Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Критическая оценка функциональной аннотации (CAFA) эксперимент предназначен для обеспечения оценки крупномасштабной вычислительных методов , посвященных предсказание функции белка . [1] Различные алгоритмы оцениваются по их способности предсказывать термины генной онтологии (GO) в категориях молекулярной функции , биологического процесса и клеточного компонента .

Эксперимент состоит из двух треков: (i) эукариотического трека, (ii) прокариотического трека. В каждом треке организаторы предоставляют набор целей. Ожидается, что участники представят свои прогнозы к крайнему сроку подачи, после чего они будут оценены в соответствии с набором конкретных показателей.

Мотивация [ править ]

Генома организма может состоять из сотен до десятков тысяч генов , которые кодируют сотни тысяч различных белковых последовательностей. Из-за относительно низкой стоимости секвенирования генома определение последовательностей генов и белков является быстрым и недорогим. К настоящему времени были секвенированы тысячи видов, но многие белки недостаточно изучены. [2] Процесс экспериментального определения роли белка в клетке - дорогостоящая и трудоемкая задача. Более того, даже если функциональные анализывыполняются, они вряд ли дадут полное представление о функции белка. Поэтому стало важным использовать вычислительные инструменты для функциональной аннотации белков. Существует несколько вычислительных методов прогнозирования функции белка, которые могут сделать вывод о функции белка с использованием различных биологических и эволюционных данных, но есть значительные возможности для улучшения. Точное предсказание функции белков может иметь долгосрочные последствия для биомедицинских и фармацевтических исследований.

Эксперимент CAFA разработан для обеспечения объективной оценки вычислительных методов, стимулирования исследований в области прогнозирования вычислительных функций и обеспечения понимания общего состояния современного прогнозирования функций.

Организация [ править ]

Эксперимент состоит из трех этапов:

  1. Фаза прогноза : ~ 4 месяца

Организаторы предоставляют сообществу последовательности белков с неизвестной или неполной функцией и устанавливают крайний срок для представления прогнозов.

  1. Целевое накопление : 6–12 месяцев

После того, как все прогнозы сохранены и эксперимент переходит в период ожидания, в течение которого функции белков, как ожидается, будут накапливаться в общедоступных базах данных.

  1. Этап анализа : 1 месяц

Предикторы ранжируются в соответствии с их эффективностью. Результаты публикуются на научных собраниях и публикуются после экспертной оценки .

История [ править ]

Эксперимент CAFA проводится Специальной группой по автоматическому прогнозированию функций (AFP) (AFP / SIG). Встреча AFP / SIG проводилась одновременно с конференцией « Интеллектуальные системы для молекулярной биологии» в 2005, 2006, 2008, 2011 и 2012 годах. [3] [4] [5]

CAFA 2010-2012 [ править ]

Первый эксперимент CAFA был организован в период с осени 2010 по весну 2012 года. Организаторы предоставили сообществу 48 000 последовательностей с задачей предсказания аннотаций генной онтологии для каждой из этих последовательностей. Из этих 48000 белков 866 были экспериментально аннотированы во время фазы целевого накопления. Результаты показали, что текущие алгоритмы прогнозирования функций работают значительно лучше, чем простое назначение домена или прямое использование пакета BLAST . Однако они также показали, что точное предсказание биологической функции белка все еще остается открытой и сложной проблемой.

CAFA 2013-2014 [ править ]

Второй эксперимент CAFA стартовал осенью 2013 года. Начиная с августа, заинтересованные стороны могли загрузить более 100 000 целевых последовательностей 27 видов. Зарегистрированным командам предлагается аннотировать последовательности с помощью терминов онтологии генов, а дополнительная задача - аннотировать человеческие последовательности с помощью терминов онтологии человеческого фенотипа . Крайний срок подачи заявок - 15 января 2014 года. Оценка прогнозов состоится в июне 2014 года.

См. Также [ править ]

CASP : критическая оценка предсказания структуры белка
CAPRI : критическая оценка предсказания взаимодействий

Ссылки [ править ]

  1. ^ Предраг, Радивояц; и другие. (2013). «Масштабная оценка предсказания вычислительной функции белка» . Методы природы . 10 (3): 221–227. DOI : 10.1038 / nmeth.2340 . PMC  3584181 . PMID  23353650 .
  2. ^ Бернал, Аксель; Uy Ear; Никос Кирпидес (2001). «База данных Genomes OnLine (GOLD): монитор геномных проектов по всему миру» . Исследования нуклеиновых кислот . 29 (1): 126–127. DOI : 10.1093 / NAR / 29.1.126 . PMC 29859 . PMID 11125068 .  
  3. ^ Фридберг, Иддо; Мартин Джамбон; Адам Годзик (июнь 2006 г.). «Новые возможности в предсказании функции белков» . Белковая наука . 15 (6): 1527–1529. DOI : 10.1110 / ps.062158406 . PMC 2242544 . PMID 16731984 .  
  4. ^ Родригес, Ана; Барри Грант; Адам Годзик; Иддо Фридберг (2007). «Встреча 2006 г. по автоматизированному прогнозированию функций» . Биоинформатика . 8 (Дополнение 4): S1–4. DOI : 10,1186 / 1471-2105-8-s4-s1 . PMC 1892079 . PMID 17570143 .  
  5. ^ Гиллис, Джесси; Пол Павлидис (апрель 2013 г.). «Характеризуя современное состояние вычислительного назначения функции гена: уроки первой критической оценки функциональной аннотации (CAFA)» (PDF) . BMC Bioinformatics . 14 (Дополнение 3): S15. DOI : 10.1186 / 1471-2105-14-s3-S15 . PMC 3633048 . PMID 23630983 .   

Внешние ссылки [ править ]

  • Специальная группа по автоматизированному прогнозированию функций - информация об участии в CAFA Challenge