Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

В генетике суперэнхансер - это область генома млекопитающего, содержащая несколько энхансеров, которые вместе связаны множеством белков факторов транскрипции, чтобы управлять транскрипцией генов, участвующих в идентификации клеток. [1] [2] [3] Поскольку суперэнхансеры часто идентифицируются рядом с генами, важными для контроля и определения идентичности клеток, их можно использовать для быстрой идентификации ключевых узлов, регулирующих идентичность клеток. [3] [4]

Энхансеры имеют несколько поддающихся количественной оценке признаков, которые имеют диапазон значений, и эти признаки обычно повышаются у суперинхансеров. Суперэнхансеры связаны с более высокими уровнями белков, регулирующих транскрипцию, и связаны с генами, которые экспрессируются более высоко. [1] [5] [6] [7] Экспрессия генов, связанных с суперэнхансерами, особенно чувствительна к пертурбациям, которые могут способствовать переходам между состояниями клетки или объяснять чувствительность генов, связанных с суперэнхансерами, к небольшим молекулам, нацеленным на транскрипцию. [1] [5] [6] [8] [9]

История [ править ]

Регуляция транскрипции с помощью усилителей была изучена с 1980 года . [10] [11] [12] [13] [14] Вскоре после этого наблюдались крупные или многокомпонентные регуляторы транскрипции с рядом механистических свойств, включая области контроля локуса , кластерные открытые регуляторные элементы и платформы инициации транскрипции. [15] [16] [17] [18] Более поздние исследования показали, что эти различные категории регуляторных элементов могут представлять подтипы суперэнхансеров. [3] [19]

В 2013 году две лаборатории определили большие энхансеры рядом с несколькими генами, особенно важными для установления идентичности клеток. В то время как Ричард А. Янг и его коллеги идентифицировали суперэнхансеры, Фрэнсис Коллинз и его коллеги определили усилители растяжения. [1] [2] И супер-энхансеры, и энхансеры растяжения представляют собой кластеры энхансеров, которые контролируют клеточно-специфические гены и могут быть в значительной степени синонимами. [2] [20]

Согласно нынешнему определению, термин «суперэнхансер» был введен лабораторией Янга для описания областей, идентифицированных в эмбриональных стволовых клетках мыши (ESC). [1] Было обнаружено, что эти особенно большие, мощные энхансерные области контролируют гены, которые определяют идентичность эмбриональных стволовых клеток, включая Oct-4 , Sox2 , Nanog , Klf4 и Esrrb . Возмущение суперэнхансеров, связанных с этими генами, показало ряд эффектов на экспрессию их генов-мишеней. [20] С тех пор суперэнхансеры были идентифицированы рядом с регуляторами клеточной идентичности в ряде тканей мыши и человека. [2] [3] [21] [22][23] [24] [25] [26] [27] [28] [29] [30] [31] [32] [33] [34] [35] [36] [37] »

Функция [ править ]

Энхансеры, содержащие суперэнхансеры, разделяют функции энхансеров, включая связывание с белками факторов транскрипции, создание петель для генов-мишеней и активацию транскрипции. [1] [3] [19] [20] Тремя примечательными чертами энхансеров, содержащих суперэнхансеры, являются их кластеризация в геномной близости, их исключительный сигнал белков, регулирующих транскрипцию, и их высокая частота физического взаимодействия друг с другом. Нарушение ДНК энхансеров, содержащих суперэнхансеры, показало ряд эффектов на экспрессию генов клеточной идентичности, предполагая сложную взаимосвязь между составляющими энхансерами. [20] Супер-энхансеры, разделенные десятками мегабаз, группируются в трехмерном пространстве внутри ядра эмбриональных стволовых клеток мыши.[38] [39]

Высокие уровни многих факторов транскрипции и кофакторов наблюдаются в суперэнхансерах (например, CDK7 , BRD4 и медиатор ). [1] [3] [5] [6] [8] [9] [19] Такая высокая концентрация белков, регулирующих транскрипцию, позволяет предположить, почему их гены-мишени имеют тенденцию к более высокой экспрессии, чем другие классы генов. Однако гены домашнего хозяйства, как правило, экспрессируются более высоко, чем гены, связанные с суперэнхансерами. [1]

Суперэнхансеры могли развиться в ключевых генах идентификации клеток, чтобы сделать транскрипцию этих генов чувствительной к множеству внешних сигналов. [20] Каждый из энхансеров, содержащих суперэнхансер, может реагировать на разные сигналы, что позволяет регулировать транскрипцию одного гена с помощью нескольких сигнальных путей. [20] Было замечено, что пути регуляции своих генов-мишеней с помощью супер-энхансеров включают Wnt , TGFb , LIF , BDNF и NOTCH . [20] [40] [41] [42] [43]Составляющие энхансеры суперэнхансеров физически взаимодействуют друг с другом и их генами-мишенями на большом расстоянии друг от друга. [7] [22] [44] Также были определены суперэнхансеры, которые контролируют экспрессию основных рецепторов клеточной поверхности, играющих решающую роль в функции данной клеточной линии. Это особенно характерно для В-лимфоцитов, выживание, активация и дифференцировка которых зависят от экспрессии мембранных иммуноглобулинов (Ig). Суперэнхансер локуса тяжелой цепи Ig представляет собой очень большую (25 т.п.н.) цис-регуляторную область, включающую несколько энхансеров и контролирующую несколько основных модификаций локуса (особенно соматическую гипермутацию , рекомбинацию с переключением классов и рекомбинация локуса суицида).

Связь с заболеванием [ править ]

Мутации в суперэнхансерах были отмечены при различных заболеваниях, включая рак, диабет 1 типа, болезнь Альцгеймера, волчанку, ревматоидный артрит, рассеянный склероз, системную склеродермию, первичный билиарный цирроз, болезнь Крона, болезнь Грейвса, витилиго и фибрилляцию предсердий. [2] [3] [6] [25] [32] [35] [45] [46] [47] [48] [49]] . Подобное обогащение в вариациях последовательностей, связанных с заболеванием, также наблюдалось для энхансеров растяжения ". [2]

Суперэнхансеры могут играть важную роль в неправильной регуляции экспрессии генов при раке. Во время развития опухоли опухолевые клетки приобретают суперэнхансеры ключевых онкогенов, которые обеспечивают более высокий уровень транскрипции этих генов, чем в здоровых клетках. [3] [5] [44] [45] [50] [51] [52] [53] [54] [55] [56] [57] [58] [59] » Также индуцируется измененная функция суперэнхансера мутациями регуляторов хроматина. [60] Таким образом, приобретенные суперэнхансеры могут быть биомаркерами, которые могут быть полезны для диагностики и терапевтического вмешательства. [20]

Белки, обогащенные суперэнхансерами, включают мишени малых молекул, которые нацелены на белки, регулирующие транскрипцию, и были использованы против рака. [5] [6] [25] [61] Например, суперэнхансеры полагаются на исключительное количество CDK7, а при раке многие статьи сообщают о потере экспрессии их генов-мишеней, когда клетки обрабатывают ингибитором CDK7 THZ1. . [5] [8] [9] [62] Точно так же супер-энхансеры обогащены мишенью небольшой молекулы JQ1, BRD4, поэтому обработка JQ1 вызывает исключительные потери в экспрессии генов, связанных с супер-энхансером. [6]

Идентификация [ править ]

Суперэнхансеры чаще всего идентифицируются путем определения участков генома, которые сильно обогащены сигналом ChIP-Seq . ЧИП-Seq эксперименты , направленные на факторы транскрипции и мастера - ко-факторы , как посредник или бромодоменсодержащий белок 4 были использованы, но наиболее часто используются H3K27ac звёздочки нуклеосомы . [1] [3] [6] [63] [64] [65] Программа «ROSE» (ранжирование супер-энхансеров) обычно используется для идентификации супер-энхансеров из данных ChIP-Seq. Эта программа сшивает вместе ранее идентифицированные энхансерные области и ранжирует эти сшитые энхансеры по их сигналу ChIP-Seq. [1]Расстояние сшивания, выбранное для объединения нескольких отдельных энхансеров в более крупные домены, может варьироваться. Поскольку некоторые маркеры активности энхансера также обогащены промоторами , участки внутри промоторов генов можно не принимать во внимание. РОЗА отделяет супер-энхансеры от типичных энхансеров благодаря их исключительному обогащению знаком активности энхансеров. Гомер - еще один инструмент, который может идентифицировать супер-энхансеры. [66]

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c d e f g h i j Уайт WA, Орландо Д. А., Hnisz D, Abraham BJ, Lin CY, Kagey MH, Rahl PB, Lee TI, Young RA (апрель 2013 г.). «Основные факторы транскрипции и медиатор создают супер-энхансеры в ключевых генах клеточной идентичности» . Cell . 153 (2): 307–19. DOI : 10.1016 / j.cell.2013.03.035 . PMC  3653129 . PMID  23582322 .
  2. ^ a b c d e f Parker SC, Stitzel ML, Taylor DL, Orozco JM, Erdos MR, Akiyama JA, van Bueren KL, Chines PS, Narisu N, Black BL, Visel A, Pennacchio LA, Collins FS (октябрь 2013 г.) . «Состояния усилителя растяжения хроматина управляют клеточно-специфической регуляцией генов и содержат варианты риска заболеваний человека» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 110 (44): 17921–6. DOI : 10.1073 / pnas.1317023110 . PMC 3816444 . PMID 24127591 .  
  3. ^ a b c d e f g h i Hnisz D, Abraham BJ, Lee TI, Lau A, Saint-André V, Sigova AA, Hoke HA, Young RA (ноябрь 2013 г.). «Супер-энхансеры в контроле идентичности клеток и болезней» . Cell . 155 (4): 934–47. DOI : 10.1016 / j.cell.2013.09.053 . PMC 3841062 . PMID 24119843 .  
  4. ↑ Saint-André V, Federation AJ, Lin CY, Abraham BJ, Reddy J, Lee TI, Bradner JE, Young RA (март 2016 г.). «Модели основных схем регуляции транскрипции человека» . Геномные исследования . 26 (3): 385–96. DOI : 10.1101 / gr.197590.115 . PMC 4772020 . PMID 26843070 .  
  5. ^ Б с д е е Квятковского N, T, Zhang RAHL PB, Abraham BJ, Reddy J, Ficarro SB, и др. (Июль 2014 г.). «Нацеливание регуляции транскрипции при раке с помощью ковалентного ингибитора CDK7» (PDF) . Природа . 511 (7511): 616–20. DOI : 10,1038 / природа13393 . PMC 4244910 . PMID 25043025 .   
  6. ^ Б с д е е г Ловен J, Хоука HA, Лин CY, Lau A, Orlando DA, Vakoc CR, Бреднер JE, Ли TI, Young RA (апрель 2013 г. ). «Селективное ингибирование опухолевых онкогенов путем разрушения супер-энхансеров» . Cell . 153 (2): 320–34. DOI : 10.1016 / j.cell.2013.03.036 . PMC 3760967 . PMID 23582323 .  
  7. ^ a b Доуэн JM, Fan ZP, Hnisz D, Ren G, Abraham BJ, Zhang LN, Weintraub AS, Schuijers J, Lee TI, Zhao K, Young RA (октябрь 2014 г.). «Контроль генов клеточной идентичности происходит в изолированных окрестностях хромосом млекопитающих» . Cell . 159 (2): 374–87. DOI : 10.1016 / j.cell.2014.09.030 . PMC 4197132 . PMID 25303531 .  
  8. ^ a b c Кристенсен К.Л., Квятковски Н., Абрахам Б.Дж., Карретеро Дж., Аль-Шахрур Ф., Чжан Т. и др. (Декабрь 2014 г.). «Нацеливание на транскрипционную зависимость при мелкоклеточном раке легкого с помощью ковалентного ингибитора CDK7» . Раковая клетка . 26 (6): 909–22. DOI : 10.1016 / j.ccell.2014.10.019 . PMC 4261156 . PMID 25490451 .  
  9. ^ a b c Чипумуро Э, Марко Э, Кристенсен К.Л., Квятковски Н., Чжан Т., Хатуэй К.М., Абрахам Б.Дж., Шарма Б., Йунг С., Алтабеф А., Перес-Атайде А., Вонг К.К., Юань Г.К., Грей Н.С., Янг Р.А. , Джордж RE (ноябрь 2014 г.). «Ингибирование CDK7 подавляет связанную с суперэнхансером онкогенную транскрипцию при раке, управляемом MYCN» . Cell . 159 (5): 1126–39. DOI : 10.1016 / j.cell.2014.10.024 . PMC 4243043 . PMID 25416950 .  
  10. ^ Banerji J, Rusconi S, Шафнер W (декабрь 1981). «Экспрессия гена бета-глобина усиливается удаленными последовательностями ДНК SV40». Cell . 27 (2 Пет 1): 299–308. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (81) 90413-х . PMID 6277502 . S2CID 54234674 .  
  11. Перейти ↑ Benoist C, Chambon P (март 1981). «Требования к последовательности in vivo ранней промоторной области SV40». Природа . 290 (5804): 304–10. DOI : 10.1038 / 290304a0 . PMID 6259538 . S2CID 4263279 .  
  12. ^ Gruss P, Dhar R, G Хури (февраль 1981). «Тандемные повторяющиеся последовательности обезьяньего вируса 40 как элемент раннего промотора» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 78 (2): 943–7. DOI : 10.1073 / pnas.78.2.943 . PMC 319921 . PMID 6262784 .  
  13. ^ Эванс Т, Felsenfeld О, Райтмэн М (1990). «Контроль транскрипции гена глобина» . Ежегодный обзор клеточной биологии . 6 : 95–124. DOI : 10.1146 / annurev.cb.06.110190.000523 . PMID 2275826 . 
  14. ^ Селье M, Belouchi A, Gros P (июнь 1996). «Устойчивость к внутриклеточным инфекциям: сравнительный геномный анализ Nramp». Тенденции в генетике . 12 (6): 201–4. DOI : 10.1016 / 0168-9525 (96) 30042-5 . PMID 8928221 . 
  15. ^ Li Q, Петерсон KR, Fang X, Stamatoyannopoulos G (ноябрь 2002). «Регионы контроля локуса» . Кровь . 100 (9): 3077–86. DOI : 10,1182 / кровь 2002-04-1104 . PMC 2811695 . PMID 12384402 .   CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  16. ^ Grosveld F, ван Assendelft GB, Гривз DR, Kollias G (декабрь 1987). «Независимая от положения высокоуровневая экспрессия гена бета-глобина человека у трансгенных мышей» . Cell . 51 (6): 975–85. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (87) 90584-8 . hdl : 1765/2425 . PMID 3690667 . S2CID 1150699 .  
  17. ^ Gaulton KJ, Nammo T, Pasquali L, Simon JM, Giresi PG, Fogarty MP, et al. (Март 2010 г.). «Карта открытого хроматина в островках поджелудочной железы человека» . Генетика природы . 42 (3): 255–9. DOI : 10.1038 / ng.530 . PMC 2828505 . PMID 20118932 .  
  18. ^ Koch F, Fenouil R, Gut M, Cauchy P, Albert TK, Zacarias-Cabeza J, Spicuglia S, de la Chapelle AL, Heidemann M, Hintermair C, Eick D, Gut I, Ferrier P, Andrau JC (август 2011) . «Платформы инициации транскрипции и рекрутирование GTF на тканеспецифичных энхансерах и промоторах». Структурная и молекулярная биология природы . 18 (8): 956–63. DOI : 10.1038 / nsmb.2085 . PMID 21765417 . S2CID 12778976 .  
  19. ^ a b c Pott S, Lieb JD (январь 2015 г.). «Что такое супер-энхансеры?». Генетика природы . 47 (1): 8–12. DOI : 10.1038 / ng.3167 . PMID 25547603 . S2CID 205349376 .  
  20. ^ a b c d e f g h Hnisz D, Schuijers J, Lin CY, Weintraub AS, Abraham BJ, Lee TI, Bradner JE, Young RA (апрель 2015 г.). «Конвергенция онкогенных и онкогенных сигнальных путей в транскрипционных суперэнхансерах» . Молекулярная клетка . 58 (2): 362–70. DOI : 10.1016 / j.molcel.2015.02.014 . PMC 4402134 . PMID 25801169 .  
  21. ^ Ди Микко R, Fontanals-Cirera B, низкий V, Ntziachristos P, Юн SK, Лавлл CD и др. (Октябрь 2014 г.). «Контроль идентичности эмбриональных стволовых клеток посредством BRD4-зависимого транскрипционного удлинения генов плюрипотентности, ассоциированных с суперэнхансером» . Отчеты по ячейкам . 9 (1): 234–47. DOI : 10.1016 / j.celrep.2014.08.055 . PMC 4317728 . PMID 25263550 .  
  22. ^ a b Джи X, Дадон Д. Б., Пауэлл Б. Е., Фан З. П., Борхес-Ривера Д., Шахар С., Вайнтрауб А. С., Хниш Д., Пегораро Г., Ли Т. И., Мистели Т., Яениш Р., Янг Р. А. (февраль 2016 г.). "Трехмерный регуляторный ландшафт хромосом плюрипотентных клеток человека" . Стволовая клетка . 18 (2): 262–75. DOI : 10.1016 / j.stem.2015.11.007 . PMC 4848748 . PMID 26686465 .  
  23. ^ Цанков А.М., Гу Х, Акопян В., Циллер М.Дж., Донаги Дж., Амит I, Гнирке А., Мейснер А. (февраль 2015 г.). «Динамика связывания фактора транскрипции во время дифференцировки человеческих ES-клеток» . Природа . 518 (7539): 344–9. DOI : 10,1038 / природа14233 . PMC 4499331 . PMID 25693565 .  
  24. ^ Fang Z, Hecklau К, Гросс Ж, Bachmann я, Venzke М, Карл М, Шуххардт Дж, Радбрух А, Херцель Н, Baumgrass Р (ноябрь 2015). «Совместно занимаемые факторами транскрипции области в геноме мышей составляют энхансеры, специфичные для подтипа Т-хелперных клеток» . Европейский журнал иммунологии . 45 (11): 3150–7. DOI : 10.1002 / eji.201545713 . PMID 26300430 . 
  25. ^ a b c Вахеди Г., Канно Y, Фурумото Ю., Цзян К., Паркер С. К., Эрдос М. Р., Дэвис С. Р., Ройчоудхури Р., Рестифо Н. П., Гадина М., Тан З., Руан И., Коллинз Ф. С., Сарторелли В., О'Ши Дж. (Апрель 2015 г.). «Супер-энхансеры очерчивают связанные с заболеванием регуляторные узлы в Т-клетках» . Природа . 520 (7548): 558–62. DOI : 10,1038 / природа14154 . PMC 4409450 . PMID 25686607 .  
  26. ^ Куэс О.И., Ковалевски Р.А., Чанг Л.В., Пайфром С.К., Шмидт Дж. А., Луо Х., Сандовал Л. Е., Хьюз Т. Б., Беднарски Дж. Дж., Кашен А. Ф., Пэйтон Дж. Е., Олц Е. М. (январь 2015 г.). «Варианты энхансерной последовательности и дерегуляция фактора транскрипции взаимодействуют друг с другом для создания патогенных регуляторных цепей в B-клеточной лимфоме» . Иммунитет . 42 (1): 186–98. DOI : 10.1016 / j.immuni.2014.12.021 . PMC 4302272 . PMID 25607463 .  
  27. ^ Адам RC, Ян Н, Rockowitz S, Ларсен С. Б., Николова М, Oristian DS, Полак л, Kadaja М, Асар А, Чжэн Д, Е Фукса (май 2015 г.). «Факторы-первопроходцы управляют динамикой суперэнхансеров в отношении пластичности стволовых клеток и выбора клонов» . Природа . 521 (7552): 366–70. DOI : 10,1038 / природа14289 . PMC 4482136 . PMID 25799994 .  
  28. ^ Siersbæk R, Baek S, Rabiee A, Nielsen R, Traynor S, Clark N, Sandelin A, Jensen ON, Sung MH, Hager GL, Mandrup S (июнь 2014 г.). «Молекулярная архитектура горячих точек транскрипционных факторов в раннем адипогенезе» . Отчеты по ячейкам . 7 (5): 1434–42. DOI : 10.1016 / j.celrep.2014.04.043 . PMC 6360525 . PMID 24857666 .  
  29. ^ Siersbæk R, Rabiee A, Nielsen R, Sidoli S, Traynor S, Loft A, La Cour Poulsen L, Rogowska-Wrzesinska A, Jensen ON, Mandrup S (июнь 2014 г.). «Кооперативность факторов транскрипции в горячих точках ранней адипогенности и супер-энхансерах» . Отчеты по ячейкам . 7 (5): 1443–55. DOI : 10.1016 / j.celrep.2014.04.042 . PMID 24857652 . 
  30. ^ Хармс MJ, Ishibashi J, Wang W, Lim HW, Goyama S, Sato T и др. (Апрель 2014 г.). «Prdm16 необходим для поддержания идентичности и функции коричневых адипоцитов у взрослых мышей» . Клеточный метаболизм . 19 (4): 593–604. DOI : 10.1016 / j.cmet.2014.03.007 . PMC 4012340 . PMID 24703692 .  
  31. ^ Лофт А, Форсс я, Siersbæk М.С., Шмидт С. Ф., Ларсен А.С., Madsen Ю.Г., Пизани DF, Нильсен R, Aagaard М.М., Матисон А, Невилл МДж, Уррутиа R, Karpe F, Амри EZ, Mandrup S (январь 2015). «Побурение адипоцитов человека требует KLF11 и перепрограммирования суперенхансеров PPARγ» . Гены и развитие . 29 (1): 7–22. DOI : 10,1101 / gad.250829.114 . PMC 4281566 . PMID 25504365 .  
  32. ^ a b Паскуали Л., Голтон К.Дж., Родригес-Сеги С.А., Муларони Л., Мигель-Эскалада I, Акерман I и др. (Февраль 2014 года). «Кластеры энхансеров островков поджелудочной железы, обогащенные вариантами, связанными с риском диабета 2 типа» . Генетика природы . 46 (2): 136–43. DOI : 10.1038 / ng.2870 . PMC 3935450 . PMID 24413736 .  
  33. ^ Лю CF, Лефевр V (сентябрь 2015). «Факторы транскрипции SOX9 и SOX5 / SOX6 взаимодействуют по всему геному через супер-энхансеры, чтобы управлять хондрогенезом» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (17): 8183–203. DOI : 10.1093 / NAR / gkv688 . PMC 4787819 . PMID 26150426 .  
  34. ^ Охба S, он X, Hojo H, McMahon AP (июль 2015). «Определенные транскрипционные программы лежат в основе регуляции Sox9 хондроцитов млекопитающих» . Отчеты по ячейкам . 12 (2): 229–43. DOI : 10.1016 / j.celrep.2015.06.013 . PMC 4504750 . PMID 26146088 .  
  35. ^ a b Kaikkonen MU, Niskanen H, Romanoski CE, Kansanen E, Kivelä AM, Laitalainen J, Heinz S, Benner C, Glass CK, Ylä-Herttuala S (ноябрь 2014 г.). «Контроль программ транскрипции VEGF-A путем паузы и геномной компартментализации» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (20): 12570–84. DOI : 10.1093 / NAR / gku1036 . PMC 4227755 . PMID 25352550 .  
  36. ^ Госслин D, Link VM, Romanoski CE, Фонсека GJ, Eichenfield DZ, Спан NJ, Stender JD, Chun HB, Garner H, Geissmann F, стекло CK (декабрь 2014). «Окружающая среда управляет выбором и функционированием энхансеров, контролирующих тканеспецифические свойства макрофагов» . Cell . 159 (6): 1327–40. DOI : 10.1016 / j.cell.2014.11.023 . PMC 4364385 . PMID 25480297 .  
  37. ^ ВС - J, S Rockowitz, Се Q, поташа-Падан R, D Чжэн, Cvekl А (август 2015). «Идентификация in vivo ДНК-связывающих механизмов Pax6 и реконструкция Pax6-зависимых генных регуляторных сетей во время развития переднего мозга и хрусталика» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (14): 6827–46. DOI : 10.1093 / NAR / gkv589 . PMC 4538810 . PMID 26138486 .  
  38. ^ Beagrie RA, Scialdone A, Schueler M, Kraemer DC, Chotalia M, Xie SQ, Barbieri M, de Santiago I, Lavitas LM, Branco MR, Fraser J, Dostie J, Game L, Dillon N, Edwards PA, Nicodemi M, Помбо А (март 2017 г.). «Сложные мульти-энхансерные контакты, захваченные картированием архитектуры генома (GAM)» . Природа . 543 (7646): 519–524. DOI : 10,1038 / природа21411 . PMC 5366070 . PMID 28273065 .  
  39. ^ Кинодо С.А., Олликайнен Н, Табак Б, Palla А, Шмидт Ю.М., Детмар Е, Лай М.М., Шишкин А.А., Бхат Р, Такеи У, Трин В, Азнаурян Е, Рассел Р, Ченг С, Джованович М, Чоу А, Цай Л., Макдонел П., Гарбер М., Гутман М. (июнь 2018 г.). «Межхромосомные центры высшего порядка формируют трехмерную организацию генома в ядре» . Cell . 174 (3): 744–757. DOI : 10.1016 / j.cell.2018.05.024 . PMC 6548320 . PMID 29887377 .  
  40. ^ Joo JY, Schaukowitch K, L Farbiak, Kilaru G, Ким TK (январь 2016). «Стимул-специфическая комбинаторная функциональность нейрональных энхансеров c-fos» . Природа Неврологии . 19 (1): 75–83. DOI : 10.1038 / nn.4170 . PMC 4696896 . PMID 26595656 .  
  41. ^ Herranz D, Ambesi-Impiombato А, Palomero Т, Шнелл С.А., Бельвер л, Wendorff А.А., Сю л, Кастильо-Мартин М, Llobet-NAVAS D, Кордон-Кардо С, Clappier Е, Сулье Дж, Феррандо АА (октябрь 2014 ). «Энхансер MYC, управляемый NOTCH1, способствует развитию, трансформации Т-клеток и развитию острого лимфобластного лейкоза» . Природная медицина . 20 (10): 1130–7. DOI : 10.1038 / nm.3665 . PMC 4192073 . PMID 25194570 .  
  42. ↑ Wang H, Zang C, Taing L, Arnett KL, Wong YJ, Pear WS, Blacklow SC, Liu XS, Aster JC (январь 2014 г.). «Комплексы NOTCH1-RBPJ управляют экспрессией целевого гена посредством динамических взаимодействий с суперэнхансерами» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 111 (2): 705–10. DOI : 10.1073 / pnas.1315023111 . PMC 3896193 . PMID 24374627 .  
  43. ^ Ясиро-Отань Y, Ван Н, Занг С, Арнетт KL, Бейлис Вт, Х Y, и др. (Ноябрь 2014 г.). «Активность усилителя дальнего действия определяет чувствительность Myc к ингибиторам Notch при Т-клеточном лейкозе» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 111 (46): E4946-53. DOI : 10.1073 / pnas.1407079111 . PMC 4246292 . PMID 25369933 .  
  44. ^ a b Hnisz D, Weintraub AS, Day DS, Valton AL, Bak RO, Li CH, Goldmann J, Lajoie BR, Fan ZP, Sigova AA, Reddy J, Borges-Rivera D, Lee TI, Jaenisch R, Porteus MH, Деккер Дж., Янг Р.А. (март 2016 г.). «Активация протоонкогенов путем нарушения окрестностей хромосом» . Наука . 351 (6280): 1454–8. DOI : 10.1126 / science.aad9024 . PMC 4884612 . PMID 26940867 .  
  45. ^ a b Mansour MR, Abraham BJ, Anders L, Berezovskaya A, Gutierrez A, Durbin AD, Etchin J, Lawton L, Sallan SE, Silverman LB, Loh ML, Hunger SP, Sanda T, Young RA, Look AT (декабрь 2014 г. ). «Регуляция онкогена. Онкогенный суперэнхансер, образованный в результате соматической мутации некодирующего межгенного элемента» . Наука . 346 (6215): 1373–7. DOI : 10.1126 / science.1259037 . PMC 4720521 . PMID 25394790 .  
  46. ^ Cavalli G, Hayashi M, Jin Y, Yorgov D, Santorico SA, Holcomb C, Rastrou M, Erlich H, Tengesdal IW, Dagna L, Neff CP, Palmer BE, Spritz RA, Dinarello CA (февраль 2016). «Супер-энхансер MHC класса II увеличивает поверхностную экспрессию HLA-DR и HLA-DQ и влияет на выработку цитокинов при аутоиммунном витилиго» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 113 (5): 1363–8. DOI : 10.1073 / pnas.1523482113 . PMC 4747741 . PMID 26787888 .  
  47. ^ Farh К.К., Марсон А, Чжу Дж, Kleinewietfeld М, Хусли WJ, Beik S, шореш N, Уиттон Н, Райан RJ, Шишкин А.А., Hatan М, Карраско-Альфонсо МДж, Майер Д, Luckey CJ, Patsopoulos Н.А., Де Ягер PL, Kuchroo VK, Epstein CB, Daly MJ, Hafler DA, Bernstein BE (февраль 2015 г.). «Генетическое и эпигенетическое тонкое картирование причинных вариантов аутоиммунных заболеваний» . Природа . 518 (7539): 337–43. DOI : 10,1038 / природа13835 . PMC 4336207 . PMID 25363779 .  
  48. ^ Веинстеин JS, Lezon-Geyda К, Максимовой Y, Крафт S, Чжан У, Су М, Шульц В. П., Крафт - J, Галлахер PG (декабрь 2014). «Глобальный анализ транскриптома и энхансерный ландшафт первичных Т-фолликулярных хелперов и Т-эффекторных лимфоцитов» . Кровь . 124 (25): 3719–29. DOI : 10,1182 / кровь 2014-06-582700 . PMC 4263981 . PMID 25331115 .  
  49. ^ Oldridge DA, Wood AC, Weichert-Leahey N, Crimmins I, Sussman R, Winter C и др. (Декабрь 2015 г.). «Генетическая предрасположенность к нейробластоме, опосредованная полиморфизмом суперэнхансера LMO1» . Природа . 528 (7582): 418–21. DOI : 10.1038 / nature15540 . PMC 4775078 . PMID 26560027 .  
  50. ^ Аффер М., Чеси М., Чен В.Д., Китс Дж., Демченко Ю.Н., Тамижмани К., Гарбитт В.М., Риггс Д.Л., Бренц Л.А., Рошке А.В., Ван Виер С., Фонсека Р., Бергсагель П.Л., Кюль В.М. (август 2014 г.). «Беспорядочные перестройки локуса MYC захватывают энхансеры, но в основном суперэнхансеры, чтобы нарушить регуляцию экспрессии MYC при множественной миеломе» . Лейкоз . 28 (8): 1725–35. DOI : 10.1038 / leu.2014.70 . PMC 4126852 . PMID 24518206 .  
  51. ^ Дриер Y, Коттон MJ, Уильямсон KE, Гиллеспи SM, Райан RJ, Клюк MJ, и др. (Март 2016 г.). «Онкогенная петля обратной связи MYB управляет судьбами альтернативных клеток аденоидно-кистозной карциномы» . Генетика природы . 48 (3): 265–72. DOI : 10.1038 / ng.3502 . PMC 4767593 . PMID 26829750 .  
  52. ^ Northcott PA, Lee C, Zichner T, Stütz AM, Erkek S, Kawauchi D и др. (Июль 2014 г.). «Похищение энхансера активирует онкогены семейства GFI1 в медуллобластоме» . Природа . 511 (7510): 428–34. DOI : 10,1038 / природа13379 . PMC 4201514 . PMID 25043047 .  
  53. ^ Walker BA, Wardell CP, Brioli A, E Бойл, Kaiser MF, Бегум DB, Dahir Н.Б., Джонсон DC, Росс FM, Davies FE, Morgan ГДж (14 марта 2014). «Транслокации в 8q24 сопоставляют MYC с генами, несущими суперэнхансеры, что приводит к сверхэкспрессии и плохому прогнозу у пациентов с миеломой» . Журнал рака крови . 4 (3): e191. DOI : 10.1038 / bcj.2014.13 . PMC 3972699 . PMID 24632883 .  
  54. ^ Gröschel S, Sanders MA, Hoogenboezem R, de Wit E, Bouwman BA, Erpelinck C, et al. (Апрель 2014 г.). «Единственная перестройка онкогенного энхансера вызывает сопутствующее нарушение регуляции EVI1 и GATA2 при лейкемии» . Cell . 157 (2): 369–81. DOI : 10.1016 / j.cell.2014.02.019 . PMID 24703711 . 
  55. ^ Ши Дж, Уайт WA, Зепеда-Мендоза CJ, Милаццо JP, Шен C, Роу JS и др. (Декабрь 2013). «Роль SWI / SNF в поддержании острого лейкоза и регуляции Myc, опосредованной энхансером» . Гены и развитие . 27 (24): 2648–62. DOI : 10,1101 / gad.232710.113 . PMC 3877755 . PMID 24285714 .  
  56. ^ Kennedy AL, Vallurupalli M, L Chen, Кромптон B, G Коули, Vazquez F, Weir BA, Tsherniak A, Parasuraman S, Kim S, Алекс G, Stegmaier K (октябрь 2015). «Функциональный, химический геномный скрининг и скрининг супер-энхансеров определяют чувствительность к ингибированию пути циклина D1 / CDK4 при саркоме Юинга» . Oncotarget . 6 (30): 30178–93. DOI : 10.18632 / oncotarget.4903 . PMC 4745789 . PMID 26337082 .  
  57. ^ Tomazou Е.М., Шеффилд NC, Schmidl С, Шустер М, Schönegger А, Datlinger Р, S Кубичек, Бок С, Н Ковар (февраль 2015). «Картирование эпигенома выявляет различные способы регуляции генов и широко распространенное репрограммирование энхансеров с помощью онкогенного слитого белка EWS-FLI1» . Отчеты по ячейкам . 10 (7): 1082–95. DOI : 10.1016 / j.celrep.2015.01.042 . PMC 4542316 . PMID 25704812 .  
  58. ^ Nabet В, О Broin Р, Рейес JM, Shieh К, Лин CY, Будет КМ, Поповича Р, Т Ezponda, Бреднер JE, Золотой А.А., Лихт JD (август 2015 г.). «Дерегуляция сигнальной оси Рас-Эрк модулирует ландшафт усилителя» . Отчеты по ячейкам . 12 (8): 1300–13. DOI : 10.1016 / j.celrep.2015.06.078 . PMC 4551578 . PMID 26279576 .  
  59. ^ Zhang X, Choi PS, Фрэнсис JM, Imielinski M, Watanabe H, Cherniack AD, Меерсон M (февраль 2016). «Идентификация фокально усиленных клон-специфичных суперэнхансеров в эпителиальных раках человека» . Генетика природы . 48 (2): 176–82. DOI : 10.1038 / ng.3470 . PMC 4857881 . PMID 26656844 .  
  60. ^ Ходжес HC, Stanton BZ, Čermáková K, Chang CY, Миллер EL, Kirkland JG, Ku WL, Veverka V, Zhao K, Кребтри GR (январь 2018). «Доминантно-отрицательные мутанты SMARCA4 изменяют ландшафт доступности энхансеров, не ограниченных тканями» . Структурная и молекулярная биология природы . 25 (1): 61–72. DOI : 10.1038 / s41594-017-0007-3 . PMC 5909405 . PMID 29323272 .  
  61. ^ Porcher C (апрель 2015 г.). «К лучшему пониманию читателей ацетил-лизина» . Кровь . 125 (18): 2739–41. DOI : 10.1182 / кровь-2015-03-630830 . PMID 25931578 . 
  62. ↑ Wang Y, Zhang T, Kwiatkowski N, Abraham BJ, Lee TI, Xie S, Yuzugullu H, Von T, Li H, Lin Z, Stover DG, Lim E, Wang ZC, Iglehart JD, Young RA, Gray NS, Zhao JJ (сентябрь 2015 г.). «CDK7-зависимая транскрипционная зависимость при тройном отрицательном раке груди» . Cell . 163 (1): 174–86. DOI : 10.1016 / j.cell.2015.08.063 . PMC 4583659 . PMID 26406377 .  
  63. ↑ Wei Y, Zhang S, Shang S, Zhang B, Li S, Wang X, Wang F, Su J, Wu Q, Liu H, Zhang Y (январь 2016 г.). "SEA: архив супер-энхансера" . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (D1): D172-9. DOI : 10.1093 / NAR / gkv1243 . PMC 4702879 . PMID 26578594 .  
  64. ↑ Хан А, Чжан Икс (январь 2016 г.). «dbSUPER: база данных суперэнхансеров в геноме мыши и человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (D1): D164-71. DOI : 10.1093 / NAR / gkv1002 . PMC 4702767 . PMID 26438538 .  
  65. ^ Creyghton MP, Cheng AW, Welstead GG, Kooistra T, Carey BW, Steine EJ, Hanna J, Lodato MA, Фрамптон GM, Sharp PA Бойер LA, Young RA, Йениш R (декабрь 2010). «Гистон H3K27ac отделяет активные усилители от предполагаемых и предсказывает состояние развития» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 107 (50): 21931–6. DOI : 10.1073 / pnas.1016071107 . PMC 3003124 . PMID 21106759 .  
  66. ^ Хайнц S, Беннер C, Спанн N, Бертолино E, Лин YC, Ласло P, Ченг JX, Мюрре C, Сингх H, Glass CK (май 2010). «Простые комбинации факторов транскрипции, определяющих клонирование, активируют цис-регуляторные элементы, необходимые для идентичности макрофагов и В-клеток» . Молекулярная клетка . 38 (4): 576–89. DOI : 10.1016 / j.molcel.2010.05.004 . PMC 2898526 . PMID 20513432 .