SF1 (ген)

SF1

Доступные конструкции

Поиск человеческого UniProt: PDBe RCSB

Список идентификационных кодов PDB
1K1G , 1O0P , 1OPI , 2M09 , 4FXW , 4FXX

Идентификаторы

Псевдонимы

SF1 , BBP, D11S636, MBBP, ZCCHC25, ZFM1, ZNF162, коэффициент сращивания 1

Внешние идентификаторы

OMIM : 601516 HomoloGene : 138518 GeneCards : SF1

Расположение гена ( человек )

Chr.	Хромосома 11 (человека) ^[1]

Группа	11q13.1	Начинать	64 764 606 п.н. ^[1]
Группа	11q13.1	Конец	64 778 786 п.н. ^[1]

Паттерн экспрессии РНК

Дополнительные данные эталонного выражения

Генная онтология
Молекулярная функция	• ГО: 0001106 транскрипции корепрессор активность • иона цинка связывания • ион металла связывания • GO: связывание белка 0001948 • связывание нуклеиновой кислоты • идентичную связывания с белками • связывание пре-мРНК точки ветвления • связывания РНК
Сотовый компонент	• рибосома • сплайсосомный комплекс • ядро клетки • нуклеоплазма • ядерное тело
Биологический процесс	• негативная регуляция пролиферации гладкомышечных клеток • регуляция транскрипции по шаблону ДНК • дифференциация клеток Лейдига • обработка мРНК • регуляция процесса биосинтеза стероидов • определение мужского пола • транскрипция, шаблон ДНК • сборка сплайсосомного комплекса • сайт 3'-сплайсинга мРНК распознавание • сплайсинг РНК • негативная регуляция транскрипции, основанной на нуклеиновых кислотах • сплайсинг мРНК через сплайсосомы • организация ядерного тела
Источники: Amigo / QuickGO

Ортологи

Разновидность

Человек

Мышь

Entrez


7536


н / д

Ансамбль


ENSG00000168066


н / д

UniProt


Q15637


н / д

RefSeq (мРНК)

NM_001178030 NM_001178031 NM_004630 NM_201995 NM_201997
NM_201998 NM_001346363 NM_001346364 NM_001346409 NM_001346410 NM_001378956 NM_001378957


н / д

RefSeq (белок)

NP_001171501 NP_001171502 NP_001333292 NP_001333293 NP_001333338
NP_001333339 NP_004621 NP_973724 NP_973726 NP_973727 NP_001365885 NP_001365886


н / д

Расположение (UCSC)

Chr 11: 64.76 - 64.78 Мб

н / д

PubMed поиск

^[2]

н / д

Викиданные

Просмотр / редактирование человека

Сращивание фактор 1 , также известный как цинк палец белка 162 ( ZFM162 ) представляет собой белок , который у человека кодируется SF1 гена . ^[3]^[4]^[5]

Фактор сплайсинга SF1 участвует в АТФ-зависимом образовании сплайсосомного комплекса. ^[6] Ген SF1 необходим для создания бипотенциальной гонады; но в то время как уровни SF1 снижаются в генитальном гребне эмбрионов XX мыши, ген SF1 остается в развивающихся семенниках. SF 1 (фактор транскрипции), по-видимому, активен в маскулинировании как клеток Лейдига, так и клеток Сертоли. В клетках Сертоли с белком SOX9 он повышает уровень транскрипции АМГ. В клетках Лейдига он активирует ген, кодирующий фермент, вырабатывающий гормон тестостерона.

Взаимодействия [ править ]

SF1 (ген), как было показано, взаимодействует с областью точки разрыва саркомы Юинга 1 , ^[7] U2AF2 , ^[8]^[9]^[10] фактором , определяющим яички , ^[11] и регулятором элонгации транскрипции 1 . ^[12]

Ссылки [ править ]

^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000168066 - Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
↑ Toda T, Iida A, Miwa T, Nakamura Y, Imai T (июль 1994). «Выделение и характеристика нового гена, кодирующего ядерный белок в локусе (D11S636), тесно связанном с множественной эндокринной неоплазией 1 типа (MEN1)». Hum Mol Genet . 3 (3): 465–70. DOI : 10.1093 / HMG / 3.3.465 . PMID 7912130 .
↑ Kramer A, Quentin M, Mulhauser F (июнь 1998 г.). «Различные способы альтернативного сплайсинга человеческого фактора сплайсинга SF-1, выведенные из экзон-интронной структуры гена». Джин . 211 (1): 29–37. DOI : 10.1016 / S0378-1119 (98) 00058-4 . PMID 9573336 .
^ "Entrez Gene: фактор сплайсинга SF1 1" .
^ Rino J, Дестерро JM, Пачеко TR, Gadella TW, Карму-Фонсека M (май 2008). «Факторы сплайсинга SF1 и U2AF объединяются в экстрасплицеосомные комплексы» . Мол. Клетка. Биол . 28 (9): 3045–57. DOI : 10.1128 / MCB.02015-07 . PMC 2293075 . PMID 18285458 .
↑ Zhang D, Paley AJ, Childs G (июль 1998 г.). «Репрессор транскрипции ZFM1 взаимодействует с EWS и модулирует его способность активировать транскрипцию» . J. Biol. Chem . 273 (29): 18086–91. DOI : 10.1074 / jbc.273.29.18086 . PMID 9660765 .
^ Руала ДФ, Венкатесан К, Хао Т, Hirozane-Kishikawa Т, Dricot А, Ли Н, Беррис Г.Ф., Джиббонс ФО, Дрезе М, Ayivi-Guedehoussou Н, Klitgord Н, Саймон С, Boxem М, Мильштейн S, Розенберг J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S , Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (октябрь 2005 г.). «К карте протеомного масштаба сети белок-белкового взаимодействия человека». Природа . 437 (7062): 1173–8. DOI : 10,1038 / природа04209 . PMID 16189514 . S2CID 4427026 .
^ Берглунд JA, Abovich N, Rosbash M (март 1998). «Кооперативное взаимодействие между U2AF65 и mBBP / SF1 способствует распознаванию области ветвления» . Genes Dev . 12 (6): 858–67. DOI : 10,1101 / gad.12.6.858 . PMC 316625 . PMID 9512519 .
^ Abovich N, Rosbash M (май 1997). «Кросс-интронные мостиковые взаимодействия в коммитирующем комплексе дрожжей сохраняются у млекопитающих». Cell . 89 (3): 403–12. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 80221-4 . PMID 9150140 . S2CID 18466775 .
^ Kashimada K, Купман P (декабрь 2010). «Срай: главный переключатель в определении пола млекопитающих» . Развитие . 137 (23): 3921–30. DOI : 10.1242 / dev.048983 . PMID 21062860 .
^ Goldstrohm AC, Albrecht TR, Суна C, Bedford MT, Гарсия-Бланко MA (ноябрь 2001). «Фактор элонгации транскрипции CA150 взаимодействует с РНК-полимеразой II и пре-мРНК-фактором сплайсинга SF1» . Мол. Клетка. Биол . 21 (22): 7617–28. DOI : 10.1128 / MCB.21.22.7617-7628.2001 . PMC 99933 . PMID 11604498 .

Дальнейшее чтение [ править ]

Кремер А (1992). «Очистка фактора сплайсинга SF1, термостабильного белка, который участвует в сборке комплекса для предварительного сплайсинга» . Мол. Клетка. Биол . 12 (10): 4545–52. DOI : 10,1128 / MCB.12.10.4545 . PMC 360381 . PMID 1406644 .
Наумовский Л, Клири МЛ (1996). «Связывающий р53 белок 53BP2 также взаимодействует с Bc12 и препятствует развитию клеточного цикла на уровне G2 / M» . Мол. Клетка. Биол . 16 (7): 3884–92. DOI : 10,1128 / MCB.16.7.3884 . PMC 231385 . PMID 8668206 .
Арнинг С., Грютер П., Бильбе Г., Кремер А. (1996). «Фактор сплайсинга млекопитающих SF1 кодируется вариантными кДНК и связывается с РНК» . РНК . 2 (8): 794–810. PMC 1369416 . PMID 8752089 .
Абович Н, Росбаш М (1997). «Кросс-интронные мостиковые взаимодействия в коммитирующем комплексе дрожжей сохраняются у млекопитающих». Cell . 89 (3): 403–12. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 80221-4 . PMID 9150140 . S2CID 18466775 .
Caslini C, Spinelli O, Cazzaniga G и др. (1997). «Идентификация двух новых изоформ гена ZNF162: растущее семейство сигнальной трансдукции и активатор белков РНК». Геномика . 42 (2): 268–77. DOI : 10.1006 / geno.1997.4705 . PMID 9192847 .
Чжан Д., Чайлдс Г. (1998). «Белок ZFM1 человека представляет собой репрессор транскрипции, который взаимодействует с доменом активации транскрипции специфичного для стадии белка-активатора» . J. Biol. Chem . 273 (12): 6868–77. DOI : 10.1074 / jbc.273.12.6868 . PMID 9506990 .
Берглунд Я.А., Абович Н, Росбаш М (1998). «Кооперативное взаимодействие между U2AF65 и mBBP / SF1 способствует распознаванию области ветвления» . Genes Dev . 12 (6): 858–67. DOI : 10,1101 / gad.12.6.858 . PMC 316625 . PMID 9512519 .
Чжан Д., Палей А.Дж., Чайлдс Г. (1998). «Репрессор транскрипции ZFM1 взаимодействует с EWS и модулирует его способность активировать транскрипцию» . J. Biol. Chem . 273 (29): 18086–91. DOI : 10.1074 / jbc.273.29.18086 . PMID 9660765 .
Neubauer G, King A, Rappsilber J, et al. (1998). «Масс-спектрометрия и поиск в базе данных EST позволяют охарактеризовать мультибелковый сплайсосомный комплекс». Nat. Genet . 20 (1): 46–50. DOI : 10,1038 / 1700 . PMID 9731529 . S2CID 585778 .
Ван Х, Брудерер С., Рафи З. и др. (1999). «Фосфорилирование фактора сплайсинга SF1 на Ser20 с помощью cGMP-зависимой протеинкиназы регулирует сборку сплайсосом» . EMBO J . 18 (16): 4549–59. DOI : 10.1093 / emboj / 18.16.4549 . PMC 1171529 . PMID 10449420 .
Лаптева Н., Ниеда М., Андо Ю. и др. (2001). «Экспрессия генов ренин-ангиотензиновой системы в незрелых и зрелых дендритных клетках, идентифицированная с использованием микроматрицы кДНК человека». Биохим. Биофиз. Res. Commun . 285 (4): 1059–65. DOI : 10.1006 / bbrc.2001.5215 . PMID 11467860 .
Goldstrohm AC, Albrecht TR, Suñé C и др. (2001). «Фактор элонгации транскрипции CA150 взаимодействует с РНК-полимеразой II и пре-мРНК-фактором сплайсинга SF1» . Мол. Клетка. Биол . 21 (22): 7617–28. DOI : 10.1128 / MCB.21.22.7617-7628.2001 . PMC 99933 . PMID 11604498 .
Лю З., Лютен И., Боттомли М.Дж. и др. (2001). «Структурная основа для распознавания РНК сайта разветвления интрона с помощью фактора сплайсинга 1» . Наука . 294 (5544): 1098–102. DOI : 10.1126 / science.1064719 . PMID 11691992 . S2CID 21402023 .
Раппсилбер Дж, Райдер У, Ламонд А.И., Манн М (2002). «Масштабный протеомный анализ сплайсосомы человека» . Genome Res . 12 (8): 1231–45. DOI : 10.1101 / gr.473902 . PMC 186633 . PMID 12176931 .
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 99 (26): 16899–903. DOI : 10.1073 / pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932 .
Селенко П., Грегорович Г., Спрангерс Р. и др. (2003). «Структурная основа для молекулярного распознавания между факторами сплайсинга человека U2AF65 и SF1 / mBBP». Мол. Cell . 11 (4): 965–76. DOI : 10.1016 / S1097-2765 (03) 00115-1 . PMID 12718882 .
Босолей С.А., Едриховски М., Шварц Д. и др. (2004). «Широкомасштабная характеристика ядерных фосфопротеинов клеток HeLa» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 101 (33): 12130–5. DOI : 10.1073 / pnas.0404720101 . PMC 514446 . PMID 15302935 .
Лин К.Т., Лу Р.М., Тарн В.Й. (2004). «Белки, содержащие домен WW, взаимодействуют с ранней сплайсосомой и участвуют в сплайсинге пре-мРНК in vivo» . Мол. Клетка. Биол . 24 (20): 9176–85. DOI : 10.1128 / MCB.24.20.9176-9185.2004 . PMC 517884 . PMID 15456888 .

Эта статья о гене в хромосоме 11 человека - незавершенная . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000168066 - Ensembl , май 2017 г.

[2] "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid7912130-3] Toda T, Iida A, Miwa T, Nakamura Y, Imai T (июль 1994). «Выделение и характеристика нового гена, кодирующего ядерный белок в локусе (D11S636), тесно связанном с множественной эндокринной неоплазией 1 типа (MEN1)». Hum Mol Genet . 3 (3): 465–70. DOI : 10.1093 / HMG / 3.3.465 . PMID 7912130 .

[pmid9573336-4] Kramer A, Quentin M, Mulhauser F (июнь 1998 г.). «Различные способы альтернативного сплайсинга человеческого фактора сплайсинга SF-1, выведенные из экзон-интронной структуры гена». Джин . 211 (1): 29–37. DOI : 10.1016 / S0378-1119 (98) 00058-4 . PMID 9573336 .

[entrez-5] "Entrez Gene: фактор сплайсинга SF1 1" .

[pmid18285458-6] Rino J, Дестерро JM, Пачеко TR, Gadella TW, Карму-Фонсека M (май 2008). «Факторы сплайсинга SF1 и U2AF объединяются в экстрасплицеосомные комплексы» . Мол. Клетка. Биол . 28 (9): 3045–57. DOI : 10.1128 / MCB.02015-07 . PMC 2293075 . PMID 18285458 .

[pmid9660765-7] Zhang D, Paley AJ, Childs G (июль 1998 г.). «Репрессор транскрипции ZFM1 взаимодействует с EWS и модулирует его способность активировать транскрипцию» . J. Biol. Chem . 273 (29): 18086–91. DOI : 10.1074 / jbc.273.29.18086 . PMID 9660765 .

[pmid16189514-8] Руала ДФ, Венкатесан К, Хао Т, Hirozane-Kishikawa Т, Dricot А, Ли Н, Беррис Г.Ф., Джиббонс ФО, Дрезе М, Ayivi-Guedehoussou Н, Klitgord Н, Саймон С, Boxem М, Мильштейн S, Розенберг J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S , Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (октябрь 2005 г.). «К карте протеомного масштаба сети белок-белкового взаимодействия человека». Природа . 437 (7062): 1173–8. DOI : 10,1038 / природа04209 . PMID 16189514 . S2CID 4427026 .

[pmid9512519-9] Берглунд JA, Abovich N, Rosbash M (март 1998). «Кооперативное взаимодействие между U2AF65 и mBBP / SF1 способствует распознаванию области ветвления» . Genes Dev . 12 (6): 858–67. DOI : 10,1101 / gad.12.6.858 . PMC 316625 . PMID 9512519 .

[pmid9150140-10] Abovich N, Rosbash M (май 1997). «Кросс-интронные мостиковые взаимодействия в коммитирующем комплексе дрожжей сохраняются у млекопитающих». Cell . 89 (3): 403–12. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 80221-4 . PMID 9150140 . S2CID 18466775 .

[Kashimada_Koopman_2010-11] Kashimada K, Купман P (декабрь 2010). «Срай: главный переключатель в определении пола млекопитающих» . Развитие . 137 (23): 3921–30. DOI : 10.1242 / dev.048983 . PMID 21062860 .

[pmid11604498-12] Goldstrohm AC, Albrecht TR, Суна C, Bedford MT, Гарсия-Бланко MA (ноябрь 2001). «Фактор элонгации транскрипции CA150 взаимодействует с РНК-полимеразой II и пре-мРНК-фактором сплайсинга SF1» . Мол. Клетка. Биол . 21 (22): 7617–28. DOI : 10.1128 / MCB.21.22.7617-7628.2001 . PMC 99933 . PMID 11604498 .

[1]