WikiProject Molecular Biology / Молекулярная и клеточная биология | (Номинальный стартовый класс, высокая важность) |
---|---|
Разделы кроме прогноза
Эта статья посвящена исключительно предсказанию структуры, а не структуре РНК в целом. Интересные факты, относящиеся к структуре РНК, но не к предсказанию, включают: В зависимости от структуры, данная молекула РНК будет иметь участки с относительно высокой или низкой доступностью. Для мРНК высокодоступные области более чувствительны к РНК-интерференции ( РНКи ). Высокоструктурированная РНК замедляет и вызывает паузу в рибосомах во время трансляции (см. Farabaugh, PJ Programmed трансляционный сдвиг рамки. Microbiol. Rev. 60) (см. Wen, JD et al. После трансляции одиночными рибосомами по одному кодону за раз.)
Однако у нас уже есть Список программ для предсказания структуры РНК , и у нас также есть раздел в статье о РНК под названием Структура [ [1] ], в котором упоминается вторичная структура.
Итак, я думаю, вопрос в том, о чем мы хотим, чтобы эта статья была? - Адамуу ( разговор ) 17:06, 6 августа 2009 г. (UTC)
Массовая реорганизация изделий биомолекулярной структуры
Эта статья была перенесена из структуры РНК в результате предложения на WT: MCB . Структура РНК теперь перенаправляется на структуру нуклеиновой кислоты .
Некоторые перенаправления были изменены, чтобы указывать здесь (в первую очередь, Первичная структура , Вторичная структура , Третичная структура и Четвертичная структура ). Редакторы могут захотеть рассмотреть возможность перенаправления этих вики-ссылок, чтобы вместо этого они указывали на соответствующий белок или нуклеиновую кислоту независимо от структуры статьи. Антоний: 22 ( разговор ) 18:47, 10 апреля 2010 (UTC)
Развернуть запрос
ПОЖАЛУЙСТА, ДОПОЛНИТЕЛЬНАЯ СТАТЬЯ: ВКЛЮЧИТЕ ТОЧНЫЕ ДИАГРАММЫ - Предыдущий неподписанный комментарий добавлен Ridem92 ( обсуждение • вклад ) 17:32, 13 октября 2010 г.
- У вас есть какие-то конкретные пожелания? Такая общая критика не очень полезна, поскольку ее можно применить к любой статье в Википедии. - Пол ( выступление ) 12:28, 14 октября 2010 г. (UTC)
Предложения по повышению ясности
У меня две основные проблемы с этой статьей. Во-первых, трактовка первичных и четвертичных структур непоследовательна и неясна. Во-первых, все ли четыре уровня структуры относятся к одному и тому же классу сущностей? Если нет, то что к чему и почему? В настоящее время считается, что первичный применяется к «биологическим молекулам», в то время как вторичный применяется к [по крайней мере некоторым] биополимерам, третичный применяется к макромолекулам и, наконец, четвертичный применяется к «белковым молекулам». Точно так же, как он сейчас читается, первичный применяется в биохимии, вторичный в биохимии и структурной биологии, третичный в биохимии и молекулярной биологии и четвертичный снова в биохимии. Я подозреваю, что это просто несоответствие, заслуживающее некоторой очистки, но я бы не стал выполнять эту очистку, пока не узнал, что это действительно целесообразно.
Во-вторых, ведущему следует лучше рисовать сходства и различия между четырьмя уровнями структуры. Я сосредоточу эти комментарии на сопроводительном изображении (Protein_structure.png). Казалось бы, изображение было включено, чтобы передать отношения между четырьмя уровнями, но что касается меня, мне пришлось несколько минут ломать голову над этим, прежде чем прийти к этой (гипотетической!) Интерпретации:
- «Внизу изображения две последовательности аминокислот. Я думаю, каждая из них является первичной структурой, и это не так уж непонятно.
- "Теперь, судя по цветам соответствующего текста и по сходству (но не идентичности) этих цветов с двумя основными цветами на субизображениях, обозначенными как α-спираль и β-лист, даже несмотря на то, что эти два изображения расположены довольно далеко друг от друга , они должны составлять часть изображения, обозначенную как "вторичная структура". А ... так что голубоватая последовательность аминокислот должна быть первичной структурой α-спирали. Хорошо, я начинаю понимать.
- «Но есть пара зелено-сине-пурпурных вещей. Они идентичны? Хммм ... они выглядят одинаково. Что они означают? Находятся ли они на одном фрагменте изображения или нет? В зависимости от того, как они совпадают по отношению к метки "третичная структура" и "четвертичная структура", я думаю, нет. Подождите, я думаю, синий и розовый биты в каждом из них являются продолжением, соответственно, α-спирали и β-листа, которые сами по себе не розовые, а фиолетовые ( О, я полагаю, что это артефакт решения использовать что-то вроде модели отражения Фонга для рендеринга изображения). Так что я полагаю, что это означало бы, что зеленый цвет (для наших текущих целей) просто разный другой материал, обеспечивающий контекст для иллюстрации третичная структура.
- "Что ж, к настоящему моменту я почти уверен, что в этой метафоре последовательно используется цвет. И по этой логике красный цвет будет дополнительным другим материалом, представленным в качестве контекста, чтобы проиллюстрировать четвертичную структуру. И это будет означать, что левая сторона зеленовато-сине-пурпурный объект не является частью подобраза с третичной структурой, а вместо этого присоединяется к красному мусору, образуя подизображение с четвертичной структурой ».
Послушайте, то, что я смог все это проработать, не означает, что было бы хорошей идеей требовать, чтобы читатели проделали это самостоятельно. Если приведенная выше интерпретация верна, то фигура имеет несколько конструктивных недостатков. Он требует, чтобы человек шел вверх по течению вопреки естественной привычке движения сверху вниз, слева направо. В нем есть некоторые вводящие в заблуждение размещение и интервалы, которые, как правило, не позволяют понять, какие части изображения концептуально принадлежат одному кластеру. Он мог бы унифицировать представление каждого уровня структуры, поместив каждый на тонко выбранную подложку для создания единства. Я догадываюсь, что изображение было создано не специально для этой статьи, а для какого-то другого, не совсем похожего приложения, и было просто введено в эксплуатацию здесь без какой-либо настройки. Понятно, но прискорбно.
Даже если мы не сможем создать более легко интерпретируемое изображение, если кто-то, кто действительно знает этот материал, любезно подтвердит мое понимание, тогда я был бы готов переделать текст, чтобы читатели-небиологи могли пройти через этот пример ». Пол Таненбаум ( выступление ) 16 : 40, 23 февраля 2016 г. (UTC)
- Все, что вы говорите, совершенно верно. Я убрал некоторые несоответствия в разных разделах; эта статья была объединена из отдельных статей, поэтому описания были несогласованными. Конечно, над статьей можно было бы поработать больше. И да, этот образ не самый лучший. Антоний - 22 ( обсуждение / вклад ) 01:54, 12 апреля 2016 (UTC)
- Согласовано. Улучшение изображения, используемого в отведении, некоторое время было в моем списке дел , так что это может, наконец, побудить меня к действию. Приятно осознавать, что не только я считаю это непонятным. Т.Шафи (Evo ﹠ Evo) выступление 05:37, 12 апреля 2016 г. (UTC)
- @ PaulTanenbaum : Я теперь реализован набор изображений по всей белковой структуры и структуры РНК - страниц ( и ). Надеюсь, они немного четче, чем исходное изображение file: protein structure.png . Я обновлю подписи на каждой странице, на которой появляется изображение, чтобы объяснить выделенные функции. Т.Шафи (Evo & Evo), доклад 05:06, 8 ноября 2016 г. (UTC)
{{protein structure}}
{{RNA structure}}
- @ PaulTanenbaum : Я теперь реализован набор изображений по всей белковой структуры и структуры РНК - страниц ( и ). Надеюсь, они немного четче, чем исходное изображение file: protein structure.png . Я обновлю подписи на каждой странице, на которой появляется изображение, чтобы объяснить выделенные функции. Т.Шафи (Evo & Evo), доклад 05:06, 8 ноября 2016 г. (UTC)
Большое спасибо как @ Antony-22 : так и @ Evolution и возможность эволюции : эти цифры теперь намного, намного яснее. И эта дополнительная ясность позволила мне немного расширить круг потенциальных клиентов, чтобы сделать его более мягким для неспециалистов. Буду признателен за любые комментарии, исправления и т. Д. По поводу того, что здесь сделал этот неспециалист. - Пол Таненбаум ( выступление ) 16:43, 11 ноября 2016 г. (UTC)
- @ Эволюция и эволюционируемость : Хорошо, у меня есть несколько очень конкретных комментариев по поводу числа нуклеиновых кислот, поскольку это моя область знаний. :-)
- Во-первых, в целом все соответствующие статьи имеют форму «Структура нуклеиновой кислоты X», что означает, что они охватывают структуру как ДНК, так и РНК. Это нужно отразить на рисунке.
- Во-вторых, мы должны быть осторожны с различием между вторичной и третичной структурой, поскольку она несколько отличается от структуры белка. Для нуклеиновых кислот вторичная структура охватывает только образец спаривания оснований и результирующую топологию, безотносительно к общей геометрии результирующего комплекса. Например, взгляните на цифры в статье Holliday junction . На верхнем рисунке показана только вторичная структура, поскольку она показывает, какие основания соединены в пары, без отображения их трехмерных структур. На двух рисунках ниже показаны две возможные третичные структуры. Похожая ситуация с двумя фигурами в статье Псевдоузел . Прямо сейчас изображения в секции вторичной структуры на рисунке фактически показывают третичные структуры, а не вторичные структуры. Их следует изменить, чтобы они выглядели как верхние цифры в двух упомянутых мною статьях.
- В-третьих, разные типы двойной спирали на самом деле являются следствием третичной структуры: все двойные спирали A-, B- и Z- имеют одинаковые пары оснований, что означает, что они имеют идентичные вторичные структуры, но внешние факторы заставляют их иметь разные 3D конструкции. У нас есть отдельная статья о двойной спирали нуклеиновой кислоты , которую, возможно, можно связать с диаграммой трех спиральных форм в правой части раздела третичной структуры.
- В-четвертых, было бы неплохо иметь изображение нуклеосомы в разделе четвертичной структуры, поскольку это хороший пример четвертичной структуры ДНК.
- Еще раз спасибо за то, что собрали их вместе; Надеюсь, эти предложения будут вам полезны. Антоний - 22 ( обсуждение / вклад ) 02:32, 17 ноября 2016 (UTC)
- @ Antony-22 : Большое спасибо за рекомендации. Всегда приятно получить, что я постараюсь внести исправления и улучшения в эти выходные. Кажется, есть небольшие различия в том, как обсуждается вторичная структура в ДНК (например, вставка 1 из «Вторичные структуры ДНК: стабильность и функция структур G-квадруплекса» . Nature Reviews. Genetics . 13 (11): 770–780. 17 ноября 2016 г. doi : 10.1038 / nrg3296 . ISSN 1471-0056 .). Как вы думаете, лучше всего сделать единую комбинированную диаграмму РНК + ДНК или отдельные диаграммы ДНК и РНК, расположенные рядом? Я склоняюсь к разделению, так как примеры для ДНК будут разными (спирали, праздничное соединение, нуклеосома). И наоборот, для спиралей, как я понимаю, B-форма является доминантной для ДНК, а A-форма доминантной для РНК, но обе могут образовывать и то, и другое. Есть мнения? T.Shafee (Evo & Evo) выступление 09:29, 17 ноября 2016 (UTC)
- @ Evolution and Evolvability : Спасибо, что подняли этот вопрос, я знаю, что это было много комментариев. Дело в том, что отдельных статей о структуре ДНК и РНК нет. Я не думаю, что имеет смысл разделять их, поскольку почти все типы структур имеют отношение к обоим. Нет смысла иметь две цифры, которые ссылаются на один и тот же набор статей, поэтому я считаю, что лучше использовать одну цифру и более или менее посвятить левую часть РНК, а правую - ДНК.
- К вашему сведению, вот ссылка на определение вторичной структуры пар оснований: [2] «Вторичная структура цепи нуклеиновой кислоты - это просто список пар оснований между комплементами Уотсона – Крика ...; ее можно описать как график со связями между парными основаниями на основе полимера ». В структуре белка это аналогичная концепция, поскольку и альфа-спирали, и бета-листы являются прямым результатом определенного образца водородных связей, которые предполагают определенную локальную структуру, но возможны разные авторы или подполя более или менее строго проводят различие. Антоний - 22 ( обсуждение / вклад ) 17:49, 17 ноября 2016 (UTC)
- @ Antony-22 : Большое спасибо за рекомендации. Всегда приятно получить, что я постараюсь внести исправления и улучшения в эти выходные. Кажется, есть небольшие различия в том, как обсуждается вторичная структура в ДНК (например, вставка 1 из «Вторичные структуры ДНК: стабильность и функция структур G-квадруплекса» . Nature Reviews. Genetics . 13 (11): 770–780. 17 ноября 2016 г. doi : 10.1038 / nrg3296 . ISSN 1471-0056 .). Как вы думаете, лучше всего сделать единую комбинированную диаграмму РНК + ДНК или отдельные диаграммы ДНК и РНК, расположенные рядом? Я склоняюсь к разделению, так как примеры для ДНК будут разными (спирали, праздничное соединение, нуклеосома). И наоборот, для спиралей, как я понимаю, B-форма является доминантной для ДНК, а A-форма доминантной для РНК, но обе могут образовывать и то, и другое. Есть мнения? T.Shafee (Evo & Evo) выступление 09:29, 17 ноября 2016 (UTC)
Комментарий к оценке
Приведенные ниже комментарии изначально были оставлены на Обсуждение: Биомолекулярная структура / Комментарии и размещены здесь для потомков. После нескольких обсуждений в прошлые годы эти подстраницы теперь устарели. Комментарии могут быть неактуальными или устаревшими; если да, пожалуйста, удалите этот раздел.
Получил оценку «наивысший» как содержание средней школы / SAT по биологии; соответствует структуре белка . - tameeria 02:35, 29 апреля 2007 г. (UTC) |
Последний раз редактировалось в 01:48, 1 января 2012 г. (UTC). Заменен в 09:42 29 апреля 2016 г. (UTC)
Внешние ссылки изменены
Привет, друзья Википедии,
Я только что изменил одну внешнюю ссылку на биомолекулярную структуру . Пожалуйста, найдите время, чтобы просмотреть мою правку . Если у вас есть какие-либо вопросы или вам нужно, чтобы бот игнорировал ссылки или страницу в целом, посетите этот простой FAQ для получения дополнительной информации. Я внес следующие изменения:
- Добавлен тег в http://planetphysics.org/encyclopedia/BesselFunctionsAndTheirApplicationsToDiffractionByHelicalStructures.html.
{{dead link}}
- Добавлен архив https://web.archive.org/web/20090724020817/http://planetphysics.org/encyclopedia/BesselFunctionsApplicationsToDiffractionByHelicalStructures.html по адресу http://planetphysics.org/encyclopedia/BesselFunctionsApplicationsBctures.helicalStrucks.helical.
Когда вы закончите просмотр моих изменений, вы можете следовать инструкциям в шаблоне ниже, чтобы исправить любые проблемы с URL-адресами.
По состоянию на февраль 2018 г. разделы страницы обсуждения «Изменены внешние ссылки» больше не создаются и не отслеживаются InternetArchiveBot . В отношении этих уведомлений на странице обсуждения не требуется никаких специальных действий, кроме регулярной проверки с использованием приведенных ниже инструкций инструмента архивации. Редакторы имеют разрешение удалить эти разделы «Внешние ссылки изменены» на странице обсуждения, если они хотят убрать беспорядок на страницах обсуждения, но перед массовым систематическим удалением просматривают RfC . Это сообщение динамически обновляется с помощью шаблона (последнее обновление: 15 июля 2018 г.) .{{sourcecheck}}
- Если вы обнаружили URL-адреса, которые бот ошибочно считал мертвыми, вы можете сообщить о них с помощью этого инструмента .
- Если вы обнаружили ошибку в каких-либо архивах или самих URL-адресах, вы можете исправить их с помощью этого инструмента .
Ура. - InternetArchiveBot ( Сообщить об ошибке ) 19:20, 20 июля 2017 г. (UTC)
неработающей ссылке
на изображении lengend URL "6TNA 6TNA" не работает - Предыдущий неподписанный комментарий добавлен 62.1.209.51 ( обсуждение ) 17:23, 1 ноября 2020 г. (UTC)