Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Это сравнение программного обеспечения для прогнозирования плавления ДНК включает исходный код и веб-программное обеспечение для прогнозирования плавления и структуры ДНК . [1]

Типы программного обеспечения, методы, доступность и т. Д. [ Править ]

ИмяСсылкиОтличительные признакиМетодЯзыкПредел SeqДиссоциация
DNAmelt [2]исходный кодСтат мехMATLAB1 Мб [3]?
MeltSim 1.0 [4]исходный кодGUI для WindowsСтат мехПаскаль Дельфи2 Мб?
MeltSim 1.99 [4]исходный кодCLIСтат мехC?
Польша сервервеб серверСтат мехF771 кбда
Stitchprofiles.uio.noвеб серверСтат мехPerl , gnuplot480 кбНет
uMeltвеб серверСтат мехAdobe Flex3500 млрд?
WebSIDDвеб серверСтат мехC ++10 кб?
OligoCalcвеб сервер
OligoAnalyzer 3.1веб сервер

NN = Методы с использованием ближайших соседними термодинамических параметров для прогнозирования олигонуклеотид температуры плавления (Т м ), кривые плавления , кривые ДСК или других свойств , полученных из закона действующих масс .

Stat mech = Статистические механические методы, применяемые к более длинным молекулам ДНК для прогнозирования процессов плавления с промежуточными субпереходами. Профили плавления рассчитываются на основе функций распределения, которые учитывают частично расплавленные конфигурации ДНК.

Поддерживаемые функции ввода [ править ]

ИмяТипы NAКонцентрацияТермодинамические
параметры		Другой ввод
Лин ДНКциркулярная ДНКРНКLNA[Na +][Mg ++]Strand конц.
ДНК расплавдаНетНетНет????
GeneFizzдаНетНетНетНетНетНетНетФайл EMBL / Genbank
MeltSimдаНетНетНетдаНетНетда
Польша сервердаНетдаНетНетНетдаданесоответствия
Stitchprofiles.uio.noдаНетНетНетдаНетНетдаспирали
uMeltдаНетНетНетдадаНетда
WebSIDDдадаНетНетНетНетНетНетУровень стресса

Поддерживаемые функции вывода [ править ]

ИмяКривые плавленияВероятностные
функции		Контурные линии
(карта расплава)		Другой выход
Θ (Т)dΘ / dTбп50%Другой %
ДНК расплав??да??
GeneFizzНетНетдаНетНетотображает CDS, ген, мРНК
MeltSim?дададаНет
Польша сервер?дададаНетподвижность геля
Stitchprofiles.uio.noдаНетдададапрофили стежка, параметры FF
uMeltдадаНетдаНетдинамический профиль плавления
WebSIDDНетНетдаНетНетG (x), вероятности BZ, # open bp, # открытые области, минимум E

Ссылки и примечания [ править ]

  1. ^ Примечание: в это сравнение не включено программное обеспечение для предсказания структуры РНК , анализатермодинамики микрочипов ДНК , дизайна нуклеиновых кислот (например,дизайна праймера ) и моделирования ДНК на атомистическом уровне.
  2. ^ Michoel, T; Ван де Пер, Y (2006). «Матричная модель геликоидального переноса для неоднородного плавления ДНК» (PDF) . Physical Review E . 73 (1 Pt 1): 011908. DOI : 10,1103 / PhysRevE.73.011908 . PMID  16486186 . S2CID  13395867 .
  3. ^ Подход с использованием окон используется для последовательностей> 1 Мб.
  4. ^ a b Блейк, Р. Д.; Биззаро, JW; Блейк, JD; День, гр; Delcourt, SG; Ноулз, Дж; Маркс, К.А.; Санта-Люсия-младший (1999). «Статистическое механическое моделирование плавления полимерной ДНК с помощью MELTSIM» . Биоинформатика . 15 (5): 370–5. DOI : 10.1093 / биоинформатики / 15.5.370 . PMID 10366657 . 

Внешние ссылки [ править ]

  • bioinformatics.org/Meltsim
  • Польский сервис (Дюссельдорф)
  • Stitchprofiles.uio.no
  • uMelt: прогноз кривой плавления
  • GeneFizz сервер
  • WebSIDD и SIBZ
  • Расчеты термодинамики ДНК - T m , профиль плавления, несовпадения, расчеты свободной энергии
Этот список неполный ; вы можете помочь, добавив недостающие элементы из надежных источников .