DREAM Challenges ( Диалог для обратной инженерной оценки и методов ) — это некоммерческая инициатива, направленная на продвижение исследований в области биомедицины и системной биологии с помощью краудсорсинговых конкурсов. [1] [2] DREAM Challenges, запущенные в 2006 году, сотрудничают с Sage Bionetworks , чтобы предоставить платформу для соревнований, проводимых на платформе Synapse . За более чем 15 лет было проведено более 60 испытаний DREAM. [3]
DREAM Challenges была основана в 2006 году Густаво Столовицки из IBM Research [4] и Андреа Калифано из Колумбийского университета. В настоящее время председателем организации DREAM является Пол Бутрос из Калифорнийского университета. Дальнейшая организация охватывает почетных председателей Джастина Гинни и Густаво Столовицкого , а также нескольких директоров DREAM. [5]
Отдельные задачи сосредоточены на решении конкретного вопроса биомедицинского исследования, обычно сужающегося до конкретного заболевания. Особое внимание уделяется онкологии , при этом многочисленные прошлые проблемы были сосредоточены на раке молочной железы , остром миелоидном лейкозе , раке предстательной железы или подобных заболеваниях. [3] Данные, связанные с индивидуальной провокацией, отражают контекст заболевания; в то время как рак обычно связан с такими данными, как мутации в геноме человека , экспрессия генов и генные сети в транскриптомике и крупномасштабной протеомике , новые задачи сместились в сторону секвенирования отдельных клеток .технологии, а также возникающие исследовательские вопросы, связанные с кишечным микробиомом , что отражает тенденции в более широком исследовательском сообществе. [6]
Мотивация для DREAM Challenges заключается в том, что путем краудсорсинга данных для более широкой аудитории посредством соревнований можно получить лучшие модели и понимание, чем если бы анализ проводился одной организацией. [7] Прошлые конкурсы были опубликованы в таких научных изданиях, как флагманские журналы издательских групп Nature Portfolio и PLOS . [8] Результаты испытаний DREAM объявляются через веб-платформы, а наиболее результативные участники приглашаются представить свои результаты на ежегодных конференциях RECOMB / ISCB с RSG/DREAM [9], организованных ISCB .
В то время как DREAM Challenges делал упор на открытую науку и данные, чтобы смягчить проблемы, возникающие из высокочувствительных данных, таких как геномика в когортах пациентов, были приняты подходы «модель к данным». [10] В таких задачах участники представляют свои модели через контейнеры, такие как Docker или Singularity . Это позволяет сохранить конфиденциальность исходных данных, поскольку эти контейнеры затем запускаются организаторами на конфиденциальных данных. Это отличается от более традиционной модели открытых данных, когда участники представляют прогнозы непосредственно на основе предоставленных открытых данных.
Задача DREAM включает в себя основную организационную группу DREAM/ Sage Bionetworks , а также расширенную группу научных экспертов, которые, возможно, внесли свой вклад в создание и концепцию задачи или предоставили ключевые данные. [11] Кроме того, более широкое исследовательское сообщество может предложить новые задачи DREAM. [12] Фармацевтические компании или другие частные лица также могут участвовать в задачах DREAM, например, в предоставлении данных.