Haladaptatus paucihalophilus - галофильный вид архей , первоначально выделенный из источника в Оклахоме . [1] Он использует новый путь для синтеза глицина иобладаетуникальными физиологическими особенностями для осмоадаптации . [2]
Haladaptatus paucihalophilus | |
---|---|
Научная классификация | |
Домен: | |
Тип: | |
Класс: | |
Заказ: | |
Семья: | |
Род: | |
Разновидность: | H. paucihalophilus |
Биномиальное имя | |
Haladaptatus paucihalophilus Savage et al 2007, исправлено. [1] |
Открытие
H. paucihalophilus был первоначально обнаружен в 2004 г., но в то время не был классифицирован как вид; изучались только галобактерии . [3] H. paucihalophilus был изолирован из источника Зодлетон в Оклахоме. [1] Первоначально считалось, что он имеет два разных штамма: DX253 и GY252. [1] Однако эти два штамма позже были признаны одним видом, поскольку при анализе последовательности 16S рибосомной РНК они имеют 97,7% видовое сходство . [1] Для выделения H. paucihalophilus, в частности, были взяты образцы почвы из источника, которые затем были внесены в среду, селективную для галофилов, а затем проанализированы после роста колонии. [1] Тестирование проводилось на окрашивание по Граму, источник углерода, образование кислоты, рост при минимальной концентрации соли и чувствительность к антибиотикам . [1] Также была проведена ПЦР с праймерами A1F и UA1406R. [1] H. paucihalophilus был назван за его способность расти в среде с низким содержанием соли (латинское paucus означает мало, греческое hals означает соль, греческое philos означает любящий). [1]
Экология
Большинство видов Halobacteriaceae можно найти в таких средах, как источники и болота , которые содержат высокую концентрацию соли. [1] Однако многие из этих видов архей, которые имеют высокую толерантность к соли, могут также существовать в средах с низким содержанием соли. [1] H. paucihalophilus способен выживать и расти в широком диапазоне концентраций соли, поэтому его также можно найти в среде с низким содержанием соли, как и в Zodletone Spring. [1]
Филогения
На основе секвенирования рибосомной РНК 16S H. paucihalophilus сходен с видом Halalkalicoccus tibetensis на 89,5-90,8% с различиями, сосредоточенными в парах оснований 1-200 и 400-800. [1] Различия в содержании фосфолипидов у H. paucihalophilus по сравнению с другими галофильными родами в основном заключаются в дифференциации. [1]
Характеристика
Морфология
H. paucihalophilus является кокки -образный chemoorganotroph , не подвижны , и розово-пигментированные архейных видов. [1] Клетки H. paucihalophius имеют диаметр 1,2 мкм, время удвоения составляет 12–13 часов и растут как отдельные клетки, так и парами. [1] Этот вид содержит фосфолипиды : фосфатидилглицерин , метиловый эфир фосфатидилглицерина и сульфат фосфатидилглицерина. [1] Он производит кислоту, растет в диапазоне pH 5,0-7,5 и способен расти при концентрациях соли от 0,8-5,1 М. [1]
Метаболизм
Поток углерода для H. paucihalophilus осуществляется с помощью окислительного цикла трикарбоновых кислот , но не использует восстановительный цикл трикарбоновых кислот. [4] Он использует глутаминовую кислоту , гистидин , норлейцин , фенилаланин , D-глюкуроновую кислоту , эскулин , трегалозу , декстрин , салицин , сахарозу , фруктозу , ксилозу , глюкозу , галактозу , глицерин , цитрат , пируват , ацетат , крахмал , лактат , маннит. , фумарат и малат как источники углерода. [1] Х. paucihalophilus является аэробным , так что он использует кислород в качестве терминального акцептора электронов. [5] Он не может использовать нитрат , сульфат , тиосульфат , элементарную серу , диметилсульфоксид или N-оксид триметиламина в качестве акцептора электронов для роста в анаэробных условиях. [1] У этого вида синтез лизина осуществляется путем диаминопимелатного пути, типичного пути для галофильных архей . [4] H. paucihalophillus себя помимо его множества биосинтеза из глицина с использованием смеси из трех биосинтетических путей , которые являются серин hydroxymethyltransferase пути, на треонин альдолазы путей, а также обратную сторону системы глицин расщепления . [4]
Геномика
Размер генома от H. paucihalophilus является 4,317,540 общей базы. [5] Он содержит 4 489 генов , из которых 4 429 являются генами , кодирующими белок . [5] Содержание ГХ из H. paucihalophilus составляет 60,5 мол %. [1]
Научное значение
Этот конкретный галофил имеет важное значение в научной области, потому что он не только может выдерживать высокие концентрации соли, но также может переносить низкие концентрации соли, что делает его целевым видом для изучения в лаборатории. [4] Это также первый микроб следует признать , что способен синтезировать глицин с использованием различных путей , помимо типичного серин hydroxymethyltransferase пути. [4] H. paucihalophilus - это организм, который необходимо изучить из-за его уникальных физиологических особенностей для осмоадаптации , то есть его способности приспосабливаться к различиям в осмолярности за счет наличия соли в цитоплазме. [2] [6]
Рекомендации
- ^ a b c d e f g h i j k l m n o p q r s t u Savage, KN; Крумхольц, LR; Орен, А .; Эльшахед, М.С. (2007). «Haladaptatus paucihalophilus gen. Nov., Sp. Nov., Галофильная архея, выделенная из источника с низким содержанием соли и богатого сульфидами» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 57 (1): 19–24. DOI : 10.1099 / ijs.0.64464-0 . PMID 17220434 .
- ^ а б Юссеф, штат Нью-Хэмпшир; Сэвидж-Эшлок, КН; Маккалли, штат Алабама; Luedtke, B .; Shaw, EI; Хофф, WD; Эльшахед, MS (2014). «Биосинтез трегалозы / 2-сульфотрегалозы и захват глицин-бетаина являются широко распространенными механизмами осмоадаптации в Halobacteriales» . Журнал ISME . 8 (3): 636–649. DOI : 10.1038 / ismej.2013.165 . PMC 3930309 . PMID 24048226 .
- ^ Эльшахед, MS; Наджар, ФЗ; Роу, BA; Орен, А .; Деверс, TA; Крумхольц, Л. (2004). «Обзор разнообразия архейлов показывает обилие галофильных архей на источнике с низким содержанием соли, сульфидами и серой» . Appl Environ Microbiol . 70 (4): 2230–2239. DOI : 10,1128 / AEM.70.4.2230-2239.2004 . PMC 383155 . PMID 15066817 .
- ^ а б в г д Лю, G .; Чжан, М .; Mo, T .; Он, Л .; Zhang, W .; Yu, Y .; Дин, В. (2015). «Анализ метаболического потока галофильных архей haladaptatus paucihalophilus». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях . 467 (4): 1058–1062. DOI : 10.1016 / j.bbrc.2015.09.174 . PMID 26441084 .
- ^ а б в Марковицл, Виктор М; Чен, И-Мин А .; Паланиаппан, Кришна; Чу, Кен; Сзето, Эрнест; Гречкин, Юрий; Ратнер, Анна; Джейкоб, Биджу; Хуанг, Цзинхуа; Уильямс, Питер; Huntemann, Марсель; Андерсон, Иэн; Марвроматис, Константинос; Иванова Наталья Н .; Кирпид, Никос К. "Haladaptatus paucihalophilus DX253" . IMG: интегрированная база данных микробных геномов и система сравнительного анализа . Проверено 26 апреля 2016 года .
- ^ Слейтор, Рой Д.; Хилл, Колин (2002). «Бактериальная осмоадаптация: роль осмолитов в бактериальном стрессе и вирулентности» . FEMS Microbiology Reviews . 26 (1): 49–71. DOI : 10.1111 / j.1574-6976.2002.tb00598.x . PMID 12007642 .
Внешние ссылки
- http://aem.asm.org/content/65/5/1815.full
- Типовой штамм Haladaptatus paucihalophilus в Bac Dive - база метаданных по разнообразию бактерий