псевдомонада
Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлено из группы Pseudomonas syringae )
Перейти к навигации Перейти к поиску

псевдомонада
Синегнойная палочка 01.jpg
Колонии P. aeruginosa на чашке с агаром
Научная классификация е
Домен:Бактерии
Тип:псевдомонадота
Учебный класс:Гаммапротеобактерии
Заказ:псевдомонадалы
Семья:псевдомонадовые
Род:Псевдомонас
Мигула 1894 г.
Типовые виды
синегнойная палочка
Разновидность

См. текст.

Синонимы
  • " Stutzerimonas " Lalucat et al. 2022 [1]
  • Флавимонас Холмс и др. 1987 г.
  • Хрисемонас Холмс и др. 1986 г.
  • Serpens Hespell 1977 (утвержденные списки 1980 г.)

Pseudomonas — род грамотрицательных гаммапротеобактерий, принадлежащий к семейству Pseudomonadaceae и содержащий 191 описанный вид. [2] Члены рода демонстрируют большое метаболическое разнообразие и, следовательно, способны колонизировать широкий спектр ниш. [3] Простота их культивирования in vitro и доступность растущего числа геномных последовательностей штаммов Pseudomonas сделали этот род отличным центром научных исследований; наиболее изученные виды включают P. aeruginosa в ее роли условно-патогенногопатоген человека , патоген растений P. syringae , почвенная бактерия P. putida и стимулирующие рост растений P. fluorescens , P. lini , P. migulae и P. graminis . [4] [5]

Из-за их широкого распространения в воде и семенах растений, таких как двудольные , псевдомонады наблюдались в начале истории микробиологии . Родовое название Pseudomonas , созданное для этих организмов, было определено Вальтером Мигулой в 1894 и 1900 годах довольно неопределенно как род грамотрицательных, палочковидных и полярно- жгутиковых бактерий с некоторыми спорообразующими видами. [6] [7] Последнее утверждение позже оказалось неверным и было связано с преломляющими гранулами запасных материалов. [8] Несмотря на расплывчатое описание, типовой вид Pseudomonas pyocyanea (базонимPseudomonas aeruginosa ) оказался лучшим дескриптором. [8]

История классификации

Как и у большинства родов бактерий, последний общий предок псевдомонад [примечание 1] жил сотни миллионов лет назад. Первоначально они были классифицированы в конце 19 века, когда впервые были идентифицированы Уолтером Мигулой . Этимология названия в то время не уточнялась, и впервые оно появилось в седьмом издании «Руководства по систематической бактериологии» Берджи (главный авторитет в бактериальной номенклатуре) как греческие псевдонимы (ψευδής) «ложный» и -monas (μονάς/μονάδος)». единая единица», что может означать ложную единицу; однако Мигула, возможно, имел в виду ложного Монаса , наножгутикового простейшего [8] . (впоследствии термин «монада» стал использоваться в ранней истории микробиологии для обозначения одноклеточных организмов). Вскоре другие виды, соответствующие несколько расплывчатому первоначальному описанию Мигулы, были выделены из многих природных ниш, и в то время многие из них были отнесены к роду . Однако с тех пор многие штаммы были переклассифицированы на основе более современной методологии и использования подходов, включающих исследования консервативных макромолекул. [9]

Недавно анализ последовательности 16S рРНК переопределил таксономию многих видов бактерий. [10] В результате род Pseudomonas включает штаммы, ранее относившиеся к родам Chryseomonas и Flavimonas . [11] Другие штаммы, ранее отнесенные к роду Pseudomonas , теперь относятся к родам Burkholderia и Ralstonia . [12] [13]

В 2020 году филогеномный анализ 494 полных геномов Pseudomonas выявил два четко определенных вида ( P. aeruginosa и P. chlororaphis ) и четыре более широкие филогенетические группы ( P. fluorescens, P. stutzeri, P. syringae, P. putida ) с достаточное количество доступных протеомов. [14] Четыре более широкие эволюционные группы включают более одного вида, основанного на определении вида по уровням средней идентичности нуклеотидов. [15] Кроме того, филогеномный анализ выявил несколько штаммов, которые были ошибочно отнесены к неправильным видам или эволюционным группам. [14] Об этой проблеме неправильной аннотации сообщалось и в других исследованиях. [16]

Геномика

В 2000 г. была определена полная последовательность генома вида Pseudomonas ; совсем недавно была определена последовательность других штаммов, включая штаммы P. aeruginosa PAO1 (2000 г.), P. putida KT2440 (2002 г.), P. protegens Pf-5 (2005 г.), P. syringae pathovar tomato DC3000 (2003 г.), P. syringae pathovar syringae B728a (2005 г.), P. syringae pathovar Phaseolica 1448A (2005 г.), P. fluorescens Pf0-1 и P. entomophila L48. [9]

К 2016 году было секвенировано более 400 штаммов Pseudomonas . [17] Секвенирование геномов сотен штаммов выявило сильно различающиеся виды внутри рода. Фактически, многие геномы Pseudomonas имеют только 50-60% общих генов, например P. aeruginosa и P. putida имеют только 2971 общий белок из 5350 (или ~ 55%). [17]

К 2020 году в Генбанке было доступно более 500 полных геномов Pseudomonas . Филогеномный анализ использовал 494 полных протеома и идентифицировал 297 основных ортологов, общих для всех штаммов. [14] Этот набор основных ортологов на уровне рода был обогащен белками, участвующими в метаболизме, трансляции и транскрипции, и был использован для создания филогеномного дерева всего рода, чтобы определить отношения между основными эволюционными группами Pseudomonas . [14] Кроме того, для большинства эволюционных групп были идентифицированы группоспецифические коровые белки, что означает, что они присутствовали у всех членов конкретной группы, но отсутствовали у других псевдомонад. Например, несколько P. aeruginosaБыли идентифицированы специфические коровые белки, которые, как известно, играют важную роль в патогенности этого вида, такие как CntL, CntM, PlcB, Acp1, MucE, SrfA, Tse1, Tsi2, Tse3 и EsrC . [14]

Характеристики

Члены рода демонстрируют следующие определяющие характеристики: [18]

  • Стержневидный
  • грамотрицательный
  • Жгутик один или несколько, обеспечивающих подвижность
  • Аэробика
  • Не спорообразующий
  • Каталаза-положительный
  • Оксидазо-положительный

Другие характеристики, которые, как правило, связаны с видами Pseudomonas (за некоторыми исключениями), включают секрецию пиовердина , флуоресцентного желто-зеленого сидерофора [19] в условиях дефицита железа. Некоторые виды Pseudomonas могут также продуцировать дополнительные типы сидерофоров, такие как пиоцианин Pseudomonas aeruginosa [20] и тиохинолобактин Pseudomonas fluorescens . [21] Виды Pseudomonas также обычно дают положительный результат теста на оксидазу ., отсутствие газообразования из глюкозы, глюкоза окисляется в тесте на окисление/ферментацию с использованием теста Хью и Лейфсона O/F, бета- гемолитический (на кровяном агаре ), отрицательный индол , отрицательный метиловый красный , отрицательный тест Фогеса-Проскауэра и положительный цитрат .

Pseudomonas может быть наиболее распространенным зародышем кристаллов льда в облаках, поэтому она имеет огромное значение для образования снега и дождя во всем мире. [22]

Формирование биопленки

Все виды и штаммы Pseudomonas исторически классифицировались как строгие аэробы . Исключения из этой классификации недавно были обнаружены в биопленках Pseudomonas . [23] Значительное количество клеток может продуцировать экзополисахариды, связанные с образованием биопленок. Секреция экзополисахаридов , таких как альгинат, затрудняет фагоцитоз псевдомонад лейкоцитами млекопитающих . [24] Производство экзополисахаридов также способствует колонизации поверхности биопленок.которые трудно удалить с поверхностей для приготовления пищи. Рост псевдомонад на испорченных продуктах может вызвать «фруктовый» запах.

Устойчивость к антибиотикам

Большинство Pseudomonas spp. имеют естественную устойчивость к пенициллину и большинству родственных бета-лактамных антибиотиков , но некоторые из них чувствительны к пиперациллину , имипенему , тикарциллину или ципрофлоксацину . [24] Аминогликозиды, такие как тобрамицин , гентамицин и амикацин , являются другими вариантами терапии.

Эта способность процветать в суровых условиях является результатом их выносливых клеточных стенок , содержащих порины . Их устойчивость к большинству антибиотиков связана с насосами оттока , которые выкачивают некоторые антибиотики, прежде чем они смогут действовать.

Pseudomonas aeruginosa все чаще признается новым условно-патогенным микроорганизмом , имеющим клиническое значение. Одной из его наиболее тревожных характеристик является низкая чувствительность к антибиотикам. [25] Эта низкая восприимчивость объясняется согласованным действием насосов оттока с множеством лекарств с хромосомно кодируемыми генами устойчивости к антибиотикам (например, mexAB-oprM , mexXY и т. д ., [26] ) и низкой проницаемостью бактериальных клеточных оболочек. Помимо внутренней устойчивости, у P. aeruginosa легко развивается приобретенная устойчивость либо в результате мутации в хромосомно кодируемых генах, либо в результате горизонтального переноса генов .детерминант антибиотикорезистентности. Развитие множественной лекарственной устойчивости у изолятов P. aeruginosa требует нескольких различных генетических событий, включая приобретение различных мутаций и/или горизонтальный перенос генов устойчивости к антибиотикам. Гипермутация способствует выбору управляемой мутацией устойчивости к антибиотикам у штаммов P. aeruginosa , вызывающих хронические инфекции, тогда как кластеризация нескольких различных генов устойчивости к антибиотикам в интегронах способствует согласованному приобретению детерминант устойчивости к антибиотикам. Некоторые недавние исследования показали фенотипическую резистентность, связанную с образованием биопленки или с появлением вариантов с небольшими колониями, что может иметь важное значение в реакции на вирусы.Популяции P. aeruginosa к лечению антибиотиками . [9]

Чувствительность к галлию

Хотя у галлия нет естественной функции в биологии, ионы галлия взаимодействуют с клеточными процессами аналогично железу (III). Когда ионы галлия ошибочно поглощаются бактериями, такими как Pseudomonas , вместо железа (III) , ионы мешают дыханию, и бактерии погибают. Это происходит потому, что железо окислительно-восстановительно-активно, что позволяет передавать электроны во время дыхания, а галлий окислительно-восстановительно-неактивен. [27] [28]

Патогенность

Патогены животных

Основная статья: синегнойная инфекция

Инфекционные виды включают P. aeruginosa , P. oryzihabitans и P. plecoglossicida . P. aeruginosa процветает в условиях больниц и представляет собой особую проблему в этих условиях, поскольку это вторая по распространенности инфекция у госпитализированных пациентов ( внутрибольничные инфекции ). [29] Этот патогенез может быть частично связан с белками, секретируемыми P. aeruginosa . Бактерия обладает широким спектром систем секреции , которые экспортируют многочисленные белки, имеющие отношение к патогенезу клинических штаммов. [30] Интересно, что несколько генов, участвующих в патогенезе P.aeruginosa,такие как CntL, CntM, PlcB, Acp1, MucE, SrfA, Tse1, Tsi2, Tse3 и EsrC , являются специфичными для основной группы [14] , что означает, что они являются общими для подавляющего большинства штаммов P. aeruginosa , но не являются присутствует в других псевдомонадах .

Патогены растений

P. syringae является плодовитым патогеном растений . Он существует в виде более 50 различных патоваров , многие из которых демонстрируют высокую степень специфичности растения-хозяина. Многие другие виды Pseudomonas могут действовать как патогены растений, особенно все другие представители подгруппы P. syringae , но P. syringae является наиболее широко распространенным и наиболее изученным.

Хотя P. tolaasii не является строго патогеном для растений, он может представлять собой серьезную проблему для сельского хозяйства, поскольку может вызывать бактериальную пятнистость культивируемых грибов . [31] Точно так же P. agarici может вызывать слезотечение у культивируемых грибов. [32]

Использование в качестве агентов биоконтроля

С середины 1980-х годов некоторые представители рода Pseudomonas применялись к семенам злаков или вносились непосредственно в почву как способ предотвращения роста или закрепления патогенов сельскохозяйственных культур. Эта практика обычно называется биоконтролем . Свойства биоконтроля штаммов P. fluorescens и P. protegens (например, CHA0 или Pf-5) в настоящее время изучены лучше всего, хотя неясно, как именно достигаются стимулирующие рост растений свойства P. fluorescens . Теории включают: бактерии могут вызывать системную резистентность у растения-хозяина, поэтому оно может лучше сопротивляться атаке настоящего патогена; бактерии могут вытеснять другие (патогенные) почвенные микробы, например, с помощью сидерофоров .предоставление конкурентного преимущества при очистке от железа; бактерии могут производить соединения, антагонистические по отношению к другим почвенным микробам, такие как антибиотики феназинового типа или цианистый водород . Экспериментальные данные подтверждают все эти теории. [33]

Другие известные виды Pseudomonas со свойствами биоконтроля включают P. chlororaphis , который продуцирует антибиотик феназинового типа , активный против определенных грибковых патогенов растений, [34] и близкородственный вид P. aurantiaca , который продуцирует ди-2,4-диацетилфторглюцилметан , соединение, обладающее антибиотической активностью в отношении грамположительных микроорганизмов. [35]

Использование в качестве агентов биоремедиации

Некоторые представители рода способны метаболизировать химические загрязнители в окружающей среде и, как следствие, могут использоваться для биоремедиации . Известные виды, продемонстрированные как пригодные для использования в качестве агентов биоремедиации, включают:

  • P. alcaligenes , способные разлагать полициклические ароматические углеводороды . [36]
  • P. mendocina , способная разлагать толуол . [37]
  • P. pseudoalcaligenes , способный использовать цианид в качестве источника азота . [38]
  • P. Resinovorans , которые могут разлагать карбазол . [39]
  • P. aeruginosa , P. putida , P. desmolyticum и P. nitroreducens могут разлагать хлорпирифос . [40]
  • P. veronii , который, как было показано, разлагает ряд простых ароматических органических соединений . [41] [42]
  • P. putida , способный разлагать органические растворители, такие как толуол . [43] По крайней мере, один штамм этой бактерии способен превращать морфин в водном растворе в более сильный и несколько дорогой в производстве препарат гидроморфон (дилаудид).
  • Штамм KC P. stutzeri , способный разлагать четыреххлористый углерод . [44]

Обнаружение агентов порчи пищевых продуктов в молоке

Одним из способов идентификации и категоризации нескольких бактериальных организмов в образце является использование риботипирования. [45] При риботипировании из образцов, содержащих виды бактерий, выделяют хромосомную ДНК разной длины и расщепляют на фрагменты. [45] Сходные типы фрагментов из разных организмов визуализируются и их длины сравниваются друг с другом с помощью Саузерн-блоттинга или гораздо более быстрого метода полимеразной цепной реакции (ПЦР) . [45] Затем фрагменты можно сопоставить с последовательностями, обнаруженными у видов бактерий. [45] Показано, что риботипирование является методом выделения бактерий, способных к порче. [46] Около 51% PseudomonasБактерии, обнаруженные на предприятиях по переработке молока, представляют собой P. fluorescens , причем 69% этих изолятов содержат протеазы, липазы и лецитиназы, которые способствуют разложению компонентов молока и последующей порче. [46] Другие виды Pseudomonas могут иметь любую из протеаз, липаз или лецитиназ или вообще не иметь их. [46] Аналогичную ферментативную активность проявляют Pseudomonas одного и того же риботипа, при этом каждый риботип проявляет различную степень порчи молока и влияние на вкус. [46] Количество бактерий влияет на интенсивность порчи, при этом неферментативные виды Pseudomonas в большом количестве способствуют порче. [46]

Порча пищевых продуктов наносит ущерб пищевой промышленности из-за образования летучих соединений организмами, метаболизирующими различные питательные вещества, содержащиеся в пищевом продукте. [47] Загрязнение приводит к опасности для здоровья из-за производства токсичных соединений, а также к неприятным запахам и вкусам. [47] Технология электронного носа позволяет быстро и непрерывно измерять микробиологическую порчу пищевых продуктов, ощущая запахи, производимые этими летучими соединениями. [47] Таким образом, технология электронного носа может применяться для обнаружения следов порчи молока Pseudomonas и выделения ответственных видов Pseudomonas . [48]Датчик газа состоит из носовой части, состоящей из 14 модифицируемых полимерных датчиков, которые могут обнаруживать специфические продукты разложения молока, продуцируемые микроорганизмами. [48] ​​Данные датчика получаются путем изменения электрического сопротивления 14 полимеров при контакте с их целевым соединением, а четыре параметра датчика можно регулировать для дальнейшего уточнения отклика. [48] ​​Затем ответы могут быть предварительно обработаны нейронной сетью, которая затем может различать микроорганизмы, вызывающие порчу молока, такие как P. fluorescens и P. aureofaciens . [48]

Разновидность

Pseudomonas включает следующие виды [2] , организованные в группы геномной аффинности: [49] [50] [51] [52] [53] [54] [55]

Группа P. aeruginosa

  • P. aeruginosa (Schroeter 1872) Migula 1900 (утвержденные списки 1980 г.)
  • P. citronellolis Seubert 1960 (утвержденные списки 1980 г.)
  • P. delhiensis Prakash et al. 2007 г.
  • " P. denitrificans " Bergey et al. 1961 г.
  • P. jinjuensis Kwon et al. 2003 г.
  • P. knackmussii Stolz et al. 2007 г.
  • P. nicosulfuronedens Li et al. 2021
  • P. nitroreducens Iizuka и Komagata 1964 (утвержденные списки 1980 г.)
  • P. panipatensis Gupta et al. 2008 г.

Группа P. anguilliseptica

  • P. anguilliseptica Wakabayashi and Egusa 1972 (утвержденные списки 1980 г.)
  • P. benzenivorans Lang et al. 2012
  • P. borbori Vanparys et al. 2006 г.
  • P. campi Timsy et al. 2021
  • P. cuatrocienegasensis Escalante et al. 2009 г.
  • P. glareae Романенко и соавт. 2015
  • P. guineae Bozal et al. 2007 г.
  • P. guryensis Ким и др. 2021
  • P. lalucatii Busquets et al. 2021
  • P. leptonychotis Nováková et al. 2020
  • P. marincola Романенко и соавт. 2008 г.
  • P. peli Vanparys и соавт. 2006 г.
  • P. segitis Park и соавт. 2006 г.
  • P. taeanensis Ли и др. 2010
  • P. ullengensis Ким и др. 2021

Группа P. fluorescens

Подгруппа P. asplenii

  • P. agarici Young 1970 г. (утвержденные списки 1980 г.)
  • P. asplenii (Арк и Томпкинс, 1946 г.) Savulescu 1947 г. (утвержденные списки 1980 г.)
  • " P. batumici " Киприанова и др. 2011
  • P. fuscovaginae (бывший Tanii et al., 1976) Miyajima et al. 1983 г.
  • " P. gingeri " Cutri et al. 1984 г.
  • P. vanderleydeniana Girard et al. 2022

Подгруппа P. chlororaphis

  • P. aurantiaca Нахимовская 1948 г. (Утвержденные списки 1980 г.)
  • P. aureofaciens Kluyver 1956 (утвержденные списки 1980 г.)
  • P. chlororaphis (Guignard and Sauvageau 1894) Bergey et al. 1930 г. (утвержденные списки 1980 г.)
  • « P. piscium » (Burr et al. 2010) Chen et al. 2018

Подгруппа P. corrugata

  • P. alvandae Girard et al. 2022
  • P. bijiensis Liang et al. 2021
  • P.brassicacearum Achouak et al. 2000 г.
  • P. canavaninivorans Hauth et al. 2022
  • P. corrugata Робертс и Скарлетт, 1981 г.
  • P. kilonensis Sikorski et al. 2001 г.
  • P. marvdashtae Girard et al. 2022
  • P. mediterranea Catara et al. 2002 г.
  • P. ogarae Garrido-Sanz et al. 2022
  • P. tehranensis Girard et al. 2022
  • P. thivervalensis Achouak et al. 2000 г.
  • P. viciae Zhao et al. 2020
  • P. zanjanensis Girard et al. 2022
  • P. zarinae Girard et al. 2022

Подгруппа P. fluorescens

  • P. allii Sawada и соавт. 2021
  • P. antarctica Reddy et al. 2004 г.
  • P. asgharzadehiana Girard et al. 2022
  • P. aylmerensis corrig. Чаганг и др. 2021
  • P. azadiae Girard et al. 2022
  • P. azotoformans Iizuka и Komagata 1963 (утвержденные списки 1980 г.)
  • P. canadensis Tambong et al. 2017
  • P. carnis Lick et al. 2020
  • P. cedrina исправл . Даббуси и др. 2002 г.
  • P. costantinii Munsch et al. 2002 г.
  • P. cremoris Hofmann et al. 2021
  • P. cyclaminis Sawada et al. 2021
  • P. edaphica Ramirez -Bahena et al. 2019
  • P. extremaustralis López et al. 2010
  • P. extremorientalis Ivanova et al. 2002 г.
  • P. fildesensis Павлов и соавт. 2020
  • P. fluorescens Migula 1895 (утвержденные списки 1980 г.)
  • " P. fulgida " Naureen et al. 2005 г.
  • P. grimontii Baïda et al. 2002 г.
  • P. haemolytica Хофманн и соавт. 2020
  • P. kairouanensis Oueslati et al. 2020
  • P. karstica Švec et al. 2020
  • P. khavaziana Girard et al. 2022
  • P. kitaguniensis Sawada et al. 2020
  • P. lactis von Neubeck et al. 2017
  • P. lactucae Sawada et al. 2021
  • P. libanensis Dabboussi et al. 1999 г.
  • P. lurida Behrendt et al. 2007 г.
  • P. marginalis (Браун, 1918 г.) Стивенс, 1925 г. (утвержденные списки, 1980 г.)
  • P. nabeulensis Oueslati et al. 2020
  • P. orientalis Dabboussi et al. 2002 г.
  • P. palleroniana Gardan et al. 2002 г.
  • P. panacis Park и соавт. 2005 г.
  • P. paracarnis Lick et al. 2021
  • P. paralactis von Neubeck et al. 2017
  • P. pisciculturae Duman et al. 2021
  • P. poae Behrendt et al. 2003 г.
  • P. rhodesiae Coroler et al. 1997 г.
  • P. salmasensis Girard et al. 2022
  • P. salomonii Gardan et al. 2002 г.
  • P. simiae Vela и соавт. 2006 г.
  • P. sivasensis Duman et al. 2020
  • P. spelaei Švec et al. 2020
  • P. synxantha (Эренберг, 1840 г.), Голландия, 1920 г. (утвержденные списки, 1980 г.)
  • P. tolaasii Paine 1919 (утвержденные списки 1980 г.)
  • P. tritici Girard et al. 2022
  • P. triviis Behrendt et al. 2003 г.
  • P. veronii Эломари и соавт. 1996 г.
  • P. yamanorum Arnau et al. 2015

Подгруппа P. fragi

  • P. bubulae Lick et al. 2020
  • P. deceptionensis Carrión et al. 2011
  • P. endophytica Ramírez-Bahena et al. 2015
  • P. fragi (Eichholz 1902) Gruber 1905 (утвержденные списки 1980 г.)
  • P. helleri von Neubeck и соавт. 2016
  • P. lundensis Molin et al. 1986 г.
  • P. paraversuta Lick et al. 2021
  • P. psychrophila Yumoto et al. 2002 г.
  • P. saxonica Хофманн и др. 2020
  • P. taetrolens Haynes 1957 (утвержденные списки 1980 г.)
  • P. versuta See-Too et al. 2017
  • P. weihenstephanensis von Neubeck et al. 2016

Подгруппа P. gessardii

  • P. brenneri Baida et al. 2002 г.
  • P. gessardii Verhille et al. 1999 г.
  • P. meridiana Reddy et al. 2004 г.
  • P. mucidolens Levine and Anderson 1932 (утвержденные списки 1980 г.)
  • P. proteolytica Reddy et al. 2004 г.
  • P. shahriarae Girard et al. 2022

Подгруппа P. jessenii

  • P. azerbaijanoccidentalis corrig. Жирар и др. 2022
  • P. azerbaijanorientalis corrig. Жирар и др. 2022
  • P. izuensis Lu и соавт. 2020
  • P. jessenii Verhille и соавт. 1999 г.
  • P. laurylsulfatiphila corrig. Фурманчик и др. 2019
  • P. laurylsulfativorans corrig. Фурманчик и др. 2019
  • P. mohnii Cámara et al. 2007 г.
  • П. Мурей Камара и др. 2007 г.
  • P. reinekei Cámara et al. 2007 г.
  • P. umsongensis Kwon et al. 2003 г.
  • P. vancouverensis Mohn et al. 1999 г.

Подгруппа P. koreensis

  • P. allokribbensis Morimoto et al. 2021
  • P. anatoliensis Duman et al. 2021
  • P. atacamensis Poblete-Morales et al. 2021
  • P. atagonensis corrig. Моримото и др. 2020
  • P. baetica López et al. 2012
  • " P.bananamidigenes " Girard et al. 2021
  • " P. botevensis " Girard et al. 2021
  • " P. crudilactis " Schlusselhuber et al. 2021
  • P. ekonensis Girard et al. 2022
  • P. glycinae Jia et al. 2021
  • P. gozinkensis Morimoto et al. 2021
  • P. granadensis Паскуаль и др. 2015
  • P. hamedanensis Girard et al. 2022
  • P. helmanticensis Ramírez-Bahena et al. 2014
  • P. iranensis Girard et al. 2022
  • P. iridis Duman et al. 2021
  • P. horasanensis Girard et al. 2022
  • P. koreensis Kwon et al. 2003 г.
  • " P. kribbensis " Chang et al. 2016
  • P. monsensis Girard et al. 2022
  • P. moraviensis Tvrzová et al. 2006 г.
  • P. neuropathica Duman et al. 2021
  • P. siliginis Girard et al. 2022
  • P. tensinigenes Girard et al. 2022
  • P. triticicola Girard et al. 2022
  • P. zeae Girard et al. 2022

Подгруппа P. mandelii

  • P. arsenicoxydans Campos et al. 2011
  • П. Фаррис Жирар и соавт. 2022
  • P. frederiksbergensis Andersen et al. 2000 г.
  • " P. gregormendelii " Косина и соавт. 2016
  • P. lini Delorme et al. 2002 г.
  • P. mandelii Verhille и соавт. 1999 г.
  • P. migulae Verhille et al. 1999 г.
  • P. mucoides Думан и соавт. 2021
  • P. piscicola Duman et al. 2021
  • P. prosekii Косина и соавт. 2014
  • P. silesiensis Kaminski et al. 2018

Подгруппа P. protegens

  • " P. aestus " Васконселлос и др. 2017
  • P. piscis Liu et al. 2020
  • P. protegens Ramette et al. 2012
  • P. saponiphila Lang et al. 2012
  • " P. sessilinigenes " Girard et al. 2021

incertae sedis

  • " P. blachfordae " Блатчфорд и Шустер, 1980 г.
  • P. kielensis Gieschler et al. 2021

Группа P. linyingensis

  • P. guangdongensis Yang et al. 2013
  • P. linyingensis He et al. 2015
  • " P. oryzae " Yu et al. 2013
  • P. sagittaria Lin et al. 2013

Группа П. лютеа

  • P. abietaniphila Mohn et al. 1999 г.
  • P. bohemica Saati-Santamaría et al. 2018
  • P. graminis Behrendt et al. 1999 г.
  • P. lutea Peix и соавт. 2004 г.

Группа P. massiliensis

  • " P.massiliensis " Bardet et al. 2018
  • P. typographi Peral-Aranega et al. 2021

Группа P. oleovorans

  • P. alcaliphila Yumoto et al. 2001 г.
  • " P. chaetocerotis " Girard et al.
  • P. chengduensis Tao et al. 2014
  • P. composti Gibello et al. 2011
  • P. guguanensis Liu et al. 2013
  • P. hydrolytica Zhou et al. 2020
  • " P. indoloxydans " Manickam et al. 2008 г.
  • P. khazarica Tarhriz et al. 2020
  • P. mendocina Palleroni 1970 г. (утвержденные списки 1980 г.)
  • P. oleovorans Ли и Чендлер, 1941 г. (утвержденные списки 1980 г.)
  • " P. sediminis " Behera et al. 2018
  • " P. sihuiensis " Wu et al. 2014
  • P. toyotomiensis Hirota et al. 2011

Группа P. oryzihabitans

  • P. asuensis Редди и Гарсия-Пишель, 2015 г.
  • P. duriflava Liu et al. 2008 г.
  • P. luteola Kodama и соавт. 1985 г.
  • P. oryzihabitans Kodama et al. 1985 г.
  • P. rhizoryzae Wang et al. 2020

Группа P. pohangensis

  • P. mangrovi Ye et al. 2019
  • P. pohangensis Weon et al. 2006 г.

Группа П. Путида

  • P. akappageensis corrig. Моримото и др. 2020
  • P. алкилфенолика Mulet et al. 2015
  • P. alloputida Keshavarz -Tohid et al. 2020
  • P. anuradhapurensis Girard et al. 2022
  • P. arcuscaelestis Mulet et al. 2021
  • P. asiatica Tohya et al. 2019
  • P.brassicae Sawada et al. 2020
  • " P. capeferrum " Berendsen et al. 2015
  • P. cremoricolorata Uchino et al. 2002 г.
  • P. defluvii Qin et al. 2020
  • P. donghuensis Gao et al. 2015
  • P. entomophila Mulet et al. 2012
  • P. fakonensis Girard et al. 2022
  • P. farsensis Girard et al. 2022
  • P. fulva Iizuka и Komagata 1963 (утвержденные списки 1980 г.)
  • P. guariconensis Toro et al. 2013
  • P. huaxiensis Qin et al. 2019
  • " P. hunanensis " Gao et al. 2014
  • " P. hutmensis " Xiang et al. 2019
  • P. inefficax Keshavarz-Tohid et al. 2019
  • P. japonica Pungrasmi et al. 2008 г.
  • P. juntendi Tohya et al. 2019
  • P. kermanshahensis Girard et al. 2022
  • P. kurunegalensis Girard et al. 2022
  • P. laurentiana Райт и др. 2019
  • P. maumuensis Girard et al. 2022
  • P. monteilii Эломари и др. 1997 г.
  • P. mossselii Dabboussi et al. 2002 г.
  • P. muyukensis Girard et al. 2022
  • P. oryzicola Girard et al. 2022
  • " P. oryziphila " Yang et al. 2021
  • P. palmensis Gutierrez-Albanchez et al. 2022
  • P. parafulva Uchino et al. 2002 г.
  • P. peradeniyensis Girard et al. 2022
  • P. persica Keshavarz-Tohid et al. 2020
  • P. plecoglossicida Nishimori et al. 2000 г.
  • P. promysalinigenes Girard et al. 2022
  • P. putida (Trevisan 1889) Migula 1895 (утвержденные списки 1980 г.)
  • " P. pyomelaminfaciens " Chakraborty et al.
  • " P. qingdaonensis " Wang et al. 2019
  • P. reidholzensis Frasson et al. 2017
  • P. shirazensis Girard et al. 2022
  • P. shirazica Keshavarz -Tohid et al. 2020
  • P. sichuanensis Qin et al. 2019
  • P. soli Паскуаль и др. 2015
  • P. taiwanensis Wang et al. 2010
  • P. tructae Oh et al. 2019
  • P. urmiensis Girard et al. 2022
  • " P. vlassakiae " Girard et al. 2021
  • P. vranovensis Tvrzová et al. 2006 г.
  • P. wadenswilerensis Frasson et al. 2017
  • " P. wayambapalatensis " Girard et al. 2021
  • P. xantholysinigenes Girard et al. 2022
  • P. xanthosomatis corrig. Жирар и др. 2022

Группа P. Resinovorans

  • P. furukawaii Kimura et al. 2018
  • P. lalkuanensis Thorat et al. 2020
  • P. mangiferae Anurat et al. 2019
  • P. otitidis Кларк и соавт. 2006 г.
  • P. Resinovorans Delaporte et al. 1961 г. (утвержденные списки 1980 г.)

Группа P. rhizosphaerae

  • P. baltica Gieschler et al. 2021
  • P. coleopterorum Menéndez et al. 2015
  • " P. eucalypticola " Liu et al. 2021
  • P. rhizosphaerae Peix et al. 2003 г.

Группа P. straminea

  • P. argentinensis Peix et al. 2005 г.
  • P. daroniae Bueno-Gonzalez и соавт. 2019
  • P. dryadis Bueno-Gonzalez и соавт. 2019
  • P. flavescens Hildebrand et al. 1994 г.
  • P. punonensis Ramos et al. 2013
  • P. seleniipraecipitans corrig. Хантер и Мантер 2011
  • P. straminea corrig. Иидзука и Комагата 1963 г. (утвержденные списки 1980 г.)

Группа П. штутцери

  • P. azotifigens Hatayama et al. 2005 г.
  • P. balearica Bennasar et al. 1996 г.
  • P. chloritidismutans Wolterink et al. 2002 г.
  • P. kirkiae Bueno-Gonzalez et al. 2020
  • P. nitrititolerans Peng et al. 2019
  • P. nosocomialis Mulet et al. 2019
  • " P. saudiphocaensis " Azhar et al. 2017
  • " P. songnenensis " Zhang et al. 2015
  • P. stutzeri (Lehmann and Neumann 1896) Sijderius 1946 (утвержденные списки 1980 г.)
  • P. urumqiensis Zou et al. 2019
  • P. xantomarina Романенко и соавт. 2005 г.
  • P. zhaodongensis Zhang et al. 2015

Группа P. syringae

  • " P. alliivorans " Чжао и др. 2021
  • P. amygdali Psallidas and Panagopoulos 1975 (утвержденные списки 1980 г.)
  • P. asturiensis González et al. 2013
  • P. avellanae Janse et al. 1997 г.
  • P. cannabina (бывший Šutic and Dowson, 1959) Gardan et al. 1999 г.
  • P. capsici Zhao et al. 2021
  • P. caricapapayae Robbs 1956 (утвержденные списки 1980 г.)
  • P. caspiana Busquets и др. 2017
  • P. cerasi Kałuzna et al. 2017
  • P. cichorii (Swingle, 1925 г.) Stapp, 1928 г. (утвержденные списки, 1980 г.)
  • P. congelans Behrendt et al. 2003 г.
  • « P. coronafaciens » (Эллиотт, 1920 г.) Стивенс, 1958 г.
  • P. ficuserectae Гото 1983 г.
  • P. floridensis Timilsina и соавт. 2018
  • " P. foliumensis " Tambong et al. 2021
  • " P. helianthi " Elasri et al. 2001 г.
  • П. meliae Огими 1981
  • P. ovata Рао и соавт. 2021
  • P. savastanoi (Janse 1982) Gardan et al. 1992 г.
  • P. syringae van Hall 1902 г. (утвержденные списки 1980 г.)
  • " P. tomato " Gardan et al. 1999 г.
  • P. tremae Gardan et al. 1999 г.
  • " P. triticumensis " Tambong et al. 2021
  • P. viridiflava (Burkholder 1930) Dowson 1939 (утвержденные списки 1980)

incertae sedis

  • " P. acephalitica " Tapia-Paniagua et al. 2014
  • " P. acidophila " Imada et al. 1981 г.
  • " Ca. P. adelgestsugas " von Dohlen et al. 2013
  • P. alcaligenes Monias 1928 (утвержденные списки 1980 г.)
  • " P. alginovora " Boyen et al. 1990 г.
  • " P. alkanolytica " Накао и Куно, 1972 г.
  • " P. amyloderamosa " Норрман и Вобер, 1975 г.
  • " P. andersonii " Han et al. 2001 г.
  • « P. Bathycetes » Куигли и Колвелл, 1968 г.
  • " P.borealis " Wilson et al. 2006 г.
  • P. cavernae Zhu et al. 2022
  • P. cavernicola Zhu et al. 2022
  • " P.cellulosa " Эндрюс и др. 2000 г.
  • " P. clemancea " Rahman et al. 2010
  • " P. coenobios " ЗоБелл и Апхэм, 1944 г.
  • " P. diazotrophicus " Watanabe et al. 1987 г.
  • " P. diterpeniphila " Морган и Виндхэм 2002 г.
  • " P. elodea " Fialho et al. 1991 г.
  • " P. exibis " Штейнхаус
  • P. flexibilis (Hespell 1977) Shin et al. 2016
  • P. fluvialis Судан и др. 2018
  • P. gelidicola Kadota 1951 (утвержденные списки 1980 г.)
  • " P. guezennei " Simon-Colin et al. 2008 г.
  • " P. halodenitrificans " Alonso et al. 2001 г.
  • " P. halodurans " Cuhel et al. 1981 г.
  • " P. halosaccharolytica " Ohno et al. 1976 г.
  • " P. halosensibilis " Цзоу и Цай, 1994 г.
  • " P. hydrothermophila " Goto et al. 1978 г.
  • " P. hydronovora " Igarashi et al. 1980 г.
  • P. indica Pandey et al. 2002 г.
  • " P. jinanensis " Cai et al. 1989 г.
  • P. kuykendallii Hunter and Manter 2012
  • " P. lopnurensis " Мамтимин и др. 2021
  • " P. lubricans " Rehman et al. 2010
  • P. matsuisoli Lin et al. 2015
  • P. melophthora Аллен и Райкер 1932 г.
  • " P. mesoacidophila " Kintaka et al. 1981 г.
  • " P. multiresinovorans " Hernandez et al. 2008 г.
  • " П. Пероленс " Шибальский 1950
  • P. Pharmafabricae corrig. Ю и др. 2019
  • " P. pratensis " Zhang et al. 2021
  • P. quercus Li и соавт. 2021
  • " P. raguenesii " Simon-Colin et al. 2009 г.
  • " P. Reactans " Прис и Вонг, 1982 г.
  • " P. reptilivora " Колдуэлл и Райерсон, 1940 г.
  • " P. rhizophila " Hassen et al. 2018
  • " P. rhizovicinus " He et al. 2021
  • " P. rubescens " Пивник 1955 г.
  • P. schmalbachii Shelomi et al. 2021
  • " P. septica " Bergey et al. 1930 г.
  • P. sesami Madhaiyan et al. 2017
  • " P. siderocapsa " Фаламин и Пиневич 2006 г.
  • " P. suis " Вудс 1930
  • " P. tamsuii " Лян и др. 2015
  • P. tarimensis Анвар и др. 2017
  • " P. teessidea " Rahman et al. 2010
  • " P. thermocarboxydovorans " Lyons et al. 1984 г.
  • P. thermotolerans Манайя и Мур, 2002 г.
  • P. tianjinensis Chen et al. 2018
  • П. Тохонис Ямада и соавт. 2021
  • " P. Turbinellae " Сринивасан, 1956 г.
  • P. turukhanskensis Коршунова и др. 2016
  • " P. tuticorinensis " Сринивасан 1956 г.
  • " P. wenzhouensis " Zhang et al. 2021
  • P. xionganensis Zhao et al. 2020
  • P. yangonensis Tohya et al. 2020

Виды, ранее отнесенные к роду

Недавно анализ последовательности 16S рРНК переопределил таксономию многих видов бактерий, ранее отнесенных к роду Pseudomonas . [10] Виды, удаленные из Pseudomonas , перечислены ниже; нажатие на вид покажет его новую классификацию. Термин «псевдомонада» применяется не только к роду Pseudomonas , но и к предыдущим членам, таким как роды Burkholderia и Ralstonia .

α-протеобактерии: P. abikonensis , P. Aminovorans , P. azotocolligans , P. carboxydohydrogena , P. carboxidovorans , P. compransoris , P. diminuta , P. echinoides , P. extorquens , P. lindneri , P. mesophilica , P. paucimobilis , P. radiora , P. rhodos , P. riboflavina , P. rosea , P. vesicularis .

β-протеобактерии: P. acidovorans , P. alliicola , P. antimicrobica , P. avenae , P. butanovora , P. caryophylli , P. Cattleyae , P. cepacia , P. cocovenenans , P. delafieldii , P. facilis , P. flava , P. Gladioli , P. glathei , P. glumae , P. huttiensis , P. indigofera , P. lanceolata , P. lemoignei , B. mallei , P. mephitica, P. mixta , P. palleronii , P. phenazinium , P. pickettii , P. plantarii , P. pseudoflava , B. pseudomallei , P. pyrrocinia , P. rubrilineans , P. rubrisubalbicans , P. saccharophila , P. solanacearum , P. .spinosa , P.syzygii , P.taeniospiralis , P.terrigena , P.testosteroni .

γ-β протеобактерии: P. Boreopolis , P. cissicola , P. geniculata , P. hibiscicola , P. maltophilia , P. pictorum .

γ-протеобактерии: P. beijerinckii , P. diminuta , P. doudoroffii , P. elongata , P. flectens , P. marinus , P. halophila , P. iners , P. marina , P. nautica , P. nigrifaciens , P. pavonacea , [56] P. piscicida , P. stanieri .

δ протеобактерии: P. formicans .

Филогенетика

Следующие отношения между геномными аффинными группами были определены филогенетическим анализом : [55] [57]

 
 
псевдомонада
 
 
 
 
 
 
 

Группа синегнойной палочки

 
 
 

Группа синегнойной палочки

 
 

Группа синегнойной палочки

 
 
 
 

группа синегнойной палочки

 
 
 

Группа Pseudomonas rhizosphaerae

 
 
 

Группа Pseudomonas massiliensis

 
 
 
 
 
 
 
 
 

Группа синегнойной палочки

 
 

Группа синегнойной палочки

 
 
 

Группа синегнойной палочки

 
 
 
 
 

Псевдомонас флювиалис

 
 

псевдомонады алкалигены

 
 
 

Группа синегнойной палочки

 
 
 
 
 
 

группа Pseudomonas linyingensis

 
 

Pseudomonas flexibilis

 
 
 

Pseudomonas thermotolerans

 
 
 
 
 
 

группа Pseudomonas stutzeri

 
 
 

Псевдомонас мацуисоли

 
 

Pseudomonas kuykendallii

 
 
 
 

Псевдомонас индика

 
 
 
 

Группа Pseudomonas Resivorans

 
 
 
 

Группа синегнойной палочки

 
 
 

Группа Pseudomonas oryzihabitans

 
 
 

Halopseudomonas (ранее группа P. pertucinogena )

 
 
 

Cellvibrio japonicus (внешняя группа)

 
 

Бактериофаги

Существует ряд бактериофагов , поражающих Pseudomonas , например

  • Pseudomonas фаг Φ6
  • Фаг Pseudomonas ΦCTX
  • Фаг Pseudomonas aeruginosa EL [58]
  • Фаг Pseudomonas aeruginosa ΦKMV ( A Phikmvvirus ) [59]
  • Фаг Pseudomonas aeruginosa LKD16 ( Phikmvvirus ) [60]
  • Фаг Pseudomonas aeruginosa LKA1 ( Phikmvvirus ) [60]
  • Фаг Pseudomonas aeruginosa LUZ19 ( вирус Phikmv )
  • Фаг Pseudomonas aeruginosa ΦKZ [58]
  • Фаг Pseudomonas putida gh-1 [61]

Смотрите также

  • Коллекция культур для списка коллекций культур

Сноски

  1. ↑ Чтобы облегчить течение прозы на английском языке, названия родов могут быть «упрощены» , чтобы сформировать народное имя для обозначения члена рода: для рода Pseudomonas это «псевдомонада» (множественное число: «псевдомонады»), вариант без именительного падежа в греческом склонении monas , monada . [62] По историческим причинам представители нескольких родов, которые ранее относились к видам Pseudomonas , могут называться псевдомонадами, в то время как термин «флуоресцентная псевдомонада» относится строго к нынешним представителям рода Pseudomonas , поскольку они продуцируют пиовердин , флуоресцентныйсидерофор . [3] Последний термин, флуоресцентная псевдомонада, отличается от термина группа P. fluorescens , который используется для выделения подмножества членов Pseudomonas sensu stricto , а не в целом.

использованная литература

  1. ^ Лалукат Дж., Гомила М., Мулет М., Зарума А., Гарсия-Вальдес Э. (2021). «Прошлое, настоящее и будущее границ рода Pseudomonas : предложение Stutzerimonas gen. nov». Сист Appl Microbiol . 45 (1): 126289. doi : 10.1016/j.syapm.2021.126289 . PMID  34920232 . S2CID  244943909 .
  2. ^ a b запись Pseudomonas в LPSN ; Эзеби, JP (1997). «Список названий бактерий со стоянием в номенклатуре: папка, доступная в Интернете» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 47 (2): 590–2. doi : 10.1099/00207713-47-2-590 . PMID 9103655 . 
  3. ^ б Мэдиган М; Мартинко Дж., Ред. (2005). Брок Биология микроорганизмов (11-е изд.). Прентис Холл. ISBN 0-13-144329-1.
  4. ^ Падда, Киран Прит; Пури, Акшит; Чануэй, Крис (01.11.2019). «Эндофитная фиксация азота - возможный« скрытый »источник азота для скрученных сосен, растущих на неосвоенных участках добычи гравия» . FEMS Микробиология Экология . 95 (11). doi : 10.1093/femsec/fiz172 . ISSN 0168-6496 . PMID 31647534 .  
  5. ^ Падда, Киран Прит; Пури, Акшит; Чануэй, Крис П. (20 сентября 2018 г.). «Выделение и идентификация эндофитных диазотрофов из сосен, растущих на невосстановленных карьерах по добыче гравия в центральной части Британской Колумбии, Канада». Канадский журнал лесных исследований . 48 (12): 1601–1606. doi : 10.1139/cjfr-2018-0347 . hdl : 1807/92505 . ISSN 0045-5067 . S2CID 92275030 .  
  6. ^ Мигула, В. (1894) Über ein neues System der Bakterien. Арб Бактериол Инст Карлсруэ 1: 235-238.
  7. ^ Мигула, В. (1900) System der Batterien, Vol. 2. Йена, Германия: Густав Фишер.
  8. ^ a b c Паллерони, Нью-Джерси (2010). «История Псевдомонада» . Экологическая микробиология . 12 (6): 1377–1383. doi : 10.1111/j.1462-2920.2009.02041.x . PMID 20553550 . 
  9. ^ a b c Корнелис П., изд. (2008). Pseudomonas: геномика и молекулярная биология (1-е изд.). Кэйстер Академик Пресс. ISBN 978-1-904455-19-6.
  10. ^ а б Анзай Ю; Ким Х; Парк, JY; Вакабаяши Х (2000). «Филогенетическая принадлежность псевдомонад на основе последовательности 16S рРНК». Int J Syst Evol Microbiol . 50 (4): 1563–89. doi : 10.1099/00207713-50-4-1563 . PMID 10939664 . 
  11. ^ Анзай, Ю; Кудо, Ю; Ояидзу, Х (1997). «Филогения родов Chryseomonas , Flavimonas и Pseudomonas поддерживает синонимию этих трех родов» . Int J Syst Bacteriol . 47 (2): 249–251. doi : 10.1099/00207713-47-2-249 . PMID 9103607 . 
  12. ^ Ябуучи, Э .; Косако, Ю.; Ояизу, Х .; Яно, И.; Хотта, Х .; Хашимото, Ю.; Эзаки, Т .; Аракава, М. (1992). «Предложение Burkholderia gen. Nov. И перенос семи видов рода Pseudomonas группы гомологии II в новый род с типовым видом Burkholderia cepacia (Palleroni and Holmes 1981) греб. ноябрь» . Микробиология и иммунология . 36 (12): 1251–1275. doi : 10.1111/j.1348-0421.1992.tb02129.x . PMID 1283774 . S2CID 46648461 .  
  13. ^ Ябуучи, Э .; Косако, Ю.; Яно, И.; Хотта, Х .; Нисиучи, Ю. (1995). «Перенос двух видов Burkholderia и Alcaligenes в Ralstonia gen. Nov.: Предложение Ralstonia pickettii (Ralston, Palleroni and Doudoroff, 1973), комб. Nov., Ralstonia solanacearum (Smith 1896), комб. Nov. И Ralstonia eutropha (Davis, 1969) греб. ноя" . Микробиология и иммунология . 39 (11): 897–904. doi : 10.1111/j.1348-0421.1995.tb03275.x . PMID 8657018 . S2CID 28187828 .  
  14. ^ а б в г д е Николаидис, Мариос; Моссиалос, Димитрис; Оливер, Стивен Г .; Амутзиас, Григориос Д. (24 июля 2020 г.). «Сравнительный анализ основных протеомов среди основных эволюционных групп Pseudomonas выявляет видовую адаптацию Pseudomonas aeruginosa и Pseudomonas chlororaphis » . Разнообразие . 12 (8): 289. doi : 10.3390/d12080289 . ISSN 1424-2818 . 
  15. ^ Рихтер, Майкл; Росселло-Мора, Рамон (10 ноября 2009 г.). «Сдвиг геномного золотого стандарта для определения прокариотических видов» . Труды Национальной академии наук . 106 (45): 19126–19131. Бибкод : 2009PNAS..10619126R . doi : 10.1073/pnas.0906412106 . ISSN 0027-8424 . ПВК 2776425 . PMID 19855009 .   
  16. ^ Тран, Фуонг Н .; Савка, Михаил А .; Ган, Хан Мин (12 июля 2017 г.). «In-silico Таксономическая классификация 373 геномов выявляет неправильную идентификацию видов и новые геновиды в пределах рода Pseudomonas » . Границы микробиологии . 8 : 1296. doi : 10.3389/fmicb.2017.01296 . ISSN 1664-302X . ПМС 5506229 . PMID 28747902 .   
  17. ^ a b Кохорст, Джаспер Дж .; Дам, Джесси СиДжей ван; Хек, Рубен Г.А. ван; Сакченти, Эдоардо; Сантос, Витор А. П. Мартинс душ; Суарес-Диес, Мария; Шаап, Питер Дж. (06 декабря 2016 г.). «Сравнение 432 штаммов Pseudomonas путем интеграции геномных, функциональных, метаболических данных и данных об экспрессии» . Научные отчеты . 6 (1): 38699. Бибкод : 2016NatSR ...638699K . дои : 10.1038/srep38699 . ISSN 2045-2322 . ПМС 5138606 . PMID 27922098 .   
  18. ^ Криг, Ноэль (1984). Руководство Берджи по систематической бактериологии, том 1 . Балтимор: Уильямс и Уилкинс. ISBN 0-683-04108-8.
  19. ^ Мейер Дж. М.; Жоффруа В.А.; Байда Н; Гардан, Л.; и другие. (2002). «Сидерофорное типирование, мощный инструмент для идентификации флуоресцентных и нефлуоресцентных псевдомонад» . заявл. Окружающая среда. микробиол . 68 (6): 2745–2753. Бибкод : 2002ApEnM..68.2745M . doi : 10.1128/AEM.68.6.2745-2753.2002 . ПВК 123936 . PMID 12039729 .  
  20. ^ Лау ГВ; Хассет диджей; Ран Х; Конг Ф. (2004). «Роль пиоцианина в инфекции Pseudomonas aeruginosa». Тенденции молекулярной медицины . 10 (12): 599–606. doi : 10.1016/j.molmed.2004.10.002 . PMID 15567330 . 
  21. ^ Маттейс С; Техрани К.А.; Лаус Г; Джексон Р.В.; и другие. (2007). «Тиохинолобактин, сидерофор Pseudomonas с противогрибковой и антипитиумной активностью». Окружающая среда. микробиол . 9 (2): 425–434. doi : 10.1111/j.1462-2920.2006.01154.x . PMID 17222140 . 
  22. ↑ Бьелло , Дэвид (28 февраля 2008 г.) Делают ли микробы снег? Научный американец
  23. ^ Хассет Д; Купполетти Дж.; Трапнелл Б; Лаймар С; и другие. (2002). «Анаэробный метаболизм и ощущение кворума биопленками Pseudomonas aeruginosa в дыхательных путях с хронически инфицированным кистозным фиброзом: переосмысление стратегий лечения антибиотиками и целей лекарств». Adv Drug Deliv Rev. 54 (11): 1425–1443. doi : 10.1016/S0169-409X(02)00152-7 . PMID 12458153 . 
  24. ^ б Райан К.Дж .; Рэй К.Г., ред. (2004). Шеррис Медицинская микробиология (4-е изд.). Макгроу Хилл. ISBN 0-8385-8529-9.
  25. ↑ Ван Эльдер Дж. (Февраль 2003 г.). «Многоцентровое наблюдение за моделями восприимчивости к Pseudomonas aeruginosa при внутрибольничных инфекциях» . Дж. Антимикроб. Чемотер . 51 (2): 347–352. doi : 10.1093/jac/dkg102 . PMID 12562701 . 
  26. ^ Пул К. (январь 2004 г.). «Мультирезистентность, опосредованная оттоком грамотрицательных бактерий» . клин. микробиол. Заразить . 10 (1): 12–26. doi : 10.1111/j.1469-0691.2004.00763.x . PMID 14706082 . 
  27. ^ «Стратегия троянского коня, выбранная для борьбы с бактериями» . INFOniac.com. 16 марта 2007 г. Проверено 20 ноября 2008 г. .
  28. ↑ Смит, Майкл (16 марта 2007 г.). «Галлий может иметь свойства, подобные антибиотикам». МедПейдж Сегодня. Проверено 20 ноября 2008 г. .
  29. ^ Боди, врач общей практики; Боливар, Р.; Файнштейн, В .; Джадея, Л. (1 марта 1983 г.). «Инфекции, вызванные синегнойной палочкой» . Клинические инфекционные заболевания . 5 (2): 279–313. doi : 10.1093/клиниды/5.2.279 . ISSN 1058-4838 . PMID 6405475 .  
  30. ^ Харди (2009). «Секретируемые белки Pseudomonas aeruginosa : механизмы их экспорта и их вклад в патогенез». Бактериальные секретируемые белки: секреторные механизмы и роль в патогенезе . Кэйстер Академик Пресс. ISBN 978-1-904455-42-4.
  31. ^ Броуди CL; Рейни П.Б.; Тестер М; Джонстон К. (1991). «Бактериальная пятнистость культивируемых грибов вызывается ионным каналом, образующим липодепсипептидный токсин». Молекулярные взаимодействия растений и микробов . 1 (4): 407–11. doi : 10.1094/MPMI-4-407 .
  32. ^ Янг Дж. М. (1970). «Жаберная капля: бактериальное заболевание культивируемых грибов, вызываемое Pseudomonas agaricin n. sp» . NZ J Agric Res . 13 (4): 977–90. дои : 10.1080/00288233.1970.10430530 .
  33. ^ Хаас Д; Дефаго Г. (2005). «Биологический контроль почвенных патогенов с помощью флуоресцентных псевдомонад». Природа Обзоры микробиологии . 3 (4): 307–319. doi : 10.1038/nrmicro1129 . PMID 15759041 . S2CID 18469703 .  
  34. ^ Чин-А-Вонг ТФ; Блумберг, Гвидо В .; Малдерс, Ине Х.М.; Деккерс, Линда С.; и другие. (2000). «Колонизация корней бактерией Pseudomonas chlororaphis PCL1391, продуцирующей феназин-1-карбоксамид , необходима для биоконтроля корневой и корневой гнили томатов» . Mol Plant Microbe Interact . 13 (12): 1340–1345. doi : 10.1094/MPMI.2000.13.12.1340 . PMID 11106026 . 
  35. ^ Есипов; Аданин В.М.; Баскунов, Б.П.; Киприанова, Е.А.; и другие. (1975). «Новый антибиотикоактивный флюороглюцид из Pseudomonas aurantiaca ». Антибиотики . 20 (12): 1077–81. PMID 1225181 . 
  36. ^ О'Махони ММ; Добсон А.Д.; Барнс Д.Д.; Синглтон I (2006). «Использование озона для восстановления почв, загрязненных полициклическими ароматическими углеводородами». Хемосфера . 63 (2): 307–314. Бибкод : 2006Chmsp..63..307O . doi : 10.1016/j.chemosphere.2005.07.018 . PMID 16153687 . 
  37. ^ Йен КМ; Карл М.Р.; Блатт Л.М.; Саймон, MJ; и другие. (1991). «Клонирование и характеристика кластера генов Pseudomonas mendocina KR1, кодирующего толуол-4-монооксигеназу» . Дж. Бактериол . 173 (17): 5315–27. doi : 10.1128/jb.173.17.5315-5327.1991 . ПМС 208241 . PMID 1885512 .  
  38. ^ Уэртас MJ; Луке-Альмагро В.М.; Мартинес-Луке М.; Бласко, Р.; и другие. (2006). «Метаболизм цианидов Pseudomonas pseudoalcaligenes CECT5344: роль сидерофоров». Биохим. соц. Транс . 34 (часть 1): 152–5. DOI : 10.1042/ BST0340152 . PMID 16417508 . 
  39. ^ Нодзири Х; Маэда К; Секигучи Х; Урата, Масааки; и другие. (2002). «Организация и характеристика транскрипции генов деградации катехолов, участвующих в деградации карбазола штаммом CA10 Pseudomonas Resinovorans» . Бионауч. Биотехнолог. Биохим . 66 (4): 897–901. doi : 10.1271/bbb.66.897 . PMID 12036072 . 
  40. ^ Гилани, Разия Алам; Рафик, Мазхар; Рехман, Абдул; Мунис, Мухаммад Фарук Хуссейн; Рехман, Шафик ур; Чаудхари, Хасан Джавед (2016). «Биодеградация хлорпирифоса бактериями рода Pseudomonas ». Журнал базовой микробиологии . 56 (2): 105–119. doi : 10.1002/jobm.201500336 . ISSN 1521-4028 . PMID 26837064 . S2CID 1373984 .   
  41. ^ Нам; Чанг, Ю.С.; Хонг, Х.Б.; Ли, Ю. Э. (2003). «Новая катаболическая активность Pseudomonas veronii в биотрансформации пентахлорфенола». Прикладная микробиология и биотехнология . 62 (2–3): 284–290. doi : 10.1007/s00253-003-1255-1 . PMID 12883877 . S2CID 31700132 .  
  42. ^ Онака; Кинингер, М; Энгессер, К.Х.; Альтенбухнер, Дж. (Май 2007 г.). «Разложение алкилметилкетонов Pseudomonas veronii » . Журнал бактериологии . 189 (10): 3759–3767. doi : 10.1128/JB.01279-06 . ЧВК 1913341 . PMID 17351032 .  
  43. ^ Маркес С.; Рамос Дж. Л. (1993). «Транскрипционный контроль катаболических путей плазмиды Pseudomonas putida TOL». Мол. микробиол . 9 (5): 923–929. doi : 10.1111/j.1365-2958.1993.tb01222.x . PMID 7934920 . S2CID 20663917 .  
  44. ^ Сепульведа-Торрес; Раджендран, Н.; Дайбас, МДж; Криддл, CS (1999). «Получение и первоначальная характеристика мутантов Pseudomonas stutzeri KC с нарушенной способностью разлагать четыреххлористый углерод». Арка микробиол . 171 (6): 424–429. doi : 10.1007/s002030050729 . PMID 10369898 . S2CID 19916486 .  
  45. ^ a b c d Дасен, SE; ЛиПума, Джей Джей; Костман, младший; Стулл, Т.Л. (1 октября 1994 г.). «Характеристика ПЦР-риботипирования Burkholderia (Pseudomonas) cepacia» . Журнал клинической микробиологии . 32 (10): 2422–2424. doi : 10.1128/JCM.32.10.2422-2424.1994 . ISSN 0095-1137 . ПВК 264078 . PMID 7529239 .   
  46. ^ a b c d e Доган, Бельгин; Бур, Кэтрин Дж. (1 января 2003 г.). «Генетическое разнообразие и потенциал порчи среди Pseudomonas spp., выделенных из жидких молочных продуктов и молочных заводов» . Прикладная и экологическая микробиология . 69 (1): 130–138. Бибкод : 2003ApEnM..69..130D . doi : 10.1128/AEM.69.1.130-138.2003 . ISSN 0099-2240 . ПВК 152439 . PMID 12513987 .   
  47. ^ a b c Казалинуово, Ида А .; Ди Пьеро, Донато; Колетта, Массимилиано; Ди Франческо, Паоло (1 ноября 2006 г.). «Применение электронных носов для диагностики заболеваний и обнаружения порчи пищевых продуктов» . Датчики . 6 (11): 1428–1439. Бибкод : 2006Senso...6.1428C . дои : 10.3390/s6111428 . ПВК 3909407 . 
  48. ^ a b c d Маган, Нареш; Павлу, Алекс; Хризантакис, Иоаннис (5 января 2001 г.). «Чувство молока: система обнаружения летучих веществ распознает бактерии порчи и дрожжи в молоке». Датчики и приводы B: химические . 72 (1): 28–34. doi : 10.1016/S0925-4005(00)00621-3 .
  49. ^ Анзай Ю., Ким Х., Пак Дж. Ю., Вакабаяси Х., Ояидзу Х. (2000). «Филогенетическая принадлежность псевдомонад на основе последовательности 16S рРНК». Int J Syst Evol Microbiol . 50 (4): 1563–89. doi : 10.1099/00207713-50-4-1563 . PMID 10939664 . 
  50. ↑ Jun SR, Wassenaar TM, Nookaew I, Hauser L, Wanchai V, Land M, Timm CM, Lu TS, Schadt CW, Doktycz MJ, Pelletier DA, Ussery DW. (2015). «Разнообразие геномов Pseudomonas , включая изоляты, связанные с Populus , по данным сравнительного анализа геномов» . Appl Environ Microbiol . 82 (1): 375–83. doi : 10.1128/AEM.02612-15 . ПВК 4702629 . PMID 26519390 .  
  51. ^ Мулет М., Лалукат Дж., Гарсия-Вальдес Э. (2010). «Анализ последовательности ДНК видов Pseudomonas ». Энвайрон Микробиол . 12 (6): 1513–1530. doi : 10.1111/j.1462-2920.2010.02181.x . PMID 20192968 . 
  52. ^ Мулет М., Гомила М., Скотта С., Санчес Д., Лалукат Дж., Гарсия-Вальдес Э. (2012). «Соответствие между времяпролетной масс-спектрометрией с лазерной десорбцией / ионизацией с использованием цельноклеточного матрикса и многолокусным анализом последовательностей подходов к различению видов в пределах рода Pseudomonas ». Сист Appl Microbiol . 35 (7): 455–64. doi : 10.1016/j.syapm.2012.08.007 . PMID 23140936 . 
  53. ^ Гомила М., Пенья А., Мулет М., Лалукат Дж., Гарсия-Вальдес Э. (2015). «Филогеномика и систематика псевдомонад » . Фронт. микробиол . 6 : 214. doi : 10.3389/fmicb.2015.00214 . ПВК 4447124 . PMID 26074881 .  
  54. ↑ Hesse C, Schulz F, Bull CT, Shaffer BT, Yan Q, Shapiro N, Hassan KA, Varghese N, Elbourne LD, Paulsen IT, Kyrpides N, Woyke T, Loper JE (2018). «Геномная эволюционная история Pseudomonas spp». Энвайрон Микробиол . 20 (6): 2142–2159. дои : 10.1111/1462-2920.14130 . PMID 29633519 . S2CID 4737911 .  
  55. ^ a b Жирар Л., Луд К., Хёфте М., Вандамм П., Рокни-Заде Х, ван Ноорт В., Лавин Р., Де Мот Р. (2021). «Постоянно расширяющийся род Pseudomonas : описание 43 новых видов и разделение группы Pseudomonas putida » . Микроорганизмы . 9 (8): 1766. doi : 10.3390/microorganisms9081766 . ПМС 8401041 . PMID 34442845 .  
  56. ^ Ван Ландшут, А .; Россау, Р.; Де Лей, Дж. (1986). «Внутри- и межродовые сходства рибосомных цистронов рибонуклеиновой кислоты Acinetobacter » . Международный журнал систематической бактериологии . 36 (2): 150. doi : 10.1099/00207713-36-2-150 .
  57. ^ Йи Б, Далпке А.Х. (2022). «Пересмотр внутриродовой структуры рода Pseudomonas с полной информацией о последовательности всего генома: взгляд на разнообразие и генетические детерминанты, связанные с патогенами». Заразить Генет Эвол . 97 : 105183. doi : 10.1016/j.meegid.2021.105183 . PMID 34920102 . S2CID 245180021 .  Обратите внимание, что дерево в этом справочнике имеет ту же топологию, но выглядит по-другому, поскольку не имеет корней.
  58. ^ б Хертвельд , К .; Лавин, Р.; Плетенева, Е.; Сернова Н.; Курочкина Л.; Корчевский Р.; Роббен, Дж.; Месянжинов, В.; Крылов В.Н.; Волкерт, Г. (2005). «Сравнение геномов крупных фагов Pseudomonas aeruginosa » (PDF) . Журнал молекулярной биологии . 354 (3): 536–545. doi : 10.1016/j.jmb.2005.08.075 . PMID 16256135 . Архивировано из оригинала (PDF) 04 марта 2016 г .. Проверено 27 августа 2015 г. .  
  59. ^ Лавин, Р .; Нобен, Дж. П.; Хертвельд, К.; Сейссенс, П.Дж.; Брайерс, Ю.; Дюмон, Д.; Рукур, Б.; Крылов В.Н.; Месянжинов В.В.; Роббен, Дж.; Волкерт, Г. (2006). «Структурный протеом бактериофага Pseudomonas aeruginosa KMV». Микробиология . 152 (2): 529–534. doi : 10.1099/мик.0.28431-0 . PMID 16436440 . 
  60. ^ a b Ceyssens, P.-J .; Лавин, Р.; Маттеус, В .; Чибеу, А .; Хертвельд, К.; Мачта, Дж.; Роббен, Дж.; Волкерт, Г. (2006). «Геномный анализ фагов Pseudomonas aeruginosa LKD16 и LKA1: создание подгруппы KMV в супергруппе T7» . Журнал бактериологии . 188 (19): 6924–6931. doi : 10.1128/JB.00831-06 . ПВК 1595506 . PMID 16980495 .  
  61. ^ Ли, Л .; Боэзи, Дж. (1966). «Характеристика бактериофага gh-1 для Pseudomonas putida » . Журнал бактериологии . Американское общество микробиологии. 92 (6): 1821–1827. doi : 10.1128/JB.92.6.1821-1827.1966 . ПВК 316266 . PMID 5958111 .  
  62. ^ Бьюкенен, RE (1955). «Таксономия». Ежегодный обзор микробиологии . 9 : 1–20. doi : 10.1146/annurev.mi.09.100155.000245 . PMID 13259458 . 

внешние ссылки

Викискладе есть медиафайлы, связанные с псевдомонадой .

Общий

  • Pseudomonas в происхождении дождя и снега в мире
  • Pseudomonas выживает в ядерном реакторе
  • База данных генома синегнойной палочки
  • псевдомонада
  • Видео флуоресцентной синегнойной палочки
Получено с https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Pseudomonas&oldid=1093983024#P._syringae_Group .
Contribute a better translation