Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Веррукомикробия
ТЕА - Epixenosomes.jpg
Просвечивающая электронная микрофотография эпиксеносом стадии II.
Научная классификация е
Домен:Бактерии
Тип:Verrucomicrobia
Hedlund 2012
Классы
Синонимы
  • Verrucomicrobaeota Oren et al. 2015 г.

Веррукомикробия - это тип бактерий, который включает лишь несколько описанных видов. Выявленные виды были изолированы из пресной воды , морской и почвенной среды, а также фекалий человека . Ряд пока еще невозделанные виды были определены в связи с эукариотическими хозявами , включая экструзивные взрывные ectosymbionts из протистов и эндосимбионтов от нематод , проживающих в их гаметах . [ необходима цитата ]

Веррукомикробия распространена в окружающей среде. [ необходима цитата ] Этот тип считается имеющим два сестринских типа: Chlamydiae и Lentisphaerae в группе PVC . [1] Тип Verrucomicrobia можно отличить от соседних типов внутри группы PVC по наличию нескольких консервативных сигнатурных инделей (CSI). [2] Эти CSI представляют собой уникальные синапоморфные характеристики, которые предполагают общее происхождение внутри Verrucomicrobia и независимое происхождение среди других бактерий. [3] Также были обнаружены CSI , общие для Verrucomicrobia иХламидии исключительно всех других бактерий. [4] Эти CSI свидетельствуют о том, что Chlamydiae является ближайшим родственником Verrucomicrobia , и что они более тесно связаны друг с другом, чем с Planctomycetales .

Verrucomicrobia может принадлежать к кладе Planctobacteria более крупной клады Gracilicutes . [5]

В 2008 году весь геном из Methylacidiphilum infernorum (2,3 Мбит был опубликован). На одной кольцевой хромосоме было обнаружено 2473 предсказанных белка, 731 из которых не имели обнаруживаемых гомологов. Эти анализы также выявили множество возможных гомологий с Proteobacteria . [6] [7]

Филогения [ править ]

Смотрите также: Бактериальная систематика

Филогения основана на работе All-Species Living Tree Project . [8]

 
Opitutae
Puniceicoccaceae
 

Coraliomargarita akajimensis

 
 
 

Puniceicoccus vermicola

 
 

Cerasicoccus arenae

 
 
 
 
Opitutaceae
 

Opitutus terrae

 
 

Альтерококк агаролитический

 
 
Пелагикокк
 

P. croceus

 
 
 

P. mobilis (тип sp.)

 
 
 

P. albus

 
 

P. litoralis

 
 
 
 
 
 
Verrucomicrobiales
 

Limisphaera ngatamarikiensis

 
 
Verrucomicrobiaceae
 

Terrimicrobium sacchariphilum

 
 
 

Веррукомикробиум спинозум

 
 
 

Roseimicrobium gellanilyticum

 
Простекобактер
 
 

P. fluviatilis

 
 

П. vanneervenii

 
 
 
 

Brevifollis gellanilyticus

 
 
 
 

П. водоросли

 
 

P. dejongeii

 
 
 
 

P. debontii

 
 

P. fusiformis (тип sp.)

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Akkermansia muciniphila

 
 
 
Лютеолибактер
 

L. cuticulihirudinis

 
 
 

L. pohnpeiensis (тип sp.)

 
 
 

L. водоросли

 
 
 

L. luojiensis

 
 

L. yonseiensis

 
 
 
 
 
Галоферула
 
 

H. luteola

 
 

Х. саргассикола

 
 
 
 

H. helveola

 
 
 

H. phyci

 
 
 

H. harenae

 
 
 

Х. chungangensis

 
 

H. rosea (тип sp.)

 
 
 
 
 
 
 
 
Roseibacillus
 

R. persicicus

 
 
 

R. ishigakijimensis (тип sp.)

 
 

Р. Понти

 
 
 
 
 

Persicirhabdus sediminis

 
Rubritalea
 
 

Р. сабули

 
 
 

R. halochordaticola

 
 

Р. squalenifaciens

 
 
 
 
 

R. marina (тип sp.)

 
 
 

R. spongiae

 
 

R. tangerina

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Таксономия [ править ]

В настоящее время принятая таксономия основана на Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LSPN) [9] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI). [10]

  • Phylum Verrucomicrobia Hedlund 2012 [Verrucomicrobaeota Oren et al. 2015 ]
    • Род? Candidatus Epixenosoma ♠ Bauer et al. 2005 г.
      • Вид " Candidatus Epixenosoma ejectans " ♠ Bauer et al. 2005 г.
    • Род? Lentimonas ♠ Choo & Cho 2006
      • Вид " Lentimonas marisflavi " ♠ Choo & Cho 2006
    • Род? « Methyloacida » ♠ Islam et al. 2008 г.
    • Род? " Methylacidimicrobium " ♠ van Teeseling et al. 2014 г.
      • Вид " M. cyclopophantes " ♠ van Teeseling et al. 2014 г.
      • Вид " M. fagopyrum " ♠ van Teeseling et al. 2014 г.
      • Виды " M. tartarophylax " ♠ van Teeseling et al. 2014 г.
    • Заказ? " Methylacidiphilales " ♠ Op den Camp 2009
      • Семья " Methylacidiphilaceae " ♠ Op den Camp 2009
        • Род " Methylacidiphilum " ♠ Hou et al. 2008 исправление. Оп ден Камп и др. 2009 г.
          • Вид " M. fumariolicum " ♠ (Pol et al. 2007) Op den Camp et al. 2009 г.
          • Вид " M. infernorum " ♠ (Данфилд и др., 2007) Hou et al. 2008 г.
          • Вид " M. kamchatkense " ♠ Islam et al. 2008 г.
    • Класс? « Spartobacteria » Сангван и др. 2004 г.
      • Род Candidatus Xiphinematobacter ♠ Vandekerckhove et al. 2000 г.
        • Вид " Ca. X. americani " ♠ Vandekerckhove et al. 2000 г.
        • Вид " Ca. X. brevicolli " ♠ Vandekerckhove et al. 2000 г.
        • Вид " Ca. X. rivesi " ♠ Vandekerckhove et al. 2000 г.
      • Заказать « Chthoniobacterales » Сангван и др. 2004 г.
        • Семья « Chthoniobacteraceae » Сангван и др. 2004 г.
          • Род « Chthoniobacter » ♠ Sangwan et al. 2004 г.
            • Вид " Chthoniobacter flavus " ♠ Sangwan et al. 2004 г.
    • Класс Opitutae Choo et al. 2007 г.
      • Заказать Opitutales Choo et al. 2007 г.
        • Семья Opitutaceae Choo et al. 2007 г.
          • Род « Diplosphaera » ♠ Wertz et al. 2012 non Bialosuknia 1909
            • Вид " Diplosphaera colitermitum " ♠ Wertz et al. 2012 г.
          • Род Alterococcus Shieh and Jean 1999 г.
            • Виды Alterococcus agarolyticus Shieh and Jean 1999 г.
          • Род Opitutus Chin et al. 2001 г.
            • Виды Opitutus terrae Chin et al. 2001 г.
          • Род Cephaloticoccus Lin et al. 2016 г.
            • Виды C. capnophilus Lin et al. 2016 г.
            • Виды C. primus Lin et al. 2016 г.
      • Заказать Puniceicoccales Choo et al. 2007 г.
        • Семейство Puniceicoccaceae Choo et al. 2007 г.
          • Род Cerasicoccus Yoon et al. 2007 г.
            • Виды C. arenae Yoon et al. 2007 г. (тип sp.)
            • Вид " C. frondis " ♠ Yoon et al. 2010 г.
            • Вид " C. maritimus " ♠ Yoon et al. 2010 г.
          • Род Coraliomargarita Yoon et al. 2007 г.
            • Виды Coraliomargarita akajimensis Yoon et al. 2007 г.
          • Род Pelagicoccus Yoon et al. 2007 г.
            • Виды P. albus Yoon et al. 2007 г.
            • Виды P. croceus Yoon et al. 2007 г.
            • Виды P. litoralis Yoon et al. 2007 г.
            • Виды P. mobilis Yoon et al. 2007 г. (тип sp.)
          • Род Puniceicoccus Choo et al. 2007 г.
            • Виды Puniceicoccus vermicola Choo et al. 2007 г.
    • Класс Verrucomicrobiae Hedlund et al. 1998 исправление. Юн и др. 2008 г.
      • Отряд Verrucomicrobiales Ward-Rainey et al. 1996 исправление. Юн и др. 2008 г.
        • Семейство Verrucomicrobia, подраздел 3 [Pedosphaeraceae]
          • Род? " Pedosphaera " ♠ Озюрт 2008 г.
            • Вид " Pedosphaera parvula " ♠ Озюрт 2008 г.
          • Род Limisphaera ngatamarikiensis Anders et al. 2015 г.
            • Виды Limisphaera ngatamarikiensis Anders et al. 2015 г.
        • Семья Akkermansiaceae Hedlund & Derrien 2012
          • Род Akkermansia Derrien et al. 2004 г.
            • Виды Akkermansia muciniphila Derrien et al. 2004 г.
        • Семья Rubritaleaceae Hedlund 2012
          • Род Rubritalea Scheuermayer et al. 2006 г.
            • Виды R. halochordaticola Yoon et al. 2011 г.
            • Виды R. marina Scheuermayer et al. 2006 (тип sp.)
            • Виды R. sabuli Yoon et al. 2008 г.
            • Виды R. spongiae Yoon et al. 2007 г.
            • Виды R. squalenifaciens Kasai et al. 2007 г.
            • Виды R. tangerina Yoon et al. 2007 г.
        • Семейство Verrucomicrobiaceae Ward-Rainey et al. 1996 исправление. Takeda et al. 2008 г.
          • Род? Fucophilus ♠ Sakai et al. 2001b
            • Виды Fucophilus fucoidanolyticus ♠ Sakai et al. 2001b
          • Род Brevifollis Otsuka et al. 2013
            • Виды Brevifollis gellanilyticus Otsuka et al. 2013
          • Род Haloferula Yoon et al. 2008 исправление. Bibi et al. 2011 г.
            • Виды H. chungangensis Kang et al. 2013
            • Виды H. harenae Yoon et al. 2008 г.
            • Виды H. helveola Yoon et al. 2008 г.
            • Виды H. luteola Bibi et al. 2011 г.
            • Виды H. phyci Yoon et al. 2008 г.
            • Виды H. rosea Yoon et al. 2008 г. (тип sp.)
            • Виды H. sargassicola Yoon et al. 2008 г.
          • Род Persicirhabdus Yoon et al. 2008 г.
            • Виды Persicirhabdus sediminis Yoon et al. 2008 г.
          • Род Luteolibacter Yoon et al. 2008 г.
            • Виды L. algae Yoon et al. 2008 г.
            • Виды L. cuticulihirudinis Glaeser et al. 2012 г.
            • Виды L. luojiensis Jiang et al. 2012 г.
            • Виды L. pohnpeiensis Yoon et al. 2008 г. (тип sp.)
            • Виды L. yonseiensis Park et al. 2013
          • Род Roseibacillus Yoon et al. 2008 г.
            • Виды R. persicicus Yoon et al. 2008 г.
            • Виды R. ishigakijimensis Yoon et al. 2008 г. (тип sp.)
            • Виды R. ponti Yoon et al. 2008 г.
          • Род Roseimicrobium Otsuka et al. 2013
            • Виды Roseimicrobium gellanilyticum Otsuka et al. 2013
          • Род Prosthecobacter (ex Staley et al. 1976) Staley et al. 1980 исправление. Takeda et al. 2008 г.
            • Виды P. algae Lee et al. 2014 г.
            • Виды P. dejongeii Hedlund et al. 1998 г.
            • Виды P. debontii Hedlund et al. 1998 г.
            • Виды P. fluviatilis Takeda et al. 2008 г.
            • Виды P. fusiformis (бывший Staley et al. 1976) Staley et al. 1980 г. (тип sp.)
            • Виды P. vanneervenii Hedlund et al. 1998 г.
          • Род Terrimicrobium Qiu et al. 2014 г.
            • Виды Terrimicrobium sacchariphilum Qiu et al. 2014 г.
          • Род Verrucomicrobium Schlesner 1988
            • Виды Verrucomicrobium spinosum Schlesner 1988 г.

Примечания:
♠ Штамм обнаружен в Национальном центре биотехнологической информации (NCBI), но не соответствует Бактериологическому кодексу (1990 г. и последующая редакция), как указано в Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN), в результате следующих причин :

Ссылки [ править ]

  1. ^ Чо Дж, Девственные К, Р Моррис, Giovannoni S (2004). «Lentisphaera araneosa gen. Nov., Sp. Nov, прозрачный экзополимер, продуцирующий морскую бактерию, и описание нового бактериального типа, Lentisphaerae». Environ Microbiol . 6 (6): 611–21. DOI : 10.1111 / j.1462-2920.2004.00614.x . PMID  15142250 .
  2. Перейти ↑ Gupta RS, Bhandari V, Naushad HS (2012). «Молекулярные сигнатуры для PVC Clade (Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae и Lentisphaerae) бактерий обеспечивают понимание их эволюционных взаимоотношений» . Front Microbiol . 3 : 327. DOI : 10,3389 / fmicb.2012.00327 . PMC 3444138 . PMID 23060863 .  
  3. Перейти ↑ Gupta RS (2016). «Влияние геномики на понимание эволюции и классификации микробов: важность взглядов Дарвина на классификацию» . FEMS Microbiol Rev . 40 (4): 520–53. DOI : 10.1093 / femsre / fuw011 . PMID 27279642 . 
  4. Перейти ↑ Griffiths E, Gupta RS (2007). «Филогения и общие консервативные вставки в белках свидетельствуют о том, что Verrucomicrobia являются ближайшими известными свободноживущими родственниками хламидий» . Микробиология . 153 (Pt 8): 2648–54. DOI : 10.1099 / mic.0.2007 / 009118-0 . PMID 17660429 . S2CID 2094762 .  
  5. ^ Вагнер, М; Хорн, М. (2006). «Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae и сестринские типы составляют супертип, имеющий биотехнологическое и медицинское значение». Текущее мнение в области биотехнологии . 17 (3): 241–9. DOI : 10.1016 / j.copbio.2006.05.005 . PMID 16704931 . 
  6. ^ Хоу, S; Макарова, К.С.; Пила, JH; Сенин, П; Ly, BV; Чжоу, Z; Рен, Y; Ван, Дж; Гальперин М.Ю .; Омельченко, Марина В; Волк, Юрий I; Ютин Наталья; Кунин, Евгений V; Стотт, Мэтью Б; Гора, Брюс В.; Кроу, Мишель А; Смирнова, Анжела В; Данфилд, Питер Ф; Фен, Лу; Ван, Лэй; Алам, Максудул (2008). «Полная последовательность генома чрезвычайно ацидофильного изолята метанотрофа V4, Methylacidiphilum infernorum, представителя бактериального типа Verrucomicrobia» . Биология Директ . 3 : 26. DOI : 10.1186 / 1745-6150-3-26 . PMC 2474590 . PMID 18593465 .  
  7. ^ Людвиг, W., Euzéby, J., и Уитмен ВБ (2008). «Таксономические очертания Берджи: Том 4 - Проект таксономического очертания Bacteroidetes, Planctomycetes, Chlamydiae, Spirochaetes, Fibrobacteres, Fusobacteria, Acidobacteria, Verrucomicrobia, Dictyoglomi, and Gemmatimonadetes» (PDF) . Руководство Берджи : 15. CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  8. ^ «Выпуск 123 LTP на основе 16S рРНК (полное дерево)» (PDF) . Silva Полная база данных рибосомных РНК . Проверено 20 марта 2016 .
  9. ^ JP Euzéby. «Веррукомикробия» . Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) . Проверено 20 марта 2016 .
  10. ^ Сэйерс; и другие. «Веррукомикробия» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 20 марта 2016 .