MetaboLights [1] представляет собой хранилище данных , основанная в 2012 году для перекрестными видов и кросс-платформенных метаболомики исследований , что обеспечивает первичные данные исследований и мета - данные для метаболомики исследований, а также базы знаний для свойств отдельных метаболитов . [2] [3] [4] База данных поддерживается Европейским институтом биоинформатики (EMBL-EBI), а разработка финансируется Исследовательским советом по биотехнологии и биологическим наукам (BBSRC). [5] [6] По состоянию на июль 2018 г. функция просмотра MetaboLights включает 383 исследования, две аналитические платформы, ЯМР-спектроскопию имасс-спектрометрия . [7]
Содержание | |
---|---|
Описание | База данных метаболомики |
Типы данных захвачены | метаболиты разных видов, структура метаболитов, химические свойства, синонимы, протоколы экспериментов, таксономия, реакции, пути, спектры ЯМР , масс-спектры |
Контакт | |
Исследовательский центр | Европейская лаборатория молекулярной биологии |
Лаборатория | Европейский институт биоинформатики |
Первичное цитирование | PMID 23109552 |
Доступ | |
Веб-сайт | http://www.ebi.ac.uk/metabolights/ |
Скачать URL | http://www.ebi.ac.uk/metabolights/download |
Инструменты | |
Интернет | Веб-сайт MetaboLights |
Разнообразный | |
Частота выпуска данных | жить |
Политика курирования | Куратор вручную |
Семантическая аннотация основана на различных онтологиях и контролируемых словарях, включая тканевую онтологию BRENDA и таксономию NCBI . Данные о структуре метаболитов связаны с химическими базами данных, включая ChemSpider , PubChem и ChEBI . Однако ссылки на базы данных метаболитов, похоже, отсутствуют.
MetaboLights состоит из двух компонентов:
- хранилище , что позволяет метаболомике сообщества на долю экспериментальных данных, данные и протоколы для любой метаболомики исследования. (Рис. 1-2)
- опорный слой отдельных метаболитов соединений и их эталонные спектры , включая дополнительную информацию об их биологической роли, местах, концентрации и необработанных данных от метаболомики экспериментов. (Рис. 3)
Объем и доступ
Данные, хранящиеся в MetaboLights, доступны для загрузки с FTP-сайта и могут быть повторно использованы научным сообществом, где совместное использование данных считается неотъемлемой частью научного метода . [8] Однако информацию об авторских правах и лицензиях сложно идентифицировать.
MetaboLights включает пользовательские инструменты для представления экспериментов с использованием формата ISA-TAB для тегирования метаданных всех представленных материалов. [9] Представленным исследованиям автоматически присваивается стабильный уникальный инвентарный номер (например, MTBLS1), который можно использовать в качестве ссылки на публикацию; MetaboLights - один из репозиториев, рекомендованных несколькими научными журналами , включая EMBO Journal [10] и Nature 's Scientific Data . [11] Существует также управляемый процесс подачи, чтобы помочь удовлетворить рекомендации Инициативы стандартов метаболомики (MSI) для представления высококачественных данных для экспериментов ЯМР и МС. [12]
Рекомендации
- ^ Haug, K .; Салек, РМ; Conesa, P .; Hastings, J .; De Matos, P .; Rijnbeek, M .; Mahendraker, T .; Уильямс, М .; Neumann, S .; Rocca-Serra, P .; Maguire, E .; Gonzalez-Beltran, A .; Sansone, S. -A .; Гриффин, JL; Стейнбек, К. (2012). «Metabo Lights - универсальный репозиторий с открытым доступом для исследований метаболомики и связанных метаданных» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (выпуск базы данных): D781 – D786. DOI : 10.1093 / NAR / gks1004 . PMC 3531110 . PMID 23109552 .
- ^ Сансоне, Сусанна-Ассунта; Рокка-Серра, Филипп; Поле, Рассвет; Магуайр, Имонн; Тейлор, Крис; Хофманн, Оливер; Фанг, Хонг; Нойман, Штеффен; Тонг, Вейда; Амарал-Зеттлер, Линда; и другие. (27 января 2012 г.). «К интероперабельным данным бионауки» . Генетика природы . 44 (2): 121–126. DOI : 10.1038 / ng.1054 . PMC 3428019 . PMID 22281772 .
- ^ Хауг, Кеннет; Салек, Реза М .; Конеса, Пабло; Махендракер, Теджасви; Уильямс, Марк; Гриффин, Джулиан Л .; Стейнбек, Кристоф. «MetaboLights - новая база данных EBI Metabolomics» (19). MetaboNews . Дата обращения 5 мая 2015 .
- ^ Салек, Реза М; Хауг, Кеннет; Конеса, Пабло; Гастингс, Жанна; Уильямс, Марк; Махендракер, Теджасви; Магуайр, Имонн; Гонсалес-Бельтран, Алехандра Н; Рокка-Серра, Филипп; Сансоне, Сусанна-Ассунта (29 апреля 2013 г.). «Репозиторий MetaboLights: проблемы курирования в метаболомике» . База данных . 2013 : bat029. DOI : 10,1093 / базы данных / bat029 . PMC 3638156 . PMID 23630246 .
- ^ BBSRC Grant BB / I000933 / 1 «MetaboLights: Создание недостающего ресурса сообщества Metabolomics», http://www.bbsrc.ac.uk/research/grants/grants/AwardDetails.aspx?FundingReference=BB/I000933/1
- ^ Увеличение на 30 000 фунтов стерлингов для обмена данными по метаболомике между Великобританией и Китаем , Asian Scientist Newsroom, 2015 г. , данные получены 11 июня 2015 г.
- ^ http://www.ebi.ac.uk/metabolights/browse
- ^ Салек, РМ; Haug, K .; Стейнбек, К. (17 мая 2013 г.). «Распространение результатов Metabolomics: роль MetaboLights и COSMOS» . Gigascience . 2 (1): 8. DOI : 10,1186 / 2047-217X-2-8 . PMC 3658998 . PMID 23683662 .
- ^ Рокка-Серра, Филипп; Брандизи, Марко; Магуайр, Имонн; Скляр, Наталия; Тейлор, Крис; Бегли, Кимберли; Поле, Рассвет; Харрис, Стивен; Скрыть, Уинстон; Хофманн, Оливер; Нойман, Штеффен; Стерк, Питер; Тонг, Вейда; Сансоне, Сусанна-Ассунта (2 августа 2010 г.). «Программный пакет ISA: поддержка совместимых со стандартами экспериментальных аннотаций и возможность курирования на уровне сообщества» . Биоинформатика . 26 (18): 2354–2356. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btq415 . PMC 2935443 . PMID 20679334 .
- ^ Правила для авторов, http://emboj.embopress.org/authorguide
- ^ Рекомендуемые репозитории данных, http://www.nature.com/sdata/data-policies/repositories
- ^ Сансоне, Сусанна-Ассунта; Вентилятор, Тереза; Goodacre, Ройстон; Гриффин, Джулиан Л; Харди, Найджел В. Каддура-Даук, Рима; Кристал, Брюс С; Линдон, Джон; Мендес, Педро; и другие. (Август 2007 г.). «Инициатива стандартов метаболомики» . Природа Биотехнологии . 25 (8): 846–848. DOI : 10.1038 / nbt0807-846b . PMID 17687353 .
Внешние ссылки
- Официальный веб-сайт
- Учебное пособие по MetaboLights -MetaboLights Train On-Line
- Банк данных биологического магнитного резонанса - хранилище ЯМР-спектроскопии
- http://isa-tools.org/ - Формат исследования / исследования / анализа для представления метаданных
- Инициатива по стандарту метаболитов - (переписка) Nature Biotechnology 25 : 2007. doi 10.1038 / nbt0807-846b .
- Научные данные о природе - публикация в открытом доступе, доступная только в режиме онлайн, с описанием наборов научно ценных данных.
- http://metabolomexchange.org/- Международное сотрудничество репозиториев метаболомических данных.
- http://services.cbib.u-bordeaux2.fr/MERYB/ - База знаний по метаболомике растений.
- http://www.metabolomicsworkbench.org/ - Национальное и международное хранилище метаболомных данных и метаданных.