Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

rDock
Оригинальный автор (ы)Vernalis R&D
Разработчики)Университет Йорка , Университет Барселоны
изначальный выпуск1998 ; 23 года назад ( 1998 )
Стабильный выпуск
2013.1 / 13 июня 2014 г . ; 6 лет назад ( 2014-06-13 )
Репозиторийsourceforge .net / p / rdock / code-0 / HEAD / tree /
Написано вC ++
Операционная системаLinux
ТипДокинг белок-лиганд
ЛицензияGNU LGPL
Интернет сайтrdock .sourceforge .net

rDock (ранее RiboDock ) является открытым источником молекулярного док программное обеспечение , которое можно использовать для стыковки небольших молекул против белков и нуклеиновых кислот. Он в первую очередь предназначен для высокопроизводительного виртуального скрининга и прогнозирования режима привязки.

История [ править ]

Разработка rDock началась в 1998 году в компании RiboTargets (позже Vernalis (R&D) Ltd ). [1] Программное обеспечение первоначально называлось RiboDock. [2] Разработка продолжалась до 2006 года, когда программное обеспечение было лицензировано Йоркским университетом для академического распространения, а также обслуживания.

Шесть лет спустя, в 2012 году, Верналис и Йоркский университет решили выпустить rDock как программное обеспечение с открытым исходным кодом, чтобы позволить его дальнейшую разработку более широким сообществом. Версия, выпущенная с открытым исходным кодом, разрабатывается и поддерживается Университетом Барселоны на SourceForge . [3] Развитие на SourceForge застопорилось после июня 2014 года [4] вилка по имени RxDock продолжает развитие rDock с апреля 2019 года по GitLab . [5] [6]

См. Также [ править ]

Ссылки [ править ]

  1. ^ "О | rDock" . Проверено 22 мая 2019 .
  2. Перейти ↑ Morley SD, Afshar M (март 2004 г.). «Проверка эмпирической функции оценки РНК-лигандов для быстрой гибкой стыковки с использованием RiboDock (r)». Журнал компьютерного молекулярного дизайна . 18 (3): 189–208. Bibcode : 2004JCAMD..18..189M . DOI : 10,1023 / Б: JCAM.0000035199.48747.1e . PMID 15368919 . 
  3. ^ Руис-Кармона S, Альварес-Гарсиа D, Foloppe N, Garmendia-Doval А.Б., Juhos S, Шмидтке Р, Barril Х, Хаббард RE, SD - Морли (апрель 2014). Prlic A (ред.). «rDock: быстрая, универсальная программа с открытым исходным кодом для стыковки лигандов с белками и нуклеиновыми кислотами» . PLoS вычислительная биология . 10 (4): e1003571. Bibcode : 2014PLSCB..10E3571R . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1003571 . PMC 3983074 . PMID 24722481 .  
  4. ^ "rDock / SVN / Commit [r24]" . sourceforge.net . Проверено 15 сентября 2019 .
  5. ^ "RxDock" . rxdock.org . Проверено 15 сентября 2019 .
  6. ^ "RxDock / RxDock" . GitLab . Проверено 15 сентября 2019 .

Внешние ссылки [ править ]

  • rDock - платформа для молекулярной стыковки (Йоркский университет)
  • rDock - Быстрая, универсальная программа с открытым исходным кодом для стыковки лигандов с белками и нуклеиновыми кислотами (SourceForge)
  • RxDock (форк rDock)
  • Программное обеспечение Barril Lab (Университет Барселоны)