CNOT1

Доступные конструкции

Ортолог поиск: PDBe RCSB

Список идентификационных кодов PDB
4C0D , 4CQO , 4CRV , 4CRW , 4CT4 , 4CT6 , 4CT7 , 4GMJ , 4GML , 4J8S , 5ANR , 5FU6 , 5FU7

Идентификаторы

Псевдонимы

CNOT1 , CDC39, NOT1, NOT1H, AD-005, CCR4-NOT субъединица 1 транскрипционного комплекса, HPE12

Внешние идентификаторы

OMIM: 604917 MGI: 2442402 HomoloGene: 9453 GeneCards: CNOT1

Расположение гена (человек)

Chr.	Хромосома 16 (человека) ^[1]

Группа	16q21	Начинать	58 519 951 п.н. ^[1]
Группа	16q21	Конец	58 629 885 п.н. ^[1]

Расположение гена (Мышь)

Chr.	Хромосома 8 (мышь) ^[2]

Группа	8 \| 8 D1	Начинать	95 719 451 п.н. ^[2]
Группа	8 \| 8 D1	Конец	95 807 464 п.н. ^[2]

Паттерн экспрессии РНК

Дополнительные данные эталонного выражения

Генная онтология
Молекулярная функция	• поли (A) -специфическая рибонуклеазная активность • специфическое связывание белкового домена • связывание с белком GO: 0001948 • связывание с рецептором ретиноевой кислоты • связывание с повторным доменом броненосца • активность молекулярного адаптера GO: 0032947 • связывание с рецептором эстрогена • связывание с РНК
Сотовый компонент	• мембрана • CCR4-NOT комплекс • пероксисомальная мембрана • P-тельце • ядерный комплекс CCR4-NOT • клеточное ядро • внеклеточный • цитоплазма • цитозоль
Биологический процесс	• укорочение поли (A) хвоста мРНК с ядерной транскрипцией • негативная регуляция трансляции • позитивная регуляция укорочения поли (A) хвоста мРНК с ядерной транскрипцией • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • негативная регуляция сигнального пути рецептора ретиноевой кислоты • регуляция Поддержание популяции стволовых клеток • негативная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • позитивная регуляция катаболического процесса мРНК • транскрипция, ДНК-шаблон • развитие многоклеточного организма • позитивная регуляция сборки тела цитоплазматической мРНК • положительная регуляция катаболического процесса ядерной транскрибированной мРНК, зависимый от деаденилирования распад • сайленсинг генов с помощью miRNA • сайленсинг генов с помощью РНК • негативная регуляция внутриклеточного пути передачи сигналов рецептора эстрогена • регуляция трансляции • гидролиз фосфодиэфирной связи РНК, экзонуклеолитический • ответ на повреждение ДНК, сигнал трансдукция медиатором класса p53, приводящая к остановке клеточного цикла
Источники: Amigo / QuickGO

Ортологи

Разновидность

Человек

Мышь

Entrez


23019


234594

Ансамбль


ENSG00000125107


ENSMUSG00000036550

UniProt


A5YKK6 H3BNB1


Q6ZQ08

RefSeq (мРНК)


NM_001265612 NM_016284 NM_206999


NM_001205226 NM_153164 NM_178078 NM_001372351 NM_001372353

RefSeq (белок)


NP_001252541 NP_057368 NP_996882


NP_001192155 NP_694804 NP_835179 NP_001359280 NP_001359282

Расположение (UCSC)

Chr 16: 58.52 - 58.63 Мб

Chr 8: 95,72 - 95,81 Мб

PubMed поиск

^[3]

^[4]

Викиданные

Просмотр / редактирование человека

Просмотр / редактирование мыши

CCR4- Несложный компонент, Not1

Идентификаторы

Символ

Not1

Pfam

PF04054

ИнтерПро

IPR007196

Доступные белковые структуры:
Pfam	структуры / ECOD
PDB	RCSB PDB ; PDBe ; PDBj
PDBsum	резюме структуры

CCR4-НЕ транскрипционный комплекс субъединица 1 представляет собой белок , который у человека кодируется CNOT1 гена . ^[5]^[6]

Он является частью комплекса CCR4-Not , который деаденилирует мРНК . ^[7] CNOT1 действует как каркасный белок, связывающий другие субъединицы комплекса. ^[8]^[9]^[10]

Взаимодействия [ править ]

CNOT1 взаимодействует с CNOT8 . ^[11]^[12]

Ссылки [ править ]

^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000125107 - Ensembl , май 2017 г.
^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000036550 - Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
↑ Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, Otsuki T, Sugiyama T, Irie R и др. (Январь 2004 г.). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека» . Генетика природы . 36 (1): 40–5. DOI : 10,1038 / нг1285 . PMID 14702039 .
^ «Энтрез Ген: CNOT1 CCR4-НЕ транскрипционный комплекс, субъединица 1» .
^ Garneau NL, Wilusz J, Wilusz CJ (февраль 2007). «Пути распада мРНК». Nat. Преподобный Мол. Cell Biol . 8 (2): 113–26. DOI : 10.1038 / nrm2104 . PMID 17245413 . S2CID 14107577 .
^ Сандлер H, J Kreth, Тиммерс HT, Stoecklin G (май 2011). «Not1 опосредует привлечение деаденилазы Caf1 к мРНК, на которую нацелена деградация тристетрапролином» . Nucleic Acids Res . 39 (10): 4373–86. DOI : 10.1093 / NAR / gkr011 . PMC 3105394 . PMID 21278420 .
^ Petit AP, Wohlbold L, Bawankar P, Huntzinger E, Шмидт S, Izaurralde E, Weichenrieder O (ноябрь 2012). «Структурная основа взаимодействия между нуклеазой CAF1 и каркасом NOT1 человеческого комплекса CCR4-NOT деаденилаза» . Nucleic Acids Res . 40 (21): 11058–72. DOI : 10.1093 / NAR / gks883 . PMC 3510486 . PMID 22977175 .
^ Basquin Дж, Roudko В.В., Роде М, Basquin С, Seraphin В, Конти Е (26 октября 2012). «Архитектура нуклеазного модуля дрожжевого комплекса Ccr4-not: взаимодействие Not1-Caf1-Ccr4» . Мол. Cell . 48 (2): 207–18. DOI : 10.1016 / j.molcel.2012.08.014 . PMID 22959269 .
^ Юинга Р. М., Чу Р, Р Elisma, Ли Н, Р Тейлор, Клими S, McBroom-Cerajewski л, Робинсон М. Д., О'Коннор л, Ли М, R Тейлор, Dharsee М, Хо У, Heilbut А, Мур л, Чжан С., Орнатский О., Бухман Ю.В., Этье М., Шенг Й., Василеску Дж., Абу-Фарха М., Ламберт Дж. П., Дьювель Х.С., Стюарт II, Кюль Б., Хог К, Колвилл К., Глэдвиш К., Маскат Б., Кинах Р., Адамс С.Л., Моран М.Ф., Морин Г.Б., Топалоглоу Т., Фигейс Д. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии» . Мол. Syst. Биол . 3 (1): 89. DOI : 10.1038 / msb4100134 . PMC 1847948 . PMID 17353931 .
^ Альберт Т.К., Лемэр M, ван Berkum NL, Gentz R, Collart MA, Тиммерс HT (февраль 2000). «Выделение и характеристика человеческих ортологов дрожжевых субъединиц CCR4-NOT» . Nucleic Acids Res . 28 (3): 809–17. DOI : 10.1093 / NAR / 28.3.809 . PMC 102560 . PMID 10637334 .

Дальнейшее чтение [ править ]

Боналдо М.Ф., Леннон Г., Соареш МБ (1996). «Нормализация и вычитание: два подхода к облегчению открытия генов» . Genome Res . 6 (9): 791–806. DOI : 10.1101 / gr.6.9.791 . PMID 8889548 .
Нагасе Т., Исикава К., Суяма М., Кикуно Р., Хиросава М., Миядзима Н., Танака А., Котани Н., Номура Н., Охара О. (1999). «Предсказание кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. XIII. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК из мозга, которые кодируют большие белки in vitro» . ДНК Res . 6 (1): 63–70. DOI : 10.1093 / dnares / 6.1.63 . PMID 10231032 .
Чен Дж., Раппсилбер Дж., Чианг Ю.С., Рассел П., Манн М., Денис К.Л. (2001). «Очистка и характеристика комплекса CCR4-NOT с концентрацией 1.0 МДа позволяет идентифицировать два новых компонента комплекса». J. Mol. Биол . 314 (4): 683–94. DOI : 10.1006 / jmbi.2001.5162 . PMID 11733989 .
Лаведер П., Де Питта С., Топпо С., Валле Г., Ланфранчи Г. (2002). «Двухэтапная стратегия построения специально вычитаемых библиотек кДНК» . Nucleic Acids Res . 30 (9): 38e – 38. DOI : 10.1093 / NAR / 30.9.e38 . PMC 113861 . PMID 11972353 .
Винклер Г.С., Малдер К.В., Бардуэлл В.Дж., Калховен Э., Тиммерс ХТ (2006). «Комплекс Ccr4-Not человека является лиганд-зависимым репрессором транскрипции, опосредованной ядерным рецептором» . EMBO J . 25 (13): 3089–99. DOI : 10.1038 / sj.emboj.7601194 . PMC 1500986 . PMID 16778766 .

Внешние ссылки [ править ]

Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс LIG_CNOT1_NIM_1
Расположение генома человека CNOT1 и страница сведений о гене CNOT1 в браузере генома UCSC .
Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : A5YKK6 (субъединица 1 транскрипционного комплекса CCR4-NOT) в PDBe-KB .

Эта статья о гене в хромосоме 16 человека - незавершенная . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000125107 - Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000036550 - Ensembl , май 2017 г.

[3] "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid14702039-5] Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, Otsuki T, Sugiyama T, Irie R и др. (Январь 2004 г.). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека» . Генетика природы . 36 (1): 40–5. DOI : 10,1038 / нг1285 . PMID 14702039 .

[entrez-6] «Энтрез Ген: CNOT1 CCR4-НЕ транскрипционный комплекс, субъединица 1» .

[7] Garneau NL, Wilusz J, Wilusz CJ (февраль 2007). «Пути распада мРНК». Nat. Преподобный Мол. Cell Biol . 8 (2): 113–26. DOI : 10.1038 / nrm2104 . PMID 17245413 . S2CID 14107577 .

[8] Сандлер H, J Kreth, Тиммерс HT, Stoecklin G (май 2011). «Not1 опосредует привлечение деаденилазы Caf1 к мРНК, на которую нацелена деградация тристетрапролином» . Nucleic Acids Res . 39 (10): 4373–86. DOI : 10.1093 / NAR / gkr011 . PMC 3105394 . PMID 21278420 .

[9] Petit AP, Wohlbold L, Bawankar P, Huntzinger E, Шмидт S, Izaurralde E, Weichenrieder O (ноябрь 2012). «Структурная основа взаимодействия между нуклеазой CAF1 и каркасом NOT1 человеческого комплекса CCR4-NOT деаденилаза» . Nucleic Acids Res . 40 (21): 11058–72. DOI : 10.1093 / NAR / gks883 . PMC 3510486 . PMID 22977175 .

[10] Basquin Дж, Roudko В.В., Роде М, Basquin С, Seraphin В, Конти Е (26 октября 2012). «Архитектура нуклеазного модуля дрожжевого комплекса Ccr4-not: взаимодействие Not1-Caf1-Ccr4» . Мол. Cell . 48 (2): 207–18. DOI : 10.1016 / j.molcel.2012.08.014 . PMID 22959269 .

[pmid17353931-11] Юинга Р. М., Чу Р, Р Elisma, Ли Н, Р Тейлор, Клими S, McBroom-Cerajewski л, Робинсон М. Д., О'Коннор л, Ли М, R Тейлор, Dharsee М, Хо У, Heilbut А, Мур л, Чжан С., Орнатский О., Бухман Ю.В., Этье М., Шенг Й., Василеску Дж., Абу-Фарха М., Ламберт Дж. П., Дьювель Х.С., Стюарт II, Кюль Б., Хог К, Колвилл К., Глэдвиш К., Маскат Б., Кинах Р., Адамс С.Л., Моран М.Ф., Морин Г.Б., Топалоглоу Т., Фигейс Д. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии» . Мол. Syst. Биол . 3 (1): 89. DOI : 10.1038 / msb4100134 . PMC 1847948 . PMID 17353931 .

[pmid10637334-12] Альберт Т.К., Лемэр M, ван Berkum NL, Gentz R, Collart MA, Тиммерс HT (февраль 2000). «Выделение и характеристика человеческих ортологов дрожжевых субъединиц CCR4-NOT» . Nucleic Acids Res . 28 (3): 809–17. DOI : 10.1093 / NAR / 28.3.809 . PMC 102560 . PMID 10637334 .

[1]