TREX1

Доступные конструкции

Ортолог поиск: PDBe RCSB

Список идентификационных кодов PDB
2IOC , 2O4G , 2O4I , 2OA8 , 3B6O , 3B6P , 3MXI , 3MXJ , 3MXM , 3U3Y , 3U6F , 4YNQ

Идентификаторы

Псевдонимы

TREX1 , AGS1, CRV, DRN3, HERNS, три экзонуклеазы первичной репарации 1, RVCLS

Внешние идентификаторы

OMIM : 606609 MGI : 1328317 HomoloGene : 7982 GeneCards : TREX1

Расположение гена ( человек )

Chr.	Хромосома 3 (человек) ^[1]

Группа	3п21.31	Начинать	48 465 811 п.н. ^[1]
Группа	3п21.31	Конец	48 467 645 п.н. ^[1]

Расположение гена ( Мышь )

Chr.	Хромосома 9 (мышь) ^[2]

Группа	9 \| 9 F2	Начинать	109 057 933 п.н. ^[2]
Группа	9 \| 9 F2	Конец	109 059 734 п.н. ^[2]

Паттерн экспрессии РНК

Дополнительные данные эталонного выражения

Генная онтология
Молекулярная функция	• белок гомодимеризации активность • связывание ион металла • одноцепочечной ДНК связывания • exodeoxyribonuclease III активности • MutSalpha сложной связывание • GO: связывание белка 0001948 • 3'-5'-exodeoxyribonuclease активность • MutLalpha сложных связывание • связыванием нуклеиновой кислоты • нуклеазной активности • экзонуклеазы активность • гидролазная активность • 3'-5'-экзонуклеазная активность • связывание двухцепочечной ДНК • связывание аденилдезоксирибонуклеотида • связывание с ионом магния • ДНК - связывающий • ДНК связывания, гибко • связывающего домена WW
Сотовый компонент	• цитоплазма • ядерная оболочка • мембрана эндоплазматического ретикулума • мембрана • эндоплазматический ретикулум • ядро • цитозоль • комплекс олигосахарилтрансферазы • комплекс белок-ДНК • вилка репликации ядра
Биологический процесс	• рекомбинация ДНК • регуляция типа интерферона производства • репликация ДНК • рассогласование ремонт • нуклеиновой кислоты , гидролиз фосфодиэфирной связи • ДНК метаболического процесс • репарация ДНК • клеточный ответ на интерферон-бету • развитие кровеносных сосудов • развитие почек • адаптивного ответа иммунной • орган или тканеспецифический иммунный ответ • активация иммунного ответа • активация макрофагов, участвующих в иммунном ответе • дифференцировка лимфоидных клеток-предшественников • иммунный ответ в головном мозге или нервной системе • воспалительный ответ на антигенный стимул • процессинг и презентация Т-клеточного антигена • регуляция выработки иммуноглобулинов • морфогенез сердца • сердечный процесс • развитие ткани сердечной мышцы предсердия • образование метаболитов-предшественников и энергии • регуляция гликолитического процесса • Модификация ДНК • катаболический процесс ДНК • воспалительный ответ • иммунный ответ • клеточный ответ на стимул повреждения ДНК • определение продолжительности жизни взрослого человека • реакция на УФ • регуляция экспрессии генов • регуляция процесса метаболизма жирных кислот • регуляция клеточного метаболического процесса • транспозиция, опосредованная РНК • раскручивание дуплекса ДНК • продукция интерферона-альфа • регуляция выработки фактора некроза опухоли • клеточная реакция на окислительный стресс • клеточный ответ на активные формы кислорода • клеточный ответ на УФ • процесс биосинтеза CD86 • апоптотический клиренс клеток • регуляция клеточного дыхания • врожденный иммунный ответ • регуляция врожденного иммунного ответа • установление локализации белка • регуляция процесса биосинтеза липидов • регуляция воспалительного ответа • регуляция каталитической активности GO: 0048552 • стабилизация протеина • регуляция активации Т-клеток • защитный ответ на вирус • сигнальный путь интерферона I типа • негативная регуляция сигнального пути, опосредованного интерфероном I типа • регуляция стабильности белкового комплекса • клеточный ответ на органическое вещество • клеточный ответ на интерферон I типа • клеточный ответ на гамма-излучение • клеточный ответ на гидроксимочевину • образование иммунных комплексов • синтез ДНК, участвующий в эксцизионной репарации УФ-повреждений • регуляция организации лизосом
Источники: Amigo / QuickGO

Ортологи

Разновидность

Человек

Мышь

Entrez


11277


22040

Ансамбль


ENSG00000213689


ENSMUSG00000049734

UniProt


Q9NSU2


Q91XB0

RefSeq (мРНК)


NM_033629 NM_007248 NM_016381 NM_033627 NM_033628


NM_001012236 NM_011637

RefSeq (белок)


NP_009179 NP_338599


NP_001012236 NP_035767

Расположение (UCSC)

Chr 3: 48.47 - 48.47 Мб

Chr 9: 109.06 - 109.06 Мб

PubMed поиск

^[3]

^[4]

Викиданные

Просмотр / редактирование человека

Просмотр / редактирование мыши

Три простого ремонта экзонуклеаза 1 представляет собой фермент , который у человека кодируется TREX1 геном . ^[5]^[6]^[7]^[8]

Функция [ править ]

Этот ген кодирует главную экзонуклеазу ДНК 3 '-> 5' в клетках человека. Белок представляет собой непроцессивную экзонуклеазу, которая может выполнять функцию проверки для ДНК-полимеразы человека. Он также является компонентом комплекса SET и действует, быстро разрушая 3'-концы разорванной ДНК во время гибели клеток, опосредованной гранзимом А. Мутации в этом гене приводят к синдрому Айкарди-Гутьереса , обмороженной волчанке, RVCL (васкулопатия сетчатки с церебральной лейкодистрофией) и энцефалиту Кри. Для этого гена обнаружено множество вариантов транскриптов, кодирующих разные изоформы. ^[8]

Клиническая значимость [ править ]

Мутации в гене TREX1 вызывают семейную обмороженную волчанку. В TREX1 полиморфизмов предрасположенности к системной красной волчанке . Миссенс-мутации гена TREX1 значительно снижают его экзонуклеолитическую способность и приводят к накоплению нуклеиновых кислот. Накопление нуклеиновых кислот в цитоплазме стимулирует ответы интерферона I типа, которые могут запускать аутоиммунные ответы. ^[9] Область, содержащая ген TREX1 (3p21.31), была связана с серьезностью COVID-19 в недавнем общегеномном исследовании ассоциации. ^[10]Это может объяснить возникновение образований, подобных обморожению, у пациентов, инфицированных SARS-CoV-2. ^[11]

TREX1 помогает ВИЧ ‑ 1 уклоняться от цитозольного зондирования за счет разрушения вирусной кДНК в цитоплазме ^[12]

Ссылки [ править ]

^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000213689 - Ensembl , май 2017 г.
^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000049734 - Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
↑ Mazur DJ, Perrino FW (август 1999 г.). «Идентификация и экспрессия последовательностей кДНК TREX1 и TREX2, кодирующих 3 '-> 5' экзонуклеазы млекопитающих» . J Biol Chem . 274 (28): 19655–60. DOI : 10.1074 / jbc.274.28.19655 . PMID 10391904 .
↑ Hoss M, Robins P, Naven TJ, Pappin DJ, Sgouros J, Lindahl T (август 1999). «Фермент редактирования ДНК человека, гомологичный белку Escherichia coli DnaQ / MutD» . EMBO J . 18 (13): 3868–75. DOI : 10.1093 / emboj / 18.13.3868 . PMC 1171463 . PMID 10393201 .
↑ Crow YJ, Hayward BE, Parmar R, Robins P, Leitch A, Ali M, Black DN, van Bokhoven H, Brunner HG, Hamel BC, Corry PC, Cowan FM, Frints SG, Klepper J, Livingston JH, Lynch SA, Massey RF, Meritet JF, Michaud JL, Ponsot G, Voit T, Lebon P, Bonthron DT, Jackson AP, Barnes DE, Lindahl T (июль 2006 г.). «Мутации в гене, кодирующем 3'-5'-экзонуклеазу ДНК TREX1, вызывают синдром Айкарди-Гутьера в локусе AGS1». Нат Жене . 38 (8): 917–20. DOI : 10.1038 / ng1845 . PMID 16845398 . S2CID 9069106 .
^ a b «Энтрез Ген: TREX1 три экзонуклеазы первичной репарации 1» .
^ Джабаламели (2021). «Перекрытие между генетической предрасположенностью к COVID-19 и кожным заболеваниям» . Иммунологические исследования : 1–8. DOI : 10.1080 / 08820139.2021.1876086 . PMID 33494631 .
^ Ellinghaus (2020). «Общегеномное исследование ассоциации тяжелой формы Covid-19 с респираторной недостаточностью» . Медицинский журнал Новой Англии . 383 (16): 1522–1534. DOI : 10.1056 / NEJMoa2020283 . PMC 7315890 . PMID 32558485 .
^ Jabalameli, Навид (2021). «Перекрытие между генетической предрасположенностью к COVID-19 и кожным заболеваниям» . Иммунологические исследования : 1–8. DOI : 10.1080 / 08820139.2021.1876086 . PMID 33494631 .
↑ Дойл, Томас (27 апреля 2015 г.). «ВИЧ-1 и интерфероны: кто кому мешает?» . Обзоры природы микробиологии . 13 (Nature Reviews Microbiology 13): 403–413. DOI : 10.1038 / nrmicro3449 . PMC 7768976 . PMID 25915633 . S2CID 205499122 .

Дальнейшее чтение [ править ]

Толми Дж. Л., Шиллито П., Хьюз-Бензи Р., Стивенсон Дж. Б. (1996). «Синдром Айкарди-Гутьера (семейная энцефалопатия с ранним началом с кальцификациями базальных ганглиев и хроническим лимфоцитозом спинномозговой жидкости)» . J. Med. Genet . 32 (11): 881–4. DOI : 10.1136 / jmg.32.11.881 . PMC 1051740 . PMID 8592332 .
Блэк Д. Н., Уоттерс Г. В., Андерманн Э. и др. (1989). «Энцефалит среди детей кри в северном Квебеке». Аня. Neurol . 24 (4): 483–9. DOI : 10.1002 / ana.410240402 . PMID 3239950 . S2CID 32112982 .
Перрино Ф.В., Миллер Х., Или К.А. (1994). «Идентификация 3 '-> 5'-экзонуклеазы, которая удаляет цитозинарабинозид монофосфат с 3' концов ДНК» . J. Biol. Chem . 269 (23): 16357–63. DOI : 10.1016 / S0021-9258 (17) 34015-2 . PMID 8206943 .
Гутьер Ф, Айкарди Дж, Барт П.Г., Лебон П. (1999). «Синдром Айкарди-Гутьера: обновление и результаты исследований интерферона-альфа». Аня. Neurol . 44 (6): 900–7. DOI : 10.1002 / ana.410440608 . PMID 9851434 . S2CID 58224378 .
Кроу Ю.Дж., Джексон А.П., Робертс Э. и др. (2000). «Синдром Айкарди-Гутьера демонстрирует генетическую гетерогенность с одним локусом (AGS1) на хромосоме 3p21» . Являюсь. J. Hum. Genet . 67 (1): 213–21. DOI : 10.1086 / 302955 . PMC 1287108 . PMID 10827106 .
Мазур DJ, Перрино FW (2001). «Структура и экспрессия генов 3 '-> 5' экзонуклеаз TREX1 и TREX2» . J. Biol. Chem . 276 (18): 14718–27. DOI : 10.1074 / jbc.M010051200 . PMID 11278605 .
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 99 (26): 16899–903. DOI : 10.1073 / pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932 .
Кроу Ю.Дж., Блэк Д.Н., Али М. и др. (2003). «Энцефалит кри является аллельным с синдромом Айкарди-Гутьера: значение для патогенеза нарушений метаболизма интерферона альфа» . J. Med. Genet . 40 (3): 183–7. DOI : 10.1136 / jmg.40.3.183 . PMC 1735395 . PMID 12624136 .
Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека» . Nat. Genet . 36 (1): 40–5. DOI : 10,1038 / нг1285 . PMID 14702039 .
Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта кДНК полной длины NIH: Коллекция генов млекопитающих (MGC)» . Genome Res . 14 (10B): 2121–7. DOI : 10.1101 / gr.2596504 . PMC 528928 . PMID 15489334 .
Unsal-Kaçmaz K, Mullen TE, Kaufmann WK, Sancar A (2005). «Соединение циркадных и клеточных циклов человека вневременным белком» . Мол. Клетка. Биол . 25 (8): 3109–16. DOI : 10.1128 / MCB.25.8.3109-3116.2005 . PMC 1069621 . PMID 15798197 .
Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т. и др. (2005). «К карте протеомного масштаба сети белок-белкового взаимодействия человека». Природа . 437 (7062): 1173–8. Bibcode : 2005Natur.437.1173R . DOI : 10,1038 / природа04209 . PMID 16189514 . S2CID 4427026 .
Кимура К., Вакамацу А., Сузуки Ю. и др. (2006). «Диверсификация транскрипционной модуляции: широкомасштабная идентификация и характеристика предполагаемых альтернативных промоторов генов человека» . Genome Res . 16 (1): 55–65. DOI : 10.1101 / gr.4039406 . PMC 1356129 . PMID 16344560 .
Йошиока К., Йошиока Ю., Се П (2006). «Активация киназы ATR, опосредованная MutSα и MutLα в ответ на цитотоксические O6-метилгуаниновые аддукты» . Мол. Cell . 22 (4): 501–10. DOI : 10.1016 / j.molcel.2006.04.023 . PMC 2423943 . PMID 16713580 .
Чоудхури Д., Бересфорд П. Дж., Чжу П. и др. (2006). «Экзонуклеаза TREX1 находится в комплексе SET и действует совместно с NM23-H1, разрушая ДНК во время гибели клеток, опосредованной гранзимом А». Мол. Cell . 23 (1): 133–42. DOI : 10.1016 / j.molcel.2006.06.005 . PMID 16818237 .
Олсен Ю.В., Благоев Б., Гнад Ф. и др. (2006). «Глобальная, in vivo и сайт-специфическая динамика фосфорилирования в сигнальных сетях». Cell . 127 (3): 635–48. DOI : 10.1016 / j.cell.2006.09.026 . PMID 17081983 . S2CID 7827573 .

Внешние ссылки [ править ]

GeneReviews / NCBI / NIH / UW запись о синдроме Айкарди-Гутьера
Записи OMIM о синдроме Айкарди-Гутьереса

Эта статья о гене в хромосоме 3 человека - незавершенная . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000213689 - Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000049734 - Ensembl , май 2017 г.

[3] "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid10391904-5] Mazur DJ, Perrino FW (август 1999 г.). «Идентификация и экспрессия последовательностей кДНК TREX1 и TREX2, кодирующих 3 '-> 5' экзонуклеазы млекопитающих» . J Biol Chem . 274 (28): 19655–60. DOI : 10.1074 / jbc.274.28.19655 . PMID 10391904 .

[pmid10393201-6] Hoss M, Robins P, Naven TJ, Pappin DJ, Sgouros J, Lindahl T (август 1999). «Фермент редактирования ДНК человека, гомологичный белку Escherichia coli DnaQ / MutD» . EMBO J . 18 (13): 3868–75. DOI : 10.1093 / emboj / 18.13.3868 . PMC 1171463 . PMID 10393201 .

[pmid16845398-7] Crow YJ, Hayward BE, Parmar R, Robins P, Leitch A, Ali M, Black DN, van Bokhoven H, Brunner HG, Hamel BC, Corry PC, Cowan FM, Frints SG, Klepper J, Livingston JH, Lynch SA, Massey RF, Meritet JF, Michaud JL, Ponsot G, Voit T, Lebon P, Bonthron DT, Jackson AP, Barnes DE, Lindahl T (июль 2006 г.). «Мутации в гене, кодирующем 3'-5'-экзонуклеазу ДНК TREX1, вызывают синдром Айкарди-Гутьера в локусе AGS1». Нат Жене . 38 (8): 917–20. DOI : 10.1038 / ng1845 . PMID 16845398 . S2CID 9069106 .

[entrez-8] «Энтрез Ген: TREX1 три экзонуклеазы первичной репарации 1» .

[9] Джабаламели (2021). «Перекрытие между генетической предрасположенностью к COVID-19 и кожным заболеваниям» . Иммунологические исследования : 1–8. DOI : 10.1080 / 08820139.2021.1876086 . PMID 33494631 .

[10] Ellinghaus (2020). «Общегеномное исследование ассоциации тяжелой формы Covid-19 с респираторной недостаточностью» . Медицинский журнал Новой Англии . 383 (16): 1522–1534. DOI : 10.1056 / NEJMoa2020283 . PMC 7315890 . PMID 32558485 .

[11] Jabalameli, Навид (2021). «Перекрытие между генетической предрасположенностью к COVID-19 и кожным заболеваниям» . Иммунологические исследования : 1–8. DOI : 10.1080 / 08820139.2021.1876086 . PMID 33494631 .

[12] Дойл, Томас (27 апреля 2015 г.). «ВИЧ-1 и интерфероны: кто кому мешает?» . Обзоры природы микробиологии . 13 (Nature Reviews Microbiology 13): 403–413. DOI : 10.1038 / nrmicro3449 . PMC 7768976 . PMID 25915633 . S2CID 205499122 .

[1]