Из Википедии, свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Грацилибактерии
Научная классификация е
Домен:Бактерии
Infrakingdom:Кандидат филы радиации
Тип:Грацилибактерии

Gracilibacteria - это тип бактерий-кандидатов, ранее известный как GN02, BD1-5 или SN-2. Он является частью группы Candidate Phyla Radiation и Patescibacteria.

Первый представитель филума Gracilibacteria был обнаружен в 1999 г. после извлечения из пробы глубоководных отложений. Репрезентативная последовательность 16S рРНК была обозначена как «BD1-5» (образец BD1, последовательность 5), и хотя было отмечено, что она демонстрирует низкую идентичность последовательности с любым известным геном 16S рРНК, в настоящее время она не предлагалась как новый тип . [1] В 2006 году представители Gracilibacteria были извлечены из гиперсоленого микробного мата в Герреро-Негро, Южная Нижняя Калифорния, Мексика и предложены в качестве нового типа «GN02». [2] Тип BD1-5 / GN02 был переименован в «Gracilibacteria» в 2013 году. [3] [4]

Первый геном Gracilibacteria был извлечен из измененного ацетатом водоносного горизонта (Рифл, Колорадо, США) с использованием не зависящих от культуры метагеномных методов с определением генома в 2012 году. [5] Геномный анализ показывает, что представители типа Gracilibacteria имеют ограниченный метаболизм и вероятны симбионты или эндосимбионты . [3] Члены Gracilibacteria используют альтернативный генетический код, в котором UGA кодирует аминокислоту глицин вместо стоп-кодона [6]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Ли, Лина; Като, Чиаки; Хорикоши, Коки (1999-05-01). «Бактериальное разнообразие в глубоководных отложениях с разных глубин». Биоразнообразие и сохранение . 8 (5): 659–677. DOI : 10,1023 / A: 1008848203739 . ISSN  1572-9710 . S2CID  25820840 .
  2. ^ Лей, Рут E .; Харрис, Дж. Кирк; Уилкокс, Джошуа; Копье, Джон Р .; Миллер, Скотт Р .; Бебаут, Брэд М .; Maresca, Julia A .; Брайант, Дональд А .; Sogin, Mitchell L .; Пейс, Норман Р. (01.05.2006). «Неожиданное разнообразие и сложность гиперсоленого микробного мата Guerrero Negro» . Прикладная и экологическая микробиология . 72 (5): 3685–3695. DOI : 10,1128 / AEM.72.5.3685-3695.2006 . ISSN 0099-2240 . PMC 1472358 . PMID 16672518 .   
  3. ^ a b Зибер, Кристиан М.К .; Пол, Блэр Дж .; Кастель, Синди Дж .; Ху, Пин; Триндж, Сюзанна Дж .; Валентин, Дэвид Л .; Андерсен, Гэри Л .; Банфилд, Джиллиан Ф. (12 ноября 2019 г.). «Необычный метаболизм и гипервариация в геноме Gracilibacterium (BD1-5) из сообщества, деградирующего нефть» . mBio . 10 (6). DOI : 10.1128 / mbio.02128-19 . ISSN 2150-7511 . PMC 6851277 . PMID 31719174 .   
  4. ^ Ринке, Кристиан; Швентек, Патрик; Щирба, Александр; Иванова Наталья Н .; Андерсон, Иэн Дж .; Ченг, Ян-Фанг; Дорогой, Аарон; Малфатти, Стефани; Свон, Брэндон К .; Gies, Esther A .; Додсворт, Джереми А. (июль 2013 г.). «Понимание филогении и кодирующего потенциала микробной темной материи» . Природа . 499 (7459): 431–437. Bibcode : 2013Natur.499..431R . DOI : 10,1038 / природа12352 . ISSN 1476-4687 . PMID 23851394 .  
  5. ^ Райтон, KC; Томас, Британская Колумбия; Sharon, I .; Миллер, CS; Castelle, CJ; VerBerkmoes, NC; Уилкинс, MJ; Hettich, RL; Lipton, MS; Уильямс, KH; Лонг, ЧП (27.09.2012). «Ферментация, водород и метаболизм серы в множественных некультивируемых бактериальных типах». Наука . 337 (6102): 1661–1665. Bibcode : 2012Sci ... 337.1661W . DOI : 10.1126 / science.1224041 . ISSN 0036-8075 . PMID 23019650 . S2CID 10362580 .   
  6. ^ Ханке, Анна; Хаманн, Эммо; Шарма, Ритин; Geelhoed, Jeanine S .; Харгешаймер, Тереза; Крафт, Беате; Мейер, Волкер; Ленк, Сабина; Осмерс, Харальд; Ву, Ронг; Макинва, Кофи (16 мая 2014 г.). «Перекодирование стоп-кодона UGA в глицин бактерией BD1-5 / SN-2 и разделение ниши между альфа- и гаммапротеобактериями в микробном сообществе приливных отложений, естественным образом отобранных в лабораторном хемостате» . Границы микробиологии . 5 : 231. DOI : 10,3389 / fmicb.2014.00231 . ISSN 1664-302X . PMC 4032931 . PMID 24904545 .