Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Атлас генома рака ( TCGA ) - это начатый в 2005 году проект по каталогизации генетических мутаций, вызывающих рак , с использованием секвенирования генома и биоинформатики . [1] [2] TCGA применяет высокопроизводительные методы анализа генома для улучшения способности диагностировать, лечить и предотвращать рак за счет лучшего понимания генетической основы этого заболевания.

TCGA контролируется Национальным институтом рака «s центр по лечению рака геномики и Национального института генома человека Исследовательского финансируемой правительством США. Трехлетний пилотный проект, начатый в 2006 году, был сосредоточен на характеристике трех типов рака человека: мультиформной глиобластомы , рака легких и яичников . [3] В 2009 году он расширился до фазы II, в рамках которой к 2014 году планировалось завершить геномную характеристику и анализ последовательности 20–25 различных типов опухолей. TCGA превзошла эту цель, охарактеризовав 33 типа рака, включая 10 редких видов рака. [4] [5]Финансирование делится между центрами характеристики генома (GCC), которые выполняют секвенирование, и центрами анализа геномных данных (GDAC), которые выполняют биоинформатический анализ.

В рамках проекта было запланировано 500 образцов пациентов, что больше, чем в большинстве геномных исследований, и использовались различные методы анализа образцов пациентов. Методы включают экспрессии генов профилирование , число копий вариации профилирование, SNP генотипирование , геном широкого метилирования ДНК профилирование, микроРНК профилирование и экзон последовательность , по меньшей мере , 1200 генов. TCGA секвенировала полные геномы некоторых опухолей, включая по крайней мере 6000 генов-кандидатов и последовательности микроРНК. Это целевое секвенирование выполняется всеми тремя центрами секвенирования с использованием технологии гибридного захвата.. На этапе II TCGA выполняла секвенирование всего экзома и всего транскриптома в 100% случаев и секвенирование всего генома в 10% случаев, использованных в проекте.

Цели [ править ]

Целью пилотного проекта было продемонстрировать, что передовые геномные технологии могут использоваться группой ученых из различных учреждений для получения статистически и биологически значимых выводов на основе созданного набора геномных данных. [6] На пилотной фазе были исследованы два типа опухолей: мультиформная глиобластома (GBM) и цистаденокарцинома яичника. Цель Фазы II TCGA - распространить успех пилотного проекта на большее количество типов рака, предоставив большой статистически значимый набор данных для дальнейшего открытия.

Управление [ править ]

TCGA находится под совместным управлением ученых и менеджеров из Национального института рака (NCI) и Национального института исследования генома человека (NHGRI). С расширением TCGA с пилотной фазы до фазы II в октябре 2009 года NCI создал программный офис TCGA. Д-р Жан Клод Зенклюзен был директором офиса с августа 2013 года. Этот офис отвечает за работу шести центров характеристики генома, семи центров анализа генома, основного ресурса биопрепаратов, центра координации данных и примерно одной трети секвенирование выполнено для проекта тремя центрами секвенирования генома. [7]Кроме того, проектный офис TCGA отвечал за координацию сбора тканей для TCGA. Доктор Кэролайн Хаттер, менеджер проекта NHGRI, руководит двумя третями секвенирования в центрах секвенирования генома.

Проект управляется командой проекта, состоящей из членов NCI и NHGRI. Эта группа вместе с главными исследователями, финансируемыми проектом, составляет Руководящий комитет. Руководящему комитету поручено следить за научной обоснованностью проекта, в то время как проектная группа NCI / NHGRI обеспечивает достижение научного прогресса и целей проекта, выполнение проекта вовремя и в рамках бюджета, а также координацию различных компонентов проекта. проект.

Накопление тканей [ править ]

Требования к тканям варьировались от типа ткани к типу ткани и от типа рака к типу рака. Эксперты по болезням из Рабочих групп проекта помогли определить характеристики типичных образцов тканей, которые считаются «стандартом лечения» в Соединенных Штатах, и то, как TCGA может наилучшим образом использовать ткань. Например, рабочая группа по заболеваниям головного мозга определила, что образцы, содержащие более 50% некроза , не подходят для TCGA и что 80% ядер опухоли необходимы в жизнеспособной части опухоли. TCGA следовала некоторым общим рекомендациям в качестве отправной точки для сбора образцов из любого типа опухоли. Они включают минимум 200  мг размером, не менее 80% ядер опухоли и соответствующий источник зародышевой линии.ДНК (например, кровь или очищенная ДНК ). Кроме того, учреждения, отправляющие ткани в TCGA, должны иметь минимальный набор клинических данных, как определено Рабочей группой по заболеваниям, подписанные согласия, которые были одобрены IRB их учреждения, а также соглашение о передаче материалов с TCGA.

В 2009 году NCI удалил приблизительно 130 миллионов долларов ARRA из «Основного контракта» NCI с Science Applications International Corporation (SAIC) для финансирования накопления тканей и множества других мероприятий через Управление закупок NCI. 42 миллиона долларов были доступны для накопления тканей через NCI с использованием «запросов предложений» (RFQ) и «запросов предложений» (RFP) для создания заказов на поставку и контрактов, соответственно. Запрос предложений в основном использовался для сбора ретроспективных образцов из авторитетных банков, в то время как запросы предложений использовались для проспективного сбора образцов. TCGA завершила сбор образцов в декабре 2013 года с почти 20 000 биологических образцов. [8]

Учреждения, которые предоставляют образцы в TCGA, получают оплату и имеют доступ к молекулярным данным, созданным на их образцах, при сохранении связи между уникальным идентификатором TCGA и своим собственным уникальным идентификатором. Это позволяет участвующим учреждениям связываться с клиническими данными для своих образцов и вступать в сотрудничество с другими учреждениями, которые имеют аналогичные данные по образцам TCGA, тем самым повышая эффективность анализа результатов.

Организация [ править ]

TCGA имеет несколько различных типов центров, которые финансируются для сбора и анализа данных. TCGA - первый крупномасштабный проект в области геномики, финансируемый Национальным институтом здравоохранения, который включает значительные ресурсы для биоинформатических открытий. NCI выделила 50% средств, выделенных TCGA, примерно 12 миллионов долларов в год, на финансирование биоинформатических открытий. Центры характеристики генома и центры секвенирования генома генерируют данные. Два типа центров анализа геномных данных используют данные для биоинформатических открытий. Два центра финансируются для выделения биомолекул из образцов пациентов, а один центр финансируется для хранения данных. Для получения дополнительной информации об организации проекта TCGA см. Http://cancergenome.nih.gov/newsevents/multimedialibrary/interactives/howitworks .

Основной ресурс по биопрепаратам [ править ]

Основной ресурс биопрепаратов (BCR) отвечает за проверку качества и количества ткани, отправляемой сайтами источника ткани, выделение ДНК и РНК из образцов, контроль качества этих биомолекул и отправку образцов в GSC и GCC. Международный консорциум геномики получил контракт на запуск BCR для пилотного проекта. В начале полного проекта NCI финансировал два BCR: Национальную детскую больницу и Международный консорциум по геномике. BCR были пересмотрены со сроком подачи предложений 4 июня 2010 г., и общенациональная детская больница получила контракт. [9]

Центры секвенирования генома [ править ]

Три секвенирование генома Центры были софинансируемая СВК и NHGRI: в Broad Institute , McDonnell института генома Вашингтонского университета и медицинского колледжа Бейлор. Все три центра секвенирования перешли от секвенирования по Сэнгеру к секвенированию следующего поколения (NGS), хотя одновременно реализуются различные технологии NGS.

Центры характеристики генома [ править ]

NCI профинансировал семь центров характеристики генома: Институт Броуда, Гарвард, Университет Северной Каролины, Онкологический центр доктора медицины Андерсона, Институт Ван Андел, Медицинский колледж Бейлора и Онкологический центр Британской Колумбии.

Центр координации данных [ править ]

Центр координации данных является центральным хранилищем данных TCGA. Он также отвечает за контроль качества данных, поступающих в базу данных TCGA. DCC также поддерживает портал данных TCGA, через который пользователи получают доступ к данным TCGA. Эта работа выполняется по контракту учеными и разработчиками в области биоинформатики из SRA International , Inc. DCC не содержит данных о последовательностях более низкого уровня. Центр геномики рака NCI (CGHub) - это безопасный репозиторий для хранения, каталогизации и доступа к данным, связанным с последовательностями. Эта работа выполняется учеными и сотрудниками Калифорнийского университета в Институте геномики Санта-Крус .

Центры анализа геномных данных [ править ]

Семь центров анализа данных генома, финансируемых NCI / NHGRI, несут ответственность за интеграцию данных во всех центрах характеризации и секвенирования, а также за биологическую интерпретацию данных TCGA. В GDAC входят Институт Броуда, Университет Северной Каролины, Орегонский университет здоровья и науки, Калифорнийский университет в Санта-Круз, онкологический центр доктора медицины Андерсона, Мемориальный онкологический центр Слоуна Кеттеринга и Институт системной биологии. Все семь GDAC работают вместе, чтобы разработать конвейер анализа для автоматического анализа данных.

Опухоли [ править ]

Предварительный список опухолей для исследования TCGA был составлен путем сбора статистики заболеваемости и выживаемости с веб-сайта SEER Cancer Statistic. Кроме того, при выборе 25 основных типов опухолей учитывался действующий в США «Стандарт лечения», поскольку TCGA нацелена на типы опухолей, для которых резекция перед дополнительной терапией является стандартом лечения. Доступность образцов также играет решающую роль в определении того, какие типы опухолей следует изучить и в каком порядке запускаются проекты по опухолям. Чем более распространена опухоль, тем больше вероятность того, что образцы будут собраны быстро, в результате чего общие типы опухолей, такие как рак толстой кишки, легких и груди, станут первыми типами опухолей, включенными в проект, перед редкими типами опухолей.

TCGA Целевые Опухоли: легких плоскоклеточный рак , почки папиллярная карцинома , четкой клеточной карциномы почек , карциномы протоков молочной железы , почечно - клеточной карциномой , рак шейки матки (плоскоклеточный), аденокарциномы толстой кишки , аденокарциномы желудка , ректальный рак , гепатоцеллюлярной карциномы головы и шеи (устно) плоскоклеточный рак, рак щитовидной железы , уротелиальный рак мочевого пузыря - непапиллярный, тело матки ( карцинома эндометрия ), протоковая аденокарцинома поджелудочной железы ,острая миелоидный лейкоз , аденокарцинома предстательной железы , аденокарцинома легкого , кожная меланома , молочная железа очаговая карциномы и более низкий класс глиома , Карцинома пищевода , яичники серозна цистаденокарцинома , легкий плоскоклеточный рак , адренокортикальная карцинома , диффузная крупноклеточные В-клеточная лимфома , параганглиома & феохромоцитом , холангиокарцинома , матки карциносаркома , увеальная меланома , тимома , саркома, мезотелиома и рак половых клеток яичек.

TCGA собирала образцы для всех этих типов опухолей одновременно. Когда образцы стали доступны, в производство были введены типы опухолей с наибольшим количеством собранных образцов. Для более редких типов опухолей, типов опухолей, для которых трудно собрать образцы, и для типов опухолей, для которых TCGA не может определить источник высококачественных образцов, эти типы рака вошли в «производственный конвейер TCGA» на втором году проекта. Это дало Программному офису TCGA дополнительное время для сбора достаточного количества образцов для проекта.

Публикации [ править ]

Прогресс на 7 декабря 2017 г.
Тип рака изученФинал

Число, проанализированное на оригинальной маркерной бумаге

Данные общедоступныРезультаты анализа TCGA
Мультиформная глиобластома206ИксПодтипы GBM Классический, Мезенхимальный и Проневральный определяются мутациями EGFR , NF1 и PDGFRA / IDH1 соответственно; [10] более 40% опухолей имеют мутации в генах-модификаторах хроматина; [11] другие часто мутирующие гены включают TP53 , PlK3R1 , PIK3CA , IDH1 , PTEN , RB1 , LZTR1 [12]
Глиома низшей степени293ИксОпределен три подтипа коррелирующего с результатами пациентов: IDH1 мутанта с 1p / 19q делеция, РНИТЕ мутант без 1p / 19q удаления, и IDH дикого типа; IDH дикого типа геномически подобен глиобластоме [13]
Дольчатая карцинома молочной железы203ИксДольковая карцинома, отличная от протоковой карциномы; FOXA1 повышен при лобулярной карциноме, GATA3 повышен при протоковой карциноме; лобулярная карцинома, обогащенная потерей PTEN и активацией Akt [14] [15]
Карцинома молочной железы784ИксЧетыре различных геномных подтипа: базальный, Her2, просвет A, просвет B; наиболее распространенные мутации драйвера TP53 , PIK3CA , GATA3 ; базальный подтип похож на серозный рак яичников [14]
Колоректальная аденокарцинома276ИксРак толстой кишки и прямой кишки имеют схожие геномные профили; гипермутированный подтип (16% образцов), чаще всего обнаруживаемый в правой ободочной кишке и связанный с благоприятным прогнозом; новые потенциальные драйверы: ARlD1A , SOX9 , FAM123B / WTX ; сверхэкспрессия: ERBB2 , IGF2 ; мутации в пути WNT [16]
Аденокарцинома желудка295ИксВыявлено четыре подтипа: EBV, характеризующийся инфекцией вируса Эпштейна-Барра, MSI (микросателлитная нестабильность), характеризующаяся гипермутацией, GS, характеризующаяся геномной стабильностью, CIN, характеризующаяся хромосомной нестабильностью; ЦИН обогащен мутациями тирозинкиназ [17]
Карцинома пищевода164ИксПлоскоклеточная клетка и аденокарцинома молекулярно различаются; плоскоклеточные карциномы были подобны плоскоклеточным карциномам головы и шеи и часто имели амплификации CCND1, SOX2 и TP63; аденокарциномы были подобны хромосомно нестабильной аденокарциноме желудка и часто имели амплификации в ERBB2, VEGFA, GATA4 и GATA6 [18]
Серозная цистаденокарцинома яичников489ИксМутации TP53 произошли в 96% исследованных случаев; [19] мутации в BRCA1 и BRCA2 встречались в 21% случаев и были связаны с более благоприятными исходами [20]
Карцинома тела матки эндометрия373ИксРак эндометрия классифицируется на четыре категории: ультрамутированный ПОЛЮС, гипермутированный MSI (микросателлитная нестабильность), низкое число копий и высокое число копий; Серозные карциномы матки были подобны серозным и базальным карциномам яичников и имели менее благоприятный прогноз, чем эндометриоидные карциномы матки [21]
Плоскоклеточный рак шейки матки и аденокарцинома228ИксВыявление ВПЧ-отрицательных, эндометриоподобных форм рака шейки матки с мутациями в генах KRAS , ARID1A и PTEN ; амплификация генов иммунных контрольных точек CD274 и PDCD1LG2 ; Изменения в генах , включая MED1 , ErbB3 , Casp8 , HLA-A , и TGFBR2 и слитых с участием lncRNA BCAR4 ; почти три четверти образцов имели изменения в одном или обоих сигнальных путях PI3K / MAPK и TGF-beta [22].
Плоскоклеточный рак головы и шеи279ИксВыявленные геномные особенности рака, связанного с ВПЧ и курением: ВПЧ-положительные, характеризующиеся укороченным или удаленным TRAF3 , ВПЧ-отрицательные, характеризующиеся коамплификацией 11q13 и 11q22, связанные с курением, характеризующиеся мутациями TP53 , инактивация CDKN2A и изменения числа копий [23]
Карцинома щитовидной железы496ИксБольшинство вызвано мутациями RAS или BRAFV600E; опухоли, вызванные этими мутациями, различны [24]
Острый миелоидный лейкоз200ИксНизкое количество мутаций, в среднем всего 13 кодирующих мутаций на опухоль; события-драйверы классифицированы по девяти категориям, включая слияния факторов транскрипции, мутации модификаторов гистонов, мутации сплайсосом и другие [25]
Кожная меланома331ИксУстановлено четыре подтипа: мутант BRAF, мутант RAS, мутант NF1 и тройной дикий тип на основе мутаций драйвера; более высокие уровни инфильтрации иммунных лимфоцитов коррелировали с лучшей выживаемостью пациентов [26]
Аденокарцинома легкого230ИксВысокая нагрузка мутаций; 76% опухолей продемонстрировали активацию рецепторных тирозинкиназных путей [27]
Плоскоклеточный рак легкого178ИксВысокое среднее количество мутаций и аберраций числа копий; подобно серозной цистаденокарциноме яичника, почти все плоскоклеточные карциномы легких содержат мутацию в TP53 ; многие опухоли содержат инактивирующие мутации в HLA-A, которые могут помочь раку избежать иммунного обнаружения [28]
Светлоклеточная почечно-клеточная карцинома446ИксОбычно мутировавшие гены включали VHL, участвующий в восприятии кислорода, SED2, участвующий в эпигенетических модификациях, приводящих к глобальному гипометилированию, и гены пути PI3K / AKT / mTOR; метаболический сдвиг, аналогичный «эффекту Варбурга», коррелирует с плохим прогнозом [29]
Папиллярный рак почки161Икс81% опухолей типа 1 содержали изменения MET; геномные профили опухолей типа 2 были гетерогенными, с изменениями CDKN2A, SETD2, TFE3 или повышенной экспрессией пути NRF2 – ARE; потеря экспрессии CDKN2A и фенотип метилирования CpG-островков были связаны с плохим исходом [30]
Инвазивный уротелиальный рак мочевого пузыря131ИксКурение связано с повышенным риском; часто мутировавшие гены включают TP53, который был инактивирован в 76% опухолей, и ERBB2 (HER2), гены в путях рецепторной тирозинкиназы (RTK) / RAS, измененные в 44% опухолей; [31]
Аденокарцинома простаты333ИксВысокая гетерогенность, 26% образцов вызваны неизвестными молекулярными изменениями; 7 подтипов, определяемых слияниями генов фактора транскрипции ETS или мутациями в SPOP , FOXA1 или IDH1 ; активные повреждения в путях репарации PI3K, MAPK и ДНК [32]
Хромофобная почечно-клеточная карцинома66ИксЧрезвычайно низкое бремя мутаций; карцинома происходит из более дистальных областей почек по сравнению со светлоклеточной карциномой, которая в основном возникает из проксимальных областей; метаболический сдвиг, отличный от сдвига «эффекта Варбурга», наблюдаемого при светлоклеточной карциноме; Гены- супрессоры опухолей TP53 и PTEN часто мутировали; Промотор гена TERT часто изменялся [33]
Адренокортикальная карцинома91ИксСверхэкспрессия IGF2 , мутации в TP53 , PRKAR1A и других генах, а также изменения числа копий были общими отличительными признаками; гипоплоидия с последующим удвоением всего генома может быть движущим механизмом развития опухоли [34]
Параганглиома и феохромоцитома173ИксЧетыре различных подтипа: измененный Wnt, корковая примесь, псевдогипоксия и передача сигналов киназой; Ген слияния MAML3 и соматическая мутация CSDE1 определяют и определяют плохой прогноз, подтип с измененным Wnt [35]
Холангиокарцинома38ИксНизкая экспрессия генов CDKN2, BAP1 и ARID1 и избыточная экспрессия генов FGFR2 и IDH1 / 2; четыре подтипа, один подтип характеризуется изменениями IDH, подавлением ARID1A и низкой экспрессией других модификаторов хроматина, а также высокой экспрессией митохондриальных генов; другой подтип, характеризующийся мутациями BAP1 и слияниями генов FGFR2; рак может существовать в непрерывном спектре с подмножеством карцином печени с мутациями IDH или FGFR [36]
Гепатоцеллюлярная карцинома печени363ИксМутации промотора TERT, выявленные в 44% опухолей, связанные с увеличением удлинения теломер и подавлением CDKN2A; TP53 обычно мутирован или недостаточно экспрессируется; CTNNBB1 значительно мутировал; многие опухоли с высоким уровнем инфильтрации лимфоцитов или сверхэкспрессией генов контрольных точек иммунной системы CTLA4, PD-1 и PD-L1 [37]
Протоковая аденокарцинома поджелудочной железы150ИксИспользуется глубокое и целевое секвенирование для лучшего анализа клеточности неопластических опухолей; Мутации KRAS присутствуют в 93% опухолей; мутации в RREB1 или других участниках сигнального пути RAS-MAPK [38]
Карциносаркома матки57ИксВыявлена ​​сильная и разнообразная степень эпителиально-мезенхимального перехода; Мутации TP53 присутствуют в 91% образцов; изменения в PI3K присутствуют в половине образцов [39]
Увеальная меланома80ИксСложные мутации в BAP1; идентифицировали отдельные подразделения подтипов дисомии 3 (D3) и моносомии 3 (M3); в M3 взаимоисключающие мутации EIF1AX и SRSF2 / SF3B1 имеют разные профили метилирования и прогнозы [40]
Тимома124Икс
Саркома206ИксTP53, ATRX и RB1 среди немногих генов, периодически мутировавших в разных типах сарком; изменения числа копий часто происходили в саркомах сложного кариотипа, влияя на клеточный цикл p53 и RB1 и другие пути; саркомы синовиальной саркомы экспрессируют слияния в SSX1 или SSX2 и TERT; Для дедифференцированной липосаркомы амплификация JUN связана с худшей выживаемостью; измененный путь PI3K-AKT-mTOR при лейомиосаркоме; недифференцированная плеоморфная саркома и миксофибросаркома могут быть вызваны изменениями пути Hippo [41]
Мезотелиома87Икс
Рак семенных клеток яичка150Икс

Мультиформная глиобластома [ править ]

В 2008 году TCGA опубликовал свои первые результаты по мультиформной глиобластоме (GBM) в природе . [42] Эти первые результаты опубликованы на 91 подобранной паре опухоль-нормальная. Хотя для исследования было собрано 587 биопрепаратов, большинство из них было отклонено во время контроля качества: образцы опухоли должны были содержать не менее 80% ядер опухоли и не более 50% некроза, а оценка вторичной патологии должна была согласовывать с исходным диагнозом ГБМ был точным. Последняя партия образцов была исключена, поскольку собранные ДНК или РНК не имели достаточного качества или количества для анализа на всех различных платформах, используемых в этом исследовании.

Все данные из статьи, а также данные, которые были собраны с момента публикации, находятся в открытом доступе в Координационном центре данных (DCC). [43] Большая часть данных TCGA находится в полностью открытом доступе, за исключением данных, которые потенциально могут идентифицировать конкретных пациентов. Доступ к этим клинически контролируемым данным можно получить через приложение в Комитет по доступу к данным (DAC), который оценивает, является ли конечный пользователь добросовестным исследователем, и задает законный научный вопрос, который заслуживает доступа к данным на индивидуальном уровне. [44] Этот процесс аналогичен процессу других программ, финансируемых NIH, включая dbGAP .

С момента публикации первой маркерной статьи несколько аналитических групп в сети TCGA представили более подробный анализ данных по глиобластоме . Анализ группа под руководством Roel Verhaak, PhD, Katherine A. Hoadley , PhD, и Д. Нил Hayes , MD, успешно коррелирует глиомы экспрессии генов подтипы с геномных аномалий. [45] Группа анализа данных метилирования ДНК , возглавляемая доктором философии Хутаном Ноушмером и доктором философией Питером Лэрдом, выявила отдельную подгруппу образцов глиомы, которая демонстрирует согласованное гиперметилирование в большом количестве локусов, что указывает на существование метилитора глиомы- CpG-островка. фенотип ( G-CIMP). Опухоли G-CIMP относятся к пронейральной подгруппе и были тесно связаны с соматическими мутациями IDH1 . [46] [47]

Серозный яичник [ править ]

Начиная новую эру в секвенировании генома рака, TCGA сообщила о секвенировании экзома 316 образцов опухолей высокосортного серозного рака яичников в журнале Nature в июне 2011 года [48].

Колоректальный рак [ править ]

TCGA сообщил о секвенировании экзома и анализе экспрессии генов 276 образцов опухолей рака толстой и прямой кишки, включая полногеномное секвенирование 97 образцов, в журнале Nature в июле 2012 года. [49] Недавно появилась база данных, известная как Атлас колоректального рака ( http: / /colonatlas.org ), объединяющие геномные и протеомные данные, относящиеся к тканям колоректального рака, из TCGA и клеточных линий.

Статус по состоянию на 2013 год: мутационный ландшафт 12 распространенных подтипов рака [ править ]

В 2013 году TCGA опубликовал описание «мутационного ландшафта», определяемого как часто повторяющиеся мутации, выявленные в результате секвенирования экзома 3281 опухоли из 12 часто встречающихся подтипов рака. Двенадцать подтипы Исследовались аденокарциномы молочной железы , аденокарциномы легких , рак легких , плоскоклеточный рак , рак эндометрия , глиобластома , плоскоклеточный рак головы и шеи, рак толстой кишки , рак прямой кишки , рак мочевого пузыря , почек , рак светлоклеточный , рак яичников иострый миелоидный лейкоз . [50]

См. Также [ править ]

  • Проект генома рака в Институте Сэнгера Wellcome Trust
  • Международный консорциум генома рака
  • Список биологических баз данных

Ссылки [ править ]

  1. ^ "Домашняя страница Атласа генома рака" . NCI и NHGRI . Проверено 28 апреля 2009 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  2. ^ NIH запускает проект генома рака Washington Post 14 декабря 2005 г.
  3. ^ Даниэла С. Герхард (2008-05-27). «TCGA движется вперед в молекулярной онкологии» . Бюллетень рака NCI, Обновление директора . Национальный институт рака . Проверено 27 августа 2009 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  4. ^ «Раки, выбранные для изучения» . Атлас генома рака - Национальный институт рака . Проверено 2 ноября 2015 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  5. ^ «Проекты по характеристике редких опухолей» . Атлас генома рака - Национальный институт рака . Проверено 2 ноября 2015 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  6. ^ McLendon, R .; Фридман, Аллан; Бигнер, Даррелл; Ван Меир, Эрвин Г .; Брат, Дэниел Дж .; М. Мастрогианакис, Гена; Олсон, Джеффри Дж .; Миккельсен, Том; и другие. (2008-10-23). «Комплексная геномная характеристика определяет гены и основные пути глиобластомы человека» . Природа . 455 (7216): 1061–1068. DOI : 10,1038 / природа07385 . PMC 2671642 . PMID 18772890 .  
  7. ^ "Победитель Sammies 2015: Приз зрительских симпатий" . Служба Америке медали . Проверено 15 октября 2015 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  8. ^ «История и хронология» . Атлас генома рака - Национальный институт рака . Проверено 2 ноября 2015 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  9. ^ "Портал данных атласа генома рака: основной ресурс биологических образцов" . NCI и NHGRI . Проверено 24 января 2014 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  10. ^ Verhaak, Рул GW; Hoadley, Katherine A .; Пурдом, Элизабет; Ванга, Виктория; Ци, юань; Вилкерсон, Мэтью Д.; Миллер, К. Райан; Дин, Ли; Голуб, Тодд (19 января 2010). «Интегрированный геномный анализ идентифицирует клинически значимые подтипы глиобластомы, характеризующиеся аномалиями PDGFRA, IDH1, EGFR и NF1» . Раковая клетка . 17 (1): 98–110. DOI : 10.1016 / j.ccr.2009.12.020 . ISSN 1535-6108 . PMC 2818769 . PMID 20129251 .   
  11. ^ Бреннан, Кэмерон В .; Верхаак, Роэл Г.В.; Маккенна, Аарон; Кампос, Бенито; Ноушмехр, Хоутан; Салама, Софи Р .; Чжэн, Сиюань; Чакраварти, Дебяни; Санборн, Дж. Захари (10-10-2013). «Соматический геномный ландшафт глиобластомы» . Cell . 155 (2): 462–477. DOI : 10.1016 / j.cell.2013.09.034 . ISSN 1097-4172 . PMC 3910500 . PMID 24120142 .   
  12. ^ МакЛендон, Роджер; Фридман, Аллан; Бигнер, Даррелл; Меир, Эрвин Г. Ван; Брат, Дэниел Дж .; Мастрогианакис, Гена М .; Олсон, Джеффри Дж .; Миккельсен, Том; Леман, Норман (2008-10-23). «Комплексная геномная характеристика определяет гены и основные пути глиобластомы человека» . Природа . 455 (7216): 1061–1068. DOI : 10,1038 / природа07385 . ISSN 0028-0836 . PMC 2671642 . PMID 18772890 .   
  13. ^ Исследовательская сеть Атласа генома рака; Брат, диджей; Верхаак, Р.Г.; Aldape, KD; Yung, WK; Салама, SR; Купер, Луизиана; Rheinbay, E .; Миллер, CR; Vitucci, M .; Морозова, О .; Робертсон, АГ; Noushmehr, H .; Laird, PW; Черняк, А.Д .; Akbani, R .; Huse, JT; Ciriello, G .; Пуассон, Л. М.; Barnholtz-Sloan, JS; Бергер, М.С.; Brennan, C .; Колен, Р.Р .; Colman, H .; Фландрия, AE; Giannini, C .; Grifford, M .; Iavarone, A .; Jain, R .; и другие. (2015-06-25). «Комплексный, интегративный геномный анализ диффузных глиом более низкой степени злокачественности» . Медицинский журнал Новой Англии . 372 (26): 2481–2498. DOI : 10.1056 / NEJMoa1402121 . ISSN 0028-4793 . ЧВК  4530011 . PMID  26061751 .
  14. ^ a b Сеть, Атлас генома рака (2012-10-04). «Комплексные молекулярные портреты опухолей груди человека» . Природа . 490 (7418): 61–70. DOI : 10.1038 / nature11412 . ISSN 0028-0836 . PMC 3465532 . PMID 23000897 .   
  15. ^ Сириелло, Джованни; Гаца, Майкл Л .; Бек, Эндрю Х .; Вилкерсон, Мэтью Д.; Rhie, Suhn K .; Пасторе, Алессандро; Чжан, Хайлей; Маклеллан, Майкл; Яу, Кристина (10.08.2015). "Комплексные молекулярные портреты инвазивного дольчатого рака молочной железы" . Cell . 163 (2): 506–519. DOI : 10.1016 / j.cell.2015.09.033 . ISSN 0092-8674 . PMC 4603750 . PMID 26451490 .   
  16. ^ Сеть, Атлас генома рака (2012-07-19). «Комплексная молекулярная характеристика рака прямой и толстой кишки человека» . Природа . 487 (7407): 330–337. DOI : 10.1038 / nature11252 . ISSN 0028-0836 . PMC 3401966 . PMID 22810696 .   
  17. ^ Басс, Адам Дж .; Торссон, Вестейн; Шмулевич Илья; Рейнольдс, Шейла М .; Миллер, Майкл; Бернард, Брэди; Хиноуэ, Тошинори; Лэрд, Питер В .; Кертис, Кристина (23.07.2014). «Комплексная молекулярная характеристика аденокарциномы желудка» . Природа . 513 (7517): 202–209. DOI : 10,1038 / природа13480 . PMC 4170219 . PMID 25079317 .  
  18. ^ Ким, Джихун; Боулби, Реанн; Мунгалл, Эндрю Дж .; Робертсон, А. Гордон; Одзе, Роберт Д .; Черняк, Андрей Д .; Ши, Джулианн; Педамаллу, Чандра Сехар; Цибульскис, Кэрри (04.01.2017). «Комплексная геномная характеристика рака пищевода» . Природа . 541 (7636): 169–175. DOI : 10,1038 / природа20805 . ISSN 1476-4687 . PMC 5651175 . PMID 28052061 .   
  19. ^ Белл, D .; Berchuck, A .; Birrer, M .; Chien, J .; Крамер, DW; Дао, Ф .; Dhir, R .; Disaia, P .; Gabra, H .; Glenn, P .; Годвин, AK; Gross, J .; Hartmann, L .; Хуанг, М .; Huntsman, DG; Iacocca, M .; Имелински, М .; Kalloger, S .; Карлан, BY; Левин Д.А.; Фрезы, Великобритания; Morrison, C .; Mutch, D .; Olvera, N .; Орсулич, С .; Парк, К .; Petrelli, N .; Rabeno, B .; Райдер, JS; и другие. (29.06.2011). «Комплексные геномные анализы рака яичников» . Природа . 474 (7353): 609–615. DOI : 10,1038 / природа10166 . ISSN 0028-0836 . PMC 3163504 . PMID 21720365 .   
  20. ^ Болтон, Келли Л .; Chenevix-Trench, G .; Goh, C .; Садецкий, С .; Ramus, SJ; Карлан, BY; Lambrechts, D .; Despierre, E .; Barrowdale, D .; McGuffog, L .; Healey, S .; Истон, Д. Ф.; Синильникова, О .; Benítez, J .; Гарсия, MJ; Neuhausen, S .; Гейл, MH; Hartge, P .; Peock, S .; Frost, D .; Evans, DG; Eeles, R .; Годвин, AK; Дэли, МБ; Kwong, A .; Ма, ES; Lázaro, C .; Blanco, I .; Montagna, M .; и другие. (2012-01-25). «Связь между мутациями brca1 и brca2 и выживаемость у женщин с инвазивным эпителиальным раком яичников» . ДЖАМА . 307 (4): 382–389. DOI : 10,1001 / jama.2012.20 . ISSN 0098-7484 . PMC 3727895 .  PMID  22274685 .
  21. ^ Сеть, Исследование Атласа генома рака (2013-05-02). «Комплексная геномная характеристика рака эндометрия» . Природа . 497 (7447): 67–73. DOI : 10,1038 / природа12113 . ISSN 0028-0836 . PMC 3704730 . PMID 23636398 .   
  22. ^ Исследовательская сеть Атласа генома рака; Медицинский колледж Альберта Эйнштейна; Аналитические биологические службы; Онкологическая больница Барретоса; Медицинский колледж Бейлора; Бекманский научно-исследовательский институт города надежды; Институт Бака по исследованию старения; Канадский центр геномных наук Майкла Смита; Гарвардская медицинская школа (2017-03-16). «Комплексная геномная и молекулярная характеристика рака шейки матки» . Природа . 543 (7645): 378–384. DOI : 10,1038 / природа21386 . ISSN 1476-4687 . PMC 5354998 . PMID 28112728 .   
  23. ^ "Комплексная геномная характеристика плоскоклеточного рака головы и шеи" . Природа . 517 (7536): 576–582. 2015-01-29. DOI : 10,1038 / природа14129 . ISSN 0028-0836 . PMC 4311405 . PMID 25631445 .   
  24. ^ Агравал, Нишант; Акбани, Рехан; Аксой, Б. Арман; Элли, Адриан; Араччи, Хариндра; Asa, Sylvia L .; Ауман, Дж. Тодд; Баласундарам, Мируна; Балу, Сайананд (2014). «Комплексная геномная характеристика папиллярной карциномы щитовидной железы» . Cell . 159 (3): 676–690. DOI : 10.1016 / j.cell.2014.09.050 . ISSN 0092-8674 . PMC 4243044 . PMID 25417114 .   
  25. ^ Исследовательская сеть Атласа генома рака; Лей, Тимоти Дж .; Миллер, Кристофер; Дин, Ли; Рафаэль, Бенджамин Дж .; Мунгалл, Эндрю Дж .; Робертсон, А. Гордон; Ходли, Кэтрин; Триче, Тимоти Дж. (30 мая 2013 г.). «Геномные и эпигеномные ландшафты острой миелоидной лейкемии de novo у взрослых» . Медицинский журнал Новой Англии . 368 (22): 2059–2074. DOI : 10.1056 / NEJMoa1301689 . ISSN 1533-4406 . PMC 3767041 . PMID 23634996 .   
  26. ^ Сеть Атлас генома рака (2015-06-18). «Геномная классификация кожной меланомы» . Cell . 161 (7): 1681–1696. DOI : 10.1016 / j.cell.2015.05.044 . ISSN 1097-4172 . PMC 4580370 . PMID 26091043 .   
  27. ^ Коллиссон, Эрик А .; Кэмпбелл, Джошуа Д .; Брукс, Анджела Н .; Бергер, Алиса Х .; Ли, Уильям; Хмелецкий, Юлианн; Пиво, Дэвид Дж .; Коп, Лесли; Creighton, Chad J .; Данилова Людмила; Дин, Ли; Getz, Gad; Хаммерман, Питер С .; Neil Hayes, D .; Эрнандес, Брайан; Герман, Джеймс Дж .; Heymach, John V .; Юрисица, Игорь; Кучерлапати, Раджу; Квятковски, Дэвид; Ладаньи, Марк; Робертсон, Гордон; Шульц, Николаус; Шен, Ронглай; Синха, Райлин; Сугнез, Кэрри; Цао, Мин-Саунд; Трэвис, Уильям Д .; Вайнштейн, Джон Н .; и другие. (31.07.2014). «Комплексное молекулярное профилирование аденокарциномы легкого» . Природа . 511 (7511): 543–550. DOI : 10,1038 / природа13385 . ISSN 0028-0836 . PMC  4231481 . PMID  25079552 .
  28. ^ Сеть, Рак Геном Атлас исследований (2012-09-27). «Комплексная геномная характеристика плоскоклеточного рака легких» . Природа . 489 (7417): 519–525. DOI : 10.1038 / nature11404 . ISSN 0028-0836 . PMC 3466113 . PMID 22960745 .   
  29. ^ Сеть исследований атласа генома рака (2013-07-04). «Комплексная молекулярная характеристика светлоклеточного почечно-клеточного рака» . Природа . 499 (7456): 43–49. DOI : 10,1038 / природа12222 . ISSN 0028-0836 . PMC 3771322 . PMID 23792563 .   
  30. ^ Исследовательская сеть Атласа генома рака; Линехан, У. Марстон; Спеллман, Пол Т .; Рикеттс, Кристофер Дж .; Creighton, Chad J .; Fei, Suzanne S .; Дэвис, Калеб; Уиллер, Дэвид А .; Мюррей, Брэдли А. (14 января 2016 г.). «Комплексная молекулярная характеристика папиллярной почечно-клеточной карциномы» . Медицинский журнал Новой Англии . 374 (2): 135–145. DOI : 10.1056 / NEJMoa1505917 . ISSN 1533-4406 . PMC 4775252 . PMID 26536169 .   
  31. ^ Сеть исследований атласа генома рака (2014-03-20). «Комплексная молекулярная характеристика уротелиальной карциномы мочевого пузыря» . Природа . 507 (7492): 315–322. DOI : 10,1038 / природа12965 . ISSN 0028-0836 . PMC 3962515 . PMID 24476821 .   
  32. ^ Исследовательская сеть Атласа генома рака (2015-11-05). «Молекулярная таксономия первичного рака простаты» . Cell . 163 (4): 1011–1025. DOI : 10.1016 / j.cell.2015.10.025 . ISSN 1097-4172 . PMC 4695400 . PMID 26544944 .   
  33. ^ Дэвис, Калеб Ф .; Рикеттс, Кристофер Дж .; Ван, Мин; Ян, Лисин; Черняк, Андрей Д .; Шэнь, Хуэй; Бухай, Кристиан; Кан, Хёджин; Ким, Сан Чхоль (2014-09-08). "Соматический геномный ландшафт хромофобной почечно-клеточной карциномы" . Раковая клетка . 26 (3): 319–330. DOI : 10.1016 / j.ccr.2014.07.014 . PMC 4160352 . PMID 25155756 .  
  34. ^ Чжэн, Сиюань; Черняк, Андрей Д .; Деваль, Нинад; Моффитт, Ричард А .; Данилова Людмила; Мюррей, Брэдли А .; Лерарио, Антонио М .; Еще, Тобиас; Книжненбург, Тео А. (09.05.2016). «Комплексная пангеномная характеристика карциномы надпочечников» . Раковая клетка . 29 (5): 723–736. DOI : 10.1016 / j.ccell.2016.04.002 . ISSN 1878-3686 . PMC 4864952 . PMID 27165744 .   
  35. ^ Фишбейн, Лорен; Лещинер, Игнатий; Вальтер, Вонн; Данилова Людмила; Робертсон, А. Гордон; Джонсон, Эми R .; Лихтенберг, Тара М .; Мюррей, Брэдли А .; Гайе, Ханс К. (13 февраля 2017 г.). «Комплексная молекулярная характеристика феохромоцитомы и параганглиомы» . Раковая клетка . 31 (2): 181–193. DOI : 10.1016 / j.ccell.2017.01.001 . ISSN 1878-3686 . PMC 5643159 . PMID 28162975 .   
  36. ^ Фаршидфар, Фаршад; Чжэн, Сиюань; Жинграс, Мари-Клод; Ньютон, Юлия; Ши, Джулианн; Робертсон, А. Гордон; Хиноуэ, Тошинори; Hoadley, Katherine A .; Гибб, Юэн А. (14 марта 2017 г.). «Интегративный геномный анализ холангиокарциномы выявляет различные молекулярные профили мутантов IDH» . Отчеты по ячейкам . 18 (11): 2780–2794. DOI : 10.1016 / j.celrep.2017.02.033 . ISSN 2211-1247 . PMC 5493145 . PMID 28297679 .   
  37. ^ Исследовательская сеть Атласа генома рака. Электронный адрес: [email protected]; Сеть исследований атласа генома рака (15.06.2017). «Комплексная и интегративная геномная характеристика гепатоцеллюлярной карциномы» . Cell . 169 (7): 1327–1341.e23. DOI : 10.1016 / j.cell.2017.05.046 . ISSN 1097-4172 . PMC 5680778 . PMID 28622513 .   
  38. ^ Исследовательская сеть Атласа генома рака. Электронный адрес: [email protected]; Сеть исследований атласа генома рака (14.08.2017). «Комплексная геномная характеристика аденокарциномы протока поджелудочной железы» . Раковая клетка . 32 (2): 185–203.e13. DOI : 10.1016 / j.ccell.2017.07.007 . ISSN 1878-3686 . PMC 5964983 . PMID 28810144 .   
  39. ^ Черняк, Андрей Д .; Шэнь, Хуэй; Вальтер, Вонн; Стюарт, Чип; Мюррей, Брэдли А .; Боулби, Реанн; Ху, Синь; Линг, Шиюнь; Сослоу, Роберт А. (13 марта 2017 г.). «Комплексная молекулярная характеристика рака матки» . Раковая клетка . 31 (3): 411–423. DOI : 10.1016 / j.ccell.2017.02.010 . ISSN 1878-3686 . PMC 5599133 . PMID 28292439 .   
  40. ^ Робертсон, А. Гордон; Ши, Джулианн; Яу, Кристина; Gibb, Ewan A .; Оба, Джунна; Mungall, Karen L .; Гесс, Джулиан М .; Узунангелов Владислав; Вальтер, Вонн (2017-08-14). «Интегративный анализ определяет четыре молекулярных и клинических подгруппы увеальной меланомы» . Раковая клетка . 32 (2): 204–220.e15. DOI : 10.1016 / j.ccell.2017.07.003 . ISSN 1878-3686 . PMC 5619925 . PMID 28810145 .   
  41. ^ Исследовательская сеть Атласа генома рака. Электронный адрес: [email protected]; Сеть исследований атласа генома рака (2017-11-02). «Комплексная и комплексная геномная характеристика сарком мягких тканей у взрослых» . Cell . 171 (4): 950–965.e28. DOI : 10.1016 / j.cell.2017.10.014 . ISSN 1097-4172 . PMC 5693358 . PMID 29100075 .   
  42. ^ МакЛендон, Роджер; Фридман, Аллан; Бигнер, Даррелл; Ван Меир, Эрвин Г .; Брат, Дэниел Дж .; м. Мастрогианакис, Гена; Олсон, Джеффри Дж .; Миккельсен, Том; Леман, Норман; Алдапе, Кен; Альфред Юнг, WK; Боглер, Оливер; Ванденберг, Скотт; Бергер, Митчел; Прадос, Майкл; Музны, Донна; Морган, Маргарет; Шерер, Стив; Сабо, Анико; Назарет, Линн; Льюис, Лора; Холл, Отис; Чжу, Иминь; Рен, Янру; Альви, Омар; Яо, Цзицян; Хоуз, Алисия; Джангиани, Шалини; Фаулер, Джеральд; и другие. (Октябрь 2008 г.). «Комплексная геномная характеристика определяет гены и основные пути глиобластомы человека» . Природа . 455 (7216): 1061–8. DOI : 10,1038 / природа07385 . PMC 2671642 . PMID  18772890 .
  43. ^ "Портал данных атласа генома рака" . NCI и NHGRI . Проверено 28 апреля 2009 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  44. ^ "Портал данных атласа генома рака" . Национальный институт здоровья . Проверено 2 ноября 2010 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  45. ^ Verhaak, Рул GW; Hoadley, Katherine A .; Пурдом, Элизабет; Ванга, Виктория; Ци, юань; Вилкерсон, Мэтью Д.; Миллер, К. Райан; Дин, Ли; Голуб, Тодд; Месиров, Джилл П .; Алексей, Габриэле; Лоуренс, Майкл; О'Келли, Майкл; Тамайо, Пабло; Weir, Barbara A .; Габриэль, Стейси; Винклер, Венди; Гупта, Суприя; Джаккула, Лакшми; Feiler, Heidi S .; Ходжсон, Дж. Грэм; Джеймс, К. Дэвид; Sarkaria, Jann N .; Бреннан, Кэмерон; Кан, Ари; Спеллман, Пол Т .; Уилсон, Ричард К .; Скорость, Теренс П .; Грей, Джо У .; Мейерсон, Мэтью; Getz, Gad; Perou, Charles M .; Хейс, Д. Нил (2010). «Интегрированный геномный анализ определяет клинически значимые подтипы глиобластомы, характеризующиеся аномалиями PDGFRA, IDH1, EGFR и NF1» .Раковая клетка . 17 (1): 98–110. DOI : 10.1016 / j.ccr.2009.12.020 . PMC  2818769 . PMID  20129251 .
  46. ^ Noushmehr H; Вайзенбергер DJ; Diefes K; и другие. (Май 2010 г.). «Идентификация фенотипа метилатора CpG-островка, который определяет отдельную подгруппу глиомы» . Раковая клетка . 17 (5): 510–22. DOI : 10.1016 / j.ccr.2010.03.017 . PMC 2872684 . PMID 20399149 .  
  47. ^ «Подтип глиомы с менее тяжелым исходом» . Проверено 6 марта 2011 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  48. ^ Белл, D .; Berchuck, A .; Birrer, M .; Chien, J .; Крамер, DW; Дао, Ф .; Dhir, R .; Disaia, P .; Gabra, H .; Glenn, P .; Годвин, AK; Gross, J .; Hartmann, L .; Хуанг, М .; Huntsman, DG; Iacocca, M .; Имелински, М .; Kalloger, S .; Карлан, BY; Левин Д.А.; Фрезы, Великобритания; Morrison, C .; Mutch, D .; Olvera, N .; Орсулич, С .; Парк, К .; Petrelli, N .; Rabeno, B .; Райдер, JS; и другие. (2011). «Комплексный геномный анализ рака яичников» . Природа . 474 (7353): 609–15. DOI : 10,1038 / природа10166 . PMC 3163504 . PMID 21720365 .  
  49. ^ "Комплексная молекулярная характеристика рака прямой и толстой кишки человека" . Природа . 487 (7407): 330–7. 2012. DOI : 10.1038 / nature11252 . PMC 3401966 . PMID 22810696 .  
  50. ^ Kandoth С, Маклеллэн MD, Vandin Р, Е. К, Ню В, Лу С, С М, Чжан Q, МакМайкл ДФ, Wyczalkowski М.А., Лейзерсон М. Д., Миллер СА, Велч JS, Вальтер МДж, Wendl MC , Лей TJ , Уилсон РК , Рафаэль Б.Дж., Дин Л. (2013). «Мутационный ландшафт и значение 12 основных типов рака» . Природа . 502 (7471): 333–9. DOI : 10,1038 / природа12634 . PMC 3927368 . PMID 24132290 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Атлас генома рака
  • Отделение онкологической геномики NCI
  • Центр геномики рака в Калифорнийском университете в Санта-Крус
  • Инициатива CGAP по генетической аннотации
  • NCI Wiki
  • Атлас рака прямой кишки