Бат коронавируса RaTG13 является атипичной пневмонии , как betacoronavirus , который заражает подковоноса Rhinolophus Affinis . [2] [3] Он был обнаружен в 2013 году в летучей мыши помет из горной пещеры недалеко от города Tongguan в Mojiang уезде в провинции Юньнань , Китай . По состоянию на 2020 год [Обновить]это ближайший известный родственник SARS-CoV-2 , вируса, вызывающего COVID-19 . [4] [5]
BatCoV RaTG13 | |
---|---|
Классификация вирусов | |
(без рейтинга): | Вирус |
Царство : | Рибовирия |
Королевство: | Орторнавиры |
Тип: | Писувирикота |
Класс: | Pisoniviricetes |
Заказ: | Нидовиралес |
Семья: | Coronaviridae |
Род: | Бетакоронавирус |
Подрод: | Сарбековирус |
Разновидность: | |
Штамм: | BatCoV RaTG13 |
Синонимы [1] | |
|
Открытие
Весной 2012 года у трех горняков, очищающих фекалии летучих мышей на заброшенном медном руднике недалеко от города Тунгуань в автономном округе Модзян Хани, развилась пневмония со смертельным исходом . [6] Образцы сыворотки , полученные от шахтеров были отправлены в Ухань Институт вирусологии и проходят проверку Ши Zhengli и ее группы для вируса Эбола , вирус Нипах , и летучая мышь SARSr-CoV Rp3. Образцы дали отрицательный результат. [3] [7] [6]
Чтобы выяснить возможную причину инфекции, в шахтерской пещере и вокруг нее были взяты образцы различных животных (включая летучих мышей, крыс и мускусных землероек ). В период с 2012 по 2015 год Ши Чжэнли и ее группа выделили 293 различных коронавируса (284 альфа- коронавируса и 9 бета-коронавирусов ) из образцов фекалий летучих мышей в пещере. Одним из образцов, собранных в 2013 году из фекалий летучих мышей Rhinolophus affinis, был коронавирус летучих мышей RaTG13. Название штамма произошло от вида летучих мышей, географического положения и года сбора. [3] [7]
В 2020 году Ши и ее группа повторно протестировали образцы сыворотки шахтеров на SARS-CoV-2. Образцы дали отрицательный результат. [3]
Вирусология
RaTG13 представляет собой РНК-вирус с положительной цепью и внешней мембраной. Его геном составляет примерно 29 800 нуклеотидов. Геном кодирует репликазу (ORF1a / 1b) и четыре структурных белка; включая белок-шип (S), белок мембраны (M), белок внешней мембраны (E) и белок капсида (N); и пять вспомогательных неструктурных белков, включая NS3, NS6, NS7a, NS7b и NS8, которые являются обычными для коронавирусов . [8]
RaTG13 имеет большое сходство с вирусом SARS-CoV-2 (его нуклеотидное сходство составляет 96,1%), и его существование является подтверждающим доказательством естественного происхождения SARS-CoV-2. [9] Разница между RaTG13 и SARS-CoV-2 заключается в рецептор-связывающем домене (RBD) шипового белка (S), который является частью, которая связывается с рецепторным белком на поверхности клетки-хозяина и вызывает инфекция, что указывает на то, что вирус RaTG13 может не использовать ангиотензинпревращающий фермент 2 (ACE2) в качестве сайта входа в клетку, как SARS-CoV-2. [10] Кроме того, в S-белке вируса RaTG13 отсутствует мотив расщепления фурином RRAR ↓ S. [10]
Филогенетический
По состоянию на январь 2021 г.[Обновить]филогенетическое дерево, основанное на полногеномных последовательностях коронавируса, связанного с SARS-CoV-2, выглядит следующим образом: [11] [12]
Коронавирус, связанный с SARS ‑ CoV ‑ 2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SARS-CoV-1 , 79% к SARS-COV-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Смотрите также
- Летучая мышь SARS-подобный коронавирус RsSHC014
- Летучая мышь SARS-подобный коронавирус WIV1
Рекомендации
- ^ "Браузер таксономии (Летучая мышь коронавирус RaTG13)" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 2 января 2021 .
- ^ Ge XY, Wang N, Zhang W и др. (Февраль 2016 г.). «Сосуществование нескольких коронавирусов в нескольких колониях летучих мышей в заброшенной шахте» . Virologica Sinica . 31 (1): 31–40. DOI : 10.1007 / s12250-016-3713-9 . PMC 7090819 . PMID 26920708 .
- ^ а б в г Чжоу П., Ян XL, Ван XG и др. (Декабрь 2020 г.). «Приложение: Вспышка пневмонии, связанная с новым коронавирусом, вероятно, происхождения летучих мышей» . Природа . 588 (7836): E6. Bibcode : 2020Natur.588E ... 6Z . DOI : 10.1038 / s41586-020-2951-Z . PMID 33199918 .
- ^ Пудель У., Субеди Д., Панта С. и др. (Октябрь 2020 г.). «Коронавирусы животных и коронавирусная болезнь 2019: Урок для подхода к единому здоровью» . Открытый ветеринарный журнал . 10 (3): 239–251. DOI : 10,4314 / ovj.v10i3.1 . PMC 7703617 . PMID 33282694 .
- ^ Xiao C, Li X, Liu S и др. (2020). «ВИЧ-1 не внес вклад в геном 2019-nCoV» . Новые микробы и инфекции . 9 (1): 378–381. DOI : 10.1080 / 22221751.2020.1727299 . PMC 7033698 . PMID 32056509 .
- ^ а б Wu Z, Yang L, Yang F и др. (Июнь 2014 г.). «Новый вирус, похожий на генипу, Mojiang Paramyxovirus, у крыс, Китай, 2012» . Возникающие инфекционные заболевания . 20 (6): 1064–6. DOI : 10.3201 / eid2006.131022 . PMC 4036791 . PMID 24865545 .
- ^ а б Ge XY, Wang N, Zhang W и др. (Февраль 2016 г.). «Сосуществование нескольких коронавирусов в нескольких колониях летучих мышей в заброшенной шахте» . Virologica Sinica . 31 (1): 31–40. DOI : 10.1007 / s12250-016-3713-9 . PMC 7090819 . PMID 26920708 .
- ^ «Коронавирус летучих мышей RaTG13, полный геном» . NCBI . Проверено 28 марта 2020 .
- ^ Хаким М.С. (февраль 2021 г.). «SARS ‐ CoV ‐ 2, Covid ‐ 19 и развенчание теорий заговора» . Rev Med Virol (Обзор): e2222. DOI : 10.1002 / rmv.2222 . PMC 7995093 . PMID 33586302 .
- ^ а б Андерсен К.Г., Рамбаут А., Липкин В.И. и др. (Апрель 2020 г.). «Проксимальное происхождение SARS-CoV-2» . Природная медицина . 26 (4): 450–452. DOI : 10.1038 / s41591-020-0820-9 . PMC 7095063 . PMID 32284615 .
- ^ а б Wacharapluesadee, S; Тан, CW; Maneeorn, P; и другие. (9 февраля 2021 г.). «Доказательства коронавирусов, связанных с SARS-CoV-2, циркулирующих у летучих мышей и ящеров в Юго-Восточной Азии» . Nature Communications . 12 (1): 972. DOI : 10.1038 / s41467-021-21240-1 . PMC 7873279 . PMID 33563978 .
- ^ а б в Привет, Вибол; Делон, Дебора; Карлссон, Эрик А .; и другие. (26 января 2021 г.). «Новый коронавирус, связанный с SARS-CoV-2, у летучих мышей из Камбоджи». bioRxiv 10.1101 / 2021.01.26.428212 .
- ^ Мураками, Шин; Китамура, Томоя; Судзуки, Джин; и другие. (Декабрь 2020 г.). «Обнаружение и характеристика сарбековируса летучих мышей, филогенетически связанного с SARS-CoV-2, Япония» . Возникающие инфекционные заболевания . 26 (12): 3025–3029. DOI : 10.3201 / eid2612.203386 . PMC 7706965 . PMID 33219796 .
- ^ а б в Чжоу, Хун; Чен, Син; Ху, Дао; и другие. (Июнь 2020 г.). «Новый коронавирус летучих мышей, тесно связанный с SARS-CoV-2, содержит естественные вставки в месте расщепления S1 / S2 белка-шипа» . Текущая биология . 30 (11): 2196–2203.e3. DOI : 10.1016 / j.cub.2020.05.023 . PMC 7211627 . PMID 32416074 .
- ^ Лам, Томми Цан-Юк; Цзя, На; Чжан, Я-Вэй; и другие. (9 июля 2020 г.). «Выявление коронавирусов, связанных с SARS-CoV-2, у малайских ящеров» . Природа . 583 (7815): 282–285. Bibcode : 2020Natur.583..282L . DOI : 10.1038 / s41586-020-2169-0 . PMID 32218527 .
- ^ Лю, Пин; Цзян, Цзин-Чжэ; Ван, Сю-Фэн; и другие. (14 мая 2020 г.). «Являются ли панголины промежуточным хозяином нового коронавируса 2019 года (SARS-CoV-2)?» . PLOS Патогены . 16 (5): e1008421. DOI : 10.1371 / journal.ppat.1008421 . PMC 7224457 . PMID 32407364 .