Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Не путать с плазмоидом .

Иллюстрация бактерии с хромосомной ДНК и плазмидами (не в масштабе)

Плазмиду представляет собой небольшой, внехромосомной ДНК - молекулы в клетке, которая физически отделена от хромосомной ДНК и могут реплицироваться независимо друг от друга. Чаще всего они встречаются в бактериях в виде небольших кольцевых двухцепочечных молекул ДНК ; однако плазмиды иногда присутствуют у архей и эукариотических организмов . В природе плазмиды часто несут гены, которые способствуют выживанию организма и придают селективное преимущество, такое как устойчивость к антибиотикам.. Хотя хромосомы большие и содержат всю важную генетическую информацию для жизни в нормальных условиях, плазмиды обычно очень малы и содержат только дополнительные гены, которые могут быть полезны в определенных ситуациях или условиях. Искусственные плазмиды широко используются в качестве векторов в молекулярном клонировании , служа для управления репликацией рекомбинантных последовательностей ДНК в организмах-хозяевах. В лаборатории плазмиды могут быть введены в клетку путем трансформации .

Плазмиды считаются репликонами , единицами ДНК, способными автономно реплицироваться в подходящем хозяине. Однако, плазмиды, как вирусы , как правило , не классифицируются как жизнь . [1] Плазмиды передаются от одной бактерии к другой (даже от другого вида) в основном путем конъюгации . [2] Этот перенос генетического материала от хозяина к хозяину является одним из механизмов горизонтального переноса генов , а плазмиды считаются частью мобилома . В отличие от вирусов, которые заключают свой генетический материал в защитную белковую оболочку, называемую капсидом.плазмиды представляют собой «голую» ДНК и не кодируют гены, необходимые для заключения генетического материала для передачи новому хозяину; однако некоторые классы плазмид кодируют конъюгативный "половой" пилус, необходимый для их собственного переноса. Размер плазмиды изменяется от 1 до более чем 200 K п.н. , [3] , а количество идентичных плазмид в одной ячейке может варьироваться от одного до нескольких тысяч при некоторых обстоятельствах.

История [ править ]

Термин плазмида был введен в 1952 году американским молекулярным биологом Джошуа Ледербергом для обозначения «любой внехромосомной наследственной детерминанты». [4] Раннее использование этого термина включало любой бактериальный генетический материал, который существует вне хромосом, по крайней мере, в течение части его цикла репликации, но поскольку это описание включает бактериальные вирусы, понятие плазмиды со временем было уточнено, чтобы включить генетические элементы, которые воспроизводятся автономно. [5] Позже, в 1968 году, было решено, что термин «плазмида» следует использовать как термин для внехромосомного генетического элемента, [6]и чтобы отличить его от вирусов, определение было сужено до генетических элементов, которые существуют исключительно или преимущественно вне хромосомы и могут автономно реплицироваться. [5]

Свойства и характеристики [ править ]

Существует два типа интеграции плазмид в бактерии-хозяева: неинтегрирующиеся плазмиды реплицируются, как в верхнем экземпляре, тогда как эписомы , нижний пример, могут интегрироваться в хромосому хозяина .

Для того чтобы плазмиды могли независимо реплицироваться в клетке, они должны обладать участком ДНК, который может выступать в качестве точки начала репликации . Самовоспроизводящаяся единица, в данном случае плазмида, называется репликоном . Типичный бактериальный репликон может состоять из ряда элементов, таких как ген плазмид-специфичного белка инициации репликации (Rep), повторяющиеся единицы, называемые итеронами , DnaA- боксы и прилегающая область, богатая AT. [5]Плазмиды меньшего размера используют репликативные ферменты хозяина для создания собственных копий, в то время как плазмиды большего размера могут нести гены, специфичные для репликации этих плазмид. Некоторые типы плазмид также могут вставляться в хромосому хозяина, и эти интегративные плазмиды иногда называют эписомами у прокариот. [7]

Плазмиды почти всегда несут хотя бы один ген. Многие из генов, переносимых плазмидой, полезны для клеток-хозяев, например: позволяют клетке-хозяину выживать в среде, которая в противном случае была бы летальной или ограничивающей рост. Некоторые из этих генов кодируют признаки устойчивости к антибиотикам или устойчивости к тяжелым металлам, в то время как другие могут продуцировать факторы вирулентности, которые позволяют бактерии колонизировать хозяина и преодолевать его защиту, или обладают определенными метаболическими функциями, которые позволяют бактерии использовать определенное питательное вещество, включая способность разлагать стойкие или токсичные органические соединения. [5] Плазмиды также могут обеспечивать бактерии способность связывать азот.. Однако некоторые плазмиды не оказывают заметного влияния на фенотип клетки-хозяина или невозможно определить их пользу для клеток-хозяев, и эти плазмиды называются криптическими плазмидами. [8]

Природные плазмиды сильно различаются по своим физическим свойствам. Их размер может варьироваться от очень маленьких мини-плазмид размером менее 1 пары оснований (Kbp) до очень больших мегаплазмид из нескольких пар оснований мегабаз (Mbp). На верхнем конце мегаплазмида и минихромосома мало чем отличаются . Плазмиды обычно имеют круглую форму, но известны также примеры линейных плазмид. Эти линейные плазмиды требуют специальных механизмов для репликации их концов. [5]

Плазмиды могут присутствовать в отдельной клетке в разном количестве, от одной до нескольких сотен. Нормальное число копий плазмиды , которые могут быть найдены в одной ячейке, называется числом копий плазмиды , и определяется , как регулируются инициация репликации и размера молекулы. Плазмиды большего размера обычно имеют меньшее количество копий. [7] Плазмиды с низким числом копий, которые существуют только в виде одной или нескольких копий в каждой бактерии, при делении клетки подвергаются опасности быть потерянными в одной из разделяющих бактерий. Такие однокопийные плазмиды имеют системы, которые пытаются активно распространять копию в обеих дочерних клетках. Эти системы, включая систему parABS и систему parMRC, часто называют системой распределения или функцией распределения плазмиды.

Классификации и типы [ править ]

Обзор бактериальной конъюгации
Электронная микрофотография пучка волокон ДНК, предположительно одной петли бактериальной хромосомы
Электронная микрофотография плазмиды бактериальной ДНК (фрагмент хромосомы)

Плазмиды можно классифицировать по-разному. Плазмиды можно широко разделить на конъюгативные плазмиды и неконъюгативные плазмиды. Конъюгативные плазмиды содержат набор генов переноса, которые способствуют половой конъюгации между разными клетками. [7] В сложном процессе конъюгации плазмиды могут передаваться от одной бактерии к другой через половые пили, кодируемые некоторыми генами-переносчиками (см. Рисунок). [9]Неконъюгативные плазмиды не способны инициировать конъюгацию, поэтому их можно переносить только с помощью конъюгативных плазмид. Промежуточный класс плазмид является подвижным и несут только часть генов, необходимых для переноса. Они могут паразитировать на конъюгированной плазмиде, передаваясь с высокой частотой только в ее присутствии.

Плазмиды также можно разделить на группы несовместимости. Микроб может содержать разные типы плазмид, но разные плазмиды могут существовать только в одной бактериальной клетке, если они совместимы. Если две плазмиды несовместимы, одна или другая будет быстро потеряна из клетки. Поэтому разные плазмиды могут быть отнесены к разным группам несовместимости в зависимости от того, могут ли они сосуществовать вместе. Несовместимые плазмиды (принадлежащие к одной группе несовместимости) обычно используют одни и те же механизмы репликации или разделения и, следовательно, не могут храниться вместе в одной клетке. [10] [11]

Другой способ классификации плазмид - по функциям. Есть пять основных классов:

  • F-плазмиды фертильности , содержащие гены tra . Они способны к спряжению и приводят к выражению половых пилей .
  • Плазмиды устойчивости (R), которые содержат гены, обеспечивающие устойчивость к антибиотикам или ядам . Исторически известные как R-факторы, еще до того, как была выяснена природа плазмид.
  • Col плазмиды, которые содержат гены, кодирующие бактериоцины , белки, которые могут убивать другие бактерии.
  • Разлагающие плазмиды, которые позволяют переваривать необычные вещества, например толуол и салициловую кислоту .
  • Плазмиды вирулентности, которые превращают бактерии в возбудителей болезней . например, плазмида Ti в Agrobacterium tumefaciens

Плазмиды могут принадлежать более чем к одной из этих функциональных групп.

Векторы [ править ]

Дополнительная информация: Вектор (молекулярная биология)

Искусственно сконструированные плазмиды можно использовать в качестве векторов в генной инженерии . Эти плазмиды служат важными инструментами в лабораториях генетики и биотехнологии, где они обычно используются для клонирования и амплификации (создания множества копий) или экспрессии определенных генов. [12] Для такого использования коммерчески доступно большое количество плазмид. Реплицируемый ген обычно вставляют в плазмиду, которая обычно содержит ряд функций для их использования. К ним относятся ген, который придает устойчивость к определенным антибиотикам ( ампициллин наиболее часто используется для бактериальных штаммов), источник репликациичтобы позволить бактериальным клеткам реплицировать плазмидную ДНК, и подходящий сайт для клонирования (называемый сайтом множественного клонирования ).

Структурную нестабильность ДНК можно определить как серию спонтанных событий, завершающихся непредвиденной перестройкой, потерей или приобретением генетического материала. Такие события часто инициируются перемещением мобильных элементов или наличием нестабильных элементов, таких как неканонические (не B) структуры. Дополнительные области, относящиеся к остову бактерий, могут участвовать в широком диапазоне явлений структурной нестабильности. Хорошо известные катализаторы генетической нестабильности включают прямые, инвертированные и тандемные повторы, которые, как известно, заметны в большом количестве коммерчески доступных векторов клонирования и экспрессии. [13]Последовательности вставки также могут серьезно влиять на функцию и выход плазмиды, приводя к делециям и перестройкам, активации, подавлению или инактивации экспрессии соседнего гена. [14] Следовательно, уменьшение или полное устранение посторонних некодирующих последовательностей основной цепи значительно снизило бы склонность к таким событиям, и, следовательно, общий рекомбиногенный потенциал плазмиды. [15] [16]

Схематическое изображение плазмиды pBR322 , одной из первых плазмид, широко используемых в качестве вектора клонирования . На диаграмме плазмиды показаны кодируемые гены ( amp и tet для устойчивости к ампициллину и тетрациклину соответственно), их начало репликации ( ori ) и различные сайты рестрикции (обозначены синим).

Клонирование [ править ]

Основная статья: Клонирование вектора

Плазмиды являются наиболее часто используемыми векторами для клонирования бактерий. [17] Эти клонирующие векторы содержат сайт, который позволяет вставлять фрагменты ДНК, например сайт множественного клонирования или полилинкер, который имеет несколько обычно используемых сайтов рестрикции, с которыми можно лигировать фрагменты ДНК . После вставки интересующего гена плазмиды вводятся в бактерии с помощью процесса, называемого трансформацией . Эти плазмиды содержат селективный маркер.обычно это ген устойчивости к антибиотикам, который придает бактериям способность выживать и размножаться в селективной среде для выращивания, содержащей определенные антибиотики. Клетки после трансформации подвергаются воздействию селективной среды, и выживают только клетки, содержащие плазмиду. Таким образом, антибиотики действуют как фильтр для отбора только бактерий, содержащих плазмидную ДНК. Вектор также может содержать другие маркерные гены или репортерные гены для облегчения отбора плазмид с клонированными вставками. Бактерии, содержащие плазмиду, затем можно выращивать в больших количествах, собирать и затем выделять представляющую интерес плазмиду с использованием различных способов получения плазмиды .

Вектор плазмиды клонирования , как правило , используются для фрагментов клона ДНК размера до 15 кб . [18] Для клонирования ДНК большей длины используются лямбда-фаг с удаленными генами лизогении, космиды , бактериальные искусственные хромосомы или искусственные хромосомы дрожжей .

Производство белка [ править ]

Основная статья: Вектор экспрессии

Еще одно важное применение плазмид - производство большого количества белков. В этом случае исследователи выращивают бактерии, содержащие плазмиду, несущую интересующий ген. Так же, как бактерия вырабатывает белки, придающие ей устойчивость к антибиотикам, ее также можно заставить производить большое количество белков из встроенного гена. Это дешевый и простой способ массового производства белка, кодируемого геном, например, инсулина .

Генная терапия [ править ]

Основная статья: Векторы в генной терапии

Плазмиды также можно использовать для переноса генов в качестве потенциального лечения в генной терапии, чтобы они могли экспрессировать белок, которого не хватает в клетках. Некоторые формы генной терапии требуют встраивания терапевтических генов в предварительно выбранные хромосомные участки-мишени в геноме человека . Плазмидные векторы - один из многих подходов, которые можно использовать для этой цели. Нуклеазы цинковых пальцев (ZFNs) предлагают способ вызвать сайт-специфичный двухцепочечный разрыв генома ДНК и вызвать гомологичную рекомбинацию. Плазмиды, кодирующие ZFN, могут помочь доставить терапевтический ген в определенное место, чтобы избежать повреждения клеток, мутаций, вызывающих рак, или иммунного ответа. [19]

Модели болезней [ править ]

Плазмиды исторически использовались для генетической инженерии эмбриональных стволовых клеток крыс для создания моделей генетических заболеваний крыс. Ограниченная эффективность методов на основе плазмид не позволила их использовать для создания более точных моделей клеток человека. Однако разработки методов рекомбинации аденоассоциированных вирусов и нуклеаз цинковых пальцев позволили создать новое поколение моделей изогенных заболеваний человека .

Эписомы [ править ]

«Эпизом» перенаправляется сюда. Об альбоме Билла Ласуэлла, Отомо Йошихиде и Тацуи Йошиды см. Episome (альбом) .

Термин эписома был введен Франсуа Жакобом и Эли Уоллманом в 1958 году для обозначения внехромосомного генетического материала, который может воспроизводиться автономно или интегрироваться в хромосому. [20] [21] Однако с тех пор, как этот термин был введен, его использование изменилось, так как плазмида стала предпочтительным термином для автономной репликации внехромосомной ДНК. На симпозиуме 1968 года в Лондоне некоторые участники предложили отказаться от термина « эписома» , хотя другие продолжали использовать этот термин с изменением значения. [22] [23]

Сегодня некоторые авторы используют эписому в контексте прокариот для обозначения плазмиды, способной интегрироваться в хромосому. Интегративные плазмиды могут реплицироваться и стабильно сохраняться в клетке в течение нескольких поколений, но на некотором этапе они будут существовать как независимая молекула плазмиды. [24] В контексте эукариот термин эписома используется для обозначения неинтегрированной внехромосомной замкнутой кольцевой молекулы ДНК, которая может реплицироваться в ядре. [25] [26] Наиболее распространенными примерами этого являются вирусы, такие как герпесвирусы , аденовирусы и полиомавирусы., но некоторые из них являются плазмидами. Другие примеры включают аберрантные хромосомные фрагменты, такие как двухминутные хромосомы , которые могут возникать во время искусственных амплификаций генов или при патологических процессах (например, трансформации раковых клеток). Эписомы эукариот ведут себя аналогично плазмидам прокариот в том, что ДНК стабильно сохраняется и реплицируется с клеткой-хозяином. Также могут возникать цитоплазматические вирусные эписомы (как при поксвирусных инфекциях). Некоторые эписомы, такие как вирусы герпеса, реплицируются по механизму « катящегося круга» , как и вирусы бактериальных фагов. Другие реплицируются через механизм двунаправленной репликации ( тип Thetaплазмиды). В любом случае эписомы остаются физически отделенными от хромосом клетки-хозяина. Некоторые раковые вирусы, включая вирус Эпштейна-Барра и герпесвирус, связанный с саркомой Капоши , сохраняются в виде латентных, отдельных по хромосоме эписом в раковых клетках, где вирусы экспрессируют онкогены , способствующие пролиферации раковых клеток. При раке эти эписомы пассивно реплицируются вместе с хромосомами хозяина при делении клетки. Когда эти вирусные эписомы инициируют литическую репликацию с образованием множества вирусных частиц, они обычно активируют защитные механизмы клеточного врожденного иммунитета, которые убивают клетку-хозяин.

Обслуживание плазмид [ править ]

Основная статья: Модуль зависимости

Некоторые плазмиды или микробные хозяева включают систему зависимости или постсегрегационную систему уничтожения (PSK), такую ​​как система hok / sok (уничтожение хозяина / супрессор уничтожения) плазмиды R1 в Escherichia coli . [27] Этот вариант производит как долгоживущий яд, так и недолговечное противоядие . В литературе описано несколько типов систем плазмидной зависимости (токсин / антитоксин, на основе метаболизма, системы ORT) [28]и используется в биотехнических (ферментация) или биомедицинских (вакцинация) приложениях. Дочерние клетки, которые сохраняют копию плазмиды, выживают, в то время как дочерняя клетка, которая не может наследовать плазмиду, умирает или страдает сниженной скоростью роста из-за оставшегося яда от родительской клетки. Наконец, можно повысить общую производительность.

Напротив, плазмиды, используемые в биотехнологии, такие как pUC18, pBR322 и производные векторы, вряд ли когда-либо содержат системы зависимости от токсина и антитоксина, и поэтому их необходимо держать под давлением антибиотиков, чтобы избежать потери плазмиды.

Плазмиды дрожжей [ править ]

В природе дрожжи содержат различные плазмиды. Среди них выделяются плазмиды размером 2 мкм - маленькие кольцевые плазмиды, часто используемые для генной инженерии дрожжей, - и линейные плазмиды pGKL из Kluyveromyces lactis , которые отвечают за фенотипы киллеров . [29]

Другие типы плазмид часто связаны с векторами клонирования дрожжей, которые включают:

  • Интегративная плазмида дрожжей (YIp) , дрожжевые векторы, которые зависят от интеграции в хромосому хозяина для выживания и репликации и обычно используются при изучении функциональности отдельного гена или когда ген токсичен. Также связан с геном URA3, который кодирует фермент, связанный с биосинтезом пиримидиновых нуклеотидов (T, C);
  • Репликативная плазмида дрожжей (YRp) , которая транспортирует последовательность хромосомной ДНК, которая включает точку начала репликации. Эти плазмиды менее стабильны, так как они могут быть потеряны во время бутонизации.

Извлечение плазмидной ДНК [ править ]

Плазмиды часто используются для очистки определенной последовательности, поскольку их можно легко очистить от остальной части генома. Для использования в качестве векторов и для молекулярного клонирования плазмиды часто необходимо изолировать.

Существует несколько методов выделения плазмидной ДНК из бактерий, от минипрепа до максипрепа или массового препарирования . [12] Первый можно использовать для быстрого определения правильности плазмиды в каком-либо из нескольких бактериальных клонов. Выход представляет собой небольшое количество нечистой плазмидной ДНК, которого достаточно для анализа рестрикционным гидролизом и для некоторых методов клонирования.

В последнем выращиваются гораздо большие объемы бактериальной суспензии, из которых можно проводить макси-препарирование. По сути, это минипрепарат в увеличенном масштабе с последующей дополнительной очисткой. Это приводит к относительно большим количествам (несколько сотен микрограммов) очень чистой плазмидной ДНК.

Было создано множество коммерческих наборов для выполнения экстракции плазмид в различных масштабах, чистоте и уровнях автоматизации.

Соответствия [ править ]

Плазмидная ДНК может находиться в одной из пяти конформаций, которые (для данного размера) движутся с разной скоростью в геле во время электрофореза . Конформации перечислены ниже в порядке электрофоретической подвижности (скорости для данного приложенного напряжения) от самой медленной до самой быстрой:

  • Разрезанная кольцевая ДНК имеет разрез по одной нити.
  • Расслабленная кольцевая ДНК полностью интактна, обе нити не разрезаны, но ферментативно расслаблена (суперспирали удалены). Это можно смоделировать, позволив скрученному удлинителю размотаться и расслабиться, а затем подключить его к самому себе.
  • Линейная ДНК имеет свободные концы либо потому, что обе нити были разрезаны, либо потому, что ДНК была линейной in vivo . Это можно смоделировать с помощью электрического удлинителя, который не вставлен сам в себя.
  • Суперспиральная (или ковалентно замкнутая-кольцевая ) ДНК полностью неповреждена, обе нити не разрезаны, и с цельным скручением, что приводит к компактной форме. Это можно смоделировать, скручивая удлинитель, а затем вставляя его в себя.
  • Суперспиральная денатурированная ДНК похожа на суперспиральную ДНК , но имеет непарные участки, которые делают ее немного менее компактной; это может быть результатом чрезмерной щелочности во время приготовления плазмиды.

Скорость миграции небольших линейных фрагментов прямо пропорциональна напряжению, приложенному при низких напряжениях. При более высоких напряжениях более крупные фрагменты перемещаются с постоянно увеличивающейся, но разной скоростью. Таким образом, разрешение геля уменьшается с увеличением напряжения.

При заданном низком напряжении скорость миграции небольших линейных фрагментов ДНК является функцией их длины. Большие линейные фрагменты (более 20 кб или около того) перемещаются с определенной фиксированной скоростью независимо от длины. Это происходит из-за того, что молекулы «перестраиваются», при этом основная часть молекулы следует за передним концом через матрицу геля. Рестрикционные переваривания часто используются для анализа очищенных плазмид. Эти ферменты специально разрушают ДНК в определенных коротких последовательностях. Полученные линейные фрагменты после гель-электрофореза образуют «полосы» . Некоторые фрагменты можно очистить, вырезав полосы из геля и растворив гель для высвобождения фрагментов ДНК.

Из-за своей плотной конформации суперспиральная ДНК быстрее проходит через гель, чем линейная или открытая кольцевая ДНК.

Программное обеспечение для биоинформатики и дизайна [ править ]

Основная статья: Список программного обеспечения для генной инженерии

Использование плазмид в качестве метода молекулярной биологии поддерживается программным обеспечением биоинформатики . Эти программы записывают последовательность ДНК плазмидных векторов, помогают прогнозировать участки разреза рестрикционных ферментов и планировать манипуляции. Примерами пакетов программного обеспечения, которые обрабатывают карты плазмид, являются ApE, Clone Manager , GeneConstructionKit, Geneious, Genome Compiler , LabGenius, Lasergene, MacVector , pDraw32, Serial Cloner, VectorFriends, Vector NTI и WebDSV. Эти части программного обеспечения помогают проводить полные эксперименты in silico перед проведением влажных экспериментов. [30]

Коллекции плазмид [ править ]

Многие плазмиды были созданы за эти годы, и исследователи предоставили плазмиды в базы данных плазмид, такие как некоммерческие организации Addgene и BCCM / LMBP . В этих базах данных можно найти и запросить плазмиды для исследования. Исследователи также часто загружают последовательности плазмид в базу данных NCBI , из которой можно извлечь последовательности конкретных плазмид.

См. Также [ править ]

  • Бактериальная искусственная хромосома
  • Бактериофаг
  • Рекомбинация ДНК
  • Плазмидом
  • Провирус
  • Сегросома
  • Транспозон
  • Тройное спаривание

Ссылки [ править ]

  1. ^ Sinkovics Дж, Хорват Дж, Горак А (1998). «Происхождение и эволюция вирусов (обзор)». Acta Microbiologica et Immunologica Hungarica . 45 (3–4): 349–90. PMID  9873943 .
  2. ^ Smillie C, Гарсильян-Барсиа М.П., Франчия М.В., Rocha Е.П., де - ла - Крус F (сентябрь 2010). «Подвижность плазмид» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 74 (3): 434–52. DOI : 10.1128 / MMBR.00020-10 . PMC 2937521 . PMID 20805406 .  
  3. Перейти ↑ Thomas CM, Summers D (2008). Бактериальные плазмиды . Энциклопедия наук о жизни . DOI : 10.1002 / 9780470015902.a0000468.pub2 . ISBN 978-0470016176.
  4. ^ Ледерберг J (октябрь 1952 г.). «Клеточная генетика и наследственный симбиоз». Физиологические обзоры . 32 (4): 403–30. CiteSeerX 10.1.1.458.985 . DOI : 10.1152 / Physrev.1952.32.4.403 . PMID 13003535 .  
  5. ^ а б в г д Финбарр Хейс (2003). «Глава 1 - Функция и организация плазмид» . В Никола Казали; Эндрю Престо (ред.). Плазмидные векторы E. Coli: методы и применение . Методы молекулярной биологии. 235 . Humana Press. С. 1–5. ISBN 978-1-58829-151-6.
  6. ^ Стэнли Фалькоу. «Микробная геномика: на плечах гигантов» . Общество микробиологов .
  7. ^ а б в Т. А. Браун (2010). «Глава 2 - Векторы для клонирования генов: плазмиды и бактериофаги» . Клонирование генов и анализ ДНК: Введение (6-е изд.). Вили-Блэквелл. ISBN 978-1405181730.
  8. ^ Дэвид Саммерс (1996). «Глава 1 - Функция и организация плазмид» . Биология плазмид (Первое изд.). Вили-Блэквелл. С. 21–22. ISBN 978-0632034369.
  9. ^ Дэвид П. Кларк; Нанетт Жан Паздерник (2012). Молекулярная биология (2-е изд.). Академическая ячейка. п. 795. ISBN 978-0123785947.
  10. ^ Маргарет CM Смит; Р. Элизабет Сокетт, ред. (1999). Генетические методы для разнообразных прокариот . Методы в микробиологии, т. 29. Academic Press. С. 75–77. ISBN 978-0-12-652340-9.
  11. ^ Морган К. "Плазмиды 101: Происхождение репликации" . addgene.org .
  12. ^ a b Рассел, Дэвид В .; Сэмбрук, Джозеф (2001). Молекулярное клонирование: лабораторное руководство . Колд-Спринг-Харбор, Нью-Йорк: Лаборатория Колд-Спринг-Харбор.
  13. ^ Оливейра PH, Prather KJ, Prazeres DM Монтейро GA (август 2010). «Анализ повторов ДНК в бактериальных плазмидах показывает возможность повторяющихся событий нестабильности». Прикладная микробиология и биотехнология . 87 (6): 2157–67. DOI : 10.1007 / s00253-010-2671-7 . PMID 20496146 . S2CID 19780633 .  
  14. ↑ Gonçalves GA, Oliveira PH, Gomes AG, Prather KL, Lewis LA, Prazeres DM, Monteiro GA (август 2014 г.). «Доказательства того, что события вставки транспозиции IS2 смещены в сторону резких композиционных сдвигов в целевой ДНК и модулируются разнообразным набором параметров культуры» (PDF) . Прикладная микробиология и биотехнология . 98 (15): 6609–19. DOI : 10.1007 / s00253-014-5695-6 . hdl : 1721,1 / 104375 . PMID 24769900 . S2CID 9826684 .   
  15. ^ Оливейра PH, Mairhofer J (сентябрь 2013). «Безмаркерные плазмиды для биотехнологических приложений - значение и перспективы» . Тенденции в биотехнологии . 31 (9): 539–47. DOI : 10.1016 / j.tibtech.2013.06.001 . PMID 23830144 . 
  16. ^ Оливейра PH, Prather KJ, Prazeres DM Монтейро GA (сентябрь 2009). «Структурная нестабильность плазмидных биофармацевтических препаратов: проблемы и последствия» . Тенденции в биотехнологии . 27 (9): 503–11. DOI : 10.1016 / j.tibtech.2009.06.004 . PMID 19656584 . 
  17. ^ Улдис Н. Стрейпс; Рональд Э. Ясбин, ред. (2002). Современная микробная генетика (2-е изд.). Вили-Блэквелл. п. 248. ISBN 978-0471386650.
  18. ^ Эндрю Престон (2003). «Глава 2 - Выбор вектора клонирования» . В Никола Казали; Эндрю Престон (ред.). Плазмидные векторы E. Coli: методы и применение . Методы молекулярной биологии, Vol. 235. Humana Press. С. 19–26. ISBN 978-1-58829-151-6.
  19. ^ Kandavelou K, Chandrasegaran S (2008). «Плазмиды для генной терапии». Плазмиды: текущие исследования и будущие тенденции . Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-35-6.
  20. ^ Morange M (декабрь 2009). «О чем нам рассказывает история XIX. Понятие об эписоме» (PDF) . Журнал биологических наук . 34 (6): 845–48. DOI : 10.1007 / s12038-009-0098-Z . PMID 20093737 . S2CID 11367145 .   
  21. ↑ Jacob F, Wollman EL (1958), «Les épisomes, elements génétiques ajoutés», Comptes Rendus de l'Académie des Sciences de Paris , 247 (1): 154–56, PMID 13561654 
  22. Перейти ↑ Hayes, W (1969). "Что такое эписомы и плазмиды?" . В Гордоне Э. В. Волстенхолме; Мейв О'Коннор (ред.). Бактериальные эписомы и плазмиды . Симпозиум Фонда CIBA. С. 4–8. ISBN 978-0700014057.
  23. ^ Гордон EW Wolstenholme; Мейв О'Коннор, ред. (1969). Бактериальные эписомы и плазмиды . Симпозиум Фонда CIBA. С. 244–45. ISBN 978-0700014057.
  24. Перейти ↑ TA Brown (2011). Введение в генетику: молекулярный подход . Наука о гирляндах. п. 238. ISBN 978-0815365099.
  25. ^ Ван Craenenbroeck K, Vanhoenacker P, Haegeman G (сентябрь 2000). «Эпизомальные векторы для экспрессии генов в клетках млекопитающих» . Европейский журнал биохимии . 267 (18): 5665–78. DOI : 10.1046 / j.1432-1327.2000.01645.x . PMID 10971576 . 
  26. ^ Colosimo A, Генц KK, Холмс AR, Кунцельманн K, Novelli G, Мэлоун RW, Bennett MJ, Gruenert DC (август 2000). «Перенос и экспрессия чужеродных генов в клетках млекопитающих» (PDF) . Биотехнологии . 29 (2): 314–18, 320–22, 324 пасс. DOI : 10.2144 / 00292rv01 . PMID 10948433 . Архивировано из оригинального (PDF) 24 июля 2011 года.  
  27. ^ Gerdes K, Rasmussen PB, Молин S (май 1986). «Уникальный тип функции поддержания плазмиды: постсегрегационное уничтожение свободных от плазмид клеток» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 83 (10): 3116–20. Bibcode : 1986PNAS ... 83.3116G . DOI : 10.1073 / pnas.83.10.3116 . PMC 323463 . PMID 3517851 .  
  28. ^ Кролла - J, S Klinter, Шнайдер С, Восс я, Steinbüchel А (ноябрь 2010 г.). «Системы плазмидной зависимости: перспективы и применение в биотехнологии» . Микробная биотехнология . 3 (6): 634–57. DOI : 10.1111 / j.1751-7915.2010.00170.x . PMC 3815339 . PMID 21255361 .  
  29. ^ Gunge N, Murata K, Сакагучи K (июль 1982). «Трансформация Saccharomyces cerevisiae с помощью плазмид-киллеров линейной ДНК из Kluyveromyces lactis» . Журнал бактериологии . 151 (1): 462–64. DOI : 10.1128 / JB.151.1.462-464.1982 . PMC 220260 . PMID 7045080 .  
  30. ^ "Видео обратной связи Вектор НТИ" . Лаборатория ДНК .

Дальнейшее чтение [ править ]

Общие работы [ править ]

  • Кляйн Д.В., Прескотт Л.М., Харлей Дж. (1999). Микробиология . Бостон: WCB / McGraw-Hill.
  • Моат А.Г., Фостер Дж. В., Спектор депутат (2002). Микробная физиология . Wiley-Liss. ISBN 978-0-471-39483-9.
  • Смит К.Ю. Элементы молекулярной нейробиологии . Вайли. С. 101–11.[ ISBN отсутствует ]

Эписомы [ править ]

  • Piechaczek C, Fetzer C, Baiker A, Bode J, Lipps HJ (январь 1999 г.). «Вектор на основе ориджина репликации SV40 и хромосомных S / MAR реплицируется эписомально в клетках СНО» . Исследования нуклеиновых кислот . 27 (2): 426–28. DOI : 10.1093 / NAR / 27.2.426 . PMC  148196 . PMID  9862961 .
  • Боде J; Fetzer CP; Nehlsen K; Scinteie M; Hinrichsen BH; Байкер А; Пехазчек C; Benham C; Липпс HJ (2001). «Принцип автостопа: оптимизация эписомальных векторов для использования в генной терапии и биотехнологии» (PDF) . Gene Ther Mol Biol . 6 : 33–46. Архивировано из оригинального (PDF) 30 мая 2009 года.
  • Нелсен К., Бролл С., Боде Дж. (2006). «Репликация миникольцов: создание невирусных эписом для эффективной модификации делящихся клеток» (PDF) . Gene Ther Mol Biol . 10 : 233–44. Архивировано из оригинального (PDF) 30 мая 2009 года.
  • Эрхардт А., Хаазе Р., Шеперс А., Дойч М.Дж., Липпс Г.Дж., Байкер А. (июнь 2008 г.). «Эпизомальные векторы для генной терапии» . Современная генная терапия . 8 (3): 147–61. DOI : 10.2174 / 156652308784746440 . PMID  18537590 . Архивировано из оригинального 26 сентября 2011 года.
  • Аргирос О., Вонг С.П., Нисета М., Уоддингтон С.Н., Хоу С.Дж., Кутель С., Миллер А.Д., Харботтл Р.П. (декабрь 2008 г.). «Устойчивая экспрессия эписомального трансгена в печени после доставки области прикрепления каркаса / матрикса, содержащей невирусный вектор» . Генная терапия . 15 (24): 1593–605. DOI : 10.1038 / gt.2008.113 . PMID  18633447 .
  • Вонг С.П., Аргирос О., Кутель С., Харботтл Р.П. (август 2009 г.). «Стратегии эписомальной модификации клеток» . Текущее мнение в области молекулярной терапии . 11 (4): 433–41. PMID  19649988 . Архивировано из оригинального 17 сентября 2011 года.
  • Хаасе Р., Аргирос О., Вонг С.П., Харботтл Р.П., Липпс Х.Дж., Огрис М., Магнуссон Т., Визосо Пинто М.Г., Хаас Дж., Байкер А. (март 2010 г.). «pEPito: значительно улучшенный невирусный эписомальный вектор экспрессии для клеток млекопитающих» (PDF) . BMC Biotechnology . 10 : 20. DOI : 10,1186 / 1472-6750-10-20 . PMC  2847955 . PMID  20230618 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Международное общество биологии плазмид и других мобильных генетических элементов
  • Что такое биотехнология
  • История плазмид с временной шкалой