706 . PMID 19033659 .  
  13. ^ Steiner, RD; Sweetser, DA; Рорбо, младший; Dowton, SB; Toone, JR; Эпплгарт, Д.А. (февраль 1996 г.). «Некетотическая гиперглицинемия: атипичные клинико-биохимические проявления». Журнал педиатрии . 128 (2): 243–6. DOI : 10.1016 / s0022-3476 (96) 70399-2 . PMID 8636821 . 
  14. ^ Куре, S; Шинка, Т; Саката, Y; Osamu, N; Такаянаги, М; Тада, К; Мацубара, Й; Нарисава, К. (1998). «Одноосновная делеция (183delC) и миссенс-мутация (D276H) в гене Т-белка из японской семьи с некетотической гиперглицинемией» . Журнал генетики человека . 43 (2): 135–7. DOI : 10.1007 / s100380050055 . PMID 9621520 . 
  15. ^ Куре, S; Mandel, H; Роллан, Миссури; Саката, Y; Шинка, Т; Друган, А; Boneh, A; Тада, К; Мацубара, Й; Нарисава, К. (апрель 1998 г.). «Миссенс-мутация (His42Arg) в гене Т-белка от крупного израильско-арабского родственника с некетотической гиперглицинемией». Генетика человека . 102 (4): 430–4. DOI : 10.1007 / s004390050716 . PMID 9600239 . S2CID 20224399 .  
  16. ^ Куре, S; Корман, SH; Канно, Дж; Нарисава, А; Кубота, М; Такаянаги, Т; Такаянаги, М; Сайто, Т; Мацуи, А; Kamada, F; Аоки, Y; Охура, Т; Мацубара, Y (май 2006 г.). «Экспресс-диагностика глициновой энцефалопатии с помощью дыхательного теста с 13C-глицином». Анналы неврологии . 59 (5): 862–7. DOI : 10.1002 / ana.20853 . PMID 16634033 . S2CID 34980421 .  
  17. ^ Куре, S; Като, К; Динопулос, А; Гейл, К; ДеГроу, Т.Дж.; Christodoulou, J; Бздуч, В; Kalmanchey, R; Фекете, G; Тройовский, А; Plecko, B; Breningstall, G; Тохьяма, Дж; Аоки, Y; Мацубара, Y (апрель 2006 г.). «Комплексный анализ мутаций GLDC, AMT и GCSH при некетотической гиперглицинемии». Мутация человека . 27 (4): 343–52. DOI : 10.1002 / humu.20293 . PMID 16450403 . S2CID 26911122 .  
  18. ^ Toone, JR; Applegarth, DA; Колтер-Маки, МБ; Джеймс, ER (апрель 2001 г.). «Повторяющиеся мутации в Р- и Т-белках комплекса расщепления глицина и новая мутация Т-белка (N145I): стратегия молекулярного исследования пациентов с некетотической гиперглицинемией (NKH)». Молекулярная генетика и метаболизм . 72 (4): 322–5. DOI : 10.1006 / mgme.2001.3158 . PMID 11286506 . 

Внешние ссылки [ править ]

  • аминометилтрансфераза в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)
  • Человек AMT место генома и AMT ген подробно страницу в браузере УСК генома .
  • PDBe-KB предоставляет обзор всей структурной информации, доступной в PDB для человеческой аминометилтрансферазы, митохондриальной