| Эндонуклеаза рестрикции EcoRV | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Кристаллическая структура EcoRV в комплексе с двухцепочечной ДНК | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | Эндонук-ЭкоРВ | ||||||||
| Pfam | PF09233 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR015314 | ||||||||
| SCOP2 | 1sx5 / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
Eco RV (произносится как «eco R five») представляет собой эндонуклеазу рестрикции типа II,выделенную из определенных штаммов Escherichia coli . Он имеет альтернативное название Eco32I.
В молекулярной биологии это широко используемый рестрикционный фермент . Это создает тупые концы . Фермент распознает палиндромную последовательность ДНК из 6 оснований 5'-GAT | ATC-3 'и делает разрез на вертикальной линии. Тогда комплементарной последовательностью является 3'-CTA | TAG-5 '. Концы тупые и могут быть легко лигированы с тупым сайтом клонирования, но с меньшей эффективностью, чем липкие концы.
Структура [ править ]
Структура этого фермента и нескольких мутантов в комплексе с последовательностью ДНК, которую он разрезает, была решена с помощью рентгеновской кристаллографии .
Ядро фермента состоит из пятицепочечного смешанного β-листа, фланкированного α-спиралями. Ядро консервативно во всех других эндонуклеазах рестрикции типа II. Он также имеет субдомен N-концевой димеризации, образованный короткой α-спиралью, двухцепочечным антипараллельным листом и длинной α-спиралью. Этот субдомен встречается только в EcoRV и PvuII. [1]
Способ действия [ править ]
Подобно EcoRI , EcoRV образует гомодимер в растворе перед связыванием и действием на его последовательность узнавания . [2] Первоначально фермент слабо связывается с неспецифическим участком ДНК. Он случайным образом ходит по молекуле, пока не будет найден конкретный сайт узнавания. [1] EcoRV обладает высокой специфичностью в отношении своей целевой последовательности ДНК.
Связывание фермента вызывает конформационное изменение ДНК, изгибая ее примерно на 50 °. Изгиб ДНК приводит к разделению оснований, расширению малой бороздки и сжатию большой бороздки. Это приближает разрыв фосфодиэфирной связи к активному центру фермента, где он может быть расщеплен. Расщепление происходит в последовательности узнавания и не требует гидролиза АТФ. [1]
EcoRV является единственной эндонуклеазой рестрикции типа II, которая, как известно, вызывает основные конформационные изменения ДНК, индуцированные белком. [1]
Использует [ редактировать ]
EcoRV , часто используется , чтобы разрезать плазмидной вектор , чтобы вставить ген -of-интерес во время клонирования гена . Фермент поставляется многими производителями и для правильной работы требуется бычий сывороточный альбумин .
См. Также [ править ]
- EcoRI , еще один фермент нуклеазы из E. coli .
- EcoRII , еще один фермент нуклеазы из E. coli .
- FokI , фермент нуклеазы из Flavobacterium okeanokoites [3]
Ссылки [ править ]
- ^ a b c d Pingoud A, Jeltsch A (2001). «Структура и функция эндонуклеаз рестрикции II типа» . Исследования нуклеиновых кислот . 29 (18): 3705–3727. DOI : 10.1093 / NAR / 29.18.3705 . PMC 55916 . PMID 11557805 .
- ^ Bitinaite J, Вах Д.А., Аггарваль А.К., Schildkraut I (1998). «Для расщепления ДНК требуется димеризация FokI» . Proc Natl Acad Sci USA . 95 (18): 10570–10575. Bibcode : 1998PNAS ... 9510570B . DOI : 10.1073 / pnas.95.18.10570 . PMC 27935 . PMID 9724744 .
- ^ Zahran, М., Daidone И., Смит, JC, & Imhof, P. (2010). Механизм распознавания ДНК рестрикционным ферментом EcoRV. Журнал молекулярной биологии, 401 (3), 415-432.
