Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Нидовиралес
Электронная микрофотография отрицательно окрашенных частиц вируса Нам Динь
Жизненный цикл нидовирусов
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Царство :Рибовирия
Королевство:Орторнавиры
Тип:Писувирикота
Учебный класс:Pisoniviricetes
Заказ:Нидовиралес

Nidovirales является порядок оболочечных , положительных прядей РНК - вирусов , которые заражают позвоночными и беспозвоночными . Организмы-хозяева включают млекопитающих , птиц , рептилий , земноводных , рыб , членистоногих , моллюсков и гельминтов . [1] Порядок включает всемейство Coronaviridae , Arteriviridae , Roniviridae , и Mesoniviridae . [2]

Вирусы- члены имеют вирусную оболочку и геном одноцепочечной РНК с положительным смыслом , который кэпирован и полиаденилирован . [3] Нидовирусы названы в честь латинского nidus , что означает гнездо, поскольку все вирусы в этом порядке продуцируют 3'-концевой вложенный набор субгеномных мРНК во время заражения. [4]

Вирусология [ править ]

Сравнение геномов и протеомов разных семейств нидовирусов

Отряд Nidovirales состоит из вирусов, которые имеют геномы одноцепочечной РНК с положительным смыслом . Вирусы относятся к группе IV балтиморской классификационной системы . В качестве геномов с положительным смыслом вирусы могут использовать некоторые белки клетки-хозяина во время репликации и экспрессии генов, которые происходят в цитоплазме клетки-хозяина.

Эта группа вирусов экспрессирует структурные белки отдельно от неструктурных. Структурные белки кодируются в 3'-области генома и экспрессируются с помощью набора субгеномных мРНК . Эти вирусы кодируют одну основную протеиназу и от одной до трех дополнительных протеиназ, которые в основном участвуют в экспрессии гена репликазы . Эти протеиназы также отвечают за активацию или инактивацию определенных белков в нужное время в жизненном цикле вируса, гарантируя, что репликация происходит в нужное время.

Многие белки были идентифицированы в геномах Nidovirales , но их функция еще не определена. Другие ферменты, которые могут присутствовать в геноме, включают папаинподобные протеазы, связывающие АДФ-рибозу / поли (АДФ-рибоза) или АДФ-рибозу 1'-фосфат-фосфатазную активность и циклическую нуклеотидфосфодиэстеразу .

Большинство, но не все субгеномные РНК нидовирусов содержат 5'-лидерную последовательность, происходящую от 5'-конца геномной РНК.

Рамки считывания , которая генерирует ORF 1б рамки считывания происходит в последовательности UUUAAAC heptanucleotide «скользкой» , расположенной выше по потоку от ORF1a стоп - кодона и мнимого РНК псевдоузла структуры.

Геном [ править ]

Вирусы этого порядка можно отличить от других РНК-вирусов по совокупности семи консервативных доменов - 5'-TM2-3CLpro-TM3-RdRp-Zm-HEL1-NendoU-3 ', причем первые три кодируются в ORF1a, а остальные четыре в ORF1b. TM2 и TM3 и трансмембранные домены; RdRp - РНК-полимераза; Zm представляет собой домен связывания Zn-кластера, слитый с геликазой (HEL1); 3CLpro представляет собой 3C-подобную протеазу ; и NendoU представляет собой уридилат-специфичную эндонуклеазу. 3CLpro имеет каталитическую диаду His - Cys и относится к основной протеиназе коронавируса SARS (Mpro).

Таксономия [ править ]

Дерево таксономии отряда Nidovirales

Отряд Nidovirales можно разделить на две клады в зависимости от размера генома: с большими геномами (26,3–31,7 килобаз), которые включают Coronaviridae и Roniviridae (большие нидовирусы), и с небольшими геномами (малые нидовирусы) a кладу, которая включает дальних родственников Arteriviridae (12,7–15,7 т.п.н.). Большие нидовирусы кодируют как 2'-O- метилтрансферазу, так и 3'-5'- экзорибонуклеазу (ExoN), что очень необычно для РНК-вируса. Кроме того, они кодируют надсемейство 1 хеликазную , uridylate-специфической эндонуклеазы (фермент , уникальный для nidoviruses) и несколько протеаз.

Выделяются следующие подотряды и семейства (- virineae обозначает подотряды, а - viridae обозначает семейства): [5]

  • Abnidovirineae
    • Abyssoviridae
  • Arnidovirineae
    • Arteriviridae
    • Cremegaviridae
    • Gresnaviridae
    • Olifoviridae
  • Cornidovirineae
    • Coronaviridae
  • Mesnidovirineae
    • Medioniviridae
    • Mesoniviridae
  • Monidovirineae
    • Мононивирусы
  • Nanidovirinae
    • Nanghoshaviridae
    • Nanhypoviridae
  • Ronidovirineae
    • Euroniviridae
    • Roniviridae
  • Tornidovirineae
    • Tobaniviridae

Дополнения [ править ]

Вирус, который имеет самый большой из известных геномов несегментированной РНК размером 41,1 т.п.н., нидовирус секреторных клеток планарии (PSCNV), относится к отряду Nidovirales. [6] Его хозяин - плоский червь планария . [7]

См. Также [ править ]

  • Вирусы животных
  • РНК-вирусы
  • Коронавирус
  • Артеривирус

Ссылки [ править ]

  1. ^ Огандо, Наташа S .; Феррон, Франсуа; Декроли, Этьен; Канард, Бруно; Posthuma, Clara C .; Снайдер, Эрик Дж. (2019). «Любопытный случай экзорибонуклеазы нидовируса: ее роль в синтезе РНК и точности репликации» . Границы микробиологии . 10 : 1813 DOI : 10,3389 / fmicb.2019.01813 . ISSN  1664-302X . PMC  6693484 . PMID  31440227 .
  2. ^ "Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV)" . talk.ictvonline.org . Проверено 8 июня 2020 .
  3. ^ Король, Эндрю MQ; Адамс, Майкл Дж .; Карстенс, Эрик Б .; Лефковиц, Эллиот Дж., Ред. (2012-01-01), «Порядок - Nidovirales» , Таксономия вирусов , Elsevier, стр. 784–794, ISBN 978-0-12-384684-6, дата обращения 08.06.2020
  4. ^ Antoine Ф. де Врис, Мариан С. Horzinek, Питер Дж Ротье, Рауль Ж. де Гроот (1997). «Организация генома Nidovirales: сходства и различия между артери-, торо- и коронавирусами». Семинары по вирусологии . 8 (1): 33–47. CiteSeerX 10.1.1.462.1825 . DOI : 10.1006 / smvy.1997.0104 . S2CID 85383257 .  CS1 maint: uses authors parameter (link)
  5. ^ «Таксономия вирусов: выпуск 2019» . talk.ictvonline.org . Международный комитет по таксономии вирусов . Проверено 30 апреля 2020 .
  6. ^ "Браузер таксономии (Planidovirus 1)" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 8 июня 2020 .
  7. ^ Сабери, Амир; Гуляева Анастасия А .; Brubacher, John L .; Newmark, Phillip A .; Горбаленя, Александр Евгеньевич (01.11.2018). «Планарийный нидовирус расширяет пределы размера генома РНК» . PLOS Патогены . 14 (11): e1007314. DOI : 10.1371 / journal.ppat.1007314 . ISSN 1553-7374 . PMC 6211748 . PMID 30383829 .   
  • Зибур, Дж; Snijder, EJ; Горбаленя А.Е. (апрель 2000 г.). «Кодируемые вирусами протеиназы и протеолитический процессинг в Nidovirales» (PDF) . Журнал общей вирусологии . 81 (Pt 4): 853–79. DOI : 10.1099 / 0022-1317-81-4-853 . PMID  10725411 . Архивировано из оригинального (PDF) 16 декабря 2008 года . Проверено 23 февраля 2007 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Nidovirales -ICTVdB-The Universal Database Вирус, версия 4.
  • Nidovirales в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)
  • NIH / MeSH
  • ISBN "Нидовирусы" 0306466341