Это список компьютерных программ, которые преимущественно используются для расчетов молекулярной механики .
- GPU - с ускорением на GPU
- I - Имеет интерфейс
- Imp - неявная вода
- MC - Монте-Карло
- MD - Молекулярная динамика
- Мин - Оптимизация
- QM - Квантовая механика
- REM - метод обмена репликами
Имя | Просмотр 3D | Конструктор моделей | Мин. | Доктор медицины | MC | REM | QM | Бес | GPU | Комментарии | Лицензия | Веб-сайт |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Морское ушко | да | да | да | да | да | да | я | да | да | Биомолекулярное моделирование, сворачивание белков. | Собственная , бесплатная, коммерческая | Гибкая молекула |
АПД | да | да | да | да | Нет | Нет | да | да | да | Пакет моделирования: ReaxFF , UFF, QM-MM с силовыми полями Amber и Tripos, DFT и полуэмпирические методы , конформационный анализ с помощью RDKit; частично с ускорением на GPU | Собственная , коммерческая , бесплатная пробная версия | СКМ |
Аскалаф Дизайнер | да | да | да | да | да | да | я | да | да | Молекулярное строительство (ДНК, белки, углеводороды, нанотрубки), молекулярная динамика, ускорение GPU | Смешанный: бесплатный открытый исходный код ( GNU GPL ) и коммерческий | Проект Аскалаф |
Авогадро | да | да | да | Нет | Нет | Нет | я | Нет | Нет | Построение молекул, редактирование (пептиды, небольшие молекулы, кристаллы), конформационный анализ, преобразование 2D / 3D; расширяемые интерфейсы к другим инструментам | Бесплатная GNU GPL с открытым исходным кодом | Авогадро |
БОСС | Нет | Нет | да | Нет | да | Нет | да | Нет | Нет | OPLS | Проприетарный | Йельский университет |
ОЧАРОВАНИЕ | Нет | да | да | да | да | я | я | да | да | Коммерческая версия с несколькими графическими интерфейсами продается компанией BIOVIA (как CHARMm), ранее называвшейся Accelrys. | Собственный , коммерческий | charmm.org |
ЧЕМКИН | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Кинетика химической реакции. | Проприетарный | ЧЕМКИН |
CP2K | Нет | Нет | да | да | да | Нет | да | да | да | CP2K может выполнять атомистическое и молекулярное моделирование твердотельных, жидких и биологических систем. | Бесплатная GNU GPLv2 с открытым исходным кодом или новее | CP2K |
Десмонд | да | да | да | да | Нет | да | Нет | Нет | да | Высокопроизводительный MD; имеет комплексный графический интерфейс для построения, визуализации и просмотра результатов, а также настройки и запуска расчетов | Собственная , коммерческая или бесплатная | DE Shaw Research Schrödinger |
Discovery Studio | да | да | да | да | да | Нет | да | да | да | Комплексный набор приложений для моделирования и симуляции наук о жизни, ориентированный на оптимизацию процесса открытия лекарств: моделирование малых молекул, QM-MM, моделирование фармакофоров, QSAR, стыковка белок-лиганд, моделирование гомологии белков, анализ последовательностей, стыковка белок-белок, моделирование антител и т. Д. . | Собственная , доступна пробная версия | Dassault Systèmes BIOVIA (ранее Accelrys) |
сложите его | Y / I | да | да | да | да | да | я | Нет | Нет | Вашингтонский университет и лаборатория Бейкера; предсказание структуры, сворачивание белка | Собственная , коммерческая или бесплатная | страница загрузки fold.it |
FoldX | я | да | да | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Расчет энергии, белковый дизайн | Собственная , коммерческая или бесплатная | CRG |
GROMACS | Нет | Нет | да | да | Нет [1] | да | я | Да [2] | да | Высокоэффективный MD | Бесплатная GNU GPL с открытым исходным кодом | gromacs.org |
ГРОМОС | Нет | Нет | да | да | да | да | Нет | да | да | Предназначен для биомолекул | Собственный , коммерческий | Сайт ГРОМОС |
ЛАМПЫ | да | да | да | да | да | да | я | да | да | Имеет потенциал для мягких и твердотельных материалов и крупнозернистых систем. | Бесплатный открытый исходный код , GNU GPLv2 | Sandia |
Макромодель | да | да | да | да | да | Нет | я | да | Нет | OPLS-AA, MMFF, модель растворителя GBSA, конформационный отбор проб, минимизация, MD. Включает графический интерфейс Maestro, который обеспечивает визуализацию, построение молекул, настройку вычислений, запуск заданий и мониторинг, организацию результатов на уровне проекта, доступ к набору других программ моделирования. | Проприетарный | Шредингер |
КАРТЫ [3] | да | да | да | да | да | да | да | Нет | да | Инструменты построения, визуализации и анализа в одном пользовательском интерфейсе с доступом к нескольким механизмам моделирования | Собственная , доступна пробная версия | Наукомика |
Студия материалов | да | да | да | да | да | Нет | да | да | Нет | Среда, которая привносит технологию моделирования материалов в настольные компьютеры, решая ключевые проблемы в процессах НИОКР | Собственная , доступна пробная версия | Dassault Systèmes BIOVIA (ранее Accelrys) |
MBN Explorer [4] + MBN Studio | да | да | да | да | да | Нет | Нет | да | да | Стандартные и реактивные силовые поля CHARMM; молекулярный моделист (углеродные наноматериалы, биомолекулы, нанокристаллы); явная библиотека примеров | Доступна проприетарная бесплатная пробная версия | Исследовательский центр МБН |
MDynaMix | Нет | Нет | Нет | да | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Параллельный MD | Бесплатная GNU GPL с открытым исходным кодом | Стокгольмский университет |
МЧС | да | да | да | да | Нет | Нет | я | да | Нет | Молекулярная операционная среда (MOE) | Проприетарный | Группа химических вычислений |
Орак | Нет | Нет | да | да | Нет | да | Нет | да | Нет | Программа моделирования молекулярной динамики для исследования поверхностей свободной энергии в биомолекулярных системах на атомном уровне | Бесплатный открытый исходный код | Страница загрузки Orac |
NAMD + VMD | да | да | да | да | Нет | да | я | да | да | Быстрый, параллельный MD, CUDA | Собственное , бесплатное академическое использование, исходный код | Институт Бекмана |
NWChem | Нет | Нет | да | да | Нет | Нет | да | Нет | Нет | Высокопроизводительное программное обеспечение для вычислительной химии, включающее квантовую механику, молекулярную динамику и комбинированные методы QM-MM. | Бесплатная лицензия образовательного сообщества с открытым исходным кодом версии 2.0 | NWChem |
Программа локальной оптимизации белков | Нет | да | да | да | да | Нет | Нет | Нет | Нет | Оптимизация спирали, петли и боковой цепи, быстрая минимизация энергии | Проприетарный | PLOP вики |
Q | Нет | Нет | Нет | да | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | (I) Моделирование возмущения свободной энергии (FEP), (II) эмпирическая валентная связь (EVB), расчеты свободных энергий реакции, (III) расчет энергии линейного взаимодействия (LIE) сродства связывания рецептор-лиганд | Бесплатная GNU GPLv2 с открытым исходным кодом или новее | Q |
САМСОН | да | да | да | да | Нет | Нет | да | Нет | Нет | Вычислительные нанонауки (науки о жизни, материалы и т. Д.). Модульная архитектура, модули, называемые элементами САМСОН | Собственная , бесплатная | САМСОН Коннект |
Scigress | да | да | да | да | Нет | Нет | да | да | Нет | MM , DFT , полуэмпирические методы , параллельная MD , конформационный анализ, линейное масштабирование SCF, стыковка белок-лиганд , пакетная обработка , виртуальный скрининг , автоматизированные конструкторы (молекулярная динамика, белки, кристаллы) | Проприетарный | SCIGRESS.com |
Спартанский | да | да | да | Нет | да | Нет | да | да | Нет | Маломолекулярные (<2000 а.е.м.) инструменты MM и QM для определения конформации, структуры, свойств, спектров, реакционной способности и селективности. | Доступна проприетарная бесплатная пробная версия | Wavefunction, Inc. |
ТераХим | Нет | Нет | да | да | Нет | Нет | да | Нет | да | Высокая производительность GPU -accelerated первопринципной молекулярной динамики и TD / ДПФ пакета программного обеспечения для очень больших молекулярных или даже наноразмерных систем. Работает на графических процессорах NVIDIA и 64-битной Linux , имеет сильно оптимизированный код CUDA . | Доступны проприетарные , пробные лицензии | ООО «ПетаХим» |
ТИНКЕР | я | да | да | да | да | я | я | да | да | Программные средства для молекулярного дизайна-Tinker-OpenMM [5] Программные средства для молекулярного дизайна-Tinker-HP [6] | Собственная , бесплатная | Вашингтонский университет |
Тремоло-X | я | Нет | да | да | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Быстрый параллельный MD | Проприетарный | Тремоло-X |
UCSF Химера | да | да | да | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Нет | Визуально привлекательная программа просмотра, ротамеры аминокислот и другое здание, включает в себя Antechamber и MMTK, плагины Ambertools в разработке. | Собственное , бесплатное академическое использование | Калифорнийский университет |
ЯСАРА | да | да | да | да | Нет | Нет | да | Нет | да | Молекулярная графика, моделирование, симуляция | Проприетарный | YASARA.org |
Смотрите также
- Молекулярная динамика Кар – Парринелло
- Сравнение реализаций силового поля
- Сравнение программного обеспечения для моделирования нуклеиновых кислот
- Список систем молекулярной графики
- Список программ для предсказания структуры белков
- Список программного обеспечения для квантовой химии и физики твердого тела
- Список программного обеспечения для молекулярного моделирования методом Монте-Карло
- Список программ для моделирования наноструктур
- Программное обеспечение для молекулярного дизайна
- Молекулярная динамика
- Молекулярное моделирование на графических процессорах
- Редактор молекул
Примечания и ссылки
- ^ Harrison ET, Вайднер T, Кастне- DG, Interlandi G (2017). «Предсказание ориентации белка G B1 на гидрофобных поверхностях с использованием моделирования Монте-Карло» . Биоинтерфазы . 12 (2): 02D401. DOI : 10.1116 / 1.4971381 . PMC 5148762 . PMID 27923271 .
- ^ Неявные Solvent - Gromacs архивации 29 июля 2014, в Wayback Machine
- ^ «КАРТЫ» . Архивировано из оригинала на 2019-11-28 . Проверено 14 ноября 2016 .
- ^ Соловьев И.А., Якубович А.В., Николаев П.В., Волковец И.В., Соловьев А.В. (2012). «MesoBioNano Explorer - универсальная программа для многомасштабного компьютерного моделирования сложной молекулярной структуры и динамики». J. Comput. Chem . 33 (30): 2412–2439. DOI : 10.1002 / jcc.23086 . PMID 22965786 .CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
- ^ М. Харгер, Д. Ли, З. Ван, К. Долби, Л. Лагардер, Ж.-П. Пикемал, Дж. Пондер, П. Рен (2017). «Tinker-OpenMM: Абсолютная и относительная алхимическая свободная энергия с использованием AMOEBA на графических процессорах» . Журнал вычислительной химии . 38 (23): 2047–2055. DOI : 10.1002 / jcc.24853 . PMC 5539969 . PMID 28600826 .CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
- ^ Л. Лагардер, Л.-Х. Джолли, Ф. Липпарини, Ф. Авиат, Б. Стамм, З. Ф. Джинг, М. Харгер, Х. Торабифард, Г. А. Сиснерос, М. Дж. Шнидерс, Н. Греш, Ю. Мадей, П. Я. Рен, Дж. У. Пондер, Ж.-П. Пикемал (2018). «Tinker-HP: массивно-параллельный пакет молекулярной динамики для многомасштабного моделирования больших сложных систем с развитыми точечными дипольными поляризуемыми силовыми полями» . Химическая наука . 9 (4): 956–972. DOI : 10.1039 / C7SC04531J . PMC 5909332 . PMID 29732110 .CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
Внешние ссылки
- SINCRIS
- Linux4Chemistry
- Совместный вычислительный проект
- Мировой индекс ресурсов молекулярной визуализации
- Краткий список ресурсов по молекулярному моделированию
- OpenScience
- Банк данных биологического магнитного резонанса
- Коды моделирования материалов и компьютерного моделирования
- Несколько советов по молекулярной динамике