Из Википедии, свободной энциклопедии
Перейти к навигацииПерейти к поиску

Инициатива протеомики стандартов ( PSI ) является рабочей группой Организации человека Протеой . Он направлен на определение стандартов данных для протеомики, чтобы облегчить сравнение , обмен и проверку данных . [1] [2]

Инициатива по стандартам протеомики фокусируется на следующих предметах: минимум информации о протеомном эксперименте определяет метаданные, которые должны быть предоставлены вместе с протеомным экспериментом. [3] язык разметки данных для кодирования данных и онтологии метаданных для согласованной аннотации и представления.

Минимум информации о протеомном эксперименте

Минимум информации о протеомном эксперименте ( MIAPE ) - это минимальный информационный стандарт , созданный Proteomics Standards Initiative организации Human Proteome Organization , для сообщения протеомных экспериментов. [4] Он предназначен для указания всей информации, необходимой для однозначной интерпретации результатов эксперимента и потенциального воспроизведения эксперимента. Хотя руководство MIAPE определяет содержимое, необходимое для совместимых отчетов, оно не определяет формат, в котором эти данные должны быть представлены (который оставлен для соответствующего формата * ML, также определенного PSI [5] ), и не определяет, как проводить эксперименты. [6]

Рабочие группы

Несколько рабочих групп работают над несколькими документами, охватывающими различные области протеомики : [7]

Гель - электрофорез Рабочая группа определила требования для электрофореза гель экспериментов отчетности. Документ находится на стадии рекомендации и опубликован. [8] Соответствующий формат обмена данными называется GelML, а его стабильная версия была выпущена в конце 2007 года. [9]

Рабочая группа по гель-электрофорезу также занимается анализом изображений с рекомендациями по информатике изображений гелей, которые в настоящее время находятся на стадии публичного рассмотрения, в то время как соответствующий формат обмена является только черновиком (по состоянию на апрель 2009 г.). [9]

Рабочая группа по обработке образцов определяет требования, касающиеся всех этапов предварительной обработки образцов , которые выполняются перед применением гель-электрофореза или масс-спектрометрии . Два документа, касающиеся колоночной хроматографии и капиллярного электрофореза, находятся на ранних стадиях разработки, а подготовка и обработка проб все еще находится в стадии разработки (по состоянию на апрель 2009 г.). Формат обмена данными (spML) также находится в стадии разработки. [10]

Документы по масс-спектрометрии [11] и масс-спектрометрии [12] были опубликованы в качестве рекомендаций рабочей группы по масс-спектрометрии.

Рабочая группа выпустила несколько форматов обмена данными: mzML для сбора данных, сгенерированных масс-спектрометром, который представляет собой слияние предыдущих mzData (разработанных PSI) и mzXML (разработанных в Сиэтлском протеомном центре Института исследований и технологий). Системная биология); mzIdentML, для информационного анализа масс-спектров, который фиксирует результаты идентификации белков и пептидов по данным масс-спектрометрии; и TraML для выбранного входного файла мониторинга реакций . Наконец, они разрабатывают MS CV , управляемый словарь для использования с предыдущими форматами файлов. [13]

Рабочая группа PSI по молекулярным взаимодействиям работает только с форматом обмена данными PSI MI XML и соответствующими онтологиями. Они опубликовали рекомендации MIMIx (минимум информации об эксперименте по молекулярному взаимодействию).

Планируется или разрабатывается также план исследования, создание выборки и статистический анализ данных. Рекомендации MIAPE. [7]

Репозитории протеомики, соответствующие стандартам

Существует несколько совместимых со стандартами репозиториев протеомики, позволяющих исследователям публиковать свои данные при соблюдении рекомендаций MIAPE. Например: MIAPEGelDB [14] (для данных гель-электрофореза), PRIDE [15] (для данных масс-спектрометрии) и ProteoRed MIAPE Generator tool [16] (для данных гель-электрофореза и масс-спектрометрии).

Ожидается, что редакторы журналов в конечном итоге попросят авторов опубликовать все свои данные в таких репозиториях перед публикацией [ необходима ссылка ] .

Подобные инициативы

Есть аналогичные инициативы, которые пытаются определить минимальные требования. Для микрочипов MGED Общество определило минимальную информацию о микрочипов эксперимента (MIAME). [17] В стандартах отчетности диагностической точности (STARD) доступны для исследований , сообщающих медицинской диагностика точностей . [18]

Ссылки

  1. ^ Тейлор, CF; Hermjakob, H .; Юлиан, РК; Гаравелли, JS; Aebersold, R .; Апвейлер, Р. (2006). «Работа Инициативы по стандартам протеомной организации человека (HUPO PSI)». OMICS: журнал интегративной биологии . 10 (2): 145–151. DOI : 10.1089 / omi.2006.10.145 . PMID  16901219 .
  2. ^ "Домашняя страница Инициативы стандартов протеомики HUPO" . Инициатива стандартов протеомики HUPO . Проверено 6 декабря 2008 .
  3. ^ Тейлор, CF; Патон, Северо-Запад ; Лилли, Канзас; Бинц, Пенсильвания; Джулиан-младший, РК; Джонс, Арканзас; Zhu, W .; Apweiler, R .; Aebersold, R .; Deutsch, EW; Данн, MJ; Черт возьми, AJR; Leitner, A .; Macht, M .; Mann, M .; Martens, L .; Neubert, TA; Паттерсон, SD; Ping, P .; Сеймур, SL; Souda, P .; Цугита, А .; Vandekerckhove, J .; Вондриска, ТМ; Whitelegge, JP; Wilkins, MR; Xenarios, I .; Йетс-младший, младший; Хермякоб, Х. (2007). «Минимум информации о протеомном эксперименте (MIAPE)» . Природа Биотехнологии . 25 (8): 887–893. DOI : 10.1038 / nbt1329 . PMID 17687369 . 
  4. ^ "Домашняя страница MIAPE" . Инициатива стандартов протеомики HUPO . Проверено 13 мая 2013 .
  5. ^ Hermjakob, H (2006). «Инициатива стандартов протеомики HUPO - Преодоление фрагментации протеомных данных». Практическая протеомика . 6 (S2): 34–38. DOI : 10.1002 / pmic.200600537 . PMID 17031794 . 
  6. ^ Тейлор, Крис (2006). «Минимальные требования к отчетности по протеомике: MIAPE Primer». Практическая протеомика . 6 (S2): 39–44. DOI : 10.1002 / pmic.200600549 . PMID 17031795 . 
  7. ^ a b "Домашняя страница HUPO PSI" . Инициатива стандартов протеомики HUPO . Проверено 13 мая 2013 .
  8. ^ Гибсон, Фрэнк; Ли Андерсон; Дьердь Бабнигг; Марк Бейкер; Матиас Берт; Пьер-Ален Бинц; Энди Бортвик; Фил Кэш; Билли У Дэй; Дэвид Б. Фридман; Донита Гарланд; Говард Б. Гутштейн; Кристин Хугланд; Нил А. Джонс; Аламгир Хан; Иоахим Клозе; Ангус И Ламонд; Петр Ф. Лемкин; Кэтрин С. Лилли; Джонатан Минден; Николас Дж. Моррис; Норман В. Патон; Майкл Р. Пизано; Джон Э Прайм; Тьерри Рабийо; Дэвид Стед; Крис Ф. Тейлор; Ганс Вошол; Анил Випат; Эндрю Р. Джонс (2008). «Рекомендации по использованию гель-электрофореза в протеомике». Nat. Biotechnol . 26 (8): 863–864. arXiv : 0904.0694 . DOI : 10.1038 / nbt0808-863 . ISSN 1087-0156 . PMID  18688234 .
  9. ^ a b «Страница рабочей группы по гель-электрофорезу MIAPE» . Инициатива стандартов протеомики HUPO . Проверено 23 апреля 2009 .
  10. ^ "Страница рабочей группы MIAPE Sample Processing" . Инициатива стандартов протеомики HUPO . Проверено 23 апреля 2009 .
  11. ^ Тейлор, Крис Ф; Пьер-Ален Бинц; Руэди Эберсольд; Мишель Аффольтер; Роберт Баркович; Эрик У. Дойч; Дэвид М. Хорн; Андреас Хухмер; Мартин Куссманн; Кэтрин Лилли; Маркус Махт; Матиас Манн; Дитер Мюллер; Томас А. Нойберт; Дженис Никсон; Скотт Д. Паттерсон; Роберто Расо; Кэтрин Ресинг; Шон Л. Сеймур; Акира Цугита; Иоаннис Ксенариос; Ронг Цзэн; Рэндалл К. Джулиан (2008). «Руководство по отчетности об использовании масс-спектрометрии в протеомике». Nat. Biotechnol . 26 (8): 860–861. DOI : 10.1038 / nbt0808-860 . ISSN 1087-0156 . PMID 18688232 .  
  12. ^ Бинц, Пьер-Ален; Роберт Баркович; Рональд С. Бивис; Дэвид Кризи; Дэвид М. Хорн; Рэндалл К. Джулиан; Шон Л. Сеймур; Крис Ф. Тейлор; Ив Ванденбрук (2008). «Руководство по отчетности об использовании масс-спектрометрической информатики в протеомике». Nat. Biotechnol . 26 (8): 862. DOI : 10.1038 / nbt0808-862 . ISSN 1087-0156 . PMID 18688233 .  
  13. ^ "Страница рабочей группы масс-спектрометрии MIAPE" . Инициатива стандартов протеомики HUPO . Проверено 23 апреля 2009 .
  14. ^ "Домашняя страница MIAPEGelDB" . ExPASy . Проверено 7 декабря 2008 .
  15. ^ "Домашняя страница базы данных PRIDE PRoteomics IDEntifications" . Европейский институт биоинформатики . Проверено 7 декабря 2008 .
  16. ^ "Инструмент генератора MIAPE" . ProteoRed . Архивировано из оригинала на 2013-04-15 . Проверено 6 марта 2009 .
  17. ^ Бразма, Алвис; Паскаль Хингэмп; Джон Квакенбуш; Гэвин Шерлок; Пол Спеллман; Крис Стокерт; Джон Аах; Вильгельм Ансорге; Екатерина А. Болл; Хелен К. Каустон; Терри Гаастерленд; Патрик Глениссон; Фрэнк С. П. Холстедж; Ирен Ф. Ким; Виктор Марковиц; Джон К. Матезе; Хелен Паркинсон; Алан Робинсон; Угис Сарканс; Штеффен Шульце-Кремер; Джейсон Стюарт; Рональд Тейлор; Яак Вило; Мартин Вингрон (декабрь 2001 г.). «Минимум информации об эксперименте с микрочипами (MIAME) - до стандартов для данных микрочипов» . Нат Жене . 29 (4): 365–371. DOI : 10.1038 / ng1201-365 . ISSN 1061-4036 . PMID 11726920 .  
  18. ^ Bossuyt, Патрик М .; Йоханнес Б. Рейцма; Дэвид Э. Брунс; Константин А. Гатсонис; Пол П. Глазиу; Лес М. Ирвиг; Дэвид Мохер; Драммонд Ренни; Хенрика CW де Вет; Йерун Г. Леймер (01.01.2003). «СТАРТОВОЕ Положение об исследованиях диагностической точности: объяснение и уточнение» . Clin Chem . 49 (1): 7–18. DOI : 10.1373 / 49.1.7 . PMID 12507954 . Проверено 13 января 2009 . 

Внешние ссылки

  • Веб-сайт PSI (psidev.info)