Database Сравнительной Токсикогеномика ( CTD ) является общедоступным вебом - сайт и исследовательским инструментом запущен в ноябре 2004 года , что Викарии научных данных , характеризующие отношения между химическими веществами / наркотиками, генами / белками, болезнями, таксонами, фенотипами, GO аннотацией, путем и модулями взаимодействия. База данных поддерживается Департаментом биологических наук Университета штата Северная Каролина .
Разработчики) | Департамент биологических наук Государственного университета Северной Каролины и факультет биоинформатики биологической лаборатории MDI |
---|---|
Первый выпуск | 12 ноября 2004 г . |
Доступно в | английский |
Тип | Биоинформатика , анализ данных |
Веб-сайт | ctdbase |
Задний план
База данных сравнительной токсикогеномики (CTD) - это общедоступный веб-сайт и исследовательский инструмент, который собирает научные данные, описывающие взаимосвязи между химическими веществами, генами / белками, заболеваниями, таксонами, фенотипами, аннотациями GO, путями и модулями взаимодействия, запущенный 12 ноября 2004 г. [ 1] [2] [3] [4] База данных поддерживается Департаментом биологических наук Университета штата Северная Каролина. [ необходима цитата ]
Цели и задачи
Одна из основных целей CTD - углубить понимание воздействия химических веществ окружающей среды на здоровье человека на генетическом уровне, в этой области, называемой токсикогеномикой .
Этиологии многих хронических заболеваний включают в себя взаимодействие между факторами окружающей среды и генами , которые модулируют важные физиологические процессы. Химические вещества - важный компонент окружающей среды. Известно, что такие состояния, как астма , рак, диабет , гипертония , иммунодефицит и болезнь Паркинсона, находятся под влиянием окружающей среды; однако молекулярные механизмы, лежащие в основе этих корреляций, не совсем понятны. CTD может помочь разрешить эти механизмы. Самый последний и обширный список рецензируемых научных статей о CTD доступен на странице их публикаций [5]
Основные данные
CTD - это уникальный ресурс, где биокураторы [6] [7] читают научную литературу и вручную обрабатывают четыре типа основных данных:
- Химико-генные взаимодействия
- Ассоциации химических болезней
- Ассоциации генных болезней
- Химико-фенотипические ассоциации
Интеграция данных
Путем интеграции вышеуказанных четырех наборов данных CTD автоматически создает предполагаемые сети химический ген-фенотип-заболевание, чтобы осветить молекулярные механизмы, лежащие в основе заболеваний, вызванных воздействием окружающей среды.
Эти предполагаемые взаимосвязи подвергаются статистической оценке и ранжированию и могут использоваться учеными и компьютерными биологами для создания и проверки проверяемых гипотез о токсикогеномных механизмах и их отношении к здоровью человека.
Пользователи могут искать в CTD, чтобы исследовать научные данные на предмет химических веществ, генов, болезней или взаимодействий между любым из этих трех понятий. В настоящее время [ когда? ] CTD объединяет токсикогеномные данные для позвоночных и беспозвоночных.
CTD объединяет данные из этих баз данных или ссылается на них:
- ChemIDplus, словарь из более чем 400 000 химических веществ, хранящийся в Национальной медицинской библиотеке США [8]
- DrugBank
- Проект «Инфраструктура данных для химической безопасности» (diXa) Хранилище данных Европейского института биоинформатики [9] [10], который по состоянию на ноябрь 2015 г. содержал 469 соединений, 188 наборов данных о заболеваниях в трех подкатегориях: печень, почки и сердечно-сосудистые заболевания. [11]
- Консорциум генных онтологий
- КЕГГ
- NCBI Entrez-Gene
- NCBI PubMed
- Таксономия NCBI [12]
- Предметные рубрики NLM Medical
- OMIM
- Reactome
Рекомендации
- ↑ Mattingly CJ, Rosenstein MC, Colby GT, Forrest JN, Boyer JL (сентябрь 2006 г.). «База данных сравнительной токсикогеномики (CTD): ресурс для сравнительных токсикологических исследований» . Журнал экспериментальной зоологии, часть A: Сравнительная экспериментальная биология . 305 (9): 689–92. DOI : 10.1002 / jez.a.307 . PMC 1586110 . PMID 16902965 .
- ^ Mattingly CJ, Rosenstein MC, Davis AP, Colby GT, Forrest JN, Boyer JL (август 2006 г.). «База данных сравнительной токсикогеномики (CTD): ресурс по разным видам для построения сетей взаимодействия химикатов и генов» . Toxicol. Sci . 92 (2): 587–95. DOI : 10.1093 / toxsci / kfl008 . PMC 1586111 . PMID 16675512 .
- ^ Маттингли CJ, Colby GT, Rosenstein MC, Forrest JN, Boyer JL (2004). «Содействие сравнительным молекулярным исследованиям в исследованиях гигиены окружающей среды: обзор базы данных сравнительной токсикогеномики (CTD)» . Фармакогеномика Дж . 4 (1): 5–8. DOI : 10.1038 / sj.tpj.6500225 . PMID 14735110 .
- ^ Маттингли CJ, Colby GT, Форрест JN, Boyer JL (май 2003 г.). «База данных сравнительной токсикогеномики (CTD)» . Environ. Перспектива здоровья . 111 (6): 793–5. DOI : 10.1289 / ehp.6028 . PMC 1241500 . PMID 12760826 . Архивировано из оригинала на 2010-06-06. CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
- ^ Страница публикаций CTD ctdbase.org
- ^ Bourne PE, McEntyre J (октябрь 2006 г.). «Биокураторы: участники мира науки» . PLoS Comput. Биол . 2 (10): e142. Bibcode : 2006PLSCB ... 2..142B . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.0020142 . PMC 1626157 . PMID 17411327 .
- ^ Салими Н., Вита Р. (октябрь 2006 г.). «Биокуратор: соединение и расширение научных данных» . PLoS Comput. Биол . 2 (10): e125. Bibcode : 2006PLSCB ... 2..125S . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.0020125 . PMC 1626147 . PMID 17069454 .
- ^ ChemIDplus Национальная медицинская библиотека США, nd, получено 7 ноября 2015 г.
- ^ diXa Data Warehouse nd, получено 7 ноября 2015 г.
- ^ Хендрикс, DM; Aerts, HJWL; Caiment, F .; Clark, D .; Эббельс, TMD; Эвело, Коннектикут; Gmuender, H .; Hebels, DGAJ; Herwig, R .; Hescheler, J .; Jennen, DGJ; Джеттен, MJA; Kanterakis, S .; Кеун, ХК; Мацер, В .; Overington, JP; Пиличева, Е .; Sarkans, U .; Сегура-Лепе, депутат; Сотириаду, I .; Wittenberger, T .; Wittwehr, C .; Занзи, А .; Kleinjans, JCS (12 декабря 2014 г.). «diXa: инфраструктура данных для оценки химической безопасности» . Биоинформатика . 31 (9): 1505–1507. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btu827 . PMC 4410652 . PMID 25505093 .
- ↑ Train online, Европейская лаборатория молекулярной биологии , данные о заболеваниях, данные получены 7 ноября 2015 г.
- ^ Таксономия NCBI
Внешние ссылки
- База данных сравнительной токсикогеномики
- Биологическая лаборатория MDI