Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Ансамблевые геномы
Содержание
ОписаниеИнтегративный ресурс для данных в масштабе генома от видов беспозвоночных.
Типы данных захваченыГеномная база данных
Организмыкастрюля
Контакт
Исследовательский центрЕвропейский институт биоинформатики
Первичное цитированиеКерси и др. (2012), [1] Хоу и др. (2020) [2]
Дата выпуска2009 г.
Доступ
Веб-сайтhttp://ensemblgenomes.org/
Скачать URLftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/current
URL-адрес веб-службыhttp://rest.ensembl.org/
Публичный доступ к SQL[email protected]: 4157
Разнообразный
ЛицензияApache 2.0
Частота выпуска данных4 раза в год
ВерсияВыпуск 47 (апрель 2020 г.)

Ensembl Genomes - это научный проект по предоставлению данных в масштабе генома от видов беспозвоночных. [1] [2]

Проект реализуется Европейским институтом биоинформатики и был запущен в 2009 году с использованием технологии Ensembl . [3] Основная цель базы данных Ensembl Genomes состоит в том, чтобы дополнить основную базу данных Ensembl путем введения пяти дополнительных веб-страниц, содержащих данные генома для бактерий , грибов , беспозвоночных многоклеточных животных , растений и простейших . [4] Для каждого из доменов Ensemblдоступны инструменты для обработки, анализа и визуализации данных генома. Большинство данных Ensembl Genomes хранятся в реляционных базах данных MySQL и могут быть доступны через интерфейс Ensembl REST, Perl API, Biomart или онлайн. [5]

Ensembl Genomes - это открытый проект, и большая часть кода, инструментов и данных доступны для общественности. [6] Программное обеспечение Ensembl и Ensembl Genomes использует лицензию Apache 2.0 [7] .

Отображение геномных данных [ править ]

Визуализация кариотипа в ансамблевых геномах

Ключевой особенностью Ensembl Genomes является графический интерфейс, который позволяет пользователям прокручивать геном и наблюдать относительное расположение таких функций, как концептуальная аннотация (например, гены , локусы SNP ), паттерны последовательностей (например, повторы) и экспериментальные данные (например, последовательности и особенности внешней последовательности, отображенные на геноме ). [1] Доступны графические изображения для различных уровней разрешения от всего кариотипа до последовательности одного экзона . Информация о геноме размещена на четырех вкладках, странице видов, вкладке «Местоположение», вкладке « Ген » иТранскрипт », каждая из которых предоставляет информацию в более высоком разрешении.

Поиск определенного вида с помощью Ensembl Genomes перенаправляет на страницу видов. Часто предоставляется краткое описание вида, а также ссылки на дополнительную информацию и статистику о геноме , графическом интерфейсе и некоторых доступных инструментах.

Кариотип доступен для некоторых видов в Ensembl геном. [8] Если кариотип доступен, будет ссылка на него в разделе «Сборка генов» на странице видов. В качестве альтернативы, если пользователи находятся на вкладке «Местоположение», они также могут просмотреть кариотип, выбрав «Весь геном» в левом меню. Пользователи могут щелкнуть место в кариотипе, чтобы увеличить масштаб до одной конкретной хромосомы или области генома. [8] Откроется вкладка «Местоположение».

На вкладке «Местоположение» пользователи могут просматривать гены , варианты, сохранение последовательности и другие типы аннотаций по геному . [9] «Подробная информация о регионе» легко настраивается и масштабируется, и пользователи могут выбирать, что они хотят видеть, нажав кнопку «Настроить эту страницу» в нижней части левого меню. Добавляя и удаляя треки, пользователи смогут выбрать тип данных, которые они хотят включить в отображение. [9] Данные из следующих категорий могут быть легко добавлены или удалены из этой вкладки «Местоположение»: « Последовательность и сборка », «Гены и транскрипты»,« Выравнивание мРНК и белков »,« Выравнивание других ДНК »,« Вариация зародышевой линии »,« Сравнительная геномика »и другие. [9] Пользователи также могут изменять параметры отображения, например ширину. [9] Еще одна опция позволяет пользователям сбросить конфигурацию до настроек по умолчанию. [9]

Более конкретную информацию о выбранном гене можно найти на вкладке «Ген». Пользователи могут попасть на эту страницу, выполнив поиск нужного гена в строке поиска и щелкнув идентификатор гена или щелкнув один из генов, показанных на вкладке «Местоположение». Вкладка «Ген» содержит информацию о генах, такую ​​как структура гена, количество транскриптов , положение на хромосоме и информацию о гомологии в виде деревьев генов. [10] Эту информацию можно получить через меню слева.

Вкладка «Транскрипт» также появляется, когда пользователь выбирает просмотр гена. Вкладка «Транскрипт» содержит большую часть той же информации, что и вкладка «Ген», однако она сосредоточена только на одной транскрипции. [10]

Инструменты [ править ]

Добавление пользовательских треков в Ensembl Genomes [ править ]

Ensembl Genomes позволяет сравнивать и визуализировать пользовательские данные при просмотре кариотипов и генов. Большинство представлений Ensembl Genomes включают кнопку «Добавить ваши данные» или «Управление вашими данными», которые позволяют пользователю загружать новые треки, содержащие чтения или последовательности, в Ensembl Genomes или изменять данные, которые были ранее загружены. [11] Загруженные данные могут быть визуализированы в виде областей или по всему кариотипу. Загруженные данные можно локализовать с помощью координат хромосомы или координат клонирования BAC. [12] Для загрузки файла данных на любую страницу Ensembl Genomes можно использовать следующие методы: [13]

  1. Файлы размером менее 5 МБ могут быть загружены напрямую с любого компьютера или из веб-сайта (URL) на серверы Ensembl.
  2. Файлы лагера могут быть загружены только из веб-сайтов (URL).
  3. Файлы BAM могут быть загружены только с использованием подхода на основе URL. Индексный файл (.bam.bai) должен находиться на том же веб-сервере.
  4. Источник распределенной системы аннотаций можно прикрепить из Интернета.

Ensembl Genomes поддерживает следующие типы файлов: [14]

Визуализация пользовательского трека с пометкой «Читает» в Ensembl Genomes
  • КРОВАТЬ
  • КроватьГраф
  • Общий
  • GFF / GTF
  • PSL
  • КРЫЛО
  • БАМ
  • Большая кровать
  • BigWig
  • VCF

Данные временно загружаются на серверы. Зарегистрированные пользователи могут войти в систему и сохранить свои данные для дальнейшего использования. Можно обмениваться загруженными данными и получать к ним доступ, используя назначенный URL. [15] Пользователи также могут удалять свои собственные треки из Ensembl Genomes.

БиоМарт [ править ]

BioMart - это поисковая система без программирования, встроенная в Ensembl и Ensembl Genomes (за исключением Ensembl Bacteria) с целью анализа и извлечения геномных данных из баз данных Ensembl в табличных форматах, таких как HTML, TSV, CSV или XLS. [16] Версия 45 (2019) Ensembl Genomes содержит следующие данные, доступные на BioMarts:

  • Ensembl Protists BioMart: включает 33 вида и разновидности Phytophthora infestans и Phaeodactylum tricornutum [17]
  • Ensembl Fungi BioMart: включает 56 видов и разновидностей Fusarium graminearum , Fusarium oxysporum , Schizosaccharomyces pombe , Puccinia graminis , Verticillium dahliae , Zymoseptoria tritici и Saccharomyces cerevisiae [18]
  • Ensembl Metazoa BioMart: включает 78 видов и разновидностей Aedes aegypti , Anopheles gambiae и Ixodes scapularis [19]
  • Ensembl Растения: включает в себя 67 видов и вариаций для Резуховидка Таля , Brachypodium distachyon , Hordeum обыкновенной , Oryza glaberrima , Oryza glumipatula , Oryoza сатива Индика , Oryza Sativa японикой , Solanum Lycopersicum , сорго биколор , Triticum AESTIVUM , виноград культурный , и Zea Mays [20]
Просмотр BioMart в Ensembl Plants.

Цель BioMarts in Ensembl Genomes - дать пользователю возможность добывать и загружать таблицы, содержащие все гены для одного вида, гены в определенной области хромосомы или гены в одной области хромосомы, связанной с доменом InterPro. [21] BioMarts также включают фильтры для уточнения данных, которые необходимо извлечь, и атрибуты (идентификатор варианта, имя хромосомы, идентификатор ансамбля, местоположение и т. Д.), Которые появятся в файле окончательной таблицы, могут быть выбраны пользователем.

Доступ к BioMarts можно получить онлайн в каждом соответствующем домене Ensembl Genomes, или исходный код может быть установлен в среде UNIX из репозитория BioMart git [22]

BLAST [ править ]

Предоставляется интерфейс BLAST, позволяющий пользователям выполнять поиск последовательностей ДНК или белков по ансамблевым геномам. Доступ к нему можно получить из заголовка, расположенного в верхней части всех страниц Ensembl Genome, под названием BLAST . BLAST поиск может быть выполнен с возможностью поиска в отношении отдельных видов или коллекций видов (максимум 25). Существует таксономический браузер, позволяющий выбирать таксономически связанные виды. [23]

Поиск последовательности [ править ]

Ensembl Genomes предоставляет второй инструмент поиска последовательности, который использует алгоритм, основанный на Exonerate, который предоставляется European Nucleotide Archive . [23] К этому инструменту можно получить доступ через заголовок, расположенный в верхней части всех страниц Ensembl Genome, под названием Sequence Search. Затем пользователи могут выбрать, хотят ли они, чтобы Exonerate выполнял поиск по всем видам в разделе Ensembl Genomes или по всем видам в Ensembl Genomes. Они также могут выбрать «Максимальное значение E», которое ограничит отображаемые результаты теми, у которых значения E ниже максимального. Наконец, пользователи могут выбрать использование альтернативного режима поиска, выбрав «Использовать объединенный запрос».

Прогнозирующий эффект варианта [ править ]

Предиктор эффекта варианта - один из наиболее часто используемых инструментов в Ensembl и Ensembl Genomes. Это позволяет исследовать и анализировать влияние вариантов (SNP, CNV, инделки или структурные вариации) на конкретный ген, последовательность, белок, транскрипт или фактор транскрипции. [24] Чтобы использовать VEP, пользователи должны ввести местоположение своих вариантов и нуклеотидных вариаций, чтобы получить следующие результаты: [25]

  • Гены и транскрипты, затронутые вариантом
  • Расположение вариантов
  • Как вариант влияет на синтез белка (например, создание стоп-кодона)
  • Сравнение с другими базами данных для поиска одинаковых известных вариантов

Есть два способа, которыми пользователи могут получить доступ к VEP. Первая форма - онлайн. На этой странице пользователь генерирует ввод, выбирая следующие параметры: [26]

  1. Сравниваемые виды. Базой данных по умолчанию для сравнения является Ensembl Transcripts, но для некоторых видов можно выбрать другие источники.
  2. Имя для загруженных данных (это необязательно, но это упростит идентификацию данных, если было выполнено много заданий VEP)
  3. Выбор формата ввода данных. Если выбран неправильный формат файла, VEP выдаст ошибку при запуске.
  4. Поля для загрузки данных. Пользователи могут загружать данные со своих компьютеров, из местоположения на основе URL-адреса или путем прямого копирования их содержимого в текстовое поле.

Загрузка данных в VEP поддерживает нотации VCF, pileup, HGVS и формат по умолчанию. [27] Формат по умолчанию - это файл, разделенный пробелами, который содержит данные в столбцах. Первые пять столбцов указывают хромосому, начальное положение, конечное положение, аллель (пара аллелей, разделенных символом «/», с эталонным аллелем первым) и нить (+ для прямого или - для обратного). [28] Шестой столбец является идентификатором вариации и не является обязательным. Если оставить поле пустым, VEP назначит идентификатор в выходном файле.

VEP также предоставляет пользователям дополнительные параметры идентификаторов, дополнительные параметры для дополнения вывода и фильтрации. [29] Параметры фильтрации позволяют использовать такие функции, как удаление известных вариантов из результатов, возврат вариантов только в экзонах и ограничение результатов конкретными последствиями вариантов. [30]

Пользователи VEP также имеют возможность просматривать и управлять всеми заданиями, связанными с их сеансом, путем просмотра вкладки «Последние заявки». На этой вкладке пользователи могут просматривать статус своего поиска (успешный, поставленный в очередь, запущенный или неудачный) и сохранять, удалять или повторно отправлять задания. [31]

Второй вариант использования VEP - это загрузка исходного кода для использования в средах UNIX. [32] Все функции онлайн-версии и скриптовой версии одинаковы. VEP также можно использовать с онлайн-экземплярами, такими как Galaxy.

Когда задание VEP завершено, на выходе получается табличный файл, содержащий следующие столбцы: [33]

  1. Загруженный вариант - как chromosome_start_alleles
  2. Расположение - в стандартном формате координат (chr: start или chr: start-end)
  3. Аллель - вариантный аллель, используемый для расчета последствий
  4. Ген - стабильный идентификатор ансамбля пораженного гена
  5. Feature - Ensembl стабильный идентификатор функции
  6. Тип объекта - тип объекта. В настоящее время один из элементов Transcript, RegulatoryFeature, MotifFeature.
  7. Следствие - тип следствия этой вариации
  8. Положение в кДНК - относительное положение пары оснований в последовательности кДНК
  9. Position in CDS - относительное положение пары оснований в кодирующей последовательности
  10. Положение в белке - относительное положение аминокислоты в белке
  11. Аминокислотное изменение - дается только в том случае, если изменение влияет на последовательность, кодирующую белок.
  12. Codon change - альтернативные кодоны с вариантным основанием в верхнем регистре
  13. Совместно расположенная вариация - известный идентификатор существующей вариации
  14. Extra - этот столбец содержит дополнительную информацию в виде пар ключ = значение, разделенных знаком «;». Отображает дополнительные идентификаторы.
Выходной файл прогнозирующего эффекта варианта

Другие распространенные форматы вывода для VEP включают форматы JSON и VDF. [34]

Программный доступ к данным [ править ]

Интерфейс Ensembl Genomes [REST] позволяет получить доступ к данным, используя ваш любимый язык программирования.

Вы также можете получить доступ к данным с помощью Perl API и Biomart.


Текущие виды [ править ]

Ensembl Genomes не пытается включить все возможные геномы, скорее, геномы, включенные на сайт, считаются важными с научной точки зрения. [35] На каждом участке обитает следующее количество видов:

  • Бактериальное подразделение Ensembl теперь содержит все бактериальные геномы, которые были полностью секвенированы, аннотированы и отправлены в Международную базу данных нуклеотидных последовательностей (Европейский архив нуклеотидов, GenBank и базу данных ДНК Японии). [35] Текущий набор данных содержит 44 048 геномов. [36]
  • Ensembl Fungi содержит 1014 геномов [37]
  • Ensembl Metazoa содержит 78 геномов беспозвоночных . [38] Главный сайт Ensembl содержит 236 геномов позвоночных видов. [39]
  • Ensembl Plants содержит 67 геномов [40]
  • Ensembl Protists содержит 237 геномов [41]

Сотрудничество [ править ]

Ensembl Genomes постоянно расширяет аннотационные данные за счет сотрудничества с другими организациями, участвующими в проектах и ​​исследованиях по аннотации генома. Следующие организации являются сотрудниками Ensembl Genomes: [42]

  • AllBio
  • Ячмень
  • Culicoides sonorensis
  • Gramene
  • ИНФРАВЕК
  • Microme
  • PomBase
  • PhytoPath
  • трансплантат
  • Геномика Triticeae для устойчивого сельского хозяйства
  • VectorBase
  • Улучшение генома пшеничной ржавчины
  • WormBase
  • WormBase ParaSite

См. Также [ править ]

  • Ансамбль
  • Европейский институт биоинформатики
  • ВЗРЫВ
  • BLAT
  • WormBase
  • VectorBase
  • Список секвенированных геномов растений
  • Список секвенированных бактериальных геномов
  • Список секвенированных геномов протистов
  • Список секвенированных геномов грибов
  • Список секвенированных геномов архей
  • Анализ последовательности
  • Структурная вариация

Внешние ссылки [ править ]

  • Ансамблевые геномы
  • Документация по геномам ансамбля
  • Ансамбль
  • Домашняя страница EBI
  • Юридические уведомления Ensembl Genomes
  • Домашняя страница Biomart

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c Керси, П.Дж.; Staines, DM; Lawson, D .; Кулеша, Э .; Derwent, P .; Хамфри, JC; Хьюз, DST; Keenan, S .; Kerhornou, A .; Koscielny, G .; Langridge, N .; McDowall, MD; Megy, K .; Maheswari, U .; Nuhn, M .; Паулини, М .; Pedro, H .; Тонева, И .; Wilson, D .; Yates, A .; Бирни, Э. (2011). «Ensembl Genomes: интегративный ресурс для данных в масштабе генома от видов беспозвоночных» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (выпуск базы данных): D91 – D97. DOI : 10.1093 / NAR / gkr895 . PMC  3245118 . PMID  22067447 .
  2. ^ а б Хоу К.Л., Контрерас-Морейра Б., Де Сильва Н., Маслен Дж., Аканни В., Аллен Дж., Альварес-Джаррета Дж., Барба М., Болсер Д.М., Камбель Л., Карбахо М., Чакашвили М., Кристенсен М., Камминс К., Cuzick A, Davis P, Fexova S, Gall A, George N, Gil L, Gupta P, Hammond-Kosack KE, Haskell E, Hunt S, Jaiswal P, Janacek S, Kersey PJ, Langridge N, Maheswari U, Maurel T., МакДауэлл, доктор медицины, Мур Б., Маффато М., Наамати Дж., Наитани С., Олсон А., Папатеодору И., Патрисио М., Паулини М., Педро Г., Перри Е., Прис Дж., Розелло М., Рассел М., Ситник В., Стейнс Д. М., Штейн Дж. , Tello-Ruiz MK, Trevanion SJ, Urban M, Wei S, Ware D, Williams G, Yates AD, Flicek P (январь 2020 г.). «Ensembl Genomes 2020 - создание возможностей для геномных исследований беспозвоночных» . Исследования нуклеиновых кислот . 48 (D1). Дои: 10.1093 / nar / gkz890 .
  3. ^ Хаббард, TJP; Aken, BL; Ayling, S .; Ballester, B .; Бил, К .; Брагин, Э .; Brent, S .; Chen, Y .; Clapham, P .; Clarke, L .; Coates, G .; Fairley, S .; Fitzgerald, S .; Fernandez-Banet, J .; Гордон, Л .; Graf, S .; Haider, S .; Hammond, M .; Holland, R .; Howe, K .; Jenkinson, A .; Johnson, N .; Kahari, A .; Киф, Д .; Keenan, S .; Kinsella, R .; Кокоцински, Ф .; Кулеша, Э .; Lawson, D .; Лонгден, И. (2009). «Ансамбль 2009» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (выпуск базы данных): D690 – D697. DOI : 10.1093 / NAR / gkn828 . PMC 2686571 . PMID 19033362 .  
  4. ^ «О ансамблевых геномах» . Ансамблевые геномы . Ensembl . Проверено 2 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  5. ^ "Ensembl Genomes MySQL" . ensemblgenomes.org . Ансамблевые геномы . Проверено 11 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  6. ^ Kinsella, Rhoda J .; Кяхари, Андреас; Сайед, Хайдер; Замора, Хорхе; Проктор, Гленн; Спудич, Джульетта; Алмейда-Кинг, Джефф; Стейнс, Дэниел; Дервент, Пол; Керхурну, Арно; Керси, Пол; Фличек, Пол (2011). «Ensembl BioMarts: центр поиска данных в таксономическом пространстве» . База данных . 2011 (2011): 2. дои : 10,1093 / базы данных / bar030 . PMC 3170168 . PMID 21785142 .  
  7. ^ «Лицензия на программное обеспечение» . Ensembl . Проверено 9 июня 2020 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  8. ^ a b «Целый геном» . Ансамблевые геномы . Проверено 7 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  9. ^ a b c d e «Часто задаваемые вопросы» . Ансамблевые геномы . Проверено 7 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  10. ^ а б Спудич, Г; Фернандес-Суарес, XM; Бирни, Э (2007). «Просмотр генома с Ensembl: практический обзор» . Брифинги по функциональной геномике и протеомике . 6 (3): 202–19. DOI : 10.1093 / bfgp / elm025 . PMID 17967807 . 
  11. ^ "Загрузка ваших данных в Ensembl" . Ансамблевые геномы . Ансамблевые геномы . Проверено 9 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  12. ^ «Координаты расположения данных в ансамблевых геномах» . Ансамблевые геномы . Ансамблевые геномы . Проверено 9 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  13. ^ «Способы загрузки данных» . Ансамблевые растения . Ансамблевые геномы . Проверено 9 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  14. ^ «Поддерживаемые файлы данных» . Ансамблевые растения . Ансамблевые геномы . Проверено 9 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  15. ^ «Сохранение и обмен данными в ансамблевых геномах» . Ансамблевые растения . Ансамблевые геномы.
  16. ^ «Интеллектуальный анализ данных в ансамбле с интеллектуальным анализом данных в ансамбле с помощью BioMart» (PDF) . Ensembl . 2014. с. 2 . Проверено 11 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  17. ^ "Ensembl Protists" . Ансамбль протистов . Ансамблевые геномы . Проверено 1 октября 2019 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  18. ^ "Ensembl Fungi" . Ensembl Fungi . Ансамблевые геномы . Проверено 1 октября 2019 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  19. ^ "Ensembl Metazoa" . Ensembl Metazoa . Ансамблевые геномы . Проверено 1 октября 2019 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  20. ^ "Ensembl Plants" . Ансамблевые растения . Ансамблевые геномы . Проверено 1 октября 2019 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  21. ^ «Интеллектуальный анализ данных в ансамбле с интеллектуальным анализом данных в ансамбле с помощью BioMart» (PDF) . Ensembl . 2014. с. 3 . Проверено 11 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  22. ^ "Руководство пользователя BioMart 0.9.0" (PDF) . Май 2014. с. 5 . Проверено 11 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  23. ^ a b «Часто задаваемые вопросы» . Ансамблевые геномы. Архивировано из оригинального 10 сентября 2014 года . Проверено 11 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  24. ^ "Вариант эффекта предсказателя" . ensembl.org . Ensembl . Проверено 11 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  25. ^ «Обзор результатов Variant Effect Predictor» . ensembl.org . Ensembl . Проверено 11 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  26. ^ «Ввод данных в VEP» . ensembl.org . Ensembl . Проверено 11 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  27. ^ «Поддерживаемые VEP форматы файлов» . ensembl.org . Ensembl . Проверено 11 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  28. ^ "Файл VEP по умолчанию" . ensembl.org . Ensembl . Проверено 11 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  29. ^ «Опции и дополнения VEP» . ensembl.org . Ensembl . Проверено 11 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  30. ^ "Фильтрация VEP" . ensembl.org . Ensembl . Проверено 11 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  31. ^ "Рабочие места VEP" . ensembl.org . Ensembl . Проверено 11 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  32. ^ "Загрузка сценария VEP" . ensembl.org . Ensembl . Проверено 11 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  33. ^ "Выход VEP" . ensembl.org . Ансамблевые геномы . Проверено 11 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  34. ^ «Форматы вывода VEP» . ensembl.org . Ансамблевые геномы . Проверено 11 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  35. ^ а б Керси, П.Дж.; Аллен, Дж. Э .; Christensen, M; Дэвис, П.; Фалин, ЖЖ; Грабмюллер, C; Хьюз, Д.С. Хамфри, Дж; Kerhornou, A; Хобова, Дж; Langridge, N; McDowall, MD; Maheswari, U; Маслен, G; Нун, М; Онг, СК; Паулини, М; Педро, H; Тонева, И; Тули, Массачусетс; Уолтс, B; Уильямс, G; Уилсон, Д.; Юенс-Кларк, К. Монако, МК; Штейн, Дж; Wei, X; Посуда, D; Болсер, DM; и другие. (2014). «Ensembl Genomes 2013: Расширение доступа к полногеномным данным» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Выпуск базы данных): D546–52. DOI : 10.1093 / NAR / gkt979 . PMC 3965094 . PMID 24163254 .  
  36. ^ "Список видов" . Ансамблевые геномы . Проверено 1 октября 2019 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  37. ^ "Список видов" . Ансамблевые геномы . Проверено 1 октября 2019 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  38. ^ "Список видов" . Ансамблевые геномы . Проверено 1 октября 2019 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  39. ^ "Список видов" . Ансамблевые геномы . Проверено 1 октября 2019 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  40. ^ "Список видов" . Ансамблевые геномы . Проверено 1 октября 2019 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  41. ^ "Список видов" . Ансамблевые геномы . Проверено 1 октября 2019 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  42. ^ «Соавторы - ансамблевые геномы» . Ансамблевые геномы . Ансамблевые геномы . Проверено 3 сентября 2014 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )