Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
SUPT4H1
Доступные конструкции
PDBОртолог поиск: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB

3H7H

Идентификаторы
ПсевдонимыSUPT4H1 , SPT4, SPT4H, SUPT4H, Supt4a, гомолог SPT4, субъединица фактора элонгации DSIF
Внешние идентификаторыOMIM: 603555 MGI: 107416 HomoloGene: 68303 Генные карты : SUPT4H1
Расположение гена (человек)
Хромосома 17 (человек)
Chr.Хромосома 17 (человека) [1]
Хромосома 17 (человек)
Геномное расположение SUPT4H1
Геномное расположение SUPT4H1
Группа17q22Начинать58 345 175 п.н. [1]
Конец58 353 093 п.н. [1]
Расположение гена (Мышь)
Хромосома 11 (мышь)
Chr.Хромосома 11 (мышь) [2]
Хромосома 11 (мышь)
Геномное расположение SUPT4H1
Геномное расположение SUPT4H1
Группа11 C | 11 52,2 смНачинать87 737 552 п.н. [2]
Конец87 743 623 п.н. [2]
Генная онтология
Молекулярная функция• GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции
• Связывание с ионами цинка
• Связывание с ионами металлов
• Связывание с белками GO: 0001948
• Активность гетеродимеризации белков
• Связывание ядра РНК-полимеразы II
• одноцепочечный Связывание РНК
Сотовый компонент• нуклеоплазма
• комплекс DSIF
• ядро клетки
Биологический процесс• ремоделирование хроматина
• регуляция транскрипции, ДНК-шаблон
• регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II
• элонгация транскрипции с промотора РНК-полимеразы II
• негативная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II
• транскрипция с промотора РНК-полимеразы II
• негативная регуляция транскрипции элонгация от промотора РНК-полимеразы II
• транскрипция, ДНК-темплейт
• отрицательная регуляция транскрипции, построенная на ДНК
• положительная регуляция транскрипции, элонгация, основанная на ДНК
• положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II
• процессинг мРНК
• регуляция элонгации транскрипции с промотора РНК-полимеразы II
• организация хроматина
• положительная регуляция вирусной транскрипции
Источники: Amigo / QuickGO
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

6827

20922

Ансамбль

ENSG00000213246

ENSMUSG00000020485

UniProt

P63272

P63271

RefSeq (мРНК)

NM_003168

NM_009296
NM_001355753

RefSeq (белок)

NP_003159

NP_033322
NP_001342682

Расположение (UCSC)Chr 17: 58.35 - 58.35 МбChr 11: 87,74 - 87,74 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Транскрипция фактор элонгации SPT4 является белком , который в организме человека кодируется SUPT4H1 геном . [5] [6]

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000213246 - Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000020485 - Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ Чан PW, Ван SQ, Smithivas Р, песни WJ, Crombez Е, Ахтар А, Im R, Гринфилд Дж, Ramamoorthy S, Ван Keuren М, Blackburn СС, Цай СН, Курнит ДМ (сентябрь 1996). «Выделение и характеристика гомологов человека и мыши (SUPT4H и Supt4h) дрожжевого гена SPT4». Геномика . 34 (3): 368–75. DOI : 10.1006 / geno.1996.0299 . PMID 8786137 . 
  6. ^ "Entrez Gene: SUPT4H1 супрессор Ty 4 гомолог 1 (S. cerevisiae)" .

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Харцог Г.А., Басрай М.А., Рикуперо-Ховасс С.Л. и др. (1996). «Идентификация и анализ функционального человеческого гомолога гена SPT4 Saccharomyces cerevisiae» . Мол. Клетка. Биол . 16 (6): 2848–56. DOI : 10,1128 / MCB.16.6.2848 . PMC  231277 . PMID  8649394 .
  • Вада Т., Такаги Т., Ямагути Ю. и др. (1998). «DSIF, новый фактор элонгации транскрипции, который регулирует процессивность РНК-полимеразы II, состоит из гомологов Spt4 и Spt5 человека» . Genes Dev . 12 (3): 343–56. DOI : 10,1101 / gad.12.3.343 . PMC  316480 . PMID  9450929 .
  • Вада Т., Такаги Т., Ямагути Ю. и др. (1999). «Доказательства того, что P-TEFb смягчает негативный эффект DSIF на РНК-полимеразу II-зависимую транскрипцию in vitro» . EMBO J . 17 (24): 7395–403. DOI : 10.1093 / emboj / 17.24.7395 . PMC  1171084 . PMID  9857195 .
  • Ямагути Ю., Вада Т., Ватанабэ Д. и др. (1999). «Структура и функция человеческого фактора элонгации транскрипции DSIF» . J. Biol. Chem . 274 (12): 8085–92. DOI : 10.1074 / jbc.274.12.8085 . PMID  10075709 .
  • Ямагути Ю., Такаги Т., Вада Т. и др. (1999). «NELF, мультисубъединичный комплекс, содержащий RD, взаимодействует с DSIF для подавления элонгации РНК-полимеразы II». Cell . 97 (1): 41–51. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 80713-8 . PMID  10199401 . S2CID  16855257 .
  • Ким Дж. Б., Ямагути Ю., Вада Т. и др. (1999). «Белок Tat-SF1 ассоциируется с белками RAP30 и SPT5 человека» . Мол. Клетка. Биол . 19 (9): 5960–8. DOI : 10.1128 / mcb.19.9.5960 . PMC  84462 . PMID  10454543 .
  • Иванов Д., Квак Ю.Т., Го Дж., Гейнор РБ (2000). «Домены в белке SPT5, которые модулируют его свойства регуляции транскрипции» . Мол. Клетка. Биол . 20 (9): 2970–83. DOI : 10.1128 / MCB.20.9.2970-2983.2000 . PMC  85557 . PMID  10757782 .
  • Вада Т., Орфанидес Г., Хасегава Дж. И др. (2000). «FACT снимает опосредованное DSIF / NELF ингибирование удлинения транскрипции и выявляет функциональные различия между P-TEFb и TFIIH». Мол. Cell . 5 (6): 1067–72. DOI : 10.1016 / S1097-2765 (00) 80272-5 . PMID  10912001 .
  • Пинг YH, Рана TM (2001). «DSIF ​​и NELF взаимодействуют с комплексом элонгации РНК-полимеразы II, а Tat ВИЧ-1 стимулирует P-TEFb-опосредованное фосфорилирование РНК-полимеразы II и DSIF во время элонгации транскрипции» . J. Biol. Chem . 276 (16): 12951–8. DOI : 10.1074 / jbc.M006130200 . PMID  11112772 .
  • Реннер Д.Б., Ямагути Ю., Вада Т. и др. (2001). «Высокоочищенная система контроля элонгации РНК-полимеразы II» . J. Biol. Chem . 276 (45): 42601–9. DOI : 10.1074 / jbc.M104967200 . PMID  11553615 .
  • Мо X, Дайнан WS (2002). «Субъядерная локализация белка Ku: функциональная ассоциация с сайтами элонгации РНК-полимеразы II» . Мол. Клетка. Биол . 22 (22): 8088–99. DOI : 10.1128 / MCB.22.22.8088-8099.2002 . PMC  134733 . PMID  12391174 .
  • Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 99 (26): 16899–903. DOI : 10.1073 / pnas.242603899 . PMC  139241 . PMID  12477932 .
  • Нарита Т., Ямагути Ю., Яно К. и др. (2003). "Человеческий фактор элонгации транскрипции NELF: идентификация новых субъединиц и восстановление функционально активного комплекса" . Мол. Клетка. Биол . 23 (6): 1863–73. DOI : 10.1128 / MCB.23.6.1863-1873.2003 . PMC  149481 . PMID  12612062 .
  • Ким Д.К., Инукай Н., Ямада Т. и др. (2004). «Структурно-функциональный анализ человеческого Spt4: доказательства того, что hSpt4 и hSpt5 проявляют свою роль в удлинении транскрипции как части комплекса DSIF». Гены клеток . 8 (4): 371–8. DOI : 10.1046 / j.1365-2443.2003.00638.x . PMID  12653964 . S2CID  42100130 .
  • Квак Ю.Т., Гуо Дж., Праджапати С. и др. (2003). «Метилирование SPT5 регулирует его взаимодействие с РНК-полимеразой II и свойства удлинения транскрипции». Мол. Cell . 11 (4): 1055–66. DOI : 10.1016 / S1097-2765 (03) 00101-1 . PMID  12718890 .
  • Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека» . Nat. Genet . 36 (1): 40–5. DOI : 10,1038 / нг1285 . PMID  14702039 .
  • Эндох М., Чжу В., Хасегава Дж. И др. (2004). «Человеческий Spt6 стимулирует удлинение транскрипции с помощью РНК-полимеразы II in vitro» . Мол. Клетка. Биол . 24 (8): 3324–36. DOI : 10.1128 / MCB.24.8.3324-3336.2004 . PMC  381665 . PMID  15060154 .
  • Мандал СС, Чу С., Вада Т. и др. (2004). «Функциональные взаимодействия фермента, улавливающего РНК, с факторами, которые положительно и отрицательно регулируют ускользание промотора с помощью РНК-полимеразы II» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 101 (20): 7572–7. DOI : 10.1073 / pnas.0401493101 . PMC  419647 . PMID  15136722 .
  • Дженнингс Б.Х., Шах С., Ямагути Ю. и др. (2005). «Локус-специфические требования для Spt5 в активации и репрессии транскрипции у Drosophila». Curr. Биол . 14 (18): 1680–4. DOI : 10.1016 / j.cub.2004.08.066 . PMID  15380072 . S2CID  18780732 .