База данных эпигеномики в Национальном центре биотехнологической информации была базой данных для наборов данных полногеномной эпигенетики . [1] Он был закрыт 1 июня 2016 года.
Содержание | |
---|---|
Описание | наборы эпигеномных данных. |
Контакт | |
Исследовательский центр | Национальный центр биотехнологической информации |
Авторы | Ян М. Фингерман |
Первичное цитирование | Fingerman и др. (2011) [1] |
Дата выпуска | 2010 г. |
Доступ | |
Веб-сайт | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/epigenomics |
База данных эпигеномики
База данных по эпигеномике Национального центра биотехнологической информации (NCBI) при Национальных институтах здравоохранения (NIH) была запущена в июне 2010 года как средство для сбора карт эпигенетических модификаций и их появления в геноме человека. [2] Эта база данных представляет собой общедоступный ресурс для карт стволовых клеток и первичных тканей ex vivo , в которых подробно описываются общегеномные ландшафты эпигенетических факторов, возникающих в процессе развития человека и болезней. [1]
Содержание базы данных эпигеномики
Основные ресурсы для содержания базы данных эпигеномики получены из двух архивных баз данных в NCBI: Омнибус экспрессии генов (GEO) и Архив чтения последовательностей (SRA). [1] Омнибус экспрессии генов - это система данных для высокопроизводительных геномных данных, которые генерируются с помощью микрочипов и технологий секвенирования следующего поколения. [3] Данные, используемые в базе данных эпигеномики, представляют собой комбинацию подмножеств GEO и SRA, специфичных для эпигенетических факторов. Эти данные подвергаются дополнительному анализу и упорядочиваются в более доступной форме перед добавлением в базу данных Epigenomics. [1]
Использование базы данных
Все эксперименты и соответствующие образцы в базе данных Epigenomics отображаются в браузере по умолчанию. По состоянию на октябрь 2013 года в базе данных доступно 4112 экспериментов и 1257 образцов. [4] Пять изученных видов представлены в базе данных, и доступно множество треков данных, включая экспрессию микро- и малых РНК, модификацию гистонов и ферменты, модифицирующие гистоны, доступность хроматина и факторы, связанные с хроматином, а также факторы транскрипции. [1] Одним из таких примеров из базы данных является исследование определенных эпигенетических факторов у Drosophila melanogaster на 20-24-часовой эмбриональной стадии развития. [5]
Браузер базы данных Epigenomics содержит две основные поисковые записи: «Эксперименты» и «Образцы».
Поиск эксперимента
Запись поиска эксперимента относится к одному или нескольким экспериментам с рядом научных целей. [1] Здесь пользователь может получить полную информацию об источнике данных. Эта информация включает в себя организацию отправителя, ссылки на исходные данные, представленные в GEO и SRA, ссылки на цитаты литературы в PubMed и / или полнотекстовые статьи в Pubmed. [1] Записи экспериментов содержат уникальный инвентарный номер, который включает префикс «ESS». [1]
Образец поиска
Образец записи поиска соответствует биологическому материалу, исследованному в данном эксперименте в базе данных, и предоставляет подробную информацию об атрибутах источника со значениями из контролируемых словарей. [1] Доступно более 20 полей биологических атрибутов, среди которых - штамм, сорт, экотип, индивидуум, пол, возраст, стадия развития, линия клеток, тип клеток, тип ткани и состояние здоровья. [1]
В Интернете есть множество доступных ресурсов для помощи в навигации и использовании базы данных Epigenomics. Раздел «Epigenetics Help» справочного руководства NCBI содержит информацию о базе данных с возможностью поиска и предоставляет пользователю инструменты для использования, управления, загрузки и выгрузки, а также для навигации по базе данных. [6] Существуют также руководства по навигации по базе данных, предназначенные для конкретных исследователей и областей исследований, таких как исследования стволовых клеток. [7]
Дорожная карта проекта эпигеномики
В 2007 году Национальные институты здравоохранения (NIH) запустили проект « Эпигеномика дорожной карты» . Целью проекта является разработка общедоступных эталонных карт эпигеномов различных типов клеток. [1] Эти эпигенетические карты предназначены для предоставления ресурсов для изучения эпигенетических событий, которые подчеркивают человеческое развитие, разнообразие и болезни. [8] Об аналогичных усилиях см. Проект ENCODE (энциклопедия элементов ДНК), инициативы которого дополняют проект «Дорожная карта по эпигеномике». [9]
Эпигеном
Эпигенома состоит из записи химических изменений в ДНК и гистонов белков организма. Эти химические изменения влияют на экспрессию генов во многих типах тканей и стадиях развития. [10] Эти эпигенетические изменения включают методы изменения экспрессии генов, которые не связаны с изменениями лежащей в основе первичной последовательности ДНК; они включают метилирование ДНК , молчание генов и структуру хроматина [11], а также участие Некодирующей РНК . [12]
Смотрите также
Рекомендации
- ^ a b c d e f g h i j k l Fingerman, Ian M; МакДэниел Ли; Чжан Сюань; Ратзат Вальтер; Хасан Тарек; Цзян Чжифан; Коэн Роберт Ф; Шулер Грегори Д. (январь 2011 г.). «NCBI Epigenomics: новый общедоступный ресурс для изучения наборов эпигеномных данных» . Nucleic Acids Res . 39 (выпуск базы данных): D908–12. DOI : 10.1093 / NAR / gkq1146 . PMC 3013719 . PMID 21075792 .
- ^ «Обзор» . Национальные институты здоровья . Управление стратегической координации - Общий фонд . Проверено 22 сентября 2013 года .
- ^ Сэйерс, EW; и другие. (Январь 2010 г.). «Ресурсы базы данных Национального центра биотехнологической информации» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (выпуск базы данных): D5–16. DOI : 10.1093 / NAR / gkp967 . PMC 2808881 . PMID 19910364 .
- ^ «База данных эпигеномики» . Проверено 20 октября 2013 года .
- ^ Negre, N; Моррисон CA; Шах П.К .; Bild NA; Белый КП (12 мая 2009 г.). «Полногеномные карты состояния хроматина в стадиях эмбрионов дрозофилы, ChIP-seq» . ModENCODE . GSE16013 . Проверено 17 ноября 2013 года .
- ^ Бетесда (Мэриленд) (2010). Помощь по эпигеномике . Национальная медицинская библиотека США: Национальный центр биотехнологической информации (США).
- ^ Карник, Р; Мейснер А. (3 июля 2013 г.). «Просмотр (Epi) геномов: руководство по ресурсам данных и браузерам эпигеномов для исследователей стволовых клеток» . Стволовая клетка . 13 (1): 14–21. DOI : 10.1016 / j.stem.2013.06.006 . PMC 3750740 . PMID 23827707 .
- ^ Бернштейн, Брэдли Э; Джон А. Стаматояннопулос ; Джозеф Ф. Костелло; Бинг Рен; Александр Милосавлевич; Александр Мейснер; Манолис Келлис; Марко Марра; Артур Л. Боде; Джозеф Р. Эккер; Пегги Дж. Фарнхэм; Мартин Херст; Эрик С. Ландер; Тарьей С. Миккельсен; Джеймс Томсон (13 октября 2010 г.). «Консорциум картографирования эпигеномики дорожной карты NIH» . Природа Биотехнологии . 28 (10): 1045–1048. DOI : 10.1038 / nbt1010-1045 . PMC 3607281 . PMID 20944595 .
- ^ Encode Project, Консорциум (22 октября 2004 г.). "Проект ENCODE (Энциклопедия элементов ДНК)" (PDF) . Наука . 306 (5696): 636–40. Bibcode : 2004Sci ... 306..636E . DOI : 10.1126 / science.1105136 . PMID 15499007 .
- ^ Бернштейн, Брэдли Э; Александр Мейснер; Эрик С. Ландер (19 декабря 2011 г.). «Эпигеном млекопитающих». Cell . 4. 128 (4): 669–681. DOI : 10.1016 / j.cell.2007.01.033 . PMID 17320505 .
- ^ Руссо, Винченцо Э.А., Роберт А. Мартиенсен и Артур Д. Риггс. (1996). Эпигенетические механизмы регуляции генов . Лабораторный пресс Колд-Спринг-Харбор. п. Абстрактный. ISBN 978-0-87969-490-6.CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
- ^ Коста, Фабрицио Ф. (29 февраля 2008 г.). «Некодирующие РНК, эпигенетика и сложность». Джин . 410 (1): 9–17. DOI : 10.1016 / j.gene.2007.12.008 . PMID 18226475 .
Внешние ссылки
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/epigenomics
- http://www.nihroadmap.nih.gov/epigenomics
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/