DECIPHER - это веб-ресурс и база данных данных по геномным вариациям, полученным на основе анализа ДНК пациентов . [1] [2] [3] Он документирует субмикроскопические хромосомные аномалии ( микроделеции и дупликации ) и варианты патогенных последовательностей (однонуклеотидные варианты - SNV, вставки, делеции, InDels) у более чем 25000 пациентов и сопоставляет их с геномом человека с помощью Ensembl или UCSC Genome Browser . [1] [2] [4] Кроме того, он каталогизирует клинические характеристики каждого пациента и поддерживает базу данных микроделеций / дупликаций.синдромы , а также ссылки на соответствующие научные отчеты и группы поддержки . [1] [5]
Акроним из базы данных о хромосомной Дисбаланс и фенотипа в организме человека с использованием Ensembl ресурсов , расшифровывать было начато в 2004 году в Sanger Institute в Соединенном Королевстве, финансируемого Wellcome Trust . [1] Однако он поддерживается международным исследовательским консорциумом, данные пациентов предоставлены более чем 240 центрами клинической генетики из 33 стран. Каждый центр представлен опытным клиническим генетиком и старшим молекулярным цитогенетиком . [6]
Цели
DECIPHER была основана в 2004 году Найджелом Картером из Wellcome Trust Sanger Institute и Хелен Ферт , консультантом по клинической генетике в больнице Адденбрука в Кембридже . Он преследует три основные цели: [6] [7]
- Помощь в интерпретации правдоподобных патогенных вариантов на основе полногеномного анализа, помещая их в контекст известных патогенных вариантов, других правдоподобных патогенных вариантов и популяционной изменчивости
- Аннотировать правдоподобно патогенные варианты с их вероятным функциональным воздействием с помощью инструментов Ensembl для сравнения последовательностей и структурных вариантов с последней функциональной аннотацией текущего эталонного генома человека, например, определить, какие гены участвуют в конкретном варианте числа копий (микроделеция / микродупликация) или для вариантов последовательности независимо от того, расположены ли они внутри гена или регуляторного элемента.
- Содействовать исследованию генов, влияющих на здоровье и развитие человека, для улучшения диагностики, лечения и лечения редких заболеваний.
В качестве инструмента для клинических генетиков, цитогенетиков и молекулярных биологов DECIPHER используется для определения того, имеют ли вариации числа копий генов, выявленные у пациентов, клиническое значение. Члены могут визуализировать гены в области ДНК, измененной у своих пациентов, и выяснять, известны ли какие-либо гены, причастные к заболеванию. Хромосомный дисбаланс является основной причиной задержки развития, неспособности к обучению и врожденных аномалий, и, по словам Эмили Нимитц, написавшей в Nature Genetics, база данных облегчает сотрудничество между исследователями и клиницистами, у которых есть пациенты с аналогичными клиническими характеристиками, что может «помочь в обнаружении новые синдромы и признание генов, имеющих клиническое значение ». [4] [5]
Процесс
Пациенты вводятся в DECIPHER зарегистрированными членами консорциума. Обычно клинический генетик организует хромосомный анализ (обычно на основе микроматрицы ) ДНК пациента. Возможная микроделеция / микродупликация может быть идентифицирована, но ее медицинское значение неизвестно. [8] Врач может ввести анонимные данные в ограниченную, защищенную паролем базу данных DECIPHER и сопоставить местоположение и размер хромосомной делеции / дупликации с эталонным геномом . Используя DECIPHER, врач может затем идентифицировать конкретные гены, затронутые делецией / дупликацией, определить, имеют ли какие-либо известные клинические значения (например, были ли удалены гены-супрессоры опухоли ) [9], и просмотреть область в браузере генома Ensembl. чтобы увидеть, есть ли в DECIPHER другие согласованные пациенты с перекрывающимися удалениями / дупликациями. [8] Это позволяет лучше установить, является ли изменение количества копий нормальным полиморфным вариантом или вероятной причиной клинических симптомов пациента . Затем клиницист может проконсультировать пациента о вероятном значении делеции / дупликации и ее последствиях для его здоровья. [8]
Данные каждого пациента анонимны и представлены только идентификатором со связанным генотипом и набором клинических симптомов ( фенотипов ). Данные пациента становятся доступными для других членов консорциума и просматриваются через Ensembl, если пациент подписывает форму согласия . [8] При информированном согласии анонимное удаление / дублирование и фенотипы становятся доступными для просмотра членам консорциума DECIPHER и общедоступным пользователям с разными уровнями доступа (например, только зарегистрированные пользователи могут видеть контактные данные центра, который ввел данные). Общедоступные пользователи, которые хотят найти дополнительную информацию о пациенте, могут отправить запрос в DECIPHER, который затем перешлет его координатору-клиницисту, ответственному за центр отправки.
Большинство пациентов, депонированных в DECIPHER, имеют генетические мутации, которые очень редко встречаются в общей популяции. Следовательно, вероятность того, что одни и те же врачи встретят похожих пациентов, также мала. Поскольку DECIPHER открыт для любого аккредитованного клинициста или цитогенетика со всего мира, шансы на обнаружение подобных редких случаев значительно увеличиваются. Этот обмен клинической генетической информацией в режиме онлайн не только способствует лучшему пониманию микроделеций / микродупликаций и связанных с ними патогенных фенотипов, но также способствует обнаружению новых синдромов . [10] [11] [12] [13] По состоянию на январь 2014 года в базу данных DECIPHER было внесено более 23000 пациентов, из которых более 10000 получили свое согласие.
Этика и конфиденциальность
Соответствующее согласие на ввод данных пациента в DECIPHER получает лечащий врач. [14] Согласие пациентов может быть отозвано в любой момент, а их данные будут удалены. [7] Часто записи о детях отображаются с согласия их родителей или опекунов. DECIPHER сообщает, что когда ребенок достигнет возраста шестнадцати лет, он или она будут уведомлены о записи и ему будет предоставлена возможность отказаться от участия или продолжить участие в нем. [7] Каждый членский центр, использующий DECIPHER, получает этическое одобрение комитета по этике исследований в своем учреждении или стране, где это применимо. В Великобритании Управление комиссара по информации было уведомлено о DECIPHER в соответствии с Законом о защите данных 1998 года . [14] Проект курируют представители консультативного совета из области генетики человека, вычислительной биологии, этики и права. [15]
Для обеспечения конфиденциальности информации данные передаются через зашифрованное соединение TLS / SSL . Только доверенные лица из признанных медицинских исследовательских центров могут получить доступ к идентификатору центра, который представил другого пациента (что позволяет им связаться с клиницистами пациента, если они захотят сотрудничать). Представители общественности могут просматривать согласованные анонимные данные пациента в DECIPHER и Ensembl без указания личности отправившего центра. [8] [14]
Смотрите также
- Виртуальный кариотип
- Менделирующее наследование в человеке
- MARRVEL , веб-сайт, который использует DECIPHER в качестве одной из шести баз данных генов человека и семи баз данных модельных организмов для интеграции информации.
Рекомендации
- ^ а б в г Ферт Х.В., Ричардс С.М., Беван А.П., Клейтон С., Корпас М. и др. (Апрель 2009 г.). "DECIPHER: База данных хромосомного дисбаланса и фенотипа у людей с использованием ресурсов ансамбля" . Являюсь. J. Hum. Genet . 84 (4): 524–33. DOI : 10.1016 / j.ajhg.2009.03.010 . PMC 2667985 . PMID 19344873 .
- ^ а б Swaminathan GJ; Брагин Э; Чатзимичали Э.А.; Corpas M; и другие. (2012). «DECIPHER: сетевой ресурс сообщества для клинической интерпретации редких вариантов нарушений развития» . Гм. Мол. Genet . 21 (R1): R37 – R44. DOI : 10,1093 / HMG / dds362 . PMC 3459644 . PMID 22962312 .
- ^ Брагин Э; Chatzimichali EA »; et al. (2014). « DECIPHER: база данных для интерпретации связанной с фенотипом вероятной патогенной последовательности и вариации числа копий » . Nucleic Acids Res . 42 (выпуск базы данных): D993 – D1000. Doi : 10.1093 / Нар / gkt937 . PMC 3965078 . PMID 24150940 .
- ^ а б Стюарт, А; Brice, P; Бертон, H (2007). Генетика, здравоохранение и государственная политика: введение в генетику общественного здравоохранения . Издательство Кембриджского университета. п. 159 . ISBN 978-0-521-52907-5.
- ^ а б Ниемиц, Э (2009). «РАСШИФРОВКА хромосомных дисбалансов» . Генетика природы . 41 (5): 514. DOI : 10.1038 / ng0509-514 .
- ^ а б «О расшифровывать» . Wellcome Trust Институт Сэнгера . Проверено 12 февраля 2014 .
- ^ а б в Ферт, HV (январь 2009 г.). «Добро пожаловать в базу данных DECIPHER: Введение для семей» (PDF) . Wellcome Trust Институт Сэнгера . Проверено 12 февраля 2014 .[ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ а б в г д Ферт, HV. «Схема потока данных для базы данных DECIPHER» (PDF) . Wellcome Trust Институт Сэнгера. Архивировано 19 мая 2015 года из оригинального (PDF) . Проверено 12 февраля 2014 .
- ^ Гены с установленной клинической значимостью, в том числе перечисленные в OMIM , выделены как импринтированные гены .
- ^ Шоу-Смит С., Редон Р., Рикман Л. и др. (Апрель 2004 г.). «Сравнительная геномная гибридизация на основе микрочипов (array-CGH) выявляет субмикроскопические хромосомные делеции и дупликации у пациентов с неспособностью к обучению / умственной отсталостью и дисморфическими особенностями» . J. Med. Genet . 41 (4): 241–8. DOI : 10.1136 / jmg.2003.017731 . PMC 1735726 . PMID 15060094 .
- ^ Шоу-Смит С., Питтман А.М., Уиллатт Л. и др. (Сентябрь 2006 г.). «Микроделеция, охватывающая MAPT на хромосоме 17q21.3, связана с задержкой развития и неспособностью к обучению». Nat. Genet . 38 (9): 1032–7. DOI : 10.1038 / ng1858 . PMID 16906163 .
- ^ Захир Ф., Ферт Х.В., Баросс А. и др. (Сентябрь 2007 г.). «Новые делеции 14q11.2, связанные с задержкой в развитии, когнитивными нарушениями и аналогичными незначительными аномалиями у трех детей» . J. Med. Genet . 44 (9): 556–61. DOI : 10.1136 / jmg.2007.050823 . PMC 2597953 . PMID 17545556 .
- ^ Малан В., Рауль О., Ферт Х. В. и др. (Сентябрь 2009 г.). «Синдром делеции 19q13.11: новое клинически распознаваемое генетическое состояние, идентифицированное сравнительной геномной гибридизацией массива». J. Med. Genet . 46 (9): 635–40. DOI : 10.1136 / jmg.2008.062034 . PMID 19126570 .
- ^ а б в Ферт, HV. «Этические рамки для DECIPHER» (PDF) . Wellcome Trust Институт Сэнгера . Проверено 24 июня 2010 года .[ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ "Консультативный совет DECIPHER" . Wellcome Trust Институт Сэнгера . Проверено 24 июня 2010 года .
Внешние ссылки
- Сайт DECIPHER
- Человеческий ансамбль
- Браузер генома UCSC