Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
ПРКАБ1
Белок PRKAB1 PDB 1z0m.png
Доступные конструкции
PDBОртолог поиск: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB

4CFE , 4CFF , 5EZV , 4ZHX , %% s 4ZHX , 5EZV

Идентификаторы
ПсевдонимыPRKAB1 , AMPK, HAMPKb, некаталитическая субъединица бета 1, активируемая протеинкиназой AMP
Внешние идентификаторыOMIM : 602740 MGI : 1336167 HomoloGene : 38160 GeneCards : PRKAB1
Расположение гена ( человек )
Хромосома 12 (человек)
Chr.Хромосома 12 (человека) [1]
Хромосома 12 (человек)
Геномное расположение PRKAB1
Геномное расположение PRKAB1
Группа12q24.23Начинать119 667 864 п.н. [1]
Конец119 681 624 п.н. [1]
Расположение гена ( Мышь )
Хромосома 5 (мышь)
Chr.Хромосома 5 (мышь) [2]
Хромосома 5 (мышь)
Геномное расположение PRKAB1
Геномное расположение PRKAB1
Группа5 | 5 FНачинать116 013 586 п.н. [2]
Конец116 024 508 п.н. [2]
Паттерн экспрессии РНК
PBB GE PRKAB1 201835 s at fs.png

Дополнительные данные эталонного выражения
Онтология генов
Молекулярная функция• активность протеинкиназы
• активность AMP-активированной протеинкиназы
• связывание с белком GO: 0001948
• связывание протеинкиназы
• активность киназы
Сотовый компонент• цитозоль
• нуклеотид-активированный протеинкиназный комплекс
• ядро клетки
• нуклеоплазма
• макромолекулярный комплекс
• цитоплазма
Биологический процесс• гетероолигомеризация белков
• метаболизм липидов
• метаболический процесс жирных кислот
• фосфорилирование белков
• положительная регуляция экспрессии генов
• процесс биосинтеза жирных кислот
• остановка клеточного цикла
• регуляция каталитической активности GO: 0048552
• макроаутофагия
• развитие ногтей
• передача сигналов
• положительная регуляция холода -индуцированный термогенез
• регуляция макроаутофагии
• регуляция передачи сигнала медиатором класса p53
• фосфорилирование
Источники: Amigo / QuickGO
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

5564

19079

Ансамбль

ENSG00000111725

ENSMUSG00000029513

UniProt

Q9Y478

Q9R078

RefSeq (мРНК)

NM_006253

NM_031869

RefSeq (белок)

NP_006244
NP_006244.2

NP_114075

Расположение (UCSC)Chr 12: 119.67 - 119.68 МбChr 5: 116.01 - 116.02 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

5'-АМФ-активированной протеинкиназы субъединица бета-1 представляет собой фермент , который у человека кодируется PRKAB1 гена . [5] [6]

Белок, кодируемый этим геном, является регуляторной субъединицей AMP-активируемой протеинкиназы (AMPK). AMPK представляет собой гетеротример, состоящий из альфа-каталитической субъединицы и некаталитических бета- и гамма-субъединиц. AMPK - важный чувствительный к энергии фермент, который контролирует энергетический статус клеток. В ответ на клеточный метаболический стресс активируется AMPK и, таким образом, фосфорилируется и инактивируется ацетил-КоА-карбоксилаза (АСС) и бета-гидрокси-бета-метилглутарил-КоА-редуктаза (HMGCR), ключевые ферменты, участвующие в регуляции биосинтеза жирных кислот и холестерина de novo. . Эта субъединица может быть положительным регулятором активности AMPK. миристоилированиюи фосфорилирование этой субъединицы, как было показано, влияет на активность фермента и клеточную локализацию AMPK. Эта субъединица может также служить адаптерной молекулой, опосредующей ассоциацию комплекса AMPK. [6]

Модельные организмы [ править ]

Фенотип мышей с нокаутом Prkab1
Характерная чертаФенотип
Жизнеспособность гомозиготОбычный
Рецессивное летальное исследованиеОбычный
ПлодородиеОбычный
Вес телаОбычный
БеспокойствоОбычный
Неврологическое обследованиеОбычный
Сила захватаОбычный
Горячая тарелкаОбычный
ДисморфологияОбычный
Косвенная калориметрияОбычный
Тест толерантности к глюкозеАномальный [7]
Слуховой ответ ствола мозгаОбычный
DEXAОбычный
РентгенографияОбычный
Температура телаОбычный
Морфология глазаОбычный
Клиническая химияАномальный [8]
Плазменные иммуноглобулиныАномальный
ГематологияАномальный [9]
Лимфоциты периферической кровиОбычный
Микроядерный тестОбычный
Вес сердцаОбычный
Гистопатология глазОбычный
Сальмонеллезная инфекцияНормальный [10]
Citrobacter инфекцияНормальный [11]
Все тесты и анализ из [12] [13]

Модельные организмы использовались при изучении функции PRKAB1. Линия условно нокаутных мышей , названная Prkab1 tm1a (KOMP) Wtsi [14] [15], была создана в рамках программы International Knockout Mouse Consortium - проекта высокопроизводительного мутагенеза для создания и распространения моделей болезней на животных среди заинтересованных ученых. [16] [17] [18]

Самцы и самки животных прошли стандартизованный фенотипический скрининг для определения эффектов делеции. [12] [19] Двадцать пять тестов были проведены на мутантных мышах, и были обнаружены четыре значительных отклонения от нормы. [12] Гомозиготные мутантные самцы показали нарушение толерантности к глюкозе . Животные обоего пола имели повышенные уровни циркулирующего билирубина , повышенные уровни IgG3 и ряд атипичных гематологических параметров. [12]

Взаимодействия [ править ]

PRKAB1 взаимодействует с PRKAG2 [20] и PRKAG1 . [20]

Домен взаимодействия бета-субъединицы 5'-АМФ-активированной протеинкиназы (AMPKBI) представляет собой консервативный домен, обнаруженный в бета-субъединице комплекса 5-АМФ-активированной протеинкиназы и его дрожжевых гомологах Sip1 (SNF1-взаимодействующий белок 1), Sip2. (SNF1 взаимодействующий белок 2) и Gal83 (галактоза метаболизм 83), которые находятся в SNF1 (сахарозы не-бродильный) киназы комплекс . [21] Эта область достаточна для взаимодействия этой субъединицы с киназным комплексом, но не несет единоличной ответственности за взаимодействие, и партнер по взаимодействию неизвестен. [22]

AMPKBI
Идентификаторы
СимволAMPKBI
PfamPF04739
ИнтерПроIPR006828
Доступные белковые структуры:
Pfam  структуры / ECOD  
PDBRCSB PDB ; PDBe ; PDBj
PDBsumкраткое изложение структуры

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000111725 - Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000029513 - Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ Стейплтон Д, Mitchelhill К.И., Гао G, J Уидмер, Мичелла BJ, Teh Т, Дом СМ, Фернандес CS, Кокс Т, Witters Л., Кемп BE (февраль 1996 г.). «Подсемейство AMP-активируемых протеинкиназ млекопитающих» . J Biol Chem . 271 (2): 611–4. DOI : 10.1074 / jbc.271.2.611 . PMID 8557660 . 
  6. ^ a b «Ген Entrez: протеинкиназа PRKAB1, AMP-активированная, некаталитическая субъединица бета-1» .
  7. ^ «Данные теста на толерантность к глюкозе для Prkab1» . Wellcome Trust Институт Сэнгера.
  8. ^ "Данные клинической химии для Prkab1" . Wellcome Trust Институт Сэнгера.
  9. ^ "Гематологические данные для Prkab1" . Wellcome Trust Институт Сэнгера.
  10. ^ « Данные инфекции сальмонеллы для Prkab1» . Wellcome Trust Институт Сэнгера.
  11. ^ « Данные о заражении Citrobacter для Prkab1» . Wellcome Trust Институт Сэнгера.
  12. ^ а б в г Гердин А.К. (2010). «Программа генетики мыши Сэнгера: характеристика мышей с высокой пропускной способностью». Acta Ophthalmologica . 88 : 925–7. DOI : 10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x . S2CID 85911512 . 
  13. ^ Портал ресурсов мыши , Wellcome Trust Sanger Institute.
  14. ^ "Международный Консорциум Нокаут-Мышей" .
  15. ^ "Информатика генома мыши" .
  16. ^ Скарнес, WC; Rosen, B .; Запад, AP; Koutsourakis, M .; Бушелл, Вт .; Iyer, V .; Мухика, АО; Thomas, M .; Harrow, J .; Cox, T .; Джексон, Д .; Severin, J .; Biggs, P .; Fu, J .; Нефедов, М .; Де Йонг, П.Дж.; Стюарт, AF; Брэдли, А. (2011). «Ресурс с условным нокаутом для полногеномного исследования функции генов мыши» . Природа . 474 (7351): 337–342. DOI : 10,1038 / природа10163 . PMC 3572410 . PMID 21677750 .  
  17. ^ Долгин E (2011). "Библиотека мыши настроена на нокаут" . Природа . 474 (7351): 262–3. DOI : 10.1038 / 474262a . PMID 21677718 . 
  18. ^ Коллинз Ф., Rossant Дж, Вурст Вт (2007). «Мышь на все случаи жизни». Cell . 128 (1): 9–13. DOI : 10.1016 / j.cell.2006.12.018 . PMID 17218247 . S2CID 18872015 .  
  19. ↑ van der Weyden L, White JK, Adams DJ, Logan DW (2011). «Набор инструментов генетики мышей: раскрытие функции и механизма» . Genome Biol . 12 (6): 224. DOI : 10.1186 / GB-2011-12-6-224 . PMC 3218837 . PMID 21722353 .  
  20. ^ a b Cheung, PC; Соль IP; Дэвис С.П .; Hardie DG; Карлинг Д. (март 2000 г.). «Характеристика изоформ гамма-субъединицы AMP-активированной протеинкиназы и их роль в связывании AMP» . Биохим. Дж . 346 (3): 659–69. DOI : 10.1042 / 0264-6021: 3460659 . ISSN 0264-6021 . PMC 1220898 . PMID 10698692 .   
  21. ↑ Gao G, Fernandez CS, Stapleton D, Auster AS, Widmer J, Dyck JR, Kemp BE, Witters LA (апрель 1996). «Некаталитические изоформы бета- и гамма-субъединиц 5'-AMP-активированной протеинкиназы» . J. Biol. Chem . 271 (15): 8675–81. DOI : 10.1074 / jbc.271.15.8675 . PMID 8621499 . 
  22. Перейти ↑ Yang X, Jiang R, Carlson M (декабрь 1994). «Семейство белков, содержащих консервативный домен, который опосредует взаимодействие с дрожжевым протеинкиназным комплексом SNF1» . EMBO J . 13 (24): 5878–86. DOI : 10.1002 / j.1460-2075.1994.tb06933.x . PMC 395563 . PMID 7813428 .  

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Карлинг Д. (2004). «Каскад AMP-активируемых протеинкиназ - объединяющая система для контроля энергии». Trends Biochem. Sci . 29 (1): 18–24. DOI : 10.1016 / j.tibs.2003.11.005 . PMID  14729328 .
  • Гао Г., Фернандес С.С., Стэплтон Д. и др. (1996). «Некаталитические изоформы бета- и гамма-субъединиц 5'-AMP-активированной протеинкиназы» . J. Biol. Chem . 271 (15): 8675–81. DOI : 10.1074 / jbc.271.15.8675 . PMID  8621499 .
  • Вудс А., Чунг П.С., Смит Ф.К. и др. (1996). «Характеристика AMP-активированных протеинкиназ бета и гамма субъединиц. Сборка гетеротримерного комплекса in vitro» . J. Biol. Chem . 271 (17): 10282–90. DOI : 10.1074 / jbc.271.48.30517 . PMID  8626596 .
  • Дайк Дж. Р., Гао Дж., Видмер Дж. И др. (1996). «Регулирование активности 5'-AMP-активированной протеинкиназы с помощью некаталитических бета- и гамма-субъединиц» . J. Biol. Chem . 271 (30): 17798–803. DOI : 10.1074 / jbc.271.30.17798 . PMID  8663446 .
  • Стэплтон Д., Вуллатт Э., Митчелхилл К.И. и др. (1997). «Семейство изоферментов AMP-активированной протеинкиназы: субъединичная структура и расположение в хромосоме». FEBS Lett . 409 (3): 452–6. DOI : 10.1016 / S0014-5793 (97) 00569-3 . PMID  9224708 . S2CID  39329574 .
  • Митчелхилл К.И., Мичелл Б.Дж., House CM и др. (1997). «Посттрансляционные модификации 5'-AMP-активированной субъединицы бета1 протеинкиназы» . J. Biol. Chem . 272 (39): 24475–9. DOI : 10.1074 / jbc.272.39.24475 . PMID  9305909 .
  • Торнтон С., Сноуден М.А., Карлинг Д. (1998). «Идентификация новой изоформы бета-субъединицы AMP-активированной протеинкиназы, которая высоко экспрессируется в скелетных мышцах» . J. Biol. Chem . 273 (20): 12443–50. DOI : 10.1074 / jbc.273.20.12443 . PMID  9575201 .
  • Cheung PC, Salt IP, Davies SP, et al. (2000). «Характеристика изоформ гамма-субъединицы AMP-активированной протеинкиназы и их роль в связывании AMP» . Биохим. Дж . 346 (3): 659–69. DOI : 10.1042 / 0264-6021: 3460659 . PMC  1220898 . PMID  10698692 .
  • да Силва, Ксавье Дж., Леклерк И., Соль И. П. и др. (2000). «Роль AMP-активированной протеинкиназы в регуляции глюкозой экспрессии гена островковых бета-клеток» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 97 (8): 4023–8. Bibcode : 2000PNAS ... 97.4023D . DOI : 10.1073 / pnas.97.8.4023 . PMC  18135 . PMID  10760274 .
  • Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 99 (26): 16899–903. Bibcode : 2002PNAS ... 9916899M . DOI : 10.1073 / pnas.242603899 . PMC  139241 . PMID  12477932 .
  • Лемье К., Конрад Д., Клип А., Маретт А. (2003). «Активатор протеинкиназы, активируемой АМФ, AICAR, не вызывает транслокацию GLUT4 в поперечные канальцы, но стимулирует захват глюкозы и митоген-активируемые протеинкиназы p38 альфа и бета в скелетных мышцах». FASEB J . 17 (12): 1658–65. DOI : 10,1096 / fj.02-1125com . PMID  12958172 . S2CID  84040744 .
  • Ландри Л. Е., Хэнлон А. Л., Стронг Д. В. и др. (2004). «C75, ингибитор синтазы жирных кислот, модулирует АМФ-активированную протеинкиназу, чтобы изменить энергетический метаболизм нейронов» . J. Biol. Chem . 279 (5): 3817–27. DOI : 10.1074 / jbc.M310991200 . PMID  14615481 .
  • Иноки К., Чжу Т., Гуань К.Л. (2004). «TSC2 опосредует энергетический ответ клеток, чтобы контролировать рост и выживание клеток». Cell . 115 (5): 577–90. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (03) 00929-2 . PMID  14651849 . S2CID  18173817 .
  • Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека» . Nat. Genet . 36 (1): 40–5. DOI : 10,1038 / нг1285 . PMID  14702039 .
  • Андерссон Ю., Филипссон К., Эбботт С. Р. и др. (2004). «АМФ-активированная протеинкиназа играет роль в контроле потребления пищи» (PDF) . J. Biol. Chem . 279 (13): 12005–8. DOI : 10.1074 / jbc.C300557200 . PMID  14742438 . S2CID  9226598 .
  • Пилон Г, Даллер П, Маретт А (2004). «Ингибирование индуцибельной синтазы оксида азота активаторами AMP-активированной протеинкиназы: новый механизм действия лекарств, повышающих чувствительность к инсулину» . J. Biol. Chem . 279 (20): 20767–74. DOI : 10.1074 / jbc.M401390200 . PMID  14985344 .
  • Шоу Р.Дж., Косматка М., Бардиси Н. и др. (2004). «Киназа-супрессор опухолей LKB1 напрямую активирует AMP-активированную киназу и регулирует апоптоз в ответ на энергетический стресс» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 101 (10): 3329–35. Bibcode : 2004PNAS..101.3329S . DOI : 10.1073 / pnas.0308061100 . PMC  373461 . PMID  14985505 .
  • Ким Е.К., Миллер И., Аджа С. и др. (2004). «C75, ингибитор синтазы жирных кислот, снижает потребление пищи с помощью гипоталамической AMP-активируемой протеинкиназы» . J. Biol. Chem . 279 (19): 19970–6. DOI : 10.1074 / jbc.M402165200 . PMID  15028725 .

Внешние ссылки [ править ]

  • PDBe-KB обеспечивает обзор всей структурной информации, доступной в PDB для субъединицы бета-1 активированной 5'-AMP протеинкиназы человека (PRKAB1)
Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и InterPro : IPR006828