Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Информацию об использовании ChemSpider в Википедии см. В Википедии: ChemSpider .
ChemSpider
ChemSpider Logo.png
Содержание
ОписаниеБаза данных химической структуры, обеспечивающая быстрый доступ к более чем 100 миллионам структур, свойств и связанной с ними информации.
Контакт
Исследовательский центрРоли, Северная Каролина , США
Лаборатория
Доступ
Интернет сайтwww.chemspider.com
Инструменты
Автономныйhttps://itunes.apple.com/us/app/chemspider/id458878661
Разное
ЛицензияCreative Commons Attribution Share-alike [2]

ChemSpider - это база данных химикатов . ChemSpider принадлежит Королевскому химическому обществу . [3] [4] [5] [6] [7]

База данных [ править ]

База данных содержит информацию о более чем 100 миллионах молекул из более чем 270 источников данных, включая: [8]

Каждому химическому веществу дается уникальный идентификатор , который является частью соответствующего URL-адреса. Например, ацетон 175 и, следовательно, имеет URL http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.175.html.

Краудсорсинг [ править ]

База данных ChemSpider может быть обновлена ​​за счет участия пользователя, включая осаждение химической структуры, осаждение спектров и пользовательское управление. Это краудсорсинговый подход к разработке онлайн-базы данных по химии. Обработка данных на основе краудсорсинга позволила создать словарь химических названий, связанных с химическими структурами, который использовался в приложениях для анализа текста в биомедицинской и химической литературе. [10]

Однако права на базу данных не отменяются, и дамп данных недоступен; Фактически, в FAQ даже говорится, что разрешены только ограниченные загрузки: [11] поэтому право на форк не гарантируется, и проект не может считаться свободным / открытым .

Поиск [ править ]

Предоставляется ряд доступных поисковых модулей:

  • Стандартный поиск позволяет запрашивать для систематических названий , торговых названий и синонимов и регистрационных номеров
  • Расширенный поиск позволяет вести интерактивный поиск по химической структуре, химической субструктурой, используя также молекулярную формулу и молекулярный вес диапазон, CAS число, поставщик и т.д. поиск может быть использован , чтобы расширить или ограничить уже найдено.
  • Структурный поиск на мобильных устройствах можно выполнить с помощью бесплатных приложений для iOS (iPhone / iPod / iPad) [12] и для Android (операционная система) . [13]

Разметка документа по химии [ править ]

База данных ChemSpider использовалась в сочетании с интеллектуальным анализом текста в качестве основы для разметки химических документов . ChemMantis [14], Интегрированная система преобразования разметки и номенклатуры химии использует алгоритмы для идентификации и извлечения названий химических веществ из документов и веб-страниц и преобразует химические названия в химические структуры с помощью алгоритмов преобразования названия в структуру и поиска по словарю в ChemSpider. база данных. Результатом является интегрированная система между химическими документами и поиском информации через ChemSpider в более чем 150 источниках данных.

История [ править ]

ChemSpider был приобретен Королевским химическим обществом (RSC) в мае 2009 года. [15] До приобретения RSC ChemSpider находился под контролем частной корпорации ChemZoo Inc. Система была впервые запущена в марте 2007 года в виде бета-версии. форма и перешла к выпуску в марте 2008. ChemSpider расширил общую поддержку базы данных химии, включив поддержку коллекции химической структуры Википедии через их реализацию WiChempedia.

Услуги [ править ]

Ряд услуг доступен в Интернете. К ним относятся преобразование химических названий в химические структуры , создание строк SMILES и InChI, а также прогнозирование многих физико-химических параметров и интеграция с веб-сервисом, позволяющим прогнозировать ЯМР .

SyntheticPages [ править ]

SyntheticPages - это бесплатная интерактивная база данных процедур синтетической химии , управляемая Королевским химическим обществом . [16] Пользователи отправляют синтетические процедуры, которые они провели сами, для публикации на сайте. Эти процедуры могут быть оригинальными работами, но они чаще основаны на литературных реакциях. При необходимости приводятся ссылки на оригинальную опубликованную процедуру. Перед публикацией они проверяются научным редактором. Страницы не проходят формальное рецензирование, как научный журнал.статья, но комментарии могут оставлять вошедшие в систему пользователи. Комментарии также модерируются научными редакторами. Цель состоит в том, чтобы собрать практический опыт проведения полезного химического синтеза в лаборатории. Хотя экспериментальные методы, опубликованные в обычном академическом журнале , перечислены формально и кратко, процедуры в ChemSpider SyntheticPages представлены с более практическими подробностями. Неформальность приветствуется. Комментарии отправителей также включены. Другие публикации с сопоставимым количеством деталей включают « Органический синтез» и « Неорганический синтез» . Сайт SyntheticPages был первоначально создан профессорами Кевином Букером-Милбурном ( Бристольский университет ), Стивеном Каддик (Университетский колледж Лондона ), Питер Скотт ( Уорикский университет ) и доктор Макс Хаммонд. В феврале 2010 года было объявлено о слиянии [17] с поисковой машиной химической структуры Королевского химического общества ChemSpider и образовании ChemSpider | SyntheticPages (CS | SP).

Открыть PHACTS [ править ]

ChemSpider служит хранилищем химических соединений в рамках проекта Open PHACTS , Innovative Medicines Initiative . Open PHACTS будет использовать открытые стандарты, открытый доступ и семантический веб- подход для устранения узких мест в открытии низкомолекулярных лекарств - разрозненных источников информации, отсутствия стандартов и информационной перегрузки. [18]

См. Также [ править ]

  • NIST
  • PubChem
  • DrugBank
  • ЧЭБИ
  • ЧЭМБЛ
  • Программное обеспечение для молекулярного моделирования

Ссылки [ править ]

  1. ^ Ван Noorden, R. (2012). «Химическая сеть данных расширяется» . Природа . 483 (7391): 524. Bibcode : 2012Natur.483..524V . DOI : 10.1038 / 483524a . PMID  22460877 .
  2. ^ «Блог ChemSpider» Архив блога »ChemSpider принимает лицензии Creative Commons» . www.chemspider.com . Архивировано из оригинала на 2015-04-02 . Проверено 21 марта 2014 .
  3. ↑ Энтони Джон Уильямс (январь – февраль 2008 г.). «ChemSpider и его расширяющаяся сеть: построение структурно-ориентированного сообщества для химиков» . Chemistry International . 30 (1).
  4. ^ Уильямс, AJ (2008). «Публичные базы данных химического состава». Текущее мнение в области открытия и разработки лекарств . 11 (3): 393–404. PMID 18428094 . 
  5. ^ Brumfiel, G. (2008). «Химики плетут паутину данных» . Природа . 453 (7192): 139. Bibcode : 2008Natur.453..139B . DOI : 10.1038 / 453139a . PMID 18464701 . 
  6. Перейти ↑ Williams, AJ (2011). «Chemspider: платформа для краудсорсинговых разработок, совместная работа с деньгами на антифриз для обработки данных, полученных из общедоступных баз данных соединений». Совместные вычислительные технологии для биомедицинских исследований . С. 363–386. DOI : 10.1002 / 9781118026038.ch22 . ISBN 9781118026038.
  7. ^ Пенс, ОН; Уильямс, А. (2010). «ChemSpider: Интернет-ресурс химической информации». Журнал химического образования . 87 (11): 1123. Bibcode : 2010JChEd..87.1123P . DOI : 10.1021 / ed100697w .
  8. ^ «Источники данных» . Chemspider . Проверено 16 мая 2019 года .
  9. ^ «Блог ChemSpider» Архив блога »Браузер DSSTox Агентства по охране окружающей среды США подключается к ChemSpider» . ChemSpider. 23 августа, 2008. Архивировано из оригинала 7 ноября 2017 года . Проверено 7 ноября 2017 года .
  10. ^ Хеттне, км; Уильямс, AJ; Van Mulligen, EM; Kleinjans, J .; Ткаченко, В .; Корс, JA (2010). «Автоматическое и ручное курирование химического словаря из нескольких источников: влияние на интеллектуальный анализ текста» . Журнал химинформатики . 2 (1): 3. DOI : 10,1186 / 1758-2946-2-3 . PMC 2848622 . PMID 20331846 .  
  11. ^ «Блог ChemSpider» Архив блога »Кто хотел бы иметь всю базу данных ChemSpider?» . www.chemspider.com . Архивировано из оригинала на 2015-09-24 . Проверено 18 апреля 2014 .
  12. ^ «ChemSpider в App Store» . Магазин приложений .
  13. ^ «ChemSpider Mobile - приложения для Android в Google Play» . play.google.com .
  14. ^ Приветствуем ChemMantis в ChemZoo и призыв к участию от сообщества, 23 октября 2008 г., А. Уильямс, сообщение в блоге. Архивировано 24 сентября 2015 г. на Wayback Machine.
  15. ^ «RSC приобретает ChemSpider» . Королевское химическое общество. 11 мая 2009 . Проверено 11 мая 2009 .
  16. ^ "ChemSpider SyntheticPages" . ChemSpider SyntheticPages . Королевское химическое общество . Проверено 26 июня 2012 года .
  17. ^ «ChemSpider и SyntheticPages поддерживают синтетическую химию» . Издательство РСК . Королевское химическое общество. 2010-02-05. Архивировано из оригинального 26 июля 2012 года . Проверено 26 июня 2012 .
  18. ^ Уильямс, AJ ; Harland, L .; Groth, P .; Петтифер, С .; Чичестер, С .; Willighagen, EL; Эвело, Коннектикут; Blomberg, N .; Эккер, Г .; Гобл, К .; Монс Б. (2012). «Открытые ФАКТЫ: семантическая совместимость для открытия лекарств» . Открытие наркотиков сегодня . 17 (21–22): 1188–1198. DOI : 10.1016 / j.drudis.2012.05.016 . PMID 22683805 .