В молекулярной биологии факторы транскрипции GCM представляют собой семейство белков, которые содержат мотив GCM . Мотив GCM представляет собой домен , который был идентифицирован в белках, принадлежащих к семейству регуляторов транскрипции, участвующих в фундаментальных процессах развития, которые включают GCM Drosophila melanogaster и его гомологи млекопитающих ( GCM1 и GCM2 человека ). [1] [2] [3] [4] В GCM факторы транскрипции N-концевой фрагмент содержит ДНК-связывающий домен из 150 аминокислот . Сохранение последовательности является самым высоким в этом домене GCM. Напротив, С-концевой фрагмент содержит один или два трансактивирующих участка и только плохо консервативен .
GCM | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | ||||||||
Символ | GCM | |||||||
Pfam | PF03615 | |||||||
Клан пфам | CL0274 | |||||||
ИнтерПро | IPR003902 | |||||||
ПРОФИЛЬ | PS50807 | |||||||
SCOP2 | 1odh / SCOPe / SUPFAM | |||||||
|
Было показано, что мотив GCM является ДНК-связывающим доменом, который распознает преимущественно непалиндромный октамер 5'-ATGCGGGT-3 '. [1] [2] [3] Мотив GCM содержит много консервативных основных аминокислотных остатков, семь остатков цистеина и четыре остатка гистидина . [1] Консервативные цистеины участвуют в формировании общей конформации домена, в процессе связывания ДНК и в окислительно-восстановительной регуляции связывания ДНК. [3] Домен GCM как новый класс Zn- содержащих ДНК-связывающих доменов, не имеющий сходства с какими-либо другими ДНК-связывающими доменами. [5] Домен GCM состоит из большого и малого домена, связанных вместе одним из двух ионов Zn , присутствующих в структуре . Большой и малый домены содержат пяти- и трехцепочечные бета-листы , соответственно, с тремя маленькими спиральными сегментами, упакованными на одной стороне двух бета-листов . Домен GCM реализует новый способ распознавания ДНК, специфичной для последовательности, при котором пятицепочечный бета-складчатый лист вставляется в большую бороздку ДНК. Остатки, выступающие из краевой нити бета-складчатого листа и следующей петли и нити, контактируют с основаниями и скелетом обеих нитей ДНК, обеспечивая специфичность для целевого сайта ДНК.
Рекомендации
- ^ a b c Акияма Y, Хосоя Т., Пул AM, Хотта Y (декабрь 1996 г.). «Мотив gcm: новый ДНК-связывающий мотив, консервативный у дрозофилы и млекопитающих» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 93 (25): 14912–6. Bibcode : 1996PNAS ... 9314912A . DOI : 10.1073 / pnas.93.25.14912 . PMC 26236 . PMID 8962155 .
- ^ а б Schreiber J, Sock E, Wegner M (апрель 1997 г.). «Отсутствует регулятор глиальных клеток раннего глиогенеза - фактор транскрипции с новым типом ДНК-связывающего домена» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 94 (9): 4739–44. Bibcode : 1997PNAS ... 94.4739S . DOI : 10.1073 / pnas.94.9.4739 . PMC 20794 . PMID 9114061 .
- ^ а б в Шрайбер Дж, Эндерих Дж, Вегнер М (май 1998 г.). «Структурные требования для связывания ДНК белков GCM» . Nucleic Acids Res . 26 (10): 2337–43. DOI : 10.1093 / NAR / 26.10.2337 . PMC 147556 . PMID 9580683 .
- ^ Tuerk EE, Schreiber J, Wegner M (февраль 2000 г.). «Стабильность белка и топология домена определяют транскрипционную активность глиальных клеток млекопитающих, у которых отсутствует гомолог GCMb» . J. Biol. Chem . 275 (7): 4774–82. DOI : 10.1074 / jbc.275.7.4774 . PMID 10671510 .
- ^ Коэн С.Х., Мулен М., Хашемолхоссейни С., Килиан К., Вегнер М., Мюллер К.В. (апрель 2003 г.). «Структура комплекса GCM-домен-ДНК: ДНК-связывающий домен с новой складкой и режимом распознавания целевого сайта» . EMBO J . 22 (8): 1835–45. DOI : 10,1093 / emboj / cdg182 . PMC 154474 . PMID 12682016 .