Бетакоронавирус

Бетакоронавирус

Электронная микрофотография вириона мышиного коронавируса (MHV), схематическая структура и геном
Классификация вирусов
(без рейтинга):	Вирус
Царство :	Рибовирия
Королевство:	Орторнавиры
Тип:	Писувирикота
Учебный класс:	Pisoniviricetes
Заказ:	Нидовиралес
Семья:	Coronaviridae
Подсемейство:	Ортокоронавирины
Род:	*Бетакоронавирус*
Типовой вид
Коронавирус мышей (MHV)
Подроды и виды
См. Текст

Betacoronavirus (бета-CoVs или бета-CoVs) является одним из четырех родов ( альфа -, бета- , гамма- и Дельта ) от коронавирусов . Вирусы членов окутаны , позитивная нити РНК вирусы , которые заражают млекопитающие (из которых люди являются частью). Природный резервуар для betacoronaviruses являются летучими мышами и грызунами. Грызуны являются резервуаром для подрода Embecovirus , а летучие мыши являются резервуаром для других подродов.^[1]

Каждый род коронавируса состоит из различных вирусных линий, при этом род бета-коронавируса содержит четыре таких линии: A, B, C, D. В более ранней литературе этот род также известен как «коронавирусы группы 2». Род входит в подсемейство Orthocoronavirinae в семействе Coronaviridae отряда Nidovirales .

Бета-коронавирусы, имеющие наибольшее клиническое значение для людей, - это OC43 и HKU1 (которые могут вызывать простуду ) линии A, SARS-CoV и SARS-CoV-2 (вызывающие болезнь COVID-19 ) линии B ^[2]. и MERS-CoV линии C. MERS-CoV - первый бета-коронавирус, принадлежащий к линии C, который, как известно, инфицирует людей. ^[3]^[4]

Этимология [ править ]

Название «betacoronavirus» происходят от древних греческих βῆτα ( Бета , «второй буквы от греческого алфавита »), и κορώνη (korṓnē, „гирлянда, венок“), что означает корону, которая описывает появление поверхностных выступов видели под электронная микроскопия, напоминающая солнечную корону . Эта морфология создается пепломерами вирусного шипа (S) , которые представляют собой белки, которые населяют поверхность вируса и определяют тропизм хозяина . Отряд Nidovirales назван в честь латинского nidus , что означает «гнездо». Это относится к производству в этом заказе 3'-концевого вложенного наборасубгеномные мРНК во время инфекции. ^[5]

Структура [ править ]

БВРС-КоВ: структура, прикрепление, вход и геномный состав

Разрешены несколько структур белков-шипов. Рецептор-связывающий домен в спайковом белке альфа- и бета-коронавирусов внесен в каталог как InterPro : IPR018548 . ^[6] Спайковый белок, машина слияния типа 1 , собирается в тример ( PDB : 3jcl , 6acg ); его основная структура напоминает структуру белков парамиксовируса F (слитые). ^[7] Использование рецепторов не очень консервативно; например, среди сарбековирусов только суб-линия, содержащая SARS, имеет общий рецептор ACE2 .

Вирусы подрода Embecovirus отличаются от всех других вирусов этого рода тем, что они имеют дополнительный более короткий (8 нм) шипообразный белок, называемый гемагглютининэстеразой (HE) ( P15776 ). Это , как полагают, были приобретены от вируса гриппа С . ^[5]^[8]

Геном [ править ]

Геномы альфакоронавирусов и бета-коронавирусов

Коронавирусы имеют большой размер генома, который колеблется от 26 до 32 килобаз. Общая структура генома β-CoV подобна таковой для других CoV, с полипротеином репликазы ORF1ab ( rep , pp1ab ), предшествующим другим элементам. Этот полипротеин расщепляется на 16 неструктурных белков (см. Аннотацию UniProt к SARS rep , P0C6X7 ).

По состоянию на май 2013 года в GenBank было опубликовано 46 полных геномов α- (группа 1), β- (группа 2), γ- (группа 3) и δ- (группа 4) CoV. ^[9]

Рекомбинация [ править ]

Генетическая рекомбинация может происходить, когда два или более вирусных генома присутствуют в одной и той же клетке-хозяине. Верблюд верблюд Бета-коронавирус HKU23 показывает генетическое разнообразие африканского верблюда населения. ^[10] Этому разнообразию способствуют несколько событий рекомбинации, которые имели место в прошлом между близкородственными бета-коронавирусами подрода Embecovirus . ^[10] Также бета-коронавирус, SARS-CoV человека , по-видимому, имел сложную историю рекомбинации между предковыми коронавирусами, которые были размещены в нескольких разных группах животных. ^[11]^[12]

Патогенез [ править ]

Цикл репликации вирусов рода Betacoronavirus

Альфа- и бета-коронавирусы в основном заражают летучих мышей, но они также заражают другие виды, такие как люди , верблюды и грызуны . ^[13]^[14]^[15]^[16] Бетакоронавирусы, вызвавшие эпидемии у людей, обычно вызывают лихорадку и респираторные симптомы. Они включают:

SARS-CoV , SARS .
МЕРС-КоВ , МЕРС .
SARS-CoV-2 , COVID-19 .

Классификация [ править ]

Филогенетическое дерево линий рода Betacoronavirus с подробным описанием SARS-CoV и MERS-CoV

Внутри рода Betacoronavirus (группа 2 CoV) традиционно распознаются четыре подрода или линии (A, B, C и D). ^[5] Четыре линии передачи также были названы греческими буквами или численно. ^[9] Пятый подрод, Hibecovirus , был добавлен совсем недавно. ^[17] Подроды и виды-члены включают: ^[18]

Эмбековирус (линия А) [ править ]

Бетакоронавирус 1

Коронавирус крупного рогатого скота
Коронавирус человека OC43

Китай Rattus коронавируса HKU24
Человеческий коронавирус HKU1
Мышиный коронавируса

Вирус гепатита мыши

Миоды коронавируса 2JL14

Сарбековирус (линия B) [ править ]

Коронавирус, связанный с тяжелым острым респираторным синдромом (SARSr-CoV или SARS-CoV)

Коронавирус тяжелого острого респираторного синдрома (SARS-CoV или SARS-CoV-1)
Тяжелый острый респираторный синдром коронавирус 2 (SARS-CoV-2)
Летучая мышь SARS-подобный коронавирус WIV1 (Bat SL-CoV-WIV1)
Летучая мышь коронавирус RaTG13

Коронавирус

Типы Альфакоронавирус Бетакоронавирус Гаммакоронавирус Дельтакоронавирус
Болезни Простуда ОРВИ MERS COVID-19
Вакцина COVID-19 вакцина
Вспышки, эпидемии и пандемии Вспышка атипичной пневмонии (2002-2004 гг.) Вспышка MERS в 2012 г. Вспышка MERS в Южной Корее в 2015 г. Вспышка MERS в 2018 г. Пандемия COVID-19 (2019-настоящее время)
Смотрите также Коронавирусная рецессия История коронавируса Воздействие пандемии COVID-19
v т е

Мербековирус (линия C) [ править ]

Hedgehog coronavirus 1 Коронавирус,
связанный с ближневосточным респираторным синдромом (
БВРС- КоВ ) Pipistrellus bat coronavirus HKU5
Tylonycteris bat coronavirus HKU4

Нобековирус (линия D) [ править ]

Коронавирус
летучих мышей эйдолона C704 Коронавирус летучих мышей Rousettus GCCDC1 Коронавирус летучих мышей
Rousettus HKU9

Hibecovirus [ править ]

Летучая мышь Hp-betacoronavirus Zhejiang2013

См. Также [ править ]

Вирусы животных

Ссылки [ править ]

^ Wartecki, Адриан; Рзымский, Петр (июнь 2020 г.). «О коронавирусах и их связи с водной средой и сточными водами» . Вода . 12 (6): 1598. DOI : 10,3390 / w12061598 .
^ "Филогения SARS-подобных бета-коронавирусов" . следующий штамм . Проверено 18 января 2020 года .
^ ProMED. БВРС-КоВ – Восточное Средиземноморье (06) ( http://www.promedmail.org/ )
^ Мемиш, ZA; Зумла, AI; Аль-Хаким, РФ; Аль-Рабиах, АА; Стивенс, GM (2013). «Семейный кластер коронавирусных инфекций ближневосточного респираторного синдрома» . Медицинский журнал Новой Англии . 368 (26): 2487–94. DOI : 10.1056 / NEJMoa1303729 . PMID 23718156 .
^ a b c Ву, Патрик CY; Хуанг, Йи; Лау, Сусанна КП; Юэнь, Квок-Юнг (24.08.2010). «Геномика и биоинформатический анализ коронавирусов» . Вирусы . 2 (8): 1804–20. DOI : 10,3390 / v2081803 . PMC 3185738 . PMID 21994708 .
^ Хуанг, C; Ци, Дж; Лу, G; Ван, Q; Юань, Y; Wu, Y; Zhang, Y; Ян, Дж; Гао, ГФ (1 ноября 2016 г.). «Предполагаемый рецептор-связывающий домен спайк-белка HKU9, производного от летучей мыши: эволюция мотивов связывания рецептора бетакоронавируса» . Биохимия . 55 (43): 5977–88. DOI : 10.1021 / acs.biochem.6b00790 . PMID 27696819 .
^ Walls, Александра C .; Торторичи, М. Алехандра; Босх, Беренд-Ян; Френц, Брэндон; Роттье, Питер JM; ДиМайо, Франк; Rey, Félix A .; Вислер, Дэвид (8 февраля 2016 г.). «Криоэлектронная микроскопия структуры тримерного гликопротеина шипа коронавируса» . Природа . 531 (7592): 114–117. Bibcode : 2016Natur.531..114W . DOI : 10,1038 / природа16988 . PMC 5018210 . PMID 26855426 .
^ Баккерс, Марк JG; Ланг, Ифэй; Feitsma, Louris J .; Халсвит, Рубен Дж. Г.; Поот, Стефани А.Х. де; Влит, Арно Л.В. фургон; Маргина, Ирина; Groot-Mijnes, Jolanda DF de; Куппевельд, Фрэнк Дж. М. ван; Langereis, Martijn A .; Хейзинга, Эрик Г. (2017-03-08). «Бетакоронавирусная адаптация к людям, вовлеченная в прогрессирующую потерю лектиновой активности гемагглютинин-эстеразы» . Клеточный хозяин и микроб . 21 (3): 356–366. DOI : 10.1016 / j.chom.2017.02.008 . ISSN 1931-3128 . PMID 28279346 .
^ а б Коттен, Мэтью; Лам, Томми Т .; Уотсон, Саймон Дж .; Palser, Anne L .; Петрова, Велислава; Грант, Пол; Pybus, Оливер G .; Рамбаут, Андрей; Гуань, Йи; Пиллэй, Динан; Келлэм, Пол; Настули, Элени ( 19 мая 2013 г.). «Глубокое секвенирование полного генома и филогенетический анализ нового человеческого бетакоронавируса» . Возникающие инфекционные заболевания . 19 (5): 736–42B. DOI : 10.3201 / eid1905.130057 . PMC 3647518 . PMID 23693015 .
^ a b Разнообразие коронавируса одногорбого верблюда HKU23 у африканских верблюдов выявило множественные случаи рекомбинации среди близкородственных бета-коронавирусов подрода Embecovirus. Итак, RTY и др. J Virol. 2019. PMID 31534035
^ Стэнхоуп MJ, Браун JR, Амрин-Мэдсен Х. Данные эволюционного анализа нуклеотидных последовательностей для рекомбинантной истории SARS-CoV. Заразить Genet Evol. 2004 Март; 4 (1): 15-9. PMID 15019585
^ Zhang XW, Yap YL, Danchin A. Проверка гипотезы о рекомбинантном происхождении коронавируса, связанного с SARS. Arch Virol. 2005 Янв; 150 (1): 1-20. Epub 11 октября 2004 г. PMID 15480857
^ Ву, ПК; Wang, M .; Лау, СК; Xu, H .; Пун, RW; Guo, R .; Wong, BH; Gao, K .; Цой, HW; Huang, Y .; Li, KS; Лам, CS; Чан, KH; Zheng, BJ; Юэнь, KY (2007). «Сравнительный анализ двенадцати геномов трех новых коронавирусов группы 2c и 2d выявил уникальные особенности группы и подгруппы» . Журнал вирусологии . 81 (4): 1574–85. DOI : 10,1128 / JVI.02182-06 . PMC 1797546 . PMID 17121802 .
^ Лау, СК; Ву, ПК; Ип, СС; Fan, RY; Huang, Y .; Wang, M .; Guo, R .; Лам, CS; Цанг, АК; Lai, KK; Чан, KH; Че, XY; Zheng, BJ; Юэнь, KY (2012). «Выделение и характеристика нового коронавируса бета-коронавируса подгруппы А, коронавируса кролика HKU14, от домашних кроликов» . Журнал вирусологии . 86 (10): 5481–96. DOI : 10,1128 / JVI.06927-11 . PMC 3347282 . PMID 22398294 .
^ Лау, СК; Пун, RW; Wong, BH; Wang, M .; Huang, Y .; Xu, H .; Guo, R .; Li, KS; Gao, K .; Чан, KH; Zheng, BJ; Ву, ПК; Юэнь, KY (2010). «Сосуществование разных генотипов в одной и той же летучей мыши и серологическая характеристика коронавируса летучих мышей Rousettus HKU9, принадлежащего к новой подгруппе бета-коронавируса» . Журнал вирусологии . 84 (21): 11385–94. DOI : 10,1128 / JVI.01121-10 . PMC 2953156 . PMID 20702646 .
^ Чжан, Вэй; Чжэн, Сяо-Шуан; Агванда, Бернард; Омме, Шейла; Чжао, Кай; Лихоти, Жаклин; Ван, Нин; Чен, Цзин; Ли, Бэй; Ян, Син-Лу; Мани, Шайлендра; Нгейва, Киса-Джума; Чжу, Ян; Ху, Бен; Оньюок, Самсон Омонди; Ян, Бинг; Андерсон, Даниэль Э .; Ван, Линь-Фа; Чжоу, Пэн; Ши, Чжэн-Ли (24 октября 2019 г.). «Серологические доказательства коинфекции БВРС-КоВ и HKU8-связанной коинфекции у кенийских верблюдов» . Новые микробы и инфекции . 8 (1): 1528–1534. DOI : 10.1080 / 22221751.2019.1679610 . PMC 6818114 . PMID 31645223 .
^ Вонг, Антонио CP; Ли, Синь; Лау, Сусанна КП; Ву, Патрик CY (2019). «Глобальная эпидемиология коронавирусов летучих мышей» . Вирусы . 11 (2): 174. DOI : 10,3390 / v11020174 . PMC 6409556 . PMID 30791586 .
^ «Таксономия вирусов: выпуск 2019» . talk.ictvonline.org . Международный комитет по таксономии вирусов . Проверено 20 июня 2020 .

Внешние ссылки [ править ]

Коронавирусы
Viralzone : Betacoronavirus
Ресурс базы данных и анализа вирусных патогенов (ViPR): Coronaviridae

[1] Wartecki, Адриан; Рзымский, Петр (июнь 2020 г.). «О коронавирусах и их связи с водной средой и сточными водами» . Вода . 12 (6): 1598. DOI : 10,3390 / w12061598 .

[2] "Филогения SARS-подобных бета-коронавирусов" . следующий штамм . Проверено 18 января 2020 года .

[3] ProMED. БВРС-КоВ – Восточное Средиземноморье (06) ( http://www.promedmail.org/ )

[4] Мемиш, ZA; Зумла, AI; Аль-Хаким, РФ; Аль-Рабиах, АА; Стивенс, GM (2013). «Семейный кластер коронавирусных инфекций ближневосточного респираторного синдрома» . Медицинский журнал Новой Англии . 368 (26): 2487–94. DOI : 10.1056 / NEJMoa1303729 . PMID 23718156 .

[Woo10-5] Ву, Патрик CY; Хуанг, Йи; Лау, Сусанна КП; Юэнь, Квок-Юнг (24.08.2010). «Геномика и биоинформатический анализ коронавирусов» . Вирусы . 2 (8): 1804–20. DOI : 10,3390 / v2081803 . PMC 3185738 . PMID 21994708 .

[6] Хуанг, C; Ци, Дж; Лу, G; Ван, Q; Юань, Y; Wu, Y; Zhang, Y; Ян, Дж; Гао, ГФ (1 ноября 2016 г.). «Предполагаемый рецептор-связывающий домен спайк-белка HKU9, производного от летучей мыши: эволюция мотивов связывания рецептора бетакоронавируса» . Биохимия . 55 (43): 5977–88. DOI : 10.1021 / acs.biochem.6b00790 . PMID 27696819 .

[7] Walls, Александра C .; Торторичи, М. Алехандра; Босх, Беренд-Ян; Френц, Брэндон; Роттье, Питер JM; ДиМайо, Франк; Rey, Félix A .; Вислер, Дэвид (8 февраля 2016 г.). «Криоэлектронная микроскопия структуры тримерного гликопротеина шипа коронавируса» . Природа . 531 (7592): 114–117. Bibcode : 2016Natur.531..114W . DOI : 10,1038 / природа16988 . PMC 5018210 . PMID 26855426 .

[8] Баккерс, Марк JG; Ланг, Ифэй; Feitsma, Louris J .; Халсвит, Рубен Дж. Г.; Поот, Стефани А.Х. де; Влит, Арно Л.В. фургон; Маргина, Ирина; Groot-Mijnes, Jolanda DF de; Куппевельд, Фрэнк Дж. М. ван; Langereis, Martijn A .; Хейзинга, Эрик Г. (2017-03-08). «Бетакоронавирусная адаптация к людям, вовлеченная в прогрессирующую потерю лектиновой активности гемагглютинин-эстеразы» . Клеточный хозяин и микроб . 21 (3): 356–366. DOI : 10.1016 / j.chom.2017.02.008 . ISSN 1931-3128 . PMID 28279346 .

[lin-9] а б Коттен, Мэтью; Лам, Томми Т .; Уотсон, Саймон Дж .; Palser, Anne L .; Петрова, Велислава; Грант, Пол; Pybus, Оливер G .; Рамбаут, Андрей; Гуань, Йи; Пиллэй, Динан; Келлэм, Пол; Настули, Элени ( 19 мая 2013 г.). «Глубокое секвенирование полного генома и филогенетический анализ нового человеческого бетакоронавируса» . Возникающие инфекционные заболевания . 19 (5): 736–42B. DOI : 10.3201 / eid1905.130057 . PMC 3647518 . PMID 23693015 .

[So2019-10] Разнообразие коронавируса одногорбого верблюда HKU23 у африканских верблюдов выявило множественные случаи рекомбинации среди близкородственных бета-коронавирусов подрода Embecovirus. Итак, RTY и др. J Virol. 2019. PMID 31534035

[11] Стэнхоуп MJ, Браун JR, Амрин-Мэдсен Х. Данные эволюционного анализа нуклеотидных последовательностей для рекомбинантной истории SARS-CoV. Заразить Genet Evol. 2004 Март; 4 (1): 15-9. PMID 15019585

[Zhang2005-12] Zhang XW, Yap YL, Danchin A. Проверка гипотезы о рекомбинантном происхождении коронавируса, связанного с SARS. Arch Virol. 2005 Янв; 150 (1): 1-20. Epub 11 октября 2004 г. PMID 15480857

[b1-13] Ву, ПК; Wang, M .; Лау, СК; Xu, H .; Пун, RW; Guo, R .; Wong, BH; Gao, K .; Цой, HW; Huang, Y .; Li, KS; Лам, CS; Чан, KH; Zheng, BJ; Юэнь, KY (2007). «Сравнительный анализ двенадцати геномов трех новых коронавирусов группы 2c и 2d выявил уникальные особенности группы и подгруппы» . Журнал вирусологии . 81 (4): 1574–85. DOI : 10,1128 / JVI.02182-06 . PMC 1797546 . PMID 17121802 .

[b2-14] Лау, СК; Ву, ПК; Ип, СС; Fan, RY; Huang, Y .; Wang, M .; Guo, R .; Лам, CS; Цанг, АК; Lai, KK; Чан, KH; Че, XY; Zheng, BJ; Юэнь, KY (2012). «Выделение и характеристика нового коронавируса бета-коронавируса подгруппы А, коронавируса кролика HKU14, от домашних кроликов» . Журнал вирусологии . 86 (10): 5481–96. DOI : 10,1128 / JVI.06927-11 . PMC 3347282 . PMID 22398294 .

[b3-15] Лау, СК; Пун, RW; Wong, BH; Wang, M .; Huang, Y .; Xu, H .; Guo, R .; Li, KS; Gao, K .; Чан, KH; Zheng, BJ; Ву, ПК; Юэнь, KY (2010). «Сосуществование разных генотипов в одной и той же летучей мыши и серологическая характеристика коронавируса летучих мышей Rousettus HKU9, принадлежащего к новой подгруппе бета-коронавируса» . Журнал вирусологии . 84 (21): 11385–94. DOI : 10,1128 / JVI.01121-10 . PMC 2953156 . PMID 20702646 .

[16] Чжан, Вэй; Чжэн, Сяо-Шуан; Агванда, Бернард; Омме, Шейла; Чжао, Кай; Лихоти, Жаклин; Ван, Нин; Чен, Цзин; Ли, Бэй; Ян, Син-Лу; Мани, Шайлендра; Нгейва, Киса-Джума; Чжу, Ян; Ху, Бен; Оньюок, Самсон Омонди; Ян, Бинг; Андерсон, Даниэль Э .; Ван, Линь-Фа; Чжоу, Пэн; Ши, Чжэн-Ли (24 октября 2019 г.). «Серологические доказательства коинфекции БВРС-КоВ и HKU8-связанной коинфекции у кенийских верблюдов» . Новые микробы и инфекции . 8 (1): 1528–1534. DOI : 10.1080 / 22221751.2019.1679610 . PMC 6818114 . PMID 31645223 .

[Wong2019-17] Вонг, Антонио CP; Ли, Синь; Лау, Сусанна КП; Ву, Патрик CY (2019). «Глобальная эпидемиология коронавирусов летучих мышей» . Вирусы . 11 (2): 174. DOI : 10,3390 / v11020174 . PMC 6409556 . PMID 30791586 .

[18] «Таксономия вирусов: выпуск 2019» . talk.ictvonline.org . Международный комитет по таксономии вирусов . Проверено 20 июня 2020 .

[1]