NHP2L1

SNU13

Доступные конструкции

Ортолог поиск: PDBe RCSB

Список идентификационных кодов PDB
1E7K , 2JNB , 2OZB , 3SIU , 3SIV , 3JCR

Идентификаторы

Псевдонимы

SNU13 , 15.5K, FA-1, FA1, NHPX, OTK27, SNRNP15-5, SPAG12, SSFA1, NHP2L1, гомолог SNU13, малый ядерный рибонуклеопротеин (U4 / U6.U5), малый ядерный рибонуклеопротеин 13

Внешние идентификаторы

OMIM : 601304 MGI : 893586 HomoloGene : 3672 GeneCards : SNU13

Расположение гена ( человек )

Chr.	Хромосома 22 (человека) ^[1]

Группа	22q13.2	Начинать	41 673 933 п.н. ^[1]
Группа	22q13.2	Конец	41 690 504 п.н. ^[1]

Генная онтология
Молекулярная функция	• У3 snoRNA связывания • связывание АТФазы • связывание U4 мяРНК • U4atac мяРНК связывания • GO: связывание белка 0001948 • связывание snoRNA • связывание РНК • окно C / D , snoRNA связывания
Сотовый компонент	• нуклеоплазма • сплайсосомный комплекс • ядро клетки • процессом с малой субъединицей • комплекс три-snRNP U4 / U6 x U5 • ядрышко • плотный фибриллярный компонент • цитозольная большая субъединица рибосомы • прекаталитическая сплайсосома • комплекс C / D snoRNP бокс • комплекс U4atac snRNP • макромолекулярный комплекс U4 • Предкаталитическая сплайсосома типа U2 • рибонуклеопротеин
Биологический процесс	• процессинг мРНК • биогенез рибосом • сплайсинг мРНК через сплайсосомы • сплайсинг РНК • созревание LSU-рРНК • созревание SSU-рРНК • биосинтез белка • процессинг рРНК • однократное оплодотворение • сборка бокс-C / D snoRNP
Источники: Amigo / QuickGO

Ортологи

Разновидность

Человек

Мышь

Entrez


4809


20826

Ансамбль


ENSG00000100138


ENSMUSG00000063480

UniProt


P55769


Q9D0T1

RefSeq (мРНК)


NM_001003796 NM_005008


NM_011482

RefSeq (белок)


NP_001003796 NP_004999


NP_035612

Расположение (UCSC)

Chr 22: 41.67 - 41.69 Мб

н / д

PubMed поиск

^[2]

^[3]

Викиданные

Просмотр / редактирование человека

Просмотр / редактирование мыши

NHP2-подобный белок 1 представляет собой белок , который у человека кодируется SNU13 гена . ^[4]^[5]

Функция [ править ]

Первоначально названный из-за сходства его последовательности с Saccharomyces cerevisiae NHP2 (негистоновый белок 2), этот белок, по-видимому, является высококонсервативным ядерным белком, который является компонентом три- мяРНП [U4 / U6.U5] . Он связывается с 5' стволовой петли из U4 мяРНКа . Для этого гена были обнаружены два варианта транскрипта, кодирующие один и тот же белок. ^[5]

Взаимодействия [ править ]

Было показано, что SNU13 взаимодействует с RAD17 . ^[6]

Ссылки [ править ]

^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000100138 - Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
Перейти ↑ Saito H, Fujiwara T, Shin S, Okui K, Nakamura Y (январь 1997 г.). «Клонирование и картирование новой кДНК человека (NHP2L1), которая кодирует белок, высоко гомологичный дрожжевому ядерному белку NHP2». Цитогенетика и клеточная генетика . 72 (2–3): 191–3. DOI : 10.1159 / 000134186 . PMID 8978773 .
^ a b «Ген Entrez: NHP2L1 NHP2 негистоновый хромосомный белок 2-подобный 1 (S. cerevisiae)» .
^ Chang MS, Sasaki H, Campbell MS, Kraeft SK, Sutherland R, Yang CY, Liu Y, Auclair D, Hao L, Sonoda H, Ferland LH, Chen LB (декабрь 1999 г.). «HRad17 колокализуется с NHP2L1 в ядрышке и перераспределяется после УФ-облучения» . Журнал биологической химии . 274 (51): 36544–9. DOI : 10.1074 / jbc.274.51.36544 . PMID 10593953 .

Дальнейшее чтение [ править ]

Ноттротт С., Хартмут К., Фабрицио П., Урлауб Х., Видович И., Фичнер Р., Люрманн Р. (ноябрь 1999 г.). «Функциональное взаимодействие нового белка 15.5kD [U4 / U6.U5] tri-snRNP с 5'-стволовой петлей U4 snRNA» . Журнал EMBO . 18 (21): 6119–33. DOI : 10.1093 / emboj / 18.21.6119 . PMC 1171676 . PMID 10545122 .
Данхэм И., Шимидзу Н., Роу Б.А., Чиссо С., Хант А.Р., Коллинз Дж. Э., Брускевич Р., Беар Д.М., Зажим М., Сминк Л.Дж., Эйнскау Р., Алмейда Дж. П., Бэббидж А., Баггулей С., Бейли Дж., Барлоу К., Бейтс К.Н. , Бисли О., Берд С. П., Блейки С., Бриджман А. М., Бак Д., Берджесс Дж., Беррилл В. Д., О'Брайен КП (декабрь 1999 г.). «Последовательность ДНК хромосомы 22 человека» . Природа . 402 (6761): 489–95. DOI : 10.1038 / 990031 . PMID 10591208 .
Чанг М.С., Сасаки Х., Кэмпбелл М.С., Крафт С.К., Сазерленд Р., Ян С.Й., Лю Й., Оклер Д., Хао Л., Сонода Х., Ферланд Л. Х., Чен Л. Б. (декабрь 1999 г.). «HRad17 колокализуется с NHP2L1 в ядрышке и перераспределяется после УФ-облучения» . Журнал биологической химии . 274 (51): 36544–9. DOI : 10.1074 / jbc.274.51.36544 . PMID 10593953 .
Видович И., Ноттротт С., Хартмут К., Люрманн Р., Фичнер Р. (декабрь 2000 г.). «Кристаллическая структура сплайсосомного белка 15,5 кДа, связанного с фрагментом мяРНК U4». Молекулярная клетка . 6 (6): 1331–42. DOI : 10.1016 / S1097-2765 (00) 00131-3 . PMID 11163207 .
Андерсен Дж. С., Лион CE, Фокс А. Х., Люнг А. К., Лам Ю. В., Стин Х., Манн М., Ламонд А. И. (январь 2002 г.). «Направленный протеомный анализ ядрышка человека». Текущая биология . 12 (1): 1–11. DOI : 10.1016 / S0960-9822 (01) 00650-9 . PMID 11790298 .
Леунг А.К., Ламонд А.И. (май 2002 г.). «Анализ NHPX in vivo показывает новый путь локализации ядрышка, включающий временное накопление в спеклах сплайсинга» . Журнал клеточной биологии . 157 (4): 615–29. DOI : 10,1083 / jcb.200201120 . PMC 2173864 . PMID 12011111 .
Уоткинс, штат Нью-Джерси, Дикманнс А., Люрманн Р. (декабрь 2002 г.). «Консервативный стебель II бокс-мотива C / D важен для локализации ядрышка и необходим вместе с белком 15.5K для иерархической сборки бокс-C / D snoRNP» . Молекулярная и клеточная биология . 22 (23): 8342–52. DOI : 10.1128 / MCB.22.23.8342-8352.2002 . PMC 134055 . PMID 12417735 .
Scherl A, Couté Y, Déon C, Callé A, Kindbeiter K, Sanchez JC, Greco A, Hochstrasser D, Diaz JJ (ноябрь 2002 г.). «Функциональный протеомный анализ ядрышка человека» . Молекулярная биология клетки . 13 (11): 4100–9. DOI : 10.1091 / mbc.E02-05-0271 . PMC 133617 . PMID 12429849 .
Коллинз Дж. Э., Райт К. Л., Эдвардс Калифорния, Дэвис М. П., Гринхэм Дж. А., Коул К. Г., Говард М. Е., Агуадо Б., Малля М., Мокраб И., Хакл Е. Д., Биэр Д. М., Данхэм I. (2005). «Основанный на аннотации генома подход к клонированию ORFeome человека» . Геномная биология . 5 (10): R84. DOI : 10.1186 / GB-2004-5-10-R84 . PMC 545604 . PMID 15461802 .
Андерсен Дж. С., Лам Ю. В., Леунг А. К., Онг С.Е., Лион CE, Ламонд А.И., Манн М. (январь 2005 г.). «Динамика нуклеолярного протеома». Природа . 433 (7021): 77–83. DOI : 10,1038 / природа03207 . PMID 15635413 .
Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E , Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (сентябрь 2005 г.). «Сеть взаимодействия белок-белок человека: ресурс для аннотирования протеома». Cell . 122 (6): 957–68. DOI : 10.1016 / j.cell.2005.08.029 . hdl : 11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0 . PMID 16169070 .
Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозане-Кишикава Т., Дрикот А., Ли Н., Беррис Г. Ф., Гиббонс Ф. Д., Дрезе М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон К., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (октябрь 2005 г.). «К карте протеомного масштаба сети белок-белкового взаимодействия человека». Природа . 437 (7062): 1173–8. DOI : 10,1038 / природа04209 . PMID 16189514 .

Эта статья о белках незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000100138 - Ensembl , май 2017 г.

[2] "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[3] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid8978773-4] Перейти ↑ Saito H, Fujiwara T, Shin S, Okui K, Nakamura Y (январь 1997 г.). «Клонирование и картирование новой кДНК человека (NHP2L1), которая кодирует белок, высоко гомологичный дрожжевому ядерному белку NHP2». Цитогенетика и клеточная генетика . 72 (2–3): 191–3. DOI : 10.1159 / 000134186 . PMID 8978773 .

[entrez-5] «Ген Entrez: NHP2L1 NHP2 негистоновый хромосомный белок 2-подобный 1 (S. cerevisiae)» .

[pmid10593953-6] Chang MS, Sasaki H, Campbell MS, Kraeft SK, Sutherland R, Yang CY, Liu Y, Auclair D, Hao L, Sonoda H, Ferland LH, Chen LB (декабрь 1999 г.). «HRad17 колокализуется с NHP2L1 в ядрышке и перераспределяется после УФ-облучения» . Журнал биологической химии . 274 (51): 36544–9. DOI : 10.1074 / jbc.274.51.36544 . PMID 10593953 .

[1]