Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
RBP3
Идентификаторы
ПсевдонимыRBP3 , D10S64 , D10S65, D10S66, IRBP, RBPI, RP66, ретинол-связывающий белок 3
Внешние идентификаторыOMIM : 180290 MGI : 97878 HomoloGene : 9261 GeneCard : RBP3
Расположение гена ( человек )
Хромосома 10 (человек)
Chr.Хромосома 10 (человека) [1]
Хромосома 10 (человек)
Геномное расположение RBP3
Геномное расположение RBP3
Группа10q11.22Начинать47 348 363 п.н. [1]
Конец47 357 881 п.н. [1]
Расположение гена ( Мышь )
Хромосома 14 (мышь)
Chr.Хромосома 14 (мышь) [2]
Хромосома 14 (мышь)
Геномное расположение RBP3
Геномное расположение RBP3
Группа14 B | 14 20,8 смНачинать33 954 003 п.н. [2]
Конец33 964 216 п.н. [2]
Паттерн экспрессии РНК
PBB GE RBP3 210318 в формате fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция• активность пептидазы серинового типа
• связывание ретиноидов
• связывание сетчатки
• связывание ретинола
Сотовый компонент• внеклеточная везикула
• внеклеточная область
• межфоторецепторный матрикс
• внеклеточный
• оболочка матрикса конуса
Биологический процесс• протеолиз
• ретиноидный метаболический процесс
• липидный обмен
• зрительное восприятие
• транспорт
Источники: Amigo / QuickGO
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

5949

19661

Ансамбль

ENSG00000265203

ENSMUSG00000041534

UniProt

P10745

P49194

RefSeq (мРНК)

NM_002900

NM_015745

RefSeq (белок)

NP_002891

NP_056560

Расположение (UCSC)Chr 10: 47.35 - 47.36 МбChr 14: 33.95 - 33.96 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Ретинол-связывающий белок 3, интерстициальные ( RBP3 ), также известный как IRBP является белком , который в организме человека кодируется RBP3 геном . [5] RBP3 ортологов [6] были идентифицированы в большинстве eutherians кроме тенреков и армэдиллосы .

Функция [ править ]

Interphotoreceptor ретиноид -связывающего белка является большим гликопротеином известен связыванием ретиноид и обнаружил , прежде всего , в interphotoreceptor матрице сетчатки между пигментным эпителием сетчатки и фоторецепторными клетками. Считается, что он транспортирует ретиноиды между пигментным эпителием сетчатки и фоторецепторами, что играет важную роль в зрительном процессе.

Джин [ править ]

Ген IRBP человека имеет длину примерно 9,5 т.п.н. и состоит из четырех экзонов, разделенных тремя интронами . Длина интронов составляет 1,6–1,9 т.п.н. Ген транскрибируется фоторецепторами и клетками ретинобластомы в мРНК длиной около 4,3 килобаз, которая транслируется и процессируется в гликозилированный белок с массой 135000 Да.

Структура [ править ]

Аминокислотная последовательность IRBP человека может быть разделена на четыре смежных домена гомологии с 33-38% идентичностью, что позволяет предположить серию событий дупликации генов. В гене границы этих доменов не определяются экзон-интронными соединениями, как можно было ожидать. Первые три домена гомологии и часть четвертого кодируются первым большим экзоном, длина которого составляет 3180 пар оснований. Остальная часть четвертого домена кодируется в последних трех экзонах, длина которых составляет 191, 143 и приблизительно 740 пар оснований соответственно. [5]

Заявление [ править ]

Ген rbp3 обычно используется у животных в качестве филогенетического маркера ядерной ДНК . [6] экзон-сначала был использован в исследовании пионерского предоставить доказательство монофилии из рукокрылых . [7] Затем он был использован , чтобы вывести филогению из плаценты млекопитающих заказов, [8] [9] и основных кладов из грызунов , [10] Macroscelidea , [11] и приматов . [12] RBP3 также полезен на более низких таксономических уровнях,например , у грызунов-муроидов [13] и малагасийских приматов [14], на филогеографическом уровне у грызунов Geomys и Apodemus , [15] [16] и даже для целей идентификации видов хищников . [17]

Обратите внимание, что интрон 1 RBP3 также использовался для исследования филогенетики платиррайнов . [18]

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000265203 - Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000041534 - Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ a b «Ген Entrez: RBP3 ретинол-связывающий белок 3, интерстициальный» .
  6. ^ a b «Филогенетический маркер OrthoMaM: ген RBP3, экзон 1» .
  7. ^ Стенхоуп МДж, Czelusniak J, Si , JS, Никерсон Дж, Гудман М июнь (1992). «Молекулярная перспектива эволюции млекопитающих от гена, кодирующего интерфоторецепторный ретиноид-связывающий белок, с убедительными доказательствами монофилии летучих мышей». Молекулярная филогенетика и эволюция . 1 (2): 148–60. DOI : 10.1016 / 1055-7903 (92) 90026-D . PMID 1342928 . 
  8. ^ Стенхоуп МДж, Смит М. Р., Уоделл В.Г., Портер СА, Шивджи М.С., Гудман М (август 1996 г.). «Эволюция млекопитающих и ген интерфоторецепторного ретиноид-связывающего белка (IRBP): убедительные доказательства для нескольких суперординальных клад». Журнал молекулярной эволюции . 43 (2): 83–92. DOI : 10.1007 / BF02337352 . PMID 8660440 . S2CID 25865281 .  
  9. ^ Мэдсен О, Scally М, Дуади CJ, Као ди - джей, DeBry RW, R Adkins, Amrine НМ, Стенхоуп МДж, де - Jong WW, Спрингер МС (февраль 2001 г.). «Параллельные адаптивные излучения в двух основных кладах плацентарных млекопитающих». Природа . 409 (6820): 610–4. DOI : 10.1038 / 35054544 . PMID 11214318 . S2CID 4398233 .  
  10. ^ Юшон D, Madsen O, Sibbald MJ, Ament K, Стенхоуп MJ, Catzeflis F, де Йонг WW, Douzery EJ (Июль 2002). «Филогения грызунов и шкала времени для эволюции Glires: данные из обширной выборки таксонов с использованием трех ядерных генов» . Молекулярная биология и эволюция . 19 (7): 1053–65. DOI : 10.1093 / oxfordjournals.molbev.a004164 . PMID 12082125 . 
  11. ^ Дуади CJ, Catzeflis Р, Раман - J, Спрингер МС, Стенхоуп МДж (июль 2003). «Сахара как викариантный агент и роль миоценовых климатических явлений в диверсификации отряда млекопитающих Macroscelidea (землеройки-слоны)» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 100 (14): 8325–30. DOI : 10.1073 / pnas.0832467100 . PMC 166228 . PMID 12821774 .  
  12. ^ Poux C, Douzery EJ (май 2004). «Филогения приматов, вариации скорости эволюции и время дивергенции: вклад ядерного гена IRBP». Американский журнал физической антропологии . 124 (1): 01–16. DOI : 10.1002 / ajpa.10322 . PMID 15085543 . 
  13. ^ Jansa SA, Векслер M (апрель 2004). «Филогения муроидных грызунов: взаимоотношения внутри и между основными линиями, определяемые последовательностями генов IRBP». Молекулярная филогенетика и эволюция . 31 (1): 256–76. DOI : 10.1016 / j.ympev.2003.07.002 . PMID 15019624 . 
  14. ↑ Horvath JE, Weisrock DW, Embry SL, Fiorentino I, Balhoff JP, Kappeler P, Wray GA, Willard HF, Yoder AD (март 2008 г.). «Разработка и применение филогеномного инструментария: решение эволюционной истории лемуров Мадагаскара» . Геномные исследования . 18 (3): 489–99. DOI : 10.1101 / gr.7265208 . PMC 2259113 . PMID 18245770 .  
  15. ^ Genoways HH, Гамильтон MJ, Bell DM, Chambers RR, Брэдли RD (2008). «Гибридные зоны, генетическая изоляция и систематика карманных сусликов (род Geomys ) в Небраске» . J. Mammal . 89 (4): 826–836. DOI : 10.1644 / 07-MAMM-а-408,1 .
  16. ^ Томозава M, Suzuki H (март 2008). «Тенденция центрального против периферического структурирования в последовательностях митохондриальных и ядерных генов японской лесной мыши, Apodemus speciosus». Зоологическая наука . 25 (3): 273–85. DOI : 10.2108 / zsj.25.273 . PMID 18393564 . S2CID 38824060 .  
  17. ^ Оливейра R, Castro D, Годинью R, G Luikart, Алвес PC (июнь 2009). «Идентификация видов с использованием небольшого ядерного гена: приложение к симпатрическим диким плотоядным животным из Юго-Западной Европы». Консерв. Genet . 11 (3): 1023–1032. DOI : 10.1007 / s10592-009-9947-4 . S2CID 21422211 . 
  18. ↑ Schneider H, Sampaio I, Harada ML, Barroso CM, Schneider MP, Czelusniak J, Goodman M (июнь 1996 г.). «Молекулярная филогения обезьян Нового Света (Platyrrhini, приматы) на основе двух несвязанных ядерных генов: интрона 1 IRBP и последовательностей эпсилон-глобина». Американский журнал физической антропологии . 100 (2): 153–79. DOI : 10.1002 / (SICI) 1096-8644 (199606) 100: 2 <153 :: AID-AJPA1> 3.0.CO; 2-Z . PMID 8771309 . 

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Фонг С.Л., Фонг В.Б., Моррис Т.А., Кедзи К.М., Bridges CD (март 1990 г.). «Характеристика и сравнительные структурные особенности гена интерстициального ретинол-связывающего белка человека». Журнал биологической химии . 265 (7): 3648–53. PMID  2303470 .
  • Альбини А., Тоффенетти Дж., Чжу З., Чейдер Дж. Дж., Нунан Д.М. (сентябрь 1990 г.). «Гипометилирование промотора и первого экзона интерфоторецепторного ретиноид-связывающего белка (IRBP) связано с экспрессией гена» . Исследования нуклеиновых кислот . 18 (17): 5181–7. DOI : 10.1093 / NAR / 18.17.5181 . PMC  332140 . PMID  2402443 .
  • Лиу Г.И., Ма Д.П., Ян Ю.В., Гэн Л., Чжу С., Баэр В. (май 1989 г.). «Интерстициальный ретиноид-связывающий белок человека. Структура и первичная структура гена». Журнал биологической химии . 264 (14): 8200–6. PMID  2542268 .
  • Si JS, Borst DE, Redmond TM, Nickerson JM (август 1989 г.). «Клонирование кДНК, кодирующих человеческий интерфоторецепторный ретиноид-связывающий белок (IRBP), и сравнение с бычьими последовательностями IRBP» . Джин . 80 (1): 99–108. DOI : 10.1016 / 0378-1119 (89) 90254-0 . PMID  2792773 .
  • Накамура Ю., Латроп М., Брэгг Т., Лепперт М., О'Коннелл П., Джонс С., Лалоуэль Дж. М., Уайт Р. (ноябрь 1988 г.). «Расширенная карта генетического сцепления маркеров для хромосомы 10 человека». Геномика . 3 (4): 389–92. DOI : 10.1016 / 0888-7543 (88) 90133-4 . PMID  2907505 .
  • Фонг С.Л., компакт-диск Bridges (октябрь 1988 г.). «Внутренняя квадрупликация в структуре человеческого интерстициального ретинол-связывающего белка, выведенная из его клонированной кДНК». Журнал биологической химии . 263 (30): 15330–4. PMID  3170584 .
  • Лиу Г.И., Фонг С.Л., Госден Дж., Ван Туйнен П., Ледбеттер Д.Х., Кристи С., Маршрут D, Бхаттачарья С., Кук Р.Г., Ли Ю. (июль 1987 г.). «Интерстициальный ретинол-связывающий белок человека (IRBP): клонирование, частичная последовательность и хромосомная локализация». Соматическая клетка и молекулярная генетика . 13 (4): 315–23. DOI : 10.1007 / BF01534925 . PMID  3455009 . S2CID  20206120 .
  • Фонг С.Л., Кук Р.Г., Альварес Р.А., Лиу Г.И., Ландерс Р.А., Bridges CD (сентябрь 1986 г.). «Гомология N-концевой последовательности интерстициальных ретинол-связывающих белков от 10 видов позвоночных». Письма FEBS . 205 (2): 309–12. DOI : 10.1016 / 0014-5793 (86) 80918-8 . PMID  3743780 . S2CID  45787370 .
  • Redmond TM, Wiggert B, Robey FA, ​​Chader GJ (ноябрь 1986 г.). «Межвидовая консервация структуры интерфоторецепторного ретиноид-связывающего белка. Сходства и различия, определяемые пептидным картированием и N-концевым секвенированием» . Биохимический журнал . 240 (1): 19–26. DOI : 10.1042 / bj2400019 . PMC  1147370 . PMID  3827838 .
  • Чен Й., Хоутон Л.А., Бренна Дж. Т., Ной Н. (август 1996 г.). «Докозагексаеновая кислота модулирует взаимодействия интерфоторецепторного ретиноид-связывающего белка с 11-цис-ретиналем» . Журнал биологической химии . 271 (34): 20507–15. DOI : 10.1074 / jbc.271.34.20507 . PMID  8702792 .
  • Шоу Н.С., Ной Н. (февраль 2001 г.). «Межфоторецепторный ретиноид-связывающий белок содержит три сайта связывания ретиноидов». Экспериментальные исследования глаза . 72 (2): 183–90. DOI : 10.1006 / exer.2000.0945 . PMID  11161734 .
  • Фольц Д. Р., Най Дж. С. (август 2001 г.). «Гиперфосфорилирование и ассоциация с RBP внутриклеточного домена Notch1». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях . 286 (3): 484–92. DOI : 10.1006 / bbrc.2001.5421 . PMID  11511084 .
  • Ховард О.М., Донг Х.Ф., Су С.Б., Каспи Р.Р., Чен Х, Плотц П., Оппенгейм Дж.Дж. (июнь 2005 г.). «Аутоантигены передают сигнал через хемокиновые рецепторы: антигены увеита вызывают миграцию лимфоцитов, экспрессирующих CXCR3 и CXCR5, и незрелых дендритных клеток» . Кровь . 105 (11): 4207–14. DOI : 10.1182 / кровь-2004-07-2697 . PMC  1895027 . PMID  15713799 .

Внешние ссылки [ править ]

  • GeneReviews / NCBI / NIH / UW запись об обзоре пигментного ретинита
  • «Обзор кодирующей ДНК и выравнивания белковых последовательностей маркера RBP3» . OrthoMaM - это биологическая база данных из ортологических маркеров млекопитающих . Эволюционный маркер rbp3 можно найти вместе с филогенетикой соответствующего гена.