| Флавивирус | |
|---|---|
 | |
| TEM микрофотография из вируса желтой лихорадки | |
 | |
| Модель капсида вируса Зика , окрашенная цепочками, запись PDB 5ire [2] | |
Классификация вирусов  | |
| (без рейтинга): | Вирус |
| Царство : | Рибовирия |
| Королевство: | Орторнавиры |
| Тип: | Kitrinoviricota |
| Учебный класс: | Flasuviricetes |
| Заказ: | Амарилловиралес |
| Семья: | Flaviviridae |
| Род: | Флавивирус |
| Типовой вид | |
| Вирус желтой лихорадки [1] | |
| Виды [1] | |
Флавивирус - это род вирусов с положительной цепью РНК семейства Flaviviridae . Род включает в себя вирус Западного Нила , денге вирус , вирус клещевого энцефалита , вирус желтой лихорадки , вирус Zika и несколько других вирусов , которые могут вызвать энцефалит , [3] , а также флавивирусы насекомых специфических (ISF)такие как клетки плавящегося агент вирус (CFAV), вирус Палм-Крик (PCV) и вирус реки Парраматта (PaRV). [4] Хотя флавивирусы с двумя хозяевами могут инфицировать позвоночныхКак и членистоногие, специфичные для насекомых флавивирусы ограничиваются их компетентными членистоногими. [5]
Флавивирусы названы в честь вируса желтой лихорадки , типового вируса семейства; слово flavus на латыни означает «желтый» , а желтая лихорадка, в свою очередь, названа в честь ее склонности вызывать желтуху у жертв. [6]
Флавивирусы имеют несколько общих аспектов: общий размер (40–65 нм), симметрию ( оболочка , икосаэдрический нуклеокапсид ), нуклеиновая кислота ( положительно-смысловая , одноцепочечная РНК около 10 000–11 000 оснований) и внешний вид в электронном микроскопе .
Большинство этих вирусов передаются в первую очередь при укусах инфицированных членистоногих (комаров или клещей) и, следовательно, классифицируются как арбовирусы . Заражение человека большинством этих арбовирусов носит случайный характер, поскольку люди не могут реплицировать вирус до достаточно высоких титров, чтобы повторно заразить членистоногих, необходимых для продолжения жизненного цикла вируса - люди в этом случае становятся тупиковым хозяином . Исключение составляют вирусы желтой лихорадки , денге и зика.. Для этих трех вирусов по-прежнему требуются комары-переносчики, но они достаточно хорошо адаптированы для человека, чтобы не обязательно зависеть от животных-хозяев (хотя они по-прежнему имеют важные пути передачи от животных).
Другие пути передачи вирусов арбовирусов включают обращение с тушами инфицированных животных, переливание крови, половые контакты, рождение ребенка и потребление непастеризованных молочных продуктов. Однако передача от нечеловеческих позвоночных к человеку без промежуточных членистоногих-переносчиков чаще всего происходит с низкой вероятностью. Например, ранние тесты на желтую лихорадку показали, что болезнь не заразна .
Известные неарбовирусы семейства флавивирусов воспроизводятся либо у членистоногих, либо у позвоночных, но не у обоих, причем один странный представитель рода влияет на нематоду . [7]
Структура [ править ]
Флавивирусы имеют оболочку, сферическую форму и икосаэдрическую геометрию с псевдосимметрией T = 3. Диаметр вирусных частиц составляет около 50 нм. [8]
Геном [ править ]
Флавивирусы имеют одноцепочечные РНК- геномы с положительным смыслом , которые не сегментированы и имеют длину около 10–11 т.п.н. [8] В целом геном кодирует три структурных белка (Capsid, prM и Envelope) и семь неструктурных белков (NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B, NS5). [9] Геномная РНК модифицируется на 5'-конце геномной РНК с положительной цепью со структурой cap-1 (me 7 -GpppA-me 2 ). [10]
Жизненный цикл [ править ]
Флавивирусы реплицируются в цитоплазме клеток-хозяев. Геном имитирует клеточную молекулу мРНК во всех аспектах, за исключением отсутствия полиаденилированного (поли-A) хвоста . Эта функция позволяет вирусу использовать клеточные аппараты для синтеза как структурных, так и неструктурных белков во время репликации . Клеточная рибосома имеет решающее значение для репликации флавивируса, поскольку она транслирует РНК аналогично клеточной мРНК, что приводит к синтезу единственного полипротеина . [11]
Клеточные структуры кэпа РНК образуются под действием РНК-трифосфатазы с гуанилилтрансферазой , N7- метилтрансферазой и 2'-O-метилтрансферазой. Вирус кодирует эти действия в своих неструктурных белках. Белок NS3 кодирует РНК-трифосфатазу в своем геликазном домене. Он использует сайт гидролиза АТФ геликазой для удаления γ-фосфата с 5'-конца РНК. N-концевой домен неструктурного белка 5 (NS5) обладает активностью как N7-метилтрансферазы, так и гуанилилтрансферазы, необходимой для образования структур зрелой РНК-кэпа. Аффинность связывания РНК снижается за счет присутствия АТФ или ГТФ и усиливается за счетS-аденозилметионин . [10] Этот белок также кодирует 2'-O-метилтрансферазу.
После трансляции полипротеин расщепляется комбинацией протеаз вируса и хозяина с высвобождением зрелых полипептидных продуктов. [12] Тем не менее, клеточная посттрансляционная модификация зависит от наличия поли-А-хвоста; поэтому этот процесс не зависит от хоста. Вместо этого полипротеин содержит автокаталитическую функцию, которая автоматически высвобождает первый пептид, вирусспецифический фермент. Затем этот фермент способен расщеплять оставшийся полипротеин на отдельные продукты. Одним из продуктов расщепления является РНК-зависимая РНК-полимераза., ответственный за синтез молекулы негативно-смысловой РНК. Следовательно, эта молекула действует как матрица для синтеза РНК геномного потомства .
Репликация геномной РНК флавивирусов происходит на грубых мембранах эндоплазматического ретикулума в мембранных компартментах. Впоследствии собираются новые вирусные частицы. Это происходит во время процесса почкования, который также отвечает за накопление оболочки и лизис клеток .
Киназа 2 рецептора, связанного с AG белком (также известная как ADRBK1), по-видимому, важна для проникновения и репликации некоторых Flaviviridae. [13]
Естественными хозяевами служат люди, млекопитающие, комары и клещи. Пути передачи - зооноз и укус. [8]
| Род | Детали хоста | Тканевый тропизм | Детали входа | Детали выпуска | Сайт репликации | Сайт сборки | Передача инфекции |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Флавивирус | Люди; млекопитающие; комары; клещи | Эпителий: кожа; эпителий: почка; эпителий: кишечник; эпителий: семенники | Клатрин-опосредованный эндоцитоз | Секреция | Цитоплазма | Цитоплазма | Зооноз; укус членистоногого |
Элементы вторичной структуры РНК [ править ]
Геном положительной смысловой РНК флавивируса содержит 5 'и 3' нетранслируемые области (UTR).
5'UTR [ править ]
Длина 5'UTR у вируса денге составляет 95–101 нуклеотид . [14] В 5'UTR флавивируса есть два консервативных структурных элемента: большая петля ствола (SLA) и петля короткого ствола (SLB). SLA складывается в Y-образную структуру с боковой петлей для ножки и небольшой верхней петлей. [14] [15] SLA, вероятно, действует как промотор и необходим для синтеза вирусной РНК. [16] [17] SLB участвует во взаимодействиях между 5'UTR и 3'UTR, что приводит к циклизации вирусной РНК, что важно для репликации вируса. [18]
3'UTR [ править ]
3'UTR обычно имеют длину 0,3-0,5 т.п.н. и содержат ряд высококонсервативных вторичных структур, которые консервативны и ограничены семейством флавивирусов . Большинство анализов было выполнено с использованием вируса Западного Нила (ВЗН) для изучения функции 3'UTR.
В настоящее время в 3'UTR WNV идентифицировано 8 вторичных структур: SL-I, SL-II, SL-III, SL-IV, DB1, DB2 (в том порядке, в котором они находятся с 3'UTR). и CRE. [19] [20] Некоторые из этих вторичных структур были охарактеризованы и важны для облегчения репликации вируса и защиты 3'UTR от переваривания 5'- эндонуклеазой . Устойчивость к нуклеазам защищает нижележащий 3'-UTR фрагмент РНК от деградации и имеет важное значение для индуцированной вирусом цитопатичности и патогенности.
- SL-II
Было высказано предположение, что SL-II способствует устойчивости к нуклеазам. [20] Это может быть связано с другой петлей шпильки, идентифицированной в 5'UTR генома вируса японского энцефалита (JEV). [21] Шпилька JEV значительно преобладает при инфицировании клетки-хозяина, и было высказано предположение, что структура шпильки может играть роль в регуляции синтеза РНК.
- SL-IV
Эта вторичная структура расположена в 3'UTR генома флавивируса перед элементами DB. Функция этой консервативной структуры неизвестна, но считается, что она способствует устойчивости к рибонуклеазам.
- DB1 / DB2
Эти две консервативные вторичные структуры также известны как элементы псевдоповторения. Первоначально они были идентифицированы в геноме вируса Денге и обнаружены рядом друг с другом в 3'UTR. По всей видимости, они широко сохраняются в пределах Flaviviradae. Эти элементы DB имеют вторичную структуру, состоящую из трех спиралей, и они играют роль в обеспечении эффективной трансляции. Удаление DB1 имеет небольшое, но значительное сокращение трансляции, но удаление DB2 малоэффективно. Удаление DB1 и DB2 снизило эффективность трансляции вирусного генома до 25%. [19]
- CRE
CRE является цис-действующим элементом репликации, также известным как элементы 3'SL РНК, и считается важным для репликации вируса, способствуя образованию «комплекса репликации». [22] Хотя были представлены доказательства существования структуры псевдоузла в этой РНК, она, по-видимому, не сохраняется у флавивирусов. [23] Делеции 3 'UTR флавивирусов оказались летальными для инфекционных клонов.
Консервированная шпилька cHP [ править ]
Консервативная шпилька (СНР) позже структура была обнаружено в нескольких флавивирусах геномов , и , как полагает, прямой перевод белков капсида. Он расположен сразу после стартового кодона AUG . [24]
Роль вторичных структур РНК в продукции sfRNA [ править ]
Субгеномная РНК флавивируса (sfRNA) является продолжением 3 'UTR и, как было показано, играет роль в репликации флавивирусов и патогенезе. [25] sfRNA продуцируется неполной деградацией геномной вирусной РНК 5'-3'-экзорибонуклеазой 1 (XRN1) хозяйских клеток. [26] Поскольку XRN1 разрушает вирусную РНК, он останавливается на стержневых петлях, образованных вторичной структурой 5 'и 3' UTR. [27] Эта пауза приводит к появлению непереваренного фрагмента геномной РНК, известного как sfRNA. sfRNA влияет на жизненный цикл флавивируса в зависимости от концентрации. Накопление sfRNA вызывает (1) антагонизацию врожденного иммунного ответа клетки, таким образом снижая защиту хозяина от вируса [28](2) ингибирование активности XRN1 и Dicer для модификации путей РНКи, которые разрушают вирусную РНК [29] (3) модификация комплекса репликации вируса для увеличения репродукции вируса. [30] В целом, sfRNA участвует во множестве путей, которые ставят под угрозу защиту хозяина и способствуют заражению флавивирусами.
Эволюция [ править ]
Флавивирусы можно разделить на две группы: одна с вирусами, передающимися переносчиками, а другая - с неизвестным вектором. [31] Кладу переносчиков, в свою очередь, можно подразделить на кладу, переносимую комарами, и кладу, переносимую клещами. Эти группы можно снова разделить. [32]
Группу комаров можно разделить на две ветви: одна ветвь содержит нейротропные вирусы, часто связанные с энцефалитом у людей или домашнего скота. Эта ветвь, как правило, распространена видами Culex и имеет птичьи резервуары. Вторая ветвь - это ненейротропные вирусы, которые связаны с геморрагической болезнью человека. Они, как правило, имеют виды Aedes в качестве переносчиков и приматы- хозяева.
Клещевые вирусы также образуют две отдельные группы: одна связана с морскими птицами, а другая - вирусы комплекса клещевого энцефалита - в основном с грызунами .
Вирусы, у которых отсутствует известный вектор, можно разделить на три группы: одна тесно связана с переносимыми комарами вирусами, которые ассоциируются с летучими мышами ; второй, генетически более далекий, также связан с летучими мышами; и третья группа связана с грызунами.
Кажется вероятным, что передача клещей могла происходить от группы комаров. [33]
Частичный геном флавивируса был обнаружен у морского паука Endeis spinosa . [34] Последовательности родственны последовательностям флавивирусов, специфичных для насекомых. В настоящее время неясно, как эта последовательность вписывается в эволюцию этой группы вирусов.
Для некоторых из этих вирусов были сделаны оценки времени расхождения. [35] Происхождение этих вирусов, по-видимому, произошло не менее 9400–14000 лет назад. Штаммы денге Старого и Нового Света разошлись между 150 и 450 лет назад. Штаммы европейского и дальневосточного клещевого энцефалита разошлись примерно 1087 (1610–649) лет назад. Вирусы европейского клещевого энцефалита и вируса лупинга разошлись около 572 (844–328) лет назад. Эта последняя оценка согласуется с историческими записями. Вирус Кунджин отделился от вируса Западного Нила примерно 277 (475–137) лет назад. Это время соответствует заселению Австралии из Европы. Группа японского энцефалита, по-видимому, возникла в Африке 2000–3000 лет назад, а затем сначала распространилась на Юго-Восточную Азию, а затем мигрировала в остальную Азию.
Филогенетические исследования вируса Западного Нила показали, что он появился как отдельный вирус около 1000 лет назад. [36] Этот первоначальный вирус развился в две отдельные линии, линия 1 и ее многочисленные профили, и является источником передачи эпидемии в Африке и во всем мире. Lineage 2 считалась африканским зоонозом . Однако в 2008 году линия 2, ранее наблюдаемая только у лошадей в Африке к югу от Сахары и на Мадагаскаре, начала появляться у лошадей в Европе, где первая известная вспышка затронула 18 животных в Венгрии в 2008 году. [37] Линия 1 вируса Западного Нила. был обнаружен в Южной Африке в 2010 году у кобылы и ее абортированного плода.; ранее только вирус линии 2 Западного Нила был обнаружен у лошадей и людей в Южной Африке. [38] В 2007 году смертельный случай с косаткой в Техасе расширил известный диапазон хозяев вируса Западного Нила, включив в него китообразных . [39]
Вирус омской геморрагической лихорадки, по всей видимости, эволюционировал за последние 1000 лет. [40] Вирусные геномы можно разделить на 2 клады - A и B. У клады A пять генотипов, а у клады B - один. Эти клады отделились около 700 лет назад. По всей видимости, это разделение произошло в Курганской области. Впоследствии клад А был разделен на кладу C, D и E 230 лет назад. Клады C и E, по-видимому, происходят из Новосибирской и Омской областей соответственно. Ондатра Ondatra zibethicus , который очень чувствителен к этому вирусу была введена в этой области в 1930 - е годы.
Таксономия [ править ]
Виды [ править ]
В роду Flavivirus существует 53 определенных вида: [41]
- Вирус апои
- Вирус ароа
- Вирус Бамага
- Вирус Багаза
- Вирус Банзи
- Вирус Бубуи
- Вирус летучих мышей Букаласа
- Cacipacore вирус
- Вирус острова Кэри
- Вирус Cowbone Ridge
- Дакарский вирус летучих мышей
- Вирус денге
- Вирус Edge Hill
- Вирус летучих мышей Энтеббе
- Вирус Gadgets Gully
- Вирус Ильеуса
- Израильский вирус менингоэнцефаломиелита индейки
- Вирус японского энцефалита
- Вирус югра
- Вирус Хутиапа
- Вирус кадам
- Кедугу вирус
- Вирус Кокобера
- Кутанго вирус
- Вирус болезни Кясанурского леса
- Вирус Лангата
- Лупинг больного вируса
- Вирус Meaban
- Modoc вирус
- Вирус лейкоэнцефалита Montana myotis
- Вирус энцефалита долины Мюррей
- Вирус Нтая
- Омский вирус геморрагической лихорадки
- Вирус летучих мышей Пномпеня
- Вирус Повассан
- Вирус Рио-Браво
- Вирус королевской фермы
- Вирус Сабоя
- Вирус энцефалита Сент-Луиса
- Вирус Сал Вьеха
- Вирус Сан-Перлита
- Вирус рифа Саумарес
- Вирус Сепик
- Тембусу вирус
- Вирус клещевого энцефалита
- Тюлений вирус
- Уганда вирус S
- Вирус Усуту
- Вирус Вессельсброна
- вирус Западного Нила
- Яунде вирус
- Вирус желтой лихорадки
- Вирус Йокосе
- Вирус Зика
Сортировано по вектору [ править ]
Виды и сорта, отсортированные по векторам:
Клещевые вирусы
Группа клещевых вирусов млекопитающих
- Вирус греческого козьего энцефалита (GGEV)
- Вирус кадам (КАДВ)
- Краснодарский вирус (КРДВ)
- Вирус клеща могианы (MGTV)
- Вирус Нгойе (NGOV)
- Вирус Сокулук (SOKV)
- Вирус энцефаломиелита испанских овец (SSEV)
- Вирус энцефалита турецких овец (TSE)
- Серокомплекс вируса клещевого энцефалита
- Абсеттаров вирус
- Вирус оленьего клеща (DT)
- Вирус Gadgets Gully (GGYV)
- Каршинский вирус
- Вирус болезни Кясанурского леса (KFDV)
- Вирус геморрагической лихорадки Alkhurma (ALKV)
- Вирус Лангат (LGTV)
- Вирус Louping Ill (LIV)
- Омский вирус геморрагической лихорадки (OHFV)
- Вирус Повассан (POWV)
- Вирус королевской фермы (RFV)
- Вирус клещевого энцефалита (ВКЭ)
Группа клещевых вирусов морских птиц
- Камский вирус (КАМВ)
- Вирус Meaban (MEAV)
- Вирус рифа Саумарес (SREV)
- Вирус Тюлений (ТЮВ)
Вирусы, переносимые комарами
- Без известного позвоночного хозяина
- Клэда слияния клеток
- Флавивирус Aedes
- Вирус слияния клеток
- Флавивирус Aedes galloisi
- Вирус Баркеджи
- Вирус Кальбертадо
- Вирус Чаоян
- Culex флавивирус
- Culex theileri флавивирус
- Испанский флавивирус Culex
- Вирус Ван Тонг
- Culiseta flavivirus
- Вирус Donggang
- Вирус Ханко
- Ochlerotatus caspius flavivirus
- Испанский Ochlerotatus flavivirus
- Вирус Иломантси
- Вирус реки Камити
- Вирус Ламми
- Вирус комаров марисма
- Вирус Накивого
- Вирус Нумирим
- Вирус Ниенокуэ
- Нунане вирус
- Вирус Палм-Крик
- Panmunjeom флавивирус
- Вирус Куанг Бинь
- Юньнань Culex флавивирус
- Клэда слияния клеток
- Группа вирусов ароа
- Вирус ароа (AROAV)
- Вирус Bussuquara (BSQV)
- Вирус игуапе (IGUV)
- Вирус Наранджал (NJLV)
- Группа вирусов денге
- Вирус денге (DENV)
- Вирус Кедугу (KEDV)
- Группа вирусов японского энцефалита
- Вирус Cacipacore (CPCV)
- Вирус коутанго (KOUV)
- Кунджин вирус
- Вирус Ilheus (ILHV)
- Вирус японского энцефалита (JEV)
- Вирус энцефалита долины Мюррей (MVEV)
- Вирус Альфуй
- Вирус энцефалита Сент-Луиса (SLEV)
- Вирус Усуту (USUV)
- Вирус Западного Нила (ВЗН)
- Вирус Яунде (ЯОВ)
- Группа вирусов Кокобера
- Вирус Кокобера (КОКВ)
- Новый вирус Mapoon (NMV)
- Стратфорд вирус (STRV)
- Группа вирусов Нтая
- Вирус Багаза (BAGV)
- Вирус Байяндянь (BYDV)
- Вирус синдрома падения яиц утки (DEDSV)
- Вирус Ilheus (ILHV)
- Вирус менингоэнцефаломиелита (ITV) израильской индейки
- Вирус Цзянсу (JSV)
- Слой флавивирусов
- Вирус Нтая (NTAV)
- Вирус Росио (ROCV)
- Ситьяванский вирус (STWV)
- T'Ho вирус
- Вирус Тембусу (TMUV)
- Группа вирусов спондвени
- Вирус Spondweni (SPOV)
- Вирус Зика (ZIKV)
- Группа вирусов желтой лихорадки
- Вирус Банзи (BANV)
- Вирус Бамага (BGV)
- Вирус Бубуи (BOUV)
- Вирус Edge Hill (EHV)
- Вирус реки Фицрой
- Вирус Югра (JUGV)
- Вирус Сабоя (SABV)
- Вирус Сепик (SEPV)
- Угандийский вирус S (UGSV)
- Вирус Вессельсброна (WESSV)
- Вирус желтой лихорадки (YFV)
- Другие
- Вирус пещеры Бату
- Вирус летучих мышей Букуласа
- Нанайский вирус
- Вирус Рабенсбурга (RABV)
- Ситьяванский вирус
Вирусы, переносчики которых неизвестны
- Вирус летучей мыши тамана (TABV)
- Группа вирусов Энтеббе
- Вирус летучих мышей Энтеббе (ENTV)
- Соколук вирус
- Вирус Yokose (YOKV)
- Вирус летучих мышей Энтеббе (ENTV)
- Группа вирусов Modoc
- Вирус апои (APOIV)
- Вирус Cowbone Ridge (CRV)
- Вирус Хутиапа (JUTV)
- Модок вирус (MODV)
- Вирус Сал Вьеха (SVV)
- Вирус Сан-Перлита (SPV)
- Группа вирусов Рио-Браво
- Вирус летучих мышей Букаласа (BBV)
- Вирус Острова Кэри (CIV)
- Вирус летучих мышей Дакара (DBV)
- Вирус лейкоэнцефалита Montana myotis (MMLV)
- Вирус летучих мышей Пномпеня (PPBV)
- Вирус Рио-Браво (РБВ)
Вирусы беспозвоночных
- Вирус Ассама
- Вирус Бамага [42]
- Crangon Crangon флавивирус [43]
- Вирус Куакуа
- Вирус Donggang
- Флавивирус светлячков [43]
- Gammarus chevreuxi flavivirus [43]
- Флавивирус Gammarus pulex [43]
- Вирус карумба (KRBV)
- Вирус Ханко
- Вирус Haslams Creek
- Вирус Mac Peak (McPV)
- Вирус комаров марисма
- Средиземноморский флавивирус Ochlerotatus
- Мэнхайский флавивирус
- Вирус Накивого (NAKV)
- Нанайский вирус
- Нунане вирус
- Ochlerotatus caspius flavivirus
- Вирус Палм-Крик
- Вирус реки Парраматта
- Флавивирус кальмаров южных пигмеев [43]
- Вирус нематод цисты сои 5 [7]
- Xishuangbanna Aedes flavivirus
Вирусы, известные только после секвенирования
- Флавивирус Aedes
- Aedes cinereus flavivirus
- Флавивирус Aedes vexans
- Culex theileri флавивирус
Вакцины [ править ]
Очень успешная вакцина против желтой лихорадки 17D , представленная в 1937 году, привела к резкому снижению эпидемической активности.
Эффективные инактивированные вакцины против японского энцефалита и клещевого энцефалита были внедрены в середине 20 века. Неприемлемые побочные эффекты побудили перейти с вакцины против японского энцефалита, инактивированной мозгом мыши, на более безопасные и эффективные вакцины второго поколения от японского энцефалита. Они могут найти широкое применение для эффективной профилактики этого тяжелого заболевания среди огромного населения Азии - Севера, Юга и Юго-Востока.
Вирусы денге ежегодно вызывают многие миллионы инфекций из-за того, что они передаются успешным глобальным переносчиком комаров. Поскольку борьба с комарами потерпела неудачу, несколько вакцин против денге находятся на разных стадиях разработки. CYD-TDV, продаваемый под торговым названием Dengvaxia, представляет собой четырехвалентную химерную вакцину, которая сплайсирует структурные гены четырех вирусов денге на основу желтой лихорадки 17D. [44] [45] Dengvaxia одобрена в пяти странах. [46]
Ссылки [ править ]
- ^ a b «Таксономия вирусов: выпуск 2018b» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Март 2019 . Проверено 16 марта 2019 .}}
- ^ Sirohi D, Z Chen, вс L, Клозе T, Пирсона TC, Rossmann MG, Kuhn RJ (апрель 2016). «Крио-ЭМ структура с разрешением 3,8 Å вируса Зика» . Наука . 352 (6284): 467–470. Bibcode : 2016Sci ... 352..467S . DOI : 10.1126 / science.aaf5316 . PMC 4845755 . PMID 27033547 .
- ↑ Shi, PY (редактор) (2012). Молекулярная вирусология и контроль флавивирусов . Caister Academic Press . ISBN 978-1-904455-92-9.CS1 maint: дополнительный текст: список авторов ( ссылка )
- ^ Маклин, Брианна Дж .; Хобсон-Петерс, Джоди; Уэбб, Кэмерон Э .; Уоттерсон, Дэниел; Prow, Натали А .; Нгуен, Хонг Дуйен; Холл-Менделин, Соня; Уоррилоу, Дэвид; Johansen, Cheryl A .; Янсен, Кэсси С.; ван ден Херк, Эндрю Ф .; Биби, Найджел В .; Шнеттлер, Эстер; Барнард, Росс Т .; Холл, Рой А. (2015). «Новый флавивирус, специфичный для насекомых, реплицируется только в клетках, полученных из Aedes, и сохраняется с высокой распространенностью в популяциях диких Aedes vigilax в Сиднее, Австралия» . Вирусология . 486 : 272–283. DOI : 10.1016 / j.virol.2015.07.021 . PMID 26519596 .
- ^ Elrefaey, Ахмед МЭ; Абдельнаби, Рана; Росалес Росас, Ана Люсия; Ван, Ланьцзяо; Басу, Санджай; Деланг, Лин (сентябрь 2020 г.). «Понимание механизмов, лежащих в основе ограничения вирусов, специфичных для насекомых» . Вирусы . 12 (9): 964. DOI : 10,3390 / v12090964 .
- ↑ Самое раннее упоминание о «желтой лихорадке» встречается в рукописи 1744 года Джона Митчелла из Вирджинии; копии рукописи были отправлены г-ну Кадвалладеру Колдену , врачу из Нью-Йорка, и Бенджамину Рашу из Филадельфии; в конце концов рукопись была переиздана в 1814 году. См .:
(Джон Митчелл) (написано: 1744; перепечатано: 1814) «Отчет о Желтой лихорадке, которая преобладала в Вирджинии в 1737, 1741 и 1742 годах, в письме покойному Кадвалладеру. Колден, эсквайр из Нью-Йорка, от покойного Джона Митчелла, MDFRS Вирджинии, " Американский медицинский и философский регистр" , 4 : 181-215. Термин «желтая лихорадка» появляется на стр. 186. На стр. 188, Митчелл упоминает «… чумка была тем, что в Америке принято называть желтой лихорадкой». Однако на страницах 191–192 он заявляет: «… Я рассмотрю причину желтизны, которая настолько заметна в этой чуме, что дала ей название Желтая лихорадка».
Митчелл неправильно диагностировал болезнь, которую наблюдал и лечил, и, вероятно, это была болезнь Вейля или гепатит. См .: Саул Джарчо (1957) «Джон Митчелл, Бенджамин Раш и Желтая лихорадка». Бюллетень истории медицины , 31 (2): 132–6. - ^ a b Бекал С., Домье Л.Л., Гонфа Б., МакКоппин Н.К., Ламберт К.Н., Бхалерао К. (2014). «Новый флавивирус в нематоде соевых бобов» . Журнал общей вирусологии . 95 (Pt 6): 1272–1280. DOI : 10.1099 / vir.0.060889-0 . PMID 24643877 .
- ^ a b c «Вирусная зона» . ExPASy . Дата обращения 15 июня 2015 .
- ^ Рис, C .; Lenches, E .; Eddy, S .; Shin, S .; Листы, р .; Штраус, Дж. (23 августа 1985 г.). «Нуклеотидная последовательность вируса желтой лихорадки: значение для экспрессии и эволюции гена флавивируса» . Наука . 229 (4715): 726–33. Bibcode : 1985Sci ... 229..726R . DOI : 10.1126 / science.4023707 . PMID 4023707 . Проверено 14 ноября +2016 .
- ^ a b Хендерсон Б.Р., Саиди Б.Дж., Кампаньола Г., Гейсс Б.Дж. (2011). Jeang K (ред.). «Анализ связывания РНК с помощью фермента, укрывающего РНК NS5 вируса денге» . PLOS ONE . 6 (10): e25795. Bibcode : 2011PLoSO ... 625795H . DOI : 10.1371 / journal.pone.0025795 . PMC 3192115 . PMID 22022449 .
- ^ Рис, C .; Lenches, E .; Eddy, S .; Shin, S .; Листы, р .; Штраус, Дж. (23 августа 1985 г.). «Нуклеотидная последовательность вируса желтой лихорадки: значение для экспрессии и эволюции гена флавивируса» . Наука . 229 (4715): 726–33. Bibcode : 1985Sci ... 229..726R . DOI : 10.1126 / science.4023707 . PMID 4023707 . Проверено 14 ноября +2016 .
- ^ Sun, G .; Larsen, C .; Baumgarth, N .; Klem, E; Р. Шойерманн (26 января 2017 г.). «Комплексная аннотация зрелых пептидов и генотипов вируса Зика» . PLOS ONE . 12 (1): e0170462. Bibcode : 2017PLoSO..1270462S . DOI : 10.1371 / journal.pone.0170462 . PMC 5268401 . PMID 28125631 .
- ^ Le Sommer C, курганы NJ, Bradrick SS, Pearson JL, Гарсия-Бланко MA (2012). Майкл С.Ф. (ред.). «Связанная с G-белком рецепторная киназа 2 способствует проникновению и репликации флавивирусов» . PLOS Negl Trop Dis . 6 (9): e1820. DOI : 10.1371 / journal.pntd.0001820 . PMC 3441407 . PMID 23029581 .
- ^ a b Гебхард Л.Г., Filomatori CV, Гамарник А.В. (2011). «Функциональные элементы РНК в геноме вируса денге» . Вирусы . 3 (9): 1739–56. DOI : 10,3390 / v3091739 . PMC 3187688 . PMID 21994804 .
- ^ Бринтон MA, Dispoto JH (1988). «Анализ последовательности и вторичной структуры 5'-концевой области РНК генома флавивируса». Вирусология . 162 (2): 290–9. DOI : 10.1016 / 0042-6822 (88) 90468-0 . PMID 2829420 .
- ^ Filomatori CV, Lodeiro MF, Альварес DE, Самс MM, Пьетрасант L, Гамарник А.В. (2006). «5'-элемент РНК способствует синтезу РНК вируса денге в кольцевом геноме» . Genes Dev . 20 (16): 2238–49. DOI : 10,1101 / gad.1444206 . PMC 1553207 . PMID 16882970 .
- ^ Ю.Л., Nomaguchi М, Падманабхан R, Markoff L (2008). «Особые требования к элементам 5 'и 3' концевых областей в синтезе РНК флавивируса и репликации вируса» . Вирусология . 374 (1): 170–85. DOI : 10.1016 / j.virol.2007.12.035 . PMC 3368002 . PMID 18234265 .
- ^ Alvarez DE, Lodeiro MF, Ludueña SJ, Пьетрасанта Л.И., Гамарник А.В. (2005). «Дальнодействующие РНК-РНК-взаимодействия делают циркулярный геном вируса денге» . J Virol . 79 (11): 6631–43. DOI : 10,1128 / JVI.79.11.6631-6643.2005 . PMC 1112138 . PMID 15890901 .
- ^ a b Chiu WW, Kinney RM, Dreher TW (июль 2005 г.). «Контроль трансляции 5'- и 3'-концевыми областями генома вируса денге» . J. Virol . 79 (13): 8303–15. DOI : 10,1128 / JVI.79.13.8303-8315.2005 . PMC 1143759 . PMID 15956576 .
- ^ a b Пийлман Г.П., Функ А., Кондратьева Н. и др. (Декабрь 2008 г.). «Для патогенности требуется высокоструктурированная, устойчивая к нуклеазам, некодирующая РНК, продуцируемая флавивирусами». Клеточный микроб-хозяин . 4 (6): 579–91. DOI : 10.1016 / j.chom.2008.10.007 . PMID 19064258 .
- ↑ Lin KC, Chang HL, Chang RY (май 2004 г.). «Накопление 3'-концевого фрагмента генома в клетках млекопитающих и комаров, инфицированных вирусом японского энцефалита» . J. Virol . 78 (10): 5133–8. DOI : 10,1128 / JVI.78.10.5133-5138.2004 . PMC 400339 . PMID 15113895 .
- ^ Zeng L, Falgout B, Markoff L (сентябрь 1998). «Идентификация специфических нуклеотидных последовательностей в консервативном 3'-SL в геноме вируса денге 2 типа, необходимом для репликации» . J. Virol . 72 (9): 7510–22. DOI : 10,1128 / JVI.72.9.7510-7522.1998 . PMC 109990 . PMID 9696848 .
- ^ Ши PY, Бринтон MA, Телятина JM, Чжун YY, Уилсон WD (апрель 1996). «Доказательства существования структуры псевдоузла на 3'-конце геномной РНК флавивируса». Биохимия . 35 (13): 4222–30. DOI : 10.1021 / bi952398v . PMID 8672458 .
- Перейти ↑ Clyde K, Harris E (2006). «Вторичная структура РНК в кодирующей области вируса денге типа 2 направляет выбор стартового кодона трансляции и необходима для репликации вируса» . J Virol . 80 (5): 2170–2182. DOI : 10,1128 / JVI.80.5.2170-2182.2006 . PMC 1395379 . PMID 16474125 .
- ^ Биде, Кателл; Гарсиа-Бланко, Мариано А. (1 сентября 2014 г.). «Флавивирусные РНК: оружие и цели в войне между вирусом и хозяином». Биохимический журнал . 462 (2): 215–230. DOI : 10.1042 / BJ20140456 . ISSN 0264-6021 . PMID 25102029 .
- ^ Чепмен, Эрих G .; Константино, Дэвид А .; Rabe, Jennifer L .; Луна, Стефани Л .; Вилуш, Джеффри; Nix, Jay C .; Кифт, Джеффри С. (18 апреля 2014 г.). «Структурные основы продукции патогенных субгеномных флавивирусных РНК (sfRNA)» . Наука . 344 (6181): 307–310. Bibcode : 2014Sci ... 344..307C . DOI : 10.1126 / science.1250897 . ISSN 0036-8075 . PMC 4163914 . PMID 24744377 .
- ^ Функ, Аннеке; Чыонг, Кэтрин; Нагасаки, Томоко; Торрес, Шесси; Флоден, Надя; Мелиан, Эсекьель Балмори; Эдмондс, Джуди; Дун, Хунпин; Ши, Пей-Юн (1 ноября 2010 г.). «Структуры РНК, необходимые для продукции РНК субгеномных флавивирусов» . Журнал вирусологии . 84 (21): 11407–11417. DOI : 10,1128 / JVI.01159-10 . ISSN 0022-538X . PMC 2953152 . PMID 20719943 .
- ^ Чанг, Руэй-Йи; Сюй, Та-Вэнь; Чен, Йен-Линь; Лю, Шу-Фань; Цай, Йи-Джер; Линь Юнь-Тонг; Чен И-Шиуань; Фань И-Синь (27 сентября 2013 г.). «Некодирующая РНК вируса японского энцефалита подавляет активацию интерферона, блокируя ядерную транслокацию фактора 3, регулирующего интерферон». Ветеринарная микробиология . 166 (1–2): 11–21. DOI : 10.1016 / j.vetmic.2013.04.026 . PMID 23755934 .
- ^ Луна, Стефани Л .; Андерсон, Джон Р .; Кумагаи, Ютаро; Wilusz, Кэрол Дж .; Акира, Шизуо; Хромых, Александр А .; Вилуш, Джеффри (1 ноября 2012 г.). «Некодирующая РНК, продуцируемая флавивирусами, переносимыми членистоногими, ингибирует клеточную экзорибонуклеазу XRN1 и изменяет стабильность мРНК хозяина» . РНК . 18 (11): 2029–2040. DOI : 10,1261 / rna.034330.112 . ISSN 1355-8382 . PMC 3479393 . PMID 23006624 .
- ^ Кларк, BD; Роби, JA; Слончак, А .; Хромых, А.А. (3 августа 2015 г.). «Функциональные некодирующие РНК, полученные из нетранслируемой 3'-области флавивируса». Исследование вирусов . Специальный выпуск: Функции концов геномов вирусов с положительной цепью РНК. 206 : 53–61. DOI : 10.1016 / j.virusres.2015.01.026 . PMID 25660582 .
- Перейти ↑ Kuno G, Chang GJ, Tsuchiya KR, Karabatsos N, Cropp CB (1998). «Филогения рода Flavivirus» . J Virol . 72 (1): 73–83. DOI : 10,1128 / JVI.72.1.73-83.1998 . PMC 109351 . PMID 9420202 .
- ^ Гонт МВт, Салль А. де Lamballerie X, Falconar А.К., Dzhivanian Т.И., Гулд Е.А. (2001). «Филогенетические отношения флавивирусов коррелируют с их эпидемиологией, ассоциацией болезней и биогеографией» . J Gen Virol . 82 (8): 1867–1876. DOI : 10.1099 / 0022-1317-82-8-1867 . PMID 11457992 .
- Перейти ↑ Cook S, Holmes EC (2006). «Мультигенный анализ филогенетических отношений между флавивирусами (семейство: Flaviviridae) и эволюция передачи переносчиков» . Arch Virol . 151 (2): 309–325. DOI : 10.1007 / s00705-005-0626-6 . PMID 16172840 .
- ^ Конвей MJ (2015). «Идентификация последовательности флавивируса у морского членистоногого» . PLOS ONE . 10 (12): e0146037. Bibcode : 2015PLoSO..1046037C . DOI : 10.1371 / journal.pone.0146037 . PMC 4699914 . PMID 26717191 .
- ^ Муро, Грегори; Повар, Шелли; Лемей, Филипп; Нугайред, Антуан; Форрестер, Наоми Л .; Хаснатинов, Максим; Charrel, Remi N .; Ферт, Эндрю Э .; Гулд, Эрнест А .; Де Ламбаллери, Ксавье (2015). «Новые взгляды на эволюцию флавивирусов, таксономию и биогеографическую историю, расширенные анализом канонических и альтернативных последовательностей кодирования» . PLOS ONE . 10 (2): e0117849. Bibcode : 2015PLoSO..1017849M . DOI : 10.1371 / journal.pone.0117849 . PMC 4342338 . PMID 25719412 .
- Перейти ↑ Galli M, Bernini F, Zehender G (июль 2004 г.). "Александр Македонский и вирусный энцефалит Западного Нила" . Возникающий зараз. Dis . 10 (7): 1330–2, ответ автора 1332–3. DOI : 10.3201 / eid1007.040396 . PMID 15338540 .
- ↑ West, Christy (8 февраля 2010 г.). «Развивается другая генетическая линия вируса Западного Нила?» . Лошадь . Проверено 10 февраля 2010 года . Из заявлений Орсоли Кутаси, DVM, Университета Сент-Иштван, Венгрия, на съезде Американской ассоциации коневодов, 5–9 декабря 2009 г.
- Перейти ↑ Venter M, Human S, van Niekerk S, Williams J, van Eeden C, Freeman F (август 2011). «Смертельное неврологическое заболевание и аборт у кобыл, инфицированных вирусом Западного Нила линии 1, Южная Африка» . Возникающий зараз. Dis . 17 (8): 1534–6. DOI : 10.3201 / eid1708.101794 . PMC 3381566 . PMID 21801644 .
- ^ St Leger Дж, Ву G, Андерсон М, Дальтон л, Nilson Е, Ван D (2011). «Инфекция вируса Западного Нила у косаток, Техас, США, 2007» . Возникающий зараз. Dis . 17 (8): 1531–3. DOI : 10.3201 / eid1708.101979 . PMC 3381582 . PMID 21801643 .
- ^ Каран, Людмила С .; Чиккоцци, Массимо; Якименко, Валерий В .; Прести, Алессандра Ло; Селла, Элеонора; Зехендер, Джангульельмо; Резца, Джованни; Платонов, Александр Евгеньевич (2014). «Выведенная история эволюции вируса омской геморрагической лихорадки». Журнал медицинской вирусологии . 86 (7): 1181–1187. DOI : 10.1002 / jmv.23856 . PMID 24259273 .
- ^ "Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV)" . talk.ictvonline.org . Дата обращения 16 ноября 2020 .
- ^ ван ден Херк, Эндрю Ф .; Суен, Вилли В .; Холл, Рой А.; О'Брайен, Кейтлин А .; Билефельдт-Оманн, Хелле; Хобсон-Петерс, Джоди; Кольман, Агата MG (2016). «Недавно открытый флавивирус из группы вирусов желтой лихорадки демонстрирует ограниченную репликацию у позвоночных» . Журнал общей вирусологии . 97 (5): 1087–1093. DOI : 10,1099 / jgv.0.000430 . PMID 26878841 . S2CID 43127614 .
- ^ a b c d e Парри, Рис; Асгари, Сасан (15 июля 2019 г.). «Открытие новых флавивирусов ракообразных и головоногих моллюсков: понимание эволюции и циркуляции флавивирусов между морскими беспозвоночными и позвоночными-хозяевами» . Журнал вирусологии . 93 (14). DOI : 10,1128 / JVI.00432-19 . PMC 6600200 . PMID 31068424 .
- ^ Thisyakorn, У. (2014). «Последние разработки и будущие направления в вакцинах против денге» . Терапевтические достижения в вакцинах . 2 (1): 3–9. DOI : 10.1177 / 2051013613507862 . PMC 3991153 . PMID 24757522 .
- ^ Яуч, Лорен Е. (2014). Разработка вакцины против вируса денге . Достижения в вирусных исследованиях. 88 . С. 315–372. DOI : 10.1016 / B978-0-12-800098-4.00007-6 . ISBN 9780128000984. PMID 24373316 .
- ^ «Вопросы и ответы ВОЗ по вакцинам против денге» . WHO.int . Дата обращения 1 октября 2016 .
Дальнейшее чтение [ править ]
- Куно Дж., Чанг Дж. Дж., Цучия К. Р., Карабацос Н., Кропп CB (январь 1998 г.). «Филогения рода Flavivirus » . J Virol . 72 (1): 73–83. DOI : 10,1128 / JVI.72.1.73-83.1998 . PMC 109351 . PMID 9420202 .
- Занотто, ПМ; Гулд, EA; Гао, GF; Харви, PH; Холмс, ЕС (1996). «Популяционная динамика флавивирусов, выявленная методом молекулярной филогении» . Труды Национальной академии наук . 93 (2): 548–553. Bibcode : 1996PNAS ... 93..548Z . DOI : 10.1073 / pnas.93.2.548 . PMC 40088 . PMID 8570593 .
- Калицкий, Маттиас (2006). Молекулярная биология флавивируса . Wymondham: Horizon Bioscience. ISBN 978-1-904933-22-9.
- Ши, Пей-Юн (2012). Молекулярная вирусология и контроль флавивирусов . Норфолк, Великобритания: Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-92-9.
- Мюррей, Кэтрин Л .; Джонс, Кристофер Т .; Райс, Чарльз М. (2008). «Архитекторы сборки: роли неструктурных белков Flaviviridae в морфогенезе вириона» . Обзоры природы микробиологии . 6 (9): 699–708. DOI : 10.1038 / nrmicro1928 . PMC 2764292 . PMID 18587411 .
Внешние ссылки [ править ]
- MicrobiologyBytes: Флавивирусы
- Институт тропических болезней Novartis (NITD) - Исследование лихорадки денге в Институте тропических болезней Novartis (NITD)
- Dengueinfo.org - Депозитарий данных геномной последовательности вируса денге
- Вирусная зона : флавивирус
- Ресурс базы данных и анализа вирусных патогенов (ViPR): Flaviviridae
- Запись Rfam для стволовой петли IV флавивируса 3'UTR
- Запись rfam для элемента БД Flavivirus
- Запись Rfam для цис-действующего элемента репликации Flavivirus 3 'UTR (CRE)
- Запись Rfam для структуры шпильки вируса японского энцефалита (JEV)
