Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлено из группы PVC )
Перейти к навигации Перейти к поиску

Группа ПВХ
Хламидии TrachomatisEinschlusskörperchen.jpg
Хламидия трахоматис
Научная классификация
(временная)
Домен:
Бактерии
(без рейтинга):
Gracilicutes
Суперфилум:
Группа ПВХ
Phyla

Хламидии
Kiritimatiellaeota
Lentisphaerae
Planctomycetes
Verrucomicrobia
" Ca. Abyssubacteria "
" Ca. Aureabacteria "
" Ca. Omnitrophica "

Синонимы

Planctobacteria Cavalier-Smith, 1987 [1]

Группа ПВХ является superphylum из бактерий , названных в честь его трех важных членов, Planctomycetes , Verrucomicrobia и хламидий . [2] Кавалье-Смит предположил, что бактерии ПВХ, вероятно, потеряли или уменьшили свою клеточную стенку пептидогликана в два раза. [3] Было предположение , что член клайда ПВХ может быть клетка - хозяина в эндосимбиотическом событии , которые привели к первому прота эукариотической клетке. [4] [5]

Cavalier-Smith называет ту же группу Planctobacteria и считает это фила . Однако этого не придерживается более широкое научное сообщество. [6] В бактериальной мегаклассификации Кавалье-Смита он находится внутри бактериального инфра-царства Gracilicutes и включает типы Chlamydiae , Lentisphaerae , Planctomycetes , Verrucomicrobia . [3] [7]

PVC superphylum [8] [9] [2] [10]
ПВХ
 

Ауреабактерии

 
 
 
 

Планктомицеты

 
 

Омнитрофика

 
 
 
 

Хламидии

 
 
 

Киритиматиллаеота

 
 
 

Lentisphaerae

 
 

Веррукомикробия

 
 
 
 
 
 

Молекулярные подписи [ править ]

Planctomycetes , Verrucomicrobia и Chlamydiae в традиционном представлении о молекулярной филогении рассматриваются как типы, а также группируются вместе в так называемом суперфилуме PVC вместе с типом- кандидатом Omnitrophica [11] (ранее OP3) и Poribacteria. [12] Было обнаружено, что важный молекулярный маркер в виде консервативного сигнатурного белка постоянно разделяется членами PVC, за исключением Poribacteria . Консервативный сигнатурный белок может быть маркером, который представляет синапоморфныйкачество и средство для выделения этой группы бактерий. Недавние исследования охарактеризовали этот белок, и было приписано, что он играет важную домашнюю функцию в связывании ДНК / РНК. [13] Это наблюдение не только предоставляет средства для разграничения супрофилума PVC, но и сильно поддерживает эволюционные отношения, разделяемые этой кладой, которая отличается от других бактерий. [14] [15]

Консервированные индели сигнатур (CSI) также были обнаружены специфичными для Planctomycetes , Verrucomicrobia и Chlamydiae, которые отличают каждый соответствующий тип друг от друга и от других бактерий. [14] [16] Была обнаружена вставка из трех аминокислот в белке РНК-полимеразы RpoB , который является общим для всех секвенированных видов Verrucomicrobia, Chlamydiae и Lentisphaerae . CSI отсутствует у соседних Planctomycetes и Poribacteria, что предполагает общее происхождение среди групп, для которых характерен CSI. [14]

Были найдены дополнительные доказательства существования этой клады. [17] [18] К ним относятся наличие белков, похожих на мембранную оболочку, тубулина , синтеза стеролов и присутствие конденсированной ДНК.

Заметки [ править ]

Ссылки [ править ]

  1. Перейти ↑ Cavalier-Smith, T (1987). «Происхождение клеток эукариотов и архебактерий». Летопись Нью-Йоркской академии наук . 503 : 17–54. DOI : 10.1111 / j.1749-6632.1987.tb40596.x . PMID  3113314 .
  2. ^ а б Вагнер, М .; Хорн, М. (2006). «Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae и сестринские типы составляют супертип, имеющий биотехнологическое и медицинское значение». Текущее мнение в области биотехнологии . 17 (3): 241–249. DOI : 10.1016 / j.copbio.2006.05.005 . PMID 16704931 . 
  3. ^ а б Кавальер-Смит, Т. (2002). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (Pt 1): 7–76. DOI : 10.1099 / 00207713-52-1-7 . PMID 11837318 . 
  4. ^ Фортер, Патрик (январь 2011). «Новая гипотеза слияния для происхождения Eukarya: лучше, чем предыдущие, но, вероятно, также неверна». Исследования в области микробиологии . 162 (1): 77–91. DOI : 10.1016 / j.resmic.2010.10.005 . PMID 21034817 . 
  5. ^ Баум, Дэвид А; Баум, Базз (28 октября 2014 г.). «Вывернутое наизнанку происхождение эукариотической клетки» . BMC Biology . 12 (1): 76. DOI : 10,1186 / s12915-014-0076-2 . PMC 4210606 . PMID 25350791 .  
  6. ^ Krieg, NR; Ludwig, W .; Уитмен, ВБ; Hedlund, BP; Пастер, Би Джей; Стейли, JT; Ward, N .; Brown, D .; Парт А. (24 ноября 2010 г.) [1984 (Уильямс и Уилкинс)]. Джордж М. Гаррити (ред.). Bacteroidetes, Spirochaetes, Tenericutes (Mollicutes), Acidobacteria, Fibrobacteres, Fusobacteria, Dictyoglomi, Gemmatimonadetes, Lentisphaerae, Verrucomicrobia, Chlamydiae и Planctomycetes . Руководство Берджи по систематической бактериологии. 4 (2-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер. п. 908. ISBN. 978-0-387-95042-6. Британская библиотека № GBA561951.
  7. Перейти ↑ Cavalier-Smith T (2006). «Укоренение древа жизни путем анализа переходов» . Биол. Прямой . 1 (1): 19. DOI : 10.1186 / 1745-6150-1-19 . PMC 1586193 . PMID 16834776 .  
  8. ^ Рапп, MS; Джованнони, SJ (2003). «Культурное микробное большинство». Ежегодный обзор микробиологии . 57 : 369–394. DOI : 10.1146 / annurev.micro.57.030502.090759 . PMID 14527284 . 
  9. ^ Вёзе, CR (1987). «Бактериальная эволюция» . Микробиологические обзоры . 51 (2): 221–271. DOI : 10.1128 / MMBR.51.2.221-271.1987 . PMC 373105 . PMID 2439888 .  
  10. ^ Стефан Спринг, Бойк Банк, Катрин Шпёр, Питер Шуман, Манфред Роде, Брайан Дж. Тиндалл и Ханс-Петер Кленк, (2016). Характеристика первого культивированного представителя Verrucomicrobia подразделения 5 указывает на предложение нового типа . Природа.
  11. ^ «Таксономия - Candidatus Omnitrophica (PHYLUM)» . UniProt .
  12. ^ Вагнер, М .; Хорн, М. (2006). «Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae и сестринские типы составляют супертип, имеющий биотехнологическое и медицинское значение». Текущее мнение в области биотехнологии . 17 (3): 241–249. DOI : 10.1016 / j.copbio.2006.05.005 . PMID 16704931 . 
  13. ^ Lagkouvardos я, Jehl М.А., Rattei Т, Хорн М (2014). «Сигнатурный белок супертипа ПВХ» . Appl Environ Microbiol . 80 (2): 440–445. DOI : 10,1128 / AEM.02655-13 . PMC 3911108 . PMID 24185849 .  
  14. ^ а б в Гупта Р.С., Бхандари В., Наушад Х.С. (2012). «Молекулярные сигнатуры для PVC Clade (Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae и Lentisphaerae) бактерий обеспечивают понимание их эволюционных взаимоотношений» . Front Microbiol . 3 : 327. DOI : 10,3389 / fmicb.2012.00327 . PMC 3444138 . PMID 23060863 .  
  15. Перейти ↑ Gupta RS (2016). «Влияние геномики на понимание эволюции и классификации микробов: важность взглядов Дарвина на классификацию» . FEMS Microbiol Rev . 40 (4): 520–53. DOI : 10.1093 / femsre / fuw011 . PMID 27279642 . 
  16. ^ Gupta RS, Наушад S, Chokshi С, Гриффитс Е, Adeolu М (2015). "Анализ филума Chlamydiae на основе филогеномных и молекулярных маркеров: предложение разделить класс Chlamydiia на два порядка, Chlamydiales и Parachlamydiales ord. Nov., И исправленное описание класса Chlamydiia". Антони ван Левенгук . 108 (3): 765–781. DOI : 10.1007 / s10482-015-0532-1 . PMID 26179278 . 
  17. Перейти ↑ Wagner M, Horn M (2006). «Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae и сестринские типы составляют супертип, имеющий биотехнологическое и медицинское значение». Curr. Opin. Biotechnol . 17 (3): 241–9. DOI : 10.1016 / j.copbio.2006.05.005 . PMID 16704931 . 
  18. ^ КАМНЕВА OK, Liberles DA, Уорд NL (2010). «Влияние Indel-замен на весь геном на эволюцию бактерий супертипа ПВХ, выявленное с помощью нового вычислительного метода» . Genome Biol Evol . 2 : 870–86. DOI : 10.1093 / GbE / evq071 . PMC 3000692 . PMID 21048002 .  


  • v
  • т
  • е