Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Эта статья об эпигенетическом феномене. Для написания компьютерного кода см. Компьютерное программирование .

В биологии перепрограммирование относится к стиранию и ремоделированию эпигенетических меток, таких как метилирование ДНК , во время развития млекопитающих или в культуре клеток. [1] Такой контроль также часто связан с альтернативными ковалентными модификациями гистонов .

Перепрограммирование, которое является как крупномасштабным (от 10% до 100% эпигенетических меток), так и быстрым (от часов до нескольких дней), происходит на трех стадиях жизни млекопитающих. Почти 100% эпигенетических меток перепрограммировать в двух коротких периодов в начале развития после оплодотворения в качестве яйцеклетку с помощью спермы . Кроме того, почти 10% метилирований ДНК в нейронах гиппокампа могут быстро изменяться во время формирования сильной памяти о страхе.

После оплодотворения у млекопитающих паттерны метилирования ДНК в значительной степени стираются, а затем восстанавливаются во время раннего эмбрионального развития. Почти все родительские метилирования стираются, сначала во время раннего эмбриогенеза , а затем в гаметогенезе , причем каждый раз происходит деметилирование и реметилирование. Деметилирование в раннем эмбриогенезе происходит в доимплантационном периоде. После того, как сперматозоид оплодотворяет яйцеклетку с образованием зиготы , происходит быстрое деметилирование ДНК отцовской ДНК и более медленное деметилирование материнской ДНК до образования морулы, которая почти не имеет метилирования. После бластоцистыможет начаться метилирование, и с образованием эпибласта волна метилирования будет иметь место до стадии имплантации эмбриона. Другой период быстрого и почти полного деметилирования происходит во время гаметогенеза в первичных половых клетках (PGCs). Помимо PGCs, на стадии после имплантации паттерны метилирования в соматических вызовах являются стадиями и тканевоспецифичными с изменениями, которые предположительно определяют каждый индивидуальный тип клеток и сохраняются стабильно в течение длительного времени. [2]

Эмбриональное развитие [ править ]

Уровни метилирования во время раннего эмбрионального развития мышей.

Геном сперматозоидов мыши на 80–90% метилирован по сайтам CpG в ДНК, что составляет около 20 миллионов метилированных сайтов. [3] После оплодотворения отцовская хромосома почти полностью деметилируется за шесть часов в результате активного процесса до репликации ДНК (синяя линия на рисунке). В зрелом ооците метилировано около 40% его сайтов CpG. Деметилирование материнской хромосомы в основном происходит за счет блокирования действия метилирующих ферментов на ДНК материнского происхождения и за счет разбавления метилированной материнской ДНК во время репликации (красная линия на рисунке). морулы(на стадии 16 клеток) имеет лишь небольшое количество метилирования ДНК (черная линия на рисунке). Метилирование начинает усиливаться через 3,5 дня после оплодотворения в бластоцисте , а затем происходит большая волна метилирования на 4,5-5,5 дня в эпибласте , переходя от 12% до 62% метилирования и достигая максимального уровня после имплантации в матку. [4] К седьмому дню после оплодотворения новообразованные первичные половые клетки (PGC) в имплантированном эмбрионе отделяются от оставшихся соматических клеток . На данный момент PGCs имеют примерно такой же уровень метилирования, что и соматические клетки.

Новообразованные первичные половые клетки (PGC) в имплантированном эмбрионе происходят от соматических клеток. На данный момент PGC имеют высокий уровень метилирования. Эти клетки мигрируют от эпибласта к гребню гонад . Теперь клетки быстро размножаются и начинают деметилирование двумя волнами. В первой волне деметилирование происходит путем репликативного разбавления, но во второй волне деметилирование происходит в результате активного процесса. Вторая волна приводит к деметилированию определенных локусов. В этот момент геномы PGC демонстрируют самые низкие уровни метилирования ДНК среди любых клеток за весь жизненный цикл [в эмбриональный день 13,5 (E13.5), см. Второй рисунок в этом разделе]. [5]

Динамика метилирования ДНК во время эмбрионального развития мыши

После оплодотворения некоторые клетки новообразованного эмбриона мигрируют к зародышевому гребню и в конечном итоге станут половыми клетками (сперматозоидами и ооцитами) следующего поколения. Из-за феномена геномного импринтинга материнские и отцовские геномы по-разному маркируются и должны быть правильно перепрограммированы каждый раз, когда они проходят через зародышевую линию. Следовательно, во время процесса гаметогенеза первичные зародышевые клетки должны иметь свои оригинальные паттерны метилирования двупародительской ДНК, стертые и восстановленные в зависимости от пола передающего родителя.

После оплодотворения отцовский и материнский геномы деметилируются, чтобы стереть их эпигенетические сигнатуры и приобрести тотипотентность. Здесь наблюдается асимметрия: мужской пронуклеус подвергается быстрому и активному деметилированию. Тем временем женский пронуклеус пассивно деметилируется во время последовательных делений клеток. Процесс деметилирования ДНК включает эксцизионную репарацию оснований и, вероятно, другие механизмы, основанные на репарации ДНК. [6] Несмотря на глобальный характер этого процесса, существуют определенные последовательности, которые его избегают, например, дифференциально метилированные области (DMRS), связанные с импринтированными генами, ретротранспозоны и центромерный гетерохроматин.. Повторное метилирование необходимо для дифференциации эмбриона в полноценный организм. [7]

Было показано, что манипуляции с эмбрионами перед имплантацией in vitro нарушают паттерны метилирования импринтированных локусов [8] и играют решающую роль у клонированных животных. [9]

Обучение и память [ править ]

Области мозга, участвующие в формировании памяти

Обучение и память имеют уровни постоянства, отличные от других психических процессов, таких как мышление, язык и сознание, которые являются временными по своей природе. Обучение и память могут накапливаться медленно (таблица умножения) или быстро (прикосновение к горячей плите), но однажды их можно использовать для сознательного использования на долгое время. Крысы, подвергшиеся контекстуальному условию страха, создают особенно сильную долговременную память. Через 24 ч после тренировки было обнаружено, что 9,17% генов в геномах нейронов гиппокампа крыс дифференциально метилированы . Это включало более 2000 дифференциально метилированных генов через 24 часа после тренировки, причем более 500 генов были деметилированы. [10] В области гиппокампа мозга сначала сохраняются контекстные воспоминания о страхе (см. Рисунок мозга в этом разделе), но это хранилище временное и не остается в гиппокампе. У крыс условное кондиционирование страха отменяется, когда гиппокамп подвергается гиппокампэктомии всего через 1 день после кондиционирования, но крысы сохраняют значительную долю контекстного страха, когда возникает длительная задержка (28 дней) между временем кондиционирования и временем гиппокампэктомии. [11]

Молекулярные стадии [ править ]

Для перепрограммирования метилома ДНК требуются три молекулярные стадии . Этап 1: Набор. Ферменты, необходимые для репрограммирования, привлекаются к участкам генома, которые требуют деметилирования или метилирования. Этап 2: Реализация. Происходят начальные ферментативные реакции. В случае метилирования это короткий этап, который приводит к метилированию цитозина до 5-метилцитозина. Этап 3: эксцизионная репарация ДНК. Промежуточные продукты деметилирования катализируются специфическими ферментами пути репарации ДНК с вырезанием оснований, которые в конечном итоге восстанавливают цистозин в последовательности ДНК.

Деметилирование 5-метилцитозина. Деметилирование 5-метилцитозина (5mC) в ДНК нейрона. Как было сделано в 2018 г. [12], в нейронах мозга 5mC окисляется диоксигеназой TET с образованием 5-гидроксиметилцитозина.(5hmC). В последовательных стадиях фермент TET дополнительно гидроксилирует 5hmC с образованием 5-формилцитозина (5fC) и 5-карбоксилцитозина (5caC). Тимин-ДНК-гликозилаза (TDG) распознает промежуточные основания 5fC и 5caC и расщепляет гликозидную связь, в результате чего образуется апиримидиновый сайт (AP-сайт). В альтернативном пути окислительного дезаминирования 5hmC может быть окислительно дезаминировано с помощью индуцированного активностью комплекса редактирования мРНК цитидиндезаминазы / аполипопротеина B (AID / APOBEC) с образованием 5-гидроксиметилурацила (5hmU). 5mC также можно преобразовать в тимин (Thy). 5hmU может расщепляться TDG, однонитевой селективной монофункциональной урацил-ДНК-гликозилазой 1 (SMUG1), Nei-подобной ДНК-гликозилазой 1 (NEIL1) или метил-CpG-связывающим белком 4 (MBD4). AP-сайты и несовпадения T: G затем восстанавливаются ферментами эксцизионной репарации оснований (BER) с образованием цитозина (Cyt).

Рисунок в этом разделе указывает на центральную роль десяти-одиннадцати транслокационных метилцитозиндиоксигеназ (TET) в деметилировании 5-метилцитозина с образованием цитозина. [13] Как было сделано в 2018 году, [13] 5mC очень часто первоначально окисляется TET-диоксигеназами с образованием 5-гидроксиметилцитозина (5hmC). На последовательных этапах (см. Рисунок) ферменты ТЕТ дополнительно гидроксилируют 5hmC с образованием 5-формилцитозина (5fC) и 5-карбоксилцитозина (5caC). Тимин-ДНК-гликозилаза (TDG) распознает промежуточные основания 5fC и 5caC и вырезает гликозидную связь, в результате чего образуется апиримидиновый сайт (AP-сайт). В альтернативном пути окислительного дезаминирования 5hmC может подвергаться окислительному дезаминированию посредствомДезаминазы APOBEC (AID / APOBEC) с образованием 5-гидроксиметилурацила (5hmU) или 5mC могут быть преобразованы в тимин (Thy). 5hmU может быть расщеплен TDG , SMUG1 , NEIL1 или MBD4 . AP-сайты и несовпадения T: G затем восстанавливаются ферментами эксцизионной репарации оснований (BER) с образованием цитозина (Cyt).

Семья ТЕТ [ править ]

Изоформы ферментов TET включают по крайней мере две изоформы TET1, одну из TET2 и три изоформы TET3. [14] [15]Полноразмерная каноническая изоформа TET1, по-видимому, фактически ограничена ранними эмбрионами, эмбриональными стволовыми клетками и примордиальными зародышевыми клетками (PGCs). Доминирующая изоформа TET1 в большинстве соматических тканей, по крайней мере, у мышей, возникает в результате использования альтернативного промотора, который приводит к короткому транскрипту и усеченному белку, обозначенному TET1. Изоформы TET3 представляют собой полноразмерную форму TET3FL, короткий вариант сплайсинга TET3s и форму, которая встречается в ооцитах и ​​нейронах, обозначенную TET3o. TET3o создается путем использования альтернативного промотора и содержит дополнительный первый N-концевой экзон, кодирующий 11 аминокислот. TET3o встречается только в ооцитах и ​​нейронах и не экспрессируется в эмбриональных стволовых клетках или в клетках любого другого типа или в тканях взрослых мышей. В то время как экспрессия TET1 едва ли может быть обнаружена в ооцитах и ​​зиготах,и TET2 только умеренно экспрессируется, вариант TET3 TET3o показывает чрезвычайно высокие уровни экспрессии в ооцитах и ​​зиготах, но почти отсутствует на стадии 2 клеток. Возможно, что TET3o, с высоким содержанием нейронов, ооцитов и зигот на стадии одной клетки, является основным ферментом TET, используемым, когда в этих клетках происходит очень крупномасштабное быстрое деметилирование.

Вербовка TET в ДНК [ править ]

В ферменты TET не специфически связываются с 5-метилцитозином кроме случаев , когда на работу. Без рекрутирования или нацеливания TET1 преимущественно связывается с высокими промоторами CG и CpG-островками (CGI) по всему геному за счет своего домена CXXC, который может распознавать неметилированные CGI. [16] TET2 не имеет сродства к 5-метилцитозину в ДНК. [17] Домен CXXC полноразмерного TET3, который является преобладающей формой, экспрессируемой в нейронах, наиболее сильно связывается с CpG, где C был преобразован в 5-карбоксицитозин (5caC). Однако он также связывается с неметилированными CpG . [15]

Инициирование деметилирования ДНК по сайту CpG . Во взрослых соматических клетках метилирование ДНК обычно происходит в контексте динуклеотидов CpG ( сайты CpG ), образуя 5-метилцитозин- pG (5mCpG). Реактивные формы кислорода (АФК) могут атаковать гуанин в динуклеотидном сайте, образуя 8-гидрокси-2'-дезоксигуанозин (8-OHdG), что приводит к образованию динуклеотидного сайта 5mCp-8-OHdG. База эксцизионной репарации фермента OGG1 цели 8-OHdG и связывается с поражением без немедленного удаления. OGG1, присутствующий в сайте 5mCp-8- OHdG, рекрутирует TET1, а TET1 окисляет 5mC, соседний с 8-OHdG. Это инициирует деметилирование 5mC [18] как показано на предыдущем рисунке.

Чтобы фермент TET инициировал деметилирование, он должен сначала быть задействован в метилированном сайте CpG в ДНК. Два из белков, которые, как было показано, привлекают фермент TET к метилированному цитозину в ДНК, - это OGG1 (см. Рисунок «Инициирование демилирования ДНК») [18] и EGR1 . [19]

OGG1 [ править ]

Оксогуанингликозилаза (OGG1) катализирует первую стадию эксцизионной репарации оснований окислительно поврежденного основания 8-OHdG . OGG1 находит 8-OHdG, скользя по линейной ДНК на 1000 пар оснований ДНК за 0,1 секунды. [20] OGG1 очень быстро находит 8-OHdG. Белки OGG1 связываются с окислительно поврежденной ДНК с половинным максимальным временем около 6 секунд. [21] Когда OGG1 находит 8-OHdG, он меняет конформацию и образует комплексы с 8-OHdG в связывающем кармане OGG1. [22] OGG1 не немедленно удаляет 8-OHdG. Половина удаление максимум 8-OHdG занимает около 30 минут в клетках HeLa в пробирке , [23] , или около 11 минут в печени облученных мышей. [24] Окисление ДНК реактивными формами кислорода преимущественно происходит по гуанину в метилированном сайте CpG из-за пониженного потенциала ионизации оснований гуанина, соседних с 5-метилцитозином. [25] TET1 связывает (рекрутируется) OGG1, связанный с 8-OHdG (см. Рисунок). [18] Это, вероятно, позволяет TET1 деметилировать соседний метилированный цитозин. Когда эпителиальные клетки молочной железы человека (MCF-10A) обрабатывали H 2 O 2 , содержание 8-OHdG увеличивалось в ДНК в 3,5 раза, что вызывало крупномасштабное деметилирование 5-метилцитозина примерно до 20% от его исходного уровня в ДНК. [18]

EGR1 [ править ]

Белок 1 реакции раннего роста гена ( EGR1 ) представляет собой ген немедленного раннего развития (IEG). Определяющей характеристикой ИЭГ является быстрое и временное повышение - в течение нескольких минут - уровней их мРНК, независимо от синтеза белка. [26] EGR1 может быстро индуцироваться нейрональной активностью. [27] В зрелом возрасте EGR1 широко экспрессируется в головном мозге, поддерживая исходные уровни экспрессии в нескольких ключевых областях мозга, включая медиальную префронтальную кору, полосатое тело, гиппокамп и миндалевидное тело. [26] Это выражение связано с контролем познания, эмоциональной реакцией, социальным поведением и чувствительностью к вознаграждению. [26] EGR1 связывается с ДНК в сайтах с мотивами 5'-GCGTGGGCG-3 'и 5'-GCGGGGGCGG-3', и эти мотивы встречаются в основном в промоторных областях генов. [27] Короткая изоформа TET1s экспрессируется в головном мозге. EGR1 и TET1 образуют комплекс, опосредованный C-концевыми областями обоих белков, независимо от ассоциации с ДНК. [27] EGR1 рекрутирует TET1 в области генома, фланкирующие сайты связывания EGR1. [27] В присутствии EGR1, TET1s способны к локус-специфическому деметилированию и активации экспрессии нижестоящих генов, регулируемых EGR1. [27]

В системах клеточных культур [ править ]

Перепрограммирование также можно вызвать искусственно путем введения экзогенных факторов, обычно факторов транскрипции . В этом контексте это часто относится к созданию индуцированных плюрипотентных стволовых клеток из зрелых клеток, таких как взрослые фибробласты . Это позволяет производить стволовые клетки для биомедицинских исследований , таких как исследования методов лечения стволовыми клетками , без использования эмбрионов. Это осуществляется путем трансфекции генов, связанных со стволовыми клетками, в зрелые клетки с использованием вирусных векторов, таких как ретровирусы .

История [ править ]

Первым человеком, успешно продемонстрировавшим репрограммирование, был Джон Гэрдон , который в 1962 году продемонстрировал, что дифференцированные соматические клетки могут быть перепрограммированы обратно в эмбриональное состояние, когда ему удалось получить плавающих головастиков после переноса дифференцированных кишечных эпителиальных клеток в энуклеированные яйца лягушки. [28] За это достижение он получил Нобелевскую премию по медицине 2012 года вместе с Шинья Яманака . [29] Яманака был первым, кто продемонстрировал (в 2006 году), что этот процесс переноса ядра соматической клетки или процесс репрограммирования на основе ооцитов (см. Ниже), открытый Гурдоном, может повторяться (у мышей) с помощью определенных факторов ( Oct4 , Sox2 ,Klf4 и c-Myc ) для создания индуцированных плюрипотентных стволовых клеток (ИПСК). [30] Также использовались другие комбинации генов. [31]

Изменчивость [ править ]

Свойства клеток, полученных после репрограммирования, могут значительно различаться, особенно среди ИПСК. [32] Факторы, приводящие к изменению характеристик перепрограммирования и функциональных характеристик конечных продуктов, включают генетический фон, источник ткани, стехиометрию фактора репрограммирования и стрессоры, связанные с культурой клеток. [32]

Перенос ядра соматической клетки [ править ]

См. Также: клонирование

Ооцита может перепрограммировать взрослое ядро в зачаточное состояние после переноса ядер соматических клеток , так что новый организм может развиваться из такой клетки. [33]

Перепрограммирование отличается от развития соматической семейство родственных антигенных детерминант , [34] , как соматические epitypes потенциально может быть изменен после того, как организм покинул стадию развития жизни. [35] Во время переноса ядра соматической клетки ооцит выключает тканеспецифические гены в ядре соматической клетки и снова включает гены, специфичные для эмбриона.

См. Также [ править ]

  • Индуцированные стволовые клетки
  • Редактирование эпигенома

Ссылки [ править ]

  1. ^ Реки Вт, декан Вт, Вальтер J (август 2001 г.). «Эпигенетическое репрограммирование в развитии млекопитающих». Наука (Обзор). 293 (5532): 1089–93. DOI : 10.1126 / science.1063443 . PMID  11498579 .
  2. Перейти ↑ Cedar H, Bergman Y (июль 2012 г.). «Программирование паттернов метилирования ДНК» . Ежегодный обзор биохимии . 81 : 97–117. DOI : 10.1146 / annurev-biochem-052610-091920 . PMID 22404632 . 
  3. ^ "Деметилирование в раннем эмбриональном развитии и памяти | IntechOpen" .
  4. ^ Auclair G, S Гвиберт, Бендеры, Вебер М (2014). «Онтогенез метилирования CpG-островков и специфичность метилтрансфераз DNMT3 во время эмбрионального развития у мышей» . Genome Biol . 15 (12): 545. DOI : 10.1186 / s13059-014-0545-5 . PMC 4295324 . PMID 25476147 .  
  5. ↑ Zeng Y, Chen T (март 2019). «Перепрограммирование метилирования ДНК во время развития млекопитающих» . Гены (Базель) . 10 (4). DOI : 10,3390 / genes10040257 . PMC 6523607 . PMID 30934924 .  
  6. ^ Ladstätter S, Татибана-Konwalski K (декабрь 2016). «Механизм наблюдения обеспечивает восстановление повреждений ДНК во время зиготического репрограммирования» . Cell . 167 (7): 1774–1787.e13. DOI : 10.1016 / j.cell.2016.11.009 . PMC 5161750 . PMID 27916276 .  
  7. ^ Seisenberger S, Торф JR, Hore TA, Сантос F, декан W, W Рейк (январь 2013). «Перепрограммирование метилирования ДНК в жизненном цикле млекопитающих: создание и преодоление эпигенетических барьеров» . Философские труды Лондонского королевского общества. Серия B, Биологические науки . 368 (1609): 20110330. DOI : 10.1098 / rstb.2011.0330 . PMC 3539359 . PMID 23166394 .  
  8. Перейти ↑ Mann MR, Chung YG, Nolen LD, Verona RI, Latham KE, Bartolomei MS (сентябрь 2003 г.). «Нарушение метилирования и экспрессии импринтированного гена в клонированных эмбрионах мышей на стадии до имплантации» . Биология размножения . 69 (3): 902–14. DOI : 10.1095 / biolreprod.103.017293 . PMID 12748125 . 
  9. ^ Wrenzycki C, Ниман H (декабрь 2003). «Эпигенетическое репрограммирование в раннем эмбриональном развитии: эффекты производства in vitro и соматического переноса ядер» . Рассмотрение. Репродуктивная биомедицина в Интернете . 7 (6): 649–56. DOI : 10.1016 / s1472-6483 (10) 62087-1 . PMID 14748963 . 
  10. ^ Duke CG, Kennedy AJ, Gavin CF, Day JJ, Sweatt JD (июль 2017 г.). «Зависящая от опыта эпигеномная реорганизация в гиппокампе» . Учиться. Mem . 24 (7): 278–288. DOI : 10,1101 / lm.045112.117 . PMC 5473107 . PMID 28620075 .  
  11. ^ Ким JJ, Jung MW (2006). «Нейронные цепи и механизмы, участвующие в Павловской условности страха: критический обзор» . Neurosci Biobehav Rev . 30 (2): 188–202. DOI : 10.1016 / j.neubiorev.2005.06.005 . PMC 4342048 . PMID 16120461 .  
  12. ^ Байрактар- G, Крейтц MR (2018). «Роль зависимого от активности деметилирования ДНК в мозге взрослого человека и при неврологических расстройствах» . Границы молекулярной неврологии . 11 : 169. DOI : 10,3389 / fnmol.2018.00169 . PMC 5975432 . PMID 29875631 .  
  13. ^ a b Байрактар ​​G, Kreutz MR (2018). «Роль зависимого от активности деметилирования ДНК в мозге взрослого человека и при неврологических расстройствах» . Front Mol Neurosci . 11 : 169. DOI : 10,3389 / fnmol.2018.00169 . PMC 5975432 . PMID 29875631 .  
  14. ↑ Jin SG, Zhang ZM, Dunwell TL, Harter MR, Wu X, Johnson J, Li Z, Liu J, Szabó PE, Lu Q, Xu GL, Song J, Pfeifer GP (январь 2016 г.). «Tet3 считывает 5-карбоксилцитозин через свой домен CXXC и является потенциальным защитником от нейродегенерации» . Cell Rep . 14 (3): 493–505. DOI : 10.1016 / j.celrep.2015.12.044 . PMC 4731272 . PMID 26774490 .  
  15. ^ a b Меламед П., Йосефзон Й, Дэвид С., Цукерман А., Пнуели Л. (2018). «Ферменты Tet, варианты и различное влияние на функцию» . Front Cell Dev Biol . 6 : 22. DOI : 10,3389 / fcell.2018.00022 . PMC 5844914 . PMID 29556496 .  
  16. ^ Zhang W, Xia W, Wang Q, Towers AJ, Chen J, Gao R, Zhang Y, Yen CA, Lee AY, Li Y, Zhou C, Liu K, Zhang J, Gu TP, Chen X, Chang Z, Leung Д., Гао С., Цзян Ю. Х., Се В. (декабрь 2016 г.). «Переключатель изоформы TET1 регулирует деметилирование ДНК и развитие мышей» . Мол. Cell . 64 (6): 1062–1073. DOI : 10.1016 / j.molcel.2016.10.030 . PMID 27916660 . 
  17. ^ Deplus R, Delatte В, Schwinn МК, Дефранс М, Мендес Дж, Мерфи Н, Доусон М.А., Волкмэр М, Putmans Р, Калон Е, Ши - АГ, Левин Р., Бернарда О, Mercher Т, Solary Е, Urh М, Дэнилс DL, Fuks F (март 2013 г.). «TET2 и TET3 регулируют GlcNAcylation и метилирование H3K4 через OGT и SET1 / COMPASS» . EMBO J . 32 (5): 645–55. DOI : 10.1038 / emboj.2012.357 . PMC 3590984 . PMID 23353889 .  
  18. ^ а б в г Чжоу X, Чжуан З., Ван В., Хэ Л, Ву Х, Цао И, Пан Ф, Чжао Дж, Ху З, Секхар С., Го З. (сентябрь 2016 г.). «OGG1 необходим для деметилирования ДНК, вызванного окислительным стрессом». Клетка. Сигнал . 28 (9): 1163–71. DOI : 10.1016 / j.cellsig.2016.05.021 . PMID 27251462 . 
  19. ↑ Sun Z, Xu X, He J, Murray A, Sun MA, Wei X, Wang X, McCoig E, Xie E, Jiang X, Li L, Zhu J, Chen J, Morozov A, Pickrell AM, Theus MH, Xie H (август 2019 г.). «EGR1 рекрутирует TET1 для формирования метилома мозга во время развития и при активности нейронов» . Nat Commun . 10 (1): 3892. DOI : 10.1038 / s41467-019-11905-3 . PMID 31467272 . 
  20. ^ Blainey PC, ван Oijen AM, Банерджи A, Verdine GL, Се XS (апрель 2006). «Белок репарации ДНК с вырезанием оснований находит внутриспиральные основания повреждения за счет быстрого скольжения в контакте с ДНК» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 103 (15): 5752–7. DOI : 10.1073 / pnas.0509723103 . PMC 1458645 . PMID 16585517 .  
  21. ^ Абду I, Пуарье Г.Г., Hendzel MJ, Weinfeld M (январь 2015). «ДНК-лигаза III действует как датчик разрыва цепи ДНК в клеточной оркестровке репарации разрыва цепи ДНК» . Nucleic Acids Res . 43 (2): 875–92. DOI : 10.1093 / NAR / gku1307 . PMC 4333375 . PMID 25539916 .  
  22. ↑ van der Kemp PA, Charbonnier JB, Audebert M, Boiteux S (2004). «Каталитические и ДНК-связывающие свойства человеческой Ogg1 ДНК N-гликозилазы / AP-лиазы: биохимическое исследование H270, Q315 и F319, трех аминокислот 8-оксогуанин-связывающего кармана» . Nucleic Acids Res . 32 (2): 570–8. DOI : 10.1093 / NAR / gkh224 . PMC 373348 . PMID 14752045 .  
  23. ^ Lan л, Накаджима S, Oohata Y, Такао М, Okano S, Masutani М, Уилсон SH, Ясуи А (сентябрь 2004 г.). «Анализ in situ процессов репарации окислительного повреждения ДНК в клетках млекопитающих» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 101 (38): 13738–43. DOI : 10.1073 / pnas.0406048101 . PMC 518826 . PMID 15365186 .  
  24. ^ Гамильтон ML, Guo Z, Fuller CD, Ван Реммен H, Уорд WF, Austad SN, Troyer DA, Thompson I, Richardson A (2001). «Надежная оценка уровней 8-оксо-2-дезоксигуанозина в ядерной и митохондриальной ДНК с использованием метода йодида натрия для выделения ДНК» . Nucleic Acids Res . 29 (10): 2117–26. DOI : 10.1093 / NAR / 29.10.2117 . PMC 55450 . PMID 11353081 .  
  25. ^ Мин Х, вещество Б, песни М, Veliath Е, Shanley R, R Джонс, Третьякова Н (март 2014). «Картирование структурно определенных продуктов окисления гуанина вдоль дуплексов ДНК: влияние локального контекста последовательности и эндогенного метилирования цитозина» . Варенье. Chem. Soc . 136 (11): 4223–35. DOI : 10.1021 / ja411636j . PMC 3985951 . PMID 24571128 .  
  26. ^ a b c Duclot F, Kabbaj M (2017). «Роль реакции раннего роста 1 (EGR1) в пластичности мозга и нервно-психических расстройствах» . Front Behav Neurosci . 11 : 35. DOI : 10,3389 / fnbeh.2017.00035 . PMC 5337695 . PMID 28321184 .  
  27. ^ a b c d e Sun Z, Xu X, He J, Murray A, Sun MA, Wei X, Wang X, McCoig E, Xie E, Jiang X, Li L, Zhu J, Chen J, Морозов A, Pickrell AM , Theus MH, Xie H (август 2019 г.). «EGR1 рекрутирует TET1 для формирования метилома мозга во время развития и при активности нейронов» . Nat Commun . 10 (1): 3892. DOI : 10.1038 / s41467-019-11905-3 . PMC 6715719 . PMID 31467272 .  
  28. ^ Гэрдон JB (декабрь 1962). «Способность к развитию ядер, взятых из клеток кишечного эпителия кормящихся головастиков». Журнал эмбриологии и экспериментальной морфологии . 10 : 622–40. PMID 13951335 . 
  29. ^ "Нобелевская премия по физиологии и медицине - пресс-релиз 2012" . Nobel Media AB. 8 октября 2012 г.
  30. Перейти ↑ Takahashi K, Yamanaka S (август 2006 г.). «Индукция плюрипотентных стволовых клеток из культур эмбриональных и взрослых фибробластов мыши с помощью определенных факторов» (PDF) . Cell . 126 (4): 663–76. DOI : 10.1016 / j.cell.2006.07.024 . PMID 16904174 .  
  31. ^ Бейкер М (2007-12-06). «Взрослые клетки перепрограммированы до плюрипотентности, без опухолей» . Природа сообщает о стволовых клетках . DOI : 10.1038 / стволовые клетки.2007.124 .
  32. ^ a b Паулл Д., Севилья А., Чжоу Х., Хан А. К., Ким Х, Наполитано С., Цанков А., Шан Л., Крумхольц К., Ягадисан П., Вудард С. М., Сан Б., Вилбоу Т., Циммер М., Фореро Е., Морозевич Д. Н. , Мартинес Х., Маликдан М.К., Вайс К.А., Венсанд Л.Б., Дюзенберри С.Р., Полюс Х., Си К.Т., Калер Д.Д., Галь В.А., Соломон С.Л., Чанг С., Мейсснер А., Эгган К., Ноггл С.А. «Автоматизированное высокопроизводительное получение, характеристика и дифференциация индуцированных плюрипотентных стволовых клеток». Методы природы . 12 (9): 885–92. DOI : 10,1038 / Nmeth.3507 . PMID 26237226 . 
  33. ^ Hochedlinger K, Йениш R (июнь 2006). «Ядерное перепрограммирование и плюрипотентность». Природа . 441 (7097): 1061–7. Bibcode : 2006Natur.441.1061H . DOI : 10,1038 / природа04955 . PMID 16810240 . 
  34. Перейти ↑ Lahiri DK, Maloney B (2006). «Гены - не наша судьба: соматический эпитип связывает генотип и фенотип» . Обзоры природы Неврология . 7 (12): 976. DOI : 10.1038 / nrn2022-с1 .
  35. ↑ Mathers JC (июнь 2006 г.). «Пищевая модуляция старения: геномный и эпигенетический подходы». Механизмы старения и развития . 127 (6): 584–9. DOI : 10.1016 / j.mad.2006.01.018 . PMID 16513160 .