Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Коронавирус человека HKU1
Коронавирус-HKU1.png
Формирование HcoV-HKU1.
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Царство :Рибовирия
Королевство:Орторнавиры
Тип:Писувирикота
Учебный класс:Pisoniviricetes
Заказ:Нидовиралес
Семья:Coronaviridae
Род:Бетакоронавирус
Подрод:Эмбековирус
Разновидность:
Коронавирус человека HKU1

Коронавирус человека HKU1 ( HCoV-HKU1 ) - это разновидность коронавируса человека. Он вызывает заболевание верхних дыхательных путей с симптомами простуды , но может перейти в пневмонию и бронхиолит . [1] Впервые он был обнаружен в январе 2004 года у одного человека в Гонконге . [2] Последующие исследования показали, что он имеет глобальное распространение и более раннее происхождение.

Вирус является оболочкой , положительным смысле , одноцепочечной РНК - вирус , который вступает в клетку - хозяина путем связывания с N-ацетил-9-O-ацетилнейраминовую рецептора кислоты . [3] Он имеет ген гемагглютининэстеразы (HE), который отличает его как представителя рода Betacoronavirus и подрода Embecovirus . [4]

История [ править ]

HCoV-HKU1 был впервые обнаружен в январе 2004 г. у 71-летнего мужчины, который был госпитализирован из-за острого респираторного дистресс-синдрома и рентгенологически подтвержденной двусторонней пневмонии. Мужчина недавно вернулся в Гонконг из Шэньчжэня, Китай . [2] [5]

Вирусология [ править ]

Ву и его коллеги безуспешно пытались вырастить клеточную линию из HCoV-HKU1, но смогли получить полную геномную последовательность. Филогенетический анализ показал, что HKU1 наиболее тесно связан с вирусом гепатита мышей (MHV) и отличается в этом отношении от других известных бета-коронавирусов человека , таких как HCoV-OC43 . [2]

При анализе генов РНК-зависимой РНК-полимеразы (RdRp), шипа (S) и нуклеокапсида (N) были обнаружены несовместимые филогенетические отношения. Полное секвенирование генома 22 штаммов HCoV-HKU1 подтвердило, что это произошло в результате естественной рекомбинации. [2] HCoV-HKU1, вероятно, возник у грызунов . [6]

HCoV-HKU1 - один из семи известных коронавирусов, заражающих людей. Остальные шесть: [7]

  • Коронавирус человека 229E (HCoV-229E)
  • Коронавирус человека NL63 (HCoV-NL63)
  • Коронавирус человека OC43 (HCoV-OC43)
  • Коронавирус, связанный с ближневосточным респираторным синдромом (БВРС-КоВ)
  • Коронавирус тяжелого острого респираторного синдрома (SARS-CoV-1)
  • Тяжелый острый респираторный синдром коронавирус 2 (SARS-CoV-2)

Структуры белков HCoV-HKU1 spike (S) и HE были определены Cyro-EM в 2016 и 2020 годах соответственно. Белок S ( PDB : 5I08 ) известен своим большим размером. [8] Белок HE ( PDB : 6Y3Y ) отличается от обычных белков ( таких как белок OC43) тем, что он имеет гораздо меньший рудиментарный лектиновый домен. Этот домен защищен от распознавания иммунной системой за счет изменения размера и гликозилирования. [9]

Эпидемиология [ править ]

Обратный анализ носоглоточных аспиратов, отрицательных по SARS, от пациентов с респираторным заболеванием во время периода SARS в 2003 году выявил присутствие РНК CoV-HKU1 в образце от 35-летней женщины с пневмонией. [5]

После первых сообщений об открытии HCoV-HKU1 вирус был идентифицирован в том же году у 10 пациентов в северной Австралии . Образцы дыхательных путей были собраны в период с мая по август (зима в Австралии). Исследователи обнаружили, что большинство образцов, положительных по HCoV-HKU1, были получены от детей в более поздние зимние месяцы. [10]

Первые известные случаи в Западном полушарии были обнаружены в 2005 году после анализа более старых образцов клиническими вирусологами из больницы Йель-Нью-Хейвен в Нью-Хейвене, штат Коннектикут, которым было любопытно узнать, есть ли HCoV-HKU1 в их районе. Они провели исследование образцов, собранных за 7-недельный период (декабрь 2001 г. - февраль 2002 г.) у 851 младенца и ребенка. Образцы девяти детей имели коронавирус человека HKU1. У этих детей были инфекции дыхательных путей на момент сбора образцов (у одной девочки были настолько тяжелые, что потребовалась искусственная вентиляция легких), в то время как тесты были отрицательными по другим причинам, таким как респираторно-синцитиальный вирус человека (RSV), вирусы парагриппа (типы 1-3) , вирусы гриппа A и Bи аденовирус с помощью прямого иммунофлуоресцентного анализа, а также человеческий метапневмовирус и HCoV-NH с помощью полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (RT-PCR). Исследователи сообщили, что штаммы, обнаруженные в Нью-Хейвене, были похожи на штаммы, обнаруженные в Гонконге, и предполагали распространение по всему миру. [11] Эти штаммы, обнаруженные в Нью-Хейвене, не следует путать с HCoV-NH (коронавирус Нью-Хейвена), который является штаммом человеческого коронавируса NL63 .

В июле 2005 г. во Франции было зарегистрировано шесть случаев. В этих случаях французские исследователи использовали улучшенные методы выделения вируса из носоглоточного аспирата и образцов стула. [12]

См. Также [ править ]

  • Коронавирус летучих мышей Tylonycteris HKU4
  • Коронавирус летучих мышей Rousettus HKU9

Ссылки [ править ]

  1. ^ Лим, Ивонн Синьи; Нг, Ян Линь; Tam, James P .; Лю, Дин Сян (25.07.2016). «Коронавирусы человека: обзор взаимодействия вируса с хозяином» . Болезни . 4 (3): 26. DOI : 10.3390 / болезни 4030026 . ISSN  2079-9721 . PMC  5456285 . PMID  28933406 . См. Таблицу 1.
  2. ^ а б в г Ву, PCY; Лау, СКП; Chu, C.-m .; Чан, К.-ч .; Цой, Х.-ш .; Huang, Y .; Вонг, БХЛ; Пун, RWS; Цай, JJ; Luk, W.-k .; Пун, магистр права; Вонг, SSY; Guan, Y .; Пейрис, JSM; Юэн, К.-й. (2004). «Характеристика и полная последовательность генома нового коронавируса, коронавируса HKU1, от пациентов с пневмонией» . Журнал вирусологии . 79 (2): 884–95. DOI : 10,1128 / JVI.79.2.884-895.2005 . PMC 538593 . PMID 15613317 .  
  3. ^ Лим, Ивонн Синьи; Нг, Ян Линь; Tam, James P .; Лю, Дин Сян (25.07.2016). «Коронавирусы человека: обзор взаимодействия вируса с хозяином» . Болезни . 4 (3): 26. DOI : 10.3390 / болезни 4030026 . ISSN 2079-9721 . PMC 5456285 . PMID 28933406 . См. Таблицу 1.   
  4. ^ Ву, Патрик CY; Хуанг, Йи; Лау, Сусанна КП; Юэнь, Квок-Юнг (24.08.2010). «Геномика и биоинформатический анализ коронавирусов» . Вирусы . 2 (8): 1804–1820. DOI : 10,3390 / v2081803 . ISSN 1999-4915 . PMC 3185738 . PMID 21994708 . У всех представителей подгруппы А бетакоронавируса ген гемагглютининэстеразы (HE), который кодирует гликопротеин с нейраминат-O-ацетил-эстеразной активностью и активным сайтом FGDS, присутствует ниже ORF1ab и выше гена S (рис. 1).   
  5. ^ а б Лау, СКП; Ву, PCY; Yip, CCY; Tse, H .; Цой, Х.-ш .; Ченг, VCC; Lee, P .; Тан, BSF; Cheung, CHY; Ли, РА; Итак, Л.-у .; Lau, Y.-l .; Чан, К.-ч .; Юэн, К.-й. (2006). «Коронавирус HKU1 и другие коронавирусные инфекции в Гонконге» . Журнал клинической микробиологии . 44 (6): 2063–71. DOI : 10.1128 / JCM.02614-05 . PMC 1489438 . PMID 16757599 .  
  6. ↑ Fung, «Петь»; Лю, Дин Сян (2019). «Коронавирус человека: взаимодействие хозяина и патогена» . Ежегодный обзор микробиологии . 73 : 529–557. DOI : 10.1146 / annurev-micro-020518-115759 . PMID 31226023 . 
  7. ^ Люнг, Дэниел. «Коронавирусы (включая ОРВИ)» . Советник по инфекционным заболеваниям . Поддержка принятия решений в медицине, ООО . Дата обращения 1 августа 2020 .
  8. ^ Кирхдёрфер, Роберт Н .; Коттрелл, Кристофер А .; Ван, Няньшуан; Паллесен, Джеспер; Yassine, Hadi M .; Тернер, Ханна Л .; Corbett, Kizzmekia S .; Грэм, Барни С .; Маклеллан, Джейсон С .; Уорд, Эндрю Б. (март 2016 г.). «Предварительно слитная структура шипового белка коронавируса человека» . Природа . 531 (7592): 118–121. DOI : 10.1038 / nature17200 .
  9. ^ Hurdiss Д.Л., Drulyte я, Ланг Y, Shamorkina ТМ, Pronker М.Ф., ван Kuppeveld FJ, Snijder Дж, де Грут RJ (16 ноября 2020). «Крио-ЭМ структура гемагглютинин эстеразы коронавируса HKU1 выявляет архитектурные изменения, возникающие в результате продолжительной циркуляции крови у людей» . Nature Communications . DOI : 10.1038 / s41467-020-18440-6 .
  10. ^ Sloots, T; McErlean, P; Speicher, D; Арден, К; Ниссен, М; Маккей, я (2006). «Доказательства наличия коронавируса человека HKU1 и бокавируса человека у детей Австралии» . Журнал клинической вирусологии . 35 (1): 99–102. DOI : 10.1016 / j.jcv.2005.09.008 . PMID 16257260 . 
  11. ^ Эспер, Фрэнк; Вейбель, Карла; Фергюсон, Дэвид; Ландри, Мари Л .; Кан, Джеффри С. (2006). «Инфекция коронавирусом HKU1 в США» . Возникающие инфекционные заболевания . 12 (5): 775–9. DOI : 10.3201 / eid1205.051316 . PMC 3374449 . PMID 16704837 .  
  12. ^ Vabret, A .; Dina, J .; Гуарин, С .; Petitjean, J .; Corbet, S .; Фреймут, Ф. (2006). «Обнаружение нового человеческого коронавируса HKU1: отчет о 6 случаях» . Клинические инфекционные болезни . 42 (5): 634–9. DOI : 10.1086 / 500136 . PMID 16447108 . 

Внешние ссылки [ править ]

  • Данные, относящиеся к человеческому коронавирусу HKU1, в Wikispecies