Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Эта статья посвящена базе данных метаболизма человека (HMDB.ca). Для базы данных исторических маркеров (HMdb.org) см. Историческую базу данных маркеров .
База данных метаболома человека
Содержание
ОписаниеБаза данных метаболомики
Типы данных захваченыСтруктуры метаболитов человека, описания метаболитов, реакции метаболитов, ферменты и переносчики метаболитов, последовательности ферментов и транспортеров человека, метаболические пути человека, нормальные и аномальные концентрации метаболитов у людей, сопутствующие заболевания, химические свойства, номенклатура, синонимы, химическая таксономия, спектры ЯМР метаболитов, ГХ-МС-спектры метаболитов, ЖХ-МС-спектры метаболитов
Контакт
Исследовательский центрУниверситет Альберты и Центр инноваций метаболомики
ЛабораторияД-р Дэвид Вишарт
Первичное цитированиеHMDB: База данных метаболома человека. [1]
Доступ
Веб-сайтhttp://www.hmdb.ca
Скачать URLhttp://www.hmdb.ca/downloads
Разнообразный
Частота выпуска данныхКаждые 2 года с ежемесячными исправлениями и обновлениями
Политика курированияКуратор вручную

Database Human Метаболом (HMDB) [1] [2] [3] [4] представляет собой комплексное, высокое качество, свободный доступ, онлайн база данных малых молекул метаболитов нашли в организме человека. Создано в рамках проекта « Метаболом человека », финансируемого Genome Canada . [5] Одна из первых специализированных баз данных метаболомики , HMDB, облегчает исследования в области метаболомики человека, включая идентификацию и характеристику метаболитов человека с помощью ЯМР-спектроскопии , ГХ-МС- спектрометрии и ЖХ / МС.спектрометрия. Чтобы помочь в этом процессе открытия, HMDB содержит три вида данных: 1) химические данные, 2) клинические данные и 3) данные молекулярной биологии / биохимии (рис. 1-3). Химические данные включают 41 514 структур метаболитов с подробными описаниями, а также около 10 000 спектров ЯМР, ГХ-МС и ЖХ / МС.

Клинические данные включают информацию о> 10 000 концентрациях метаболитов- биожидкостей и информацию о концентрациях метаболитов для более чем 600 различных заболеваний человека . Биохимические данные включают 5688 последовательностей белков (и ДНК ) и более 5000 биохимических реакций , связанных с этими записями метаболитов. [5] Каждая запись метаболита в HMDB содержит более 110 полей данных, причем 2/3 информации посвящено химическим / клиническим данным, а другая 1/3 - ферментативным или биохимическим данным. Многие поля данных имеют гиперссылки на другие базы данных ( KEGG , MetaCyc , PubChem ,Protein Data Bank , ChEBI , Swiss-Prot и GenBank ), а также различные апплеты для просмотра структуры и пути. База данных HMDB поддерживает расширенный поиск по тексту, последовательности, спектру, химической структуре и реляционным запросам. Он широко используется в метаболомике, клинической химии , открытии биомаркеров и общем образовании по биохимии.

Четыре дополнительных базы данных, DrugBank, [6] [7] [8] T3DB, [9] SMPDB [10] и FooDB , также являются частью набора баз данных HMDB. DrugBank содержит эквивалентную информацию о ~ 1600 лекарствах и их метаболитах, T3DB содержит информацию о 3100 общих токсинах и загрязнителях окружающей среды , SMPDB содержит схемы метаболических путей для 700 метаболических путей и болезней человека, а FooDB содержит эквивалентную информацию о ~ 28000 пищевых компонентах и пищевых добавках .

История версий [ править ]

Первая версия HMDB была выпущена 1 января 2007 г. [1], за ней последовали две последующие версии 1 января 2009 г. (версия 2.0) [2] 1 августа 2009 г. (версия 2.5), 18 сентября 2012 г. (версия 3.0 ) [4] и 1 января 2013 г. (версия 3.5), [11] 2017 г. (версия 4.0). [12] Подробная информация по каждой из основных версий HMDB (до версии 4.0) представлена ​​в таблице 1.

Таблица 1. Сравнение содержания версий HMDB
Функция базы данных или статус содержимогоHMDB (версия 1.0)HMDB (версия 2.0)HMDB (версия 3.0)HMDB (версия 4.0)
Количество метаболитов21806 40837 170114 100
Количество синонимов уникальных метаболитов27 70043 882152 364-
Количество соединений со связями с болезнями8621 002394822 605
Количество соединений с данными о биожидкости или концентрации в тканях8834 4136,796-
Количество соединений со ссылками на химический синтез2201,6478 86372 604
Количество соединений с экспериментальными эталонными спектрами ЯМР 1H или 13C3857921,0542 801
Количество соединений с эталонными МС / МС спектрами3907991,2491,544
Количество соединений со справочными данными ГХ-МС02798847 418
Количество карт путей, ориентированных на человека26 год58442-
Количество соединений в библиотеке метаболизма человека6079201,031-
Количество полей данных HMDB91102114130
'Количество предсказанных молекулярных свойств2210-

Объем и доступ [ править ]

Все данные в HMDB не являются собственностью или получены из сторонних источников. Он находится в свободном доступе и доступен каждому. Кроме того, почти каждый элемент данных полностью отслеживается и имеет явную ссылку на исходный источник. Данные HMDB доступны через общедоступный веб-интерфейс и загружаются.

См. Также [ править ]

  • КЕГГ
  • DrugBank
  • SMPDB
  • MetaCyc
  • База данных метаболомов крупного рогатого скота
  • Метаболом
  • Метаболомика
  • Список биологических баз данных

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c Wishart, Дэвид С .; Цур, Дан; Нокс, Крейг; Эйснер, Роман; Го, Ань Чи; Янг, Нельсон; Ченг, декан; Джуэлл, Кевин; Арндт, Дэвид; Сони, Саммит; Фанг, Крис; Николай, Лиза; Льюис, Майк; Кутули, Мари-Од; Форсайт, Ян Дж .; Тан, Питер; Шривастава, Савита; Джерончич, Кевин; Стотхард, Пол; Амегби, Годвин; Блок, Дэвид; Хау, Дэвид Д .; Вагнер, Джеймс; Миниачи, Джессика; Клементс, Мелиса; Гебремедин, Мулу; Го, Натали; Чжан, Инь; Дагган, Гэвин Э .; Macinnis, Glen D .; Weljie, Alim M .; Довлатабади, Реза; Бамфорт, Фиона; Клайв, Деррик; Greiner, Russ; Ли, Лян; Марри, Том; Сайкс, Брайан Д .; Vogel, Hans J .; Querengesser, Лори (1 января 2007 г.). «HMDB: База данных человеческого метаболизма» (PDF) . Исследования нуклеиновых кислот .35 (D1): D521 – D526. DOI : 10.1093 / NAR / gkl923 . PMC  1899095 . PMID  17202168 .
  2. ^ a b Wishart, David S .; Нокс, Крейг; Го, Ань Чи; Эйснер, Роман; Янг, Нельсон; Гаутам, Биджая; Хау, Дэвид Д .; Психогиос, Ник; Донг, Эдисон; Буатра, Сухайла; Мандал, Рупашри; Синельников, Игорь; Ся, Цзяньго; Джиа, Лесли; Круз, Джозеф А .; Лим, Эмилия; Собси, Констанция А .; Шривастава, Савита; Хуанг, Пол; Лю, Филипп; Клык, Лидия; Пэн, Цзюнь; Fradette, Райан; Ченг, декан; Цур, Дан; Клементс, Мелиса; Льюис, Авалин; де Соуза, Андреа; Суньига, Азарет; Доу, Марго; Сюн, Ипинг; Клайв, Деррик; Greiner, Russ; Назырова, Алсу; Шайхутдинов, Рустем; Ли, Лян; Vogel, Hans J .; Форсайт, Ян Дж. (1 января 2009 г.). «HMDB: база знаний о метаболоме человека» (PDF) . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (D1): D603 – D610. DOI : 10.1093 / NAR / gkn810 . PMC  2686599 . PMID  18953024 .
  3. ^ Форсайт, Ян Дж .; Уишарт, Дэвид С. (1 марта 2009 г.). «Изучение метаболитов человека с использованием базы данных метаболомов человека». Текущие протоколы в биоинформатике . 25 : 14.8.1–14.8.45. DOI : 10.1002 / 0471250953.bi1408s25 . ISBN 978-0471250951. PMID  19274632 . S2CID  24291704 .
  4. ^ a b Wishart, David S .; Джуисон, Тимоти; Го, Ань Чи; Уилсон, Майкл; Нокс, Крейг; Лю, Ифэн; Джомбу Феунанг, Янник; Мандал, Рупашри; Азиат, Фарид; Донг, Эдисон; Буатра, Сухайла; Синельников, Игорь; Арндт, Дэвид; Ся, Цзяньго; Лю, Филипп; Яллоу, Файзат; Бьорндаль, Трент; Перес Пиньейро, Роландо; Эйснер, Роман; Аллен, Фелисити; Неве, Ванесса; Greiner, Russ; Скальберт, Августин (1 января 2013 г.). «HMDB 3.0 - База данных человеческого метаболизма в 2013 году» (PDF) . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (D1): D801 – D807. DOI : 10.1093 / NAR / gks1065 . PMC 3531200 . PMID 23161693 .   
  5. ^ а б «Проект метаболизма человека» . Проверено 13 февраля 2013 года .
  6. ^ Wishart, Дэвид S .; Нокс, Крейг; Го, Ань Чи; Шривастава, Савита; Хассанали, Муртаза; Стотхард, Пол; Чанг, Чжань; Вулси, Дженнифер (1 января 2006 г.). «DrugBank: исчерпывающий ресурс для открытия и исследования лекарств in silico » . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (D1): D668 – D672. DOI : 10.1093 / NAR / gkj067 . PMC 1347430 . PMID 16381955 .  
  7. ^ Wishart, DS; Knox C; Guo AC; и другие. (Январь 2008 г.). «DrugBank: база знаний о наркотиках, действиях с наркотиками и мишенях для наркотиков» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (выпуск базы данных): D901-6. DOI : 10.1093 / NAR / gkm958 . PMC 2238889 . PMID 18048412 .  
  8. ^ Нокс, С; Закон, V; Джуисон, Т; Лю, П; Ly, S; Фролкис, А; Пон, А; Banco, K; Мак, С; Neveu, V; Джумбу, Y; Eisner, R; Guo, AC; Wishart, DS. (Январь 2011 г.). «DrugBank 3.0: комплексный ресурс для исследования лекарств« омикс »» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (выпуск базы данных): D1035-41. DOI : 10.1093 / NAR / gkq1126 . PMC 3013709 . PMID 21059682 .  
  9. ^ Лим, E; Pon A; Djoumbou Y; Knox C; Шривастава S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (Январь 2010 г.). «T3DB: всесторонне аннотированная база данных об общих токсинах и их мишенях» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (выпуск базы данных): D781-6. DOI : 10.1093 / NAR / gkp934 . PMC 2808899 . PMID 19897546 .  
  10. ^ Frolkis, A; Нокс, К; Лайм; Джуисон, Т; Закон, V; Hau, DD; Лю, П; Гаутам, Б; Ly, S; Guo, AC; Ся, Дж; Лян, Y; Шривастава, S; Wishart, DS. (Январь 2010 г.). "SMPDB: База данных путей малых молекул" . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (выпуск базы данных): D480-7. DOI : 10.1093 / NAR / gkp1002 . PMC 2808928 . PMID 19948758 .  
  11. ^ "Примечания к выпуску базы данных человеческого метаболома" .
  12. ^ Wishart, Дэвид S .; Джомбу Феунанг, Янник; Марку, Ана; Го, Ань Чи; Лян, Кевин; Васкес Фресно, Роза; Саджед, Танвир; Джонсон, Дэниел; Ли, Карин; Кару, Наама; Сайеда, Зинат; Ло, Элвис; Ассемпур, Назанин; Берянский, Марк; Сингхал, Сандип; Арндт, Дэвид; Лян, Йонджи; Бадран, Хасан; Грант, Джейсон; Серра Кайуэла, Арнау; Лю, Ифэн; Мандал, Рупа; Неве, Ванесса; Пон, Эллисон; Нокс, Крейг; Уилсон, Майкл; Манах, Клодин; Скальберт, Августин (4 января 2018 г.). «HMDB 4.0: база данных метаболома человека на 2018 год» (PDF) . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (D1): D608 – D617. DOI : 10.1093 / NAR / gkx1089 . PMC 5753273 . PMID 29140435   .