Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Crenarchaeota
RT8-4.jpg
Археи Sulfolobus инфицированы специфическим вирусом STSV-1 .
Научная классификация
Домен:
Архей
Королевство:
Протеоархеи
Суперфилум:
TACK
Тип:
" Crenarchaeota "
Учебный класс
Синонимы
  • Eocyta
  • Эоциты
  • Crenarchaeota Гаррити и Холт, 2002 г.
  • не Crenarchaeota Cavalier-Smith 2002

Crenarchaeota (также известный как Crenarchaea или eocytes ) являются археи , которые были классифицированы как фила домена Archaea. [1] [2] [3] Первоначально Crenarchaeota считались серозависимыми экстремофилами, но недавние исследования выявили характерную экологическую рРНК Crenarchaeota, что указывает на то, что организмы могут быть наиболее многочисленными археями в морской среде. [4] Первоначально они были отделены от других архей на основе последовательностей рРНК; другие физиологические особенности, такие как отсутствие гистонов, поддержали это деление, хотя было обнаружено, что некоторые кренархеи имеют гистоны. [5] До недавнего времени все культивируемые Crenarchaea были термофильными или гипертермофильными организмами, некоторые из которых обладают способностью расти при температуре до 113 ° C. [6] Эти организмы окрашивают грамотрицательные клетки и морфологически разнообразны, имеют палочковидные, кокки , нитчатые клетки и клетки странной формы. [7]

Сульфолобус [ править ]

Одним из наиболее охарактеризованных представителей семейства Crenarcheota является Sulfolobus solfataricus . Этот организм был первоначально изолирован из серных источников с геотермальным подогревом в Италии и растет при 80 ° C и pH 2–4. [8] С момента его первоначальной характеристики Вольфрамом Циллигом , пионером в исследованиях термофилов и архей, похожие виды одного и того же рода были обнаружены по всему миру. В отличие от подавляющего большинства культивируемых термофилов, Sulfolobus растет аэробно и хемоорганотрофно (получая энергию из органических источников, таких как сахар). Эти факторы позволяют значительно упростить рост в лабораторных условиях, чеманаэробных организмов и привели к тому, что Sulfolobus стал модельным организмом для изучения гипертермофилов и большой группы разнообразных вирусов, которые размножаются внутри них.

Морские виды [ править ]

Начиная с 1992 года, были опубликованы данные о последовательностях генов, принадлежащих кренархеям, в морской среде. [9] , [10] С тех пор анализ обильных липидов из мембран Crenarchaea, взятых из открытого океана, использовался для определения концентрации этих «низкотемпературных Crenarchaea» (см. TEX-86 ). Основываясь на этих измерениях их характерных липидов, считается, что кренархеи очень многочисленны и являются одним из основных участников фиксации углерода . [ необходима цитата ] Последовательности ДНК Crenarchaea также были обнаружены в почве и пресноводных средах, что позволяет предположить, что этот тип распространен повсеместно в большинстве сред.[11]

В 2005 году были опубликованы свидетельства появления первых культивируемых «низкотемпературных кренархей». Названный Nitrosopumilus maritimus , это окисляющий аммиак организм, выделенный из морского аквариума и выращенный при 28 ° C. [12]

Гипотеза эоцитов [13]

Гипотеза эоцитов [ править ]

Гипотеза эоцитов, предложенная в 1980-х Джеймсом Лейком, предполагает, что эукариоты возникли внутри прокариотических эоцитов. [14]

Одним из возможных свидетельств, подтверждающих тесную связь между Crenarchaea и эукариотами, является присутствие гомолога субъединицы РНК-полимеразы Rbp-8 у Crenarchea, но не у Euryarchaea [15].

См. Также [ править ]

  • Euryarchaeota

Ссылки [ править ]

  1. ^ См. Веб-страницу NCBI на Crenarchaeota
  2. ^ C.Michael Хоган. 2010. Археи . ред. Э. Моноссон и К. Кливленд, Энциклопедия Земли. Национальный совет по науке и окружающей среде, Вашингтон, округ Колумбия.
  3. ^ Данные извлечены из "ресурсов таксономии NCBI" . Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 19 марта 2007 .
  4. ^ Мэдиган М; Мартинко Дж, ред. (2005). Брок Биология микроорганизмов (11-е изд.). Прентис Холл. ISBN 978-0-13-144329-7.
  5. ^ Cubonova L, Sandman K, Халлэй SJ, Делонг EF, Рив JN (2005). «Гистоны в Crenarchaea» . Журнал бактериологии . 187 (15): 5482–5485. DOI : 10.1128 / JB.187.15.5482-5485.2005 . PMC 1196040 . PMID 16030242 .  
  6. ^ Blochl Е, Рэйчел R, S Burggraf, Hafenbradl D, Jannasch HW, Штеттер КО (1997). « Pyrolobus fumarii , gen. И sp. Nov., Представляет новую группу архей, увеличивающую верхний предел температуры для жизни до 113 ° C». Экстремофилы . 1 (1): 14–21. DOI : 10.1007 / s007920050010 . PMID 9680332 . S2CID 29789667 .  
  7. ^ Гэррити GM, Boone DR, ред. (2001). Руководство Берджи по систематической бактериологии Том 1: Археи и глубоко ветвящиеся и фототрофные бактерии (2-е изд.). Springer. ISBN 978-0-387-98771-2.
  8. ^ Zillig Вт, Штеттер КО, Wunderl S, Шульц Вт, Приссы Н, Scholz I (1980). «Группа Sulfolobus-« Caldariellard »: Таксономия на основе структуры ДНК-зависимых РНК-полимераз». Arch. Microbiol . 125 (3): 259–269. DOI : 10.1007 / BF00446886 . S2CID 5805400 . 
  9. ^ Фурман JA, МакКаллум K, Дэвис А. (1992). «Новая основная группа архебактерий из морского планктона». Природа . 356 (6365): 148–9. Bibcode : 1992Natur.356..148F . DOI : 10.1038 / 356148a0 . PMID 1545865 . S2CID 4342208 .  
  10. Перейти ↑ DeLong EF (1992). «Археи в прибрежных морских средах» . Proc Natl Acad Sci USA . 89 (12): 5685–9. Bibcode : 1992PNAS ... 89.5685D . DOI : 10.1073 / pnas.89.12.5685 . PMC 49357 . PMID 1608980 .  
  11. ^ Сараи SM, Delwiche CF, Palmer JD, Pace NR (1996). «Перспективы разнообразия архей, термофилии и монофилии из экологических последовательностей рРНК» . Proc Natl Acad Sci USA . 93 (17): 9188–93. Bibcode : 1996PNAS ... 93.9188B . DOI : 10.1073 / pnas.93.17.9188 . PMC 38617 . PMID 8799176 .  
  12. ^ Könneke M, Бернхард А.Е., де - ла - Торре JR, Walker CB, Уотербери JB, Stahl DA (2005). «Выделение автотрофного морского архея, окисляющего аммиак». Природа . 437 (7058): 543–6. Bibcode : 2005Natur.437..543K . DOI : 10,1038 / природа03911 . PMID 16177789 . S2CID 4340386 .  
  13. ^ Кокс, CJ; Фостер, PG; Хирт, RP; Харрис, SR; Эмбли, TM (2008). «Архебактериальное происхождение эукариот» . Proc Natl Acad Sci USA . 105 (51): 20356–61. Bibcode : 2008PNAS..10520356C . DOI : 10.1073 / pnas.0810647105 . PMC 2629343 . PMID 19073919 .  
  14. ^ (UCLA) Происхождение ядра и древа жизни. Архивировано 7 февраля 2003 г. в Archive.today.
  15. ^ Kwapisz, M; Beckouët, F; Thuriaux, P (2008). «Ранняя эволюция эукариотических ДНК-зависимых РНК-полимераз». Тенденции Genet . 24 (5): 211–5. DOI : 10.1016 / j.tig.2008.02.002 . PMID 18384908 . 

Дальнейшее чтение [ править ]

Научные журналы [ править ]

  • Кавальер-Смит, Т. (2002). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация» . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 52 (Pt 1): 7–76. DOI : 10.1099 / 00207713-52-1-7 . PMID  11837318 .
  • Stackebrandt, E; Фредериксен В; Гаррити GM; Гримонт PA; Кампфер П; Maiden MC; Несме X; Росселло-Мора Р; Качели J; Truper HG; Vauterin L; Палата переменного тока; Whitman WB (2002). «Отчет специального комитета по переоценке определения видов в бактериологии». Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 52 (Pt 3): 1043–1047. DOI : 10.1099 / ijs.0.02360-0 . PMID  12054223 .
  • Гуртлер, В; Mayall BC (2001). «Геномные подходы к типированию, систематике и эволюции бактериальных изолятов». Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 51 (Pt 1): 3–16. DOI : 10.1099 / 00207713-51-1-3 . PMID  11211268 .
  • Далеви, Д; Hugenholtz P; Блэколл LL (2001). «Многогрупповой подход к разрешению филогенетических отношений на уровне подразделений с использованием данных 16S рДНК» . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 51 (Pt 2): 385–391. DOI : 10.1099 / 00207713-51-2-385 . PMID  11321083 .
  • Кесвани, Дж; Уитмен ВБ (2001). «Связь сходства последовательности 16S рРНК с гибридизацией ДНК в прокариотах» . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 51 (Pt 2): 667–678. DOI : 10.1099 / 00207713-51-2-667 . PMID  11321113 .
  • Янг, JM (2001). «Последствия альтернативных классификаций и горизонтального переноса генов для бактериальной систематики». Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 51 (Pt 3): 945–953. DOI : 10.1099 / 00207713-51-3-945 . PMID  11411719 .
  • Christensen, H; Bisgaard M; Фредериксен В; Mutters R; Kuhnert P; Олсен JE (2001). «Достаточно ли характеристики одного изолята для достоверной публикации нового рода или вида? Предложение по изменению рекомендации 30b Бактериологического кодекса (редакция 1990 г.)» . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 51 (Pt 6): 2221–2225. DOI : 10.1099 / 00207713-51-6-2221 . PMID  11760965 .
  • Christensen, H; Angen O; Mutters R; Olsen JE; Бисгаард М (2000). «Гибридизация ДНК-ДНК определяется в микролунках с использованием ковалентного присоединения ДНК» . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 50 (3): 1095–1102. DOI : 10.1099 / 00207713-50-3-1095 . PMID  10843050 .
  • Сюй, HX; Кавамура Y; Ли Н; Zhao L; Ли ТМ; Li ZY; Шу С; Эзаки Т. (2000). «Экспресс-метод определения содержания G + C в бактериальных хромосомах путем мониторинга интенсивности флуоресценции во время денатурации ДНК в капиллярной трубке» . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 50 (4): 1463–1469. DOI : 10.1099 / 00207713-50-4-1463 . PMID  10939651 .
  • Янг, JM (2000). «Предложения по избежанию путаницы с Бактериологическим Кодексом» . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 50 (4): 1687–1689. DOI : 10.1099 / 00207713-50-4-1687 . PMID  10939677 .
  • Hansmann, S; Мартин В. (2000). «Филогения 33 рибосомных и шести других белков, закодированных в древнем кластере генов, который сохраняется в геномах прокариот: влияние исключения плохо выравниваемых сайтов из анализа» . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 50 (4): 1655–1663. DOI : 10.1099 / 00207713-50-4-1655 . PMID  10939673 .
  • Тиндалл, Би Джей (1999). «Предложение об изменении Правила, регулирующего обозначение типовых штаммов, депонированных под номерами коллекции культур, выделенными для патентных целей» . Int. J. Syst. Бактериол . 49 (3): 1317–1319. DOI : 10.1099 / 00207713-49-3-1317 . PMID  10490293 .
  • Тиндалл, Би Джей (1999). «Предложение изменить Правило 18a, Правило 18f и Правило 30, чтобы ограничить обратные последствия изменений, принятых ICSB» . Int. J. Syst. Бактериол . 49 (3): 1321–1322. DOI : 10.1099 / 00207713-49-3-1321 . PMID  10425797 .
  • Тиндалл, Би Джей (1999). «Непонимание бактериологического кода» . Int. J. Syst. Бактериол . 49 (3): 1313–1316. DOI : 10.1099 / 00207713-49-3-1313 . PMID  10425796 .
  • Тиндалл, Би Джей (1999). «Предложения по обновлению и внесению изменений в Бактериологический кодекс» . Int. J. Syst. Бактериол . 49 (3): 1309–1312. DOI : 10.1099 / 00207713-49-3-1309 . PMID  10425795 .
  • Burggraf, S; Huber H; Стеттер К.О. (1997). «Реклассификация порядков и семейств crenarchael в соответствии с данными последовательности 16S рРНК» . Int. J. Syst. Бактериол . 47 (3): 657–660. DOI : 10.1099 / 00207713-47-3-657 . PMID  9226896 .
  • Палис, Т; Накамура Л.К .; Cohan FM (1997). «Открытие и классификация экологического разнообразия в бактериальном мире: роль данных последовательности ДНК» . Int. J. Syst. Бактериол . 47 (4): 1145–1156. DOI : 10.1099 / 00207713-47-4-1145 . PMID  9336922 .
  • Euzeby, JP (1997). «Список названий бактерий со статусом в номенклатуре: папка, доступная в Интернете» . Int. J. Syst. Бактериол . 47 (2): 590–592. DOI : 10.1099 / 00207713-47-2-590 . PMID  9103655 .
  • Клейтон, РА; Sutton G; Hinkle PS Jr; Bult C; Поля C (1995). «Внутривидовые вариации в последовательностях малых субъединиц рРНК в GenBank: почему отдельные последовательности не могут адекватно представлять прокариотические таксоны» . Int. J. Syst. Бактериол . 45 (3): 595–599. DOI : 10.1099 / 00207713-45-3-595 . PMID  8590690 .
  • Мюррей, Р.Г.; Шлейфер KH (1994). «Таксономические заметки: предложение по регистрации свойств предполагаемых таксонов прокариот» . Int. J. Syst. Бактериол . 44 (1): 174–176. DOI : 10.1099 / 00207713-44-1-174 . PMID  8123559 .
  • Винкер, S; Woese CR (1991). «Определение доменов Archaea, Bacteria и Eucarya с точки зрения характеристик малой субъединицы рибосомной РНК». Syst. Прил. Microbiol . 14 (4): 305–310. DOI : 10.1016 / s0723-2020 (11) 80303-6 . PMID  11540071 .
  • Woese, CR; Кандлер О; Уилис М.Л. (1990). «К естественной системе организмов: предложение о доменах архей, бактерий и эукариев» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 87 (12): 4576–4579. Бибкод : 1990PNAS ... 87.4576W . DOI : 10.1073 / pnas.87.12.4576 . PMC  54159 . PMID  2112744 .
  • Ахенбах-Рихтер, L; Woese CR (1988). «Спейсерная область рибосомного гена в архебактериях». Syst. Прил. Microbiol . 10 (3): 211–214. DOI : 10.1016 / s0723-2020 (88) 80002-х . PMID  11542149 .
  • Макгилл, Т.Дж.; Юрка Дж; Собески JM; Пикетт MH; Woese CR; Фокс Г.Е. (1986). «Характерные олигонуклеотиды 16S рРНК архебактерий». Syst. Прил. Microbiol . 7 (2–3): 194–197. DOI : 10.1016 / S0723-2020 (86) 80005-4 . PMID  11542064 .
  • Woese, CR; Gupta R; Хан СМ; Zillig W; Вт Дж (1984). «Филогенетические отношения трех серозависимых архебактерий». Syst. Прил. Microbiol . 5 : 97–105. DOI : 10.1016 / S0723-2020 (84) 80054-5 . PMID  11541975 .
  • Woese, CR; Олсен GJ (1984). «Филогенетические отношения трех серозависимых архебактерий». Syst. Прил. Microbiol . 5 : 97–105. DOI : 10.1016 / S0723-2020 (84) 80054-5 . PMID  11541975 .
  • Woese, CR; Фокс Г.Е. (1977). «Филогенетическая структура прокариотического домена: первичные царства» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 74 (11): 5088–5090. Bibcode : 1977PNAS ... 74.5088W . DOI : 10.1073 / pnas.74.11.5088 . PMC  432104 . PMID  270744 .

Научные книги [ править ]

  • Гаррити GM, Холт JG (2001). "Тип AI. Crenarchaeota phy. Nov." . В DR Boone, RW Castenholz (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии Том 1: Археи и глубоко ветвящиеся и фототрофные бактерии (2-е изд.). Нью-Йорк: Springer Verlag. С.  169 . ISBN 978-0-387-98771-2.

Научные базы данных [ править ]

  • Ссылки PubMed для Crenarchaeota
  • Ссылки PubMed Central для Crenarchaeota
  • Ссылки Google Scholar для Crenarchaeota

Внешние ссылки [ править ]

  • Страница таксономии NCBI для Crenarchaeota
  • Поиск по страницам таксономии Tree of Life для Crenarchaeota
  • Страница поиска видов2000 для Crenarchaeota
  • Страница MicrobeWiki для Crenarchaeota
  • Страница LPSN для Crenarchaeota
  • Crenarchaeota с сайта виртуальной микробиологии Университета Висконсина.
  • Сравнительный анализ геномов кренархей (в системе IMG Министерства энергетики )

xclvkjesodkd0riyjtokgpfdoi-s-bj9tjhitebjtr3iog-kwg-it9jhti39fjo3ir = hj3kflrpj0yu3] i09ogkij