LeDock

Эта статья поднимает множество проблем. Пожалуйста, помогите улучшить его или обсудите эти проблемы на странице обсуждения . ( Узнайте, как и когда удалить эти сообщения-шаблоны )

Тема этой статьи может не соответствовать рекомендациям Википедии о продуктах и услугах . Пожалуйста, помогите продемонстрировать значимость темы, цитируя надежные вторичные источники , не зависящие от темы и обеспечивающие значительное ее освещение, помимо банального упоминания. Если не удается показать известность, вероятно, статья будет объединена , перенаправлена или удалена .
Найти источники: "LeDock" - новости · газеты · книги · ученый · JSTOR ( июнь 2017 г. )( Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения )

Эта статья содержит контент, который написан как реклама . Пожалуйста, помогите улучшить его , удалив рекламный контент и неприемлемые внешние ссылки , а также добавив энциклопедический контент, написанный с нейтральной точки зрения . ( Июнь 2017 г. ) ( Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения )

( Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения )

LeDock
Разработчики)	Lephar
Операционная система	Кроссплатформенность
Тип	Молекулярный док
Интернет сайт	www .lephar .com / software .htm

LeDock - это простое запатентованное программное обеспечение для стыковки молекул, которое можно использовать для стыковки лигандов с белком-мишенью. ^[1] LeDock поддерживает работу в 64-битной Linux , macOS , а также в 32-битной и 64-битной Windows .

Введение [ править ]

LeDock основан на моделировании отжига и эволюционной оптимизации позы лиганда и его вращающихся связей с использованием схемы оценки, основанной на физике / знаниях, полученной в результате многолетних предполагаемых кампаний виртуального скрининга. ^[2]^[3]^[4]^[5]^[6]

Производительность [ править ]

Ледок продемонстрировал хорошие результаты в недавней всесторонней оценке программ стыковки разнообразного набора комплексов белок-лиганд 2002 года. ^[7] Он имеет высокую точность предсказания позы, экономит время на вычисления и удобен как для виртуального просмотра, так и для обработки попаданий.

См. Также [ править ]

Дизайн лекарств
Макромолекулярная стыковка
Молекулярная механика
Белковая структура
Белковый дизайн
Программное обеспечение для моделирования молекулярной механики
Список программ стыковки белок-лиганд
Программное обеспечение для молекулярного дизайна
Ведущий поиск
Виртуальный просмотр
Функции подсчета очков для стыковки

Ссылки [ править ]

^ «Руководство пользователя LeDock» (PDF) .
^ Чжао, Хунтао; Хуан, Даньчжи (2011-06-17). «Штраф за связывание водорода при связывании лиганда» . PLOS ONE . 6 (6): e19923. DOI : 10.1371 / journal.pone.0019923 . ISSN 1932-6203 . PMC 3117785 . PMID 21698148 .
^ Чжао, Хунтао; Хуанг, Даньчжи; Кафлиш, Амедео (01.11.2012). «Открытие ингибиторов тирозинкиназы путем стыковки в неактивной конформации киназы, созданной молекулярной динамикой». ChemMedChem . 7 (11): 1983–1990. DOI : 10.1002 / cmdc.201200331 . ISSN 1860-7187 . PMID 22976951 .
^ Чжао, Хунтао; Кафлиш, Амедео (2013-10-15). «Открытие ингибиторов ZAP70 путем высокопроизводительного стыковки с конформацией его киназного домена, созданной с помощью молекулярной динамики». Письма по биоорганической и медицинской химии . 23 (20): 5721–5726. DOI : 10.1016 / j.bmcl.2013.08.009 . PMID 23993776 .
^ Чжао, Хунтао; Кафлиш, Амедео (15 марта 2014 г.). «Открытие двойных ингибиторов киназ ZAP70 и Syk путем стыковки с редкой конформацией Syk с выходом из C-спирали». Письма по биоорганической и медицинской химии . 24 (6): 1523–1527. DOI : 10.1016 / j.bmcl.2014.01.083 . PMID 24569110 .
^ Чжао, Хунтао; Гартенманн, Лиза; Дун, Цзин; Спилиотопулос, Димитриос; Кафлиш, Амедео (01.06.2014). «Открытие ингибиторов бромодомена BRD4 с помощью высокопроизводительного стыковки на основе фрагментов». Письма по биоорганической и медицинской химии . 24 (11): 2493–2496. DOI : 10.1016 / j.bmcl.2014.04.017 . PMID 24767840 .
^ Ван, Чжэ (2016). «Всесторонняя оценка десяти программ стыковки на разнообразном наборе комплексов белок-лиганд: точность предсказания силы выборки и оценка силы». Физическая химия Химическая физика . 18 (18): 12964–12975. DOI : 10.1039 / C6CP01555G . PMID 27108770 .

Внешние ссылки [ править ]

Официальный веб-сайт

[1] «Руководство пользователя LeDock» (PDF) .

[plos2011-2] Чжао, Хунтао; Хуан, Даньчжи (2011-06-17). «Штраф за связывание водорода при связывании лиганда» . PLOS ONE . 6 (6): e19923. DOI : 10.1371 / journal.pone.0019923 . ISSN 1932-6203 . PMC 3117785 . PMID 21698148 .

[3] Чжао, Хунтао; Хуанг, Даньчжи; Кафлиш, Амедео (01.11.2012). «Открытие ингибиторов тирозинкиназы путем стыковки в неактивной конформации киназы, созданной молекулярной динамикой». ChemMedChem . 7 (11): 1983–1990. DOI : 10.1002 / cmdc.201200331 . ISSN 1860-7187 . PMID 22976951 .

[4] Чжао, Хунтао; Кафлиш, Амедео (2013-10-15). «Открытие ингибиторов ZAP70 путем высокопроизводительного стыковки с конформацией его киназного домена, созданной с помощью молекулярной динамики». Письма по биоорганической и медицинской химии . 23 (20): 5721–5726. DOI : 10.1016 / j.bmcl.2013.08.009 . PMID 23993776 .

[5] Чжао, Хунтао; Кафлиш, Амедео (15 марта 2014 г.). «Открытие двойных ингибиторов киназ ZAP70 и Syk путем стыковки с редкой конформацией Syk с выходом из C-спирали». Письма по биоорганической и медицинской химии . 24 (6): 1523–1527. DOI : 10.1016 / j.bmcl.2014.01.083 . PMID 24569110 .

[6] Чжао, Хунтао; Гартенманн, Лиза; Дун, Цзин; Спилиотопулос, Димитриос; Кафлиш, Амедео (01.06.2014). «Открытие ингибиторов бромодомена BRD4 с помощью высокопроизводительного стыковки на основе фрагментов». Письма по биоорганической и медицинской химии . 24 (11): 2493–2496. DOI : 10.1016 / j.bmcl.2014.04.017 . PMID 24767840 .

[pccp2016-7] Ван, Чжэ (2016). «Всесторонняя оценка десяти программ стыковки на разнообразном наборе комплексов белок-лиганд: точность предсказания силы выборки и оценка силы». Физическая химия Химическая физика . 18 (18): 12964–12975. DOI : 10.1039 / C6CP01555G . PMID 27108770 .

[1]