Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Терапевтическая модуляция гена относится к практике изменения экспрессии гена на одной из различных стадий с целью облегчения какой-либо формы заболевания. Он отличается от генной терапии тем, что модуляция гена направлена ​​на изменение экспрессии эндогенного гена (возможно, путем введения гена, кодирующего новый модулирующий белок), тогда как генная терапия касается введения гена, продукт которого напрямую помогает реципиенту.

Модуляция экспрессии генов может быть опосредована на уровне транскрипции ДНК-связывающими агентами (которые могут быть искусственными факторами транскрипции ), небольшими молекулами или синтетическими олигонуклеотидами . Он также может опосредоваться посттранскрипционно через РНК-интерференцию .

Модуляция транскрипционного гена [ править ]

Подход к терапевтической модуляции использует агенты, которые модулируют эндогенную транскрипцию, специфически воздействуя на эти гены на уровне гДНК . Преимущество этого подхода перед модуляцией на уровне мРНК или белка состоит в том, что каждая клетка содержит только одну копию гДНК. Таким образом, количество копий-мишеней значительно ниже, что позволяет теоретически вводить лекарства в гораздо более низких дозах.

Этот подход также предлагает несколько преимуществ по сравнению с традиционной генной терапией . Непосредственное воздействие на эндогенную транскрипцию должно приводить к правильной относительной экспрессии вариантов сплайсинга . Напротив, традиционная генная терапия обычно вводит ген, который может экспрессировать только один транскрипт, а не набор стехиометрически экспрессируемых вариантов сплайсированных транскриптов. Кроме того, введенные вирусом гены могут быть нацелены на подавление генов путем метилирования, что может противодействовать эффекту традиционной генной терапии. [1] Не ожидается, что это станет проблемой для модуляции транскрипции, поскольку она действует на эндогенную ДНК.

Существует три основные категории агентов, которые действуют как модуляторы транскрипционных генов: триплексообразующие олигонуклеотиды (TFO), синтетические полиамиды (SPA) и ДНК-связывающие белки . [2]

Триплекс-образующие олигонуклеотиды [ править ]

Какие они [ править ]

Образующие триплекс олигонуклеотиды (TFO) являются одним из потенциальных методов достижения терапевтической модуляции генов. TFO имеют длину примерно 10-40 пар оснований и могут связываться в большой бороздке в дуплексной ДНК, что создает третью цепь или тройную спираль. [2] [3] Связывание происходит в полипуриновых или полипиримидиновых областях через водородные связи Хугстина с пуриновыми (A / G) основаниями на двухцепочечной ДНК, которая уже находится в форме спирали Уотсона-Крика . [4]

Как они работают [ править ]

TFO могут быть молекулами полипурина или полипиримидина и связываться с одной из двух цепей двойной спирали в параллельной или антипараллельной ориентации с целевыми областями полипурина или полипиримидина. Поскольку коды распознавания ДНК различны для параллельного и антипараллельного способа связывания TFO, TFO, состоящие из пиримидинов (C / T), связываются с богатой пуринами цепью целевой двойной спирали через водородные связи Хугстина параллельным образом. . [3] TFO, состоящие из пуринов (A / G) или смешанного пурина и пиримидина, связываются с одной и той же богатой пуринами цепью через обратные связи Хугстина антипараллельным образом. TFO могут распознавать богатые пуринами целевые цепи для дуплексной ДНК. [2]

Трехцепочечная ДНК: TFO связываются аналогичным образом с двухцепочечной ДНК как конфигурация триплексной спирали .

Осложнения и ограничения [ править ]

Чтобы мотивы TFO могли связываться параллельным образом и создавать водородные связи , атом азота в положении 3 на остатке цитозина должен быть протонирован , но при физиологических уровнях pH этого не происходит, что может препятствовать параллельному связыванию. [2]

Другое ограничение состоит в том, что TFO могут связываться только с богатыми пурином цепями-мишенями, и это ограничивает выбор сайтов-мишеней эндогенных генов до участков полипурин-полипиримидин в дуплексной ДНК. Если бы был создан метод, позволяющий TFO также связываться с пиримидиновыми основаниями, это позволило бы TFO нацеливаться на любую часть генома . Также геном человека богат полипуриновыми и полипиримидиновыми последовательностями, которые могут влиять на специфичность связывания TFO с целевой областью ДНК. Подход к преодолению этого ограничения заключается в разработке TFO с модифицированными нуклеотидами, которые действуют как заблокированные нуклеиновые кислоты для увеличения сродства TFO к конкретным последовательностям-мишеням. [5]

Другие ограничения включают озабоченность относительно аффинности и специфичности связывания , стабильности in vivo и поглощения клетками. Исследователи пытаются преодолеть эти ограничения, улучшая характеристики TFO с помощью химических модификаций , таких как модификация основной цепи TFO для уменьшения электростатического отталкивания между TFO и дуплексом ДНК. Также из-за их высокой молекулярной массы поглощение клетками ограничено, и некоторые стратегии для преодоления этого включают агенты , конденсирующие ДНК , связывание TFO с гидрофобными остатками, такими как холестерин , или агенты, повышающие проницаемость клеток. [2]

Что они могут сделать [ править ]

Ученые все еще совершенствуют технологию, чтобы превратить TFO в терапевтический продукт, и большая часть этого связана с их потенциальным применением в антигенной терапии. В частности, они использовались в качестве индукторов сайт-специфических мутаций , реагентов, которые избирательно и специфически расщепляют целевую ДНК, и в качестве модуляторов экспрессии генов . [6] Одним из таких методов модификации последовательности гена является нацеливание ДНК с помощью TFO для активации целевого гена . Если целевая последовательность расположена между двумя неактивными копиями гена, лиганды ДНК, такие как TFO, могут связываться с целевым сайтом и распознаваться как повреждения ДНК. Чтобы исправить эти поражения, восстановление ДНКкомплексы собираются на целевой последовательности, ДНК восстанавливается. Повреждение субстрата внутримолекулярной рекомбинации затем может быть восстановлено и обнаружено, если резекция идет достаточно далеко, чтобы получить совместимые концы с обеих сторон сайта расщепления, а затем лигируют 3'-выступы, что приводит к образованию единственной активной копии гена и потере всех последовательностей между двумя копиями гена. [4]

В модельных системах TFO могут подавлять экспрессию генов на уровне ДНК, а также вызывать целевой мутагенез в модели. [6] Ингибирование удлинения транскрипции на эндогенных мишенях, индуцированное ТФО, было успешно протестировано на культурах клеток. [7] Однако, несмотря на значительный успех in vitro , достижения в области клеточных приложений были ограничены, возможно, из-за целевой доступности.

TFO могут заставить замолчать ген молчания за счет нацеливания на инициацию или удлинение транскрипции, остановку на сайтах связывания триплекса или внесение постоянных изменений в последовательность-мишень посредством стимуляции собственных путей репарации клетки. Эти приложения могут быть актуальны при создании методов лечения рака, которые подавляют экспрессию генов на уровне ДНК. Поскольку аберрантная экспрессия генов является признаком рака, регулирование уровней экспрессии этих эндогенных генов может потенциально действовать в качестве терапии для нескольких типов рака .

Синтетические полиамиды [ править ]

Синтетические полиамиды представляют собой набор небольших молекул, которые образуют специфические водородные связи с малой бороздкой ДНК. Они могут оказывать влияние либо напрямую, связывая регуляторную область или транскрибируемую область гена для модификации транскрипции, либо опосредованно, путем спроектированной конъюгации с другим агентом, который вносит изменения вокруг целевого сайта ДНК.

Мультфильм представление синтетического полиамида для распознавания последовательности ДНК. Последовательность ДНК 5'-GTAC-3 'распознается парами аминокислот Py / Im, Py / Hp, Hp / Py и Im / Py. См. [8] [9] для получения информации о химической структуре.

Структура [ править ]

Определенные основания в малой бороздке ДНК могут распознаваться и связываться небольшими синтетическими полиамидами (SPA). ДНК-связывающие СПА содержат три полиамидно-аминокислотных компонента: гидроксипиррол (Hp), имидазол (Im) и пиррол (Py). [10] Цепи этих аминокислот образуют петлю в виде шпильки. Аминокислоты по обе стороны от шпильки образуют пару, которая может специфически распознавать обе стороны пары оснований Уотсона-Крика.. Это происходит за счет водородных связей в малой бороздке ДНК. Амидные пары Py / Im, Py / Hp, Hp / Py и Im / Py распознают пары оснований Уотсона-Крика CG, AT, TA и GC соответственно (таблица 1). См. Рисунок для графического представления распознавания 5'-GTAC-3 'SPA. СПА обладают низкой токсичностью, но еще не использовались для модуляции генов человека.

Таблица 1. Код распознавания пары амидов к паре нуклеотидов.
Амидная параНуклеотидная пара
Py / ImCG
Py / HpВ
Л.с. / PyTA
Im / PyGC

Ограничения и обходные пути [ править ]

Главный структурный недостаток немодифицированных SPA как модуляторов генов заключается в том, что их последовательность распознавания не может быть расширена за пределы 5 пар оснований Уотсона-Крика. Естественная кривизна малой бороздки ДНК слишком крута для структуры шпильки. Есть несколько групп, предлагающих обходные пути к этой проблеме. [8] [11] [12] [13] [14] SPA могут быть сделаны, чтобы лучше следовать кривизне малой бороздки, путем введения бета-аланина, который расслабляет структуру. [10] Другой подход к увеличению длины распознавания - использование нескольких коротких шпилек подряд. [15] [16] Этот подход увеличил длину распознавания до одиннадцати пар оснований Уотсона-Крика.

Синтетический полиамид блокирует транскрипцию РНК путем связывания в транскрибируемой области.
Синтетический полиамид, блокирующий факторы транскрипции.

Прямая модуляция [ править ]

SPA могут ингибировать транскрипцию посредством связывания в транскрибируемой области гена-мишени. Это ингибирование происходит за счет блокирования удлинения РНК-полимеразой.

SPA также могут модулировать транскрипцию, воздействуя на сайт связывания регулятора транскрипции. Если регулятор является активатором транскрипции, это снизит уровни транскрипции. В качестве примера было продемонстрировано, что нацеливание SPA на сайт связывания для активирующего фактора транскрипции TFIIIA ингибирует транскрипцию расположенной ниже 5S РНК. [17] Напротив, если регулятор является репрессором, это увеличит уровни транскрипции. Например, нацеливание SPA на фактор хозяина LSF, который репрессирует экспрессию длинного концевого повтора (LTR) вируса иммунодефицита человека (ВИЧ) типа 1, блокирует связывание LSF и, следовательно, подавляет экспрессию LTR [18] .

Синтетический полиамид, конъюгированный с модифицирующим агентом.

Сопряженная модуляция [ править ]

Не было показано, что СПА напрямую модифицируют ДНК или обладают другой активностью, кроме прямого блокирования других факторов или процессов. Однако модифицирующие агенты могут быть связаны с хвостовыми концами конструкции шпильки. Специфическое связывание SPA с ДНК делает возможным сайт-специфическое нацеливание конъюгированного модифицирующего агента.

SPA были объединены с ДНК-алкилирующими группами циклопропилпирролоиндолом [19] и хлорамбуцилом [20], которые были способны повреждать и сшивать ДНК SV40. Этот эффект подавлял клеточный цикл и рост. Хлорамбуцил, химиотерапевтический агент, был более эффективным в сочетании с SPA, чем без него.

В 2012 году SPA были конъюгированы с SAHA, мощным ингибитором гистондеацетилазы (HDAC). [21] SPA с конъюгированными SAHA были нацелены на Oct-3/4 и Nanog, которые вызывали эпигенетическое ремоделирование и, как следствие, увеличивали экспрессию множественных генов, связанных с плюрипотентностью, в эмбриональных фибробластах мыши.

Конструктор белков с цинковыми пальцами [ править ]

Что они собой представляют / структура [ править ]

Дизайнерские белки типа «цинковые пальцы» - это специально разработанные белки, используемые для нацеливания на определенные области ДНК . Эти белки используют ДНК-связывающую способность природных доменов с цинковыми пальцами, чтобы модулировать определенные целевые области генома . [22] И в дизайнерских, и в естественных мотивах «цинковые пальцы» белок состоит из двух β-листов и одной α-спирали . Два остатка гистидина на α-спирали и два остатка цистеина на β-листах связаны с цинком.атом, который служит для стабилизации белкового домена в целом. Эта стабилизация особенно полезна для α-спирали в ее функции как домена распознавания и связывания ДНК. Фактор транскрипции TFIIIA является примером встречающегося в природе белка с мотивами «цинковые пальцы». [23]

Пример мотивов с цинковыми пальцами

Как они работают [ править ]

Цинк-пальцевые мотивы связывают в большую бороздку спиральной ДНК, [23] , где аминокислотный остаток последовательности на альфа-спирали дает мотиву своей целевой последовательность специфичность. В св зывает домен к семи- нуклеотидной последовательности ДНК (позиции 1 по 6 на первичной цепи ДНК, а также позиции 0 и 3 на комплементарной цепи ), обеспечивая тем самым , что этот белок мотив обладает высокой селективностью своей цели. [22] При разработке дизайнерского белка «цинковые пальцы» исследователи могут использовать такие методы, как сайт-направленный мутагенез с последующими рандомизированными исследованиями связывающей способности,[22] [24] или рекомбинация in vitro мотивов с известной целевой специфичностью для получения библиотеки конечных белков, специфичных для последовательности. [25]

Цинковые пальцы связывают спираль ДНК
Эпигенетические механизмы

Эффекты и воздействия на модуляцию генов [ править ]

Дизайнерские белки «цинковые пальцы» могут модулировать экспрессию генома разными способами. В конечном счете, два фактора в первую очередь ответственны за конечный результат экспрессии: является ли последовательность- мишень регуляторной областью или кодирующей областью ДНК, и связаны ли эффекторные домены с доменом цинкового пальца и какие типы . Если последовательность - мишени для сконструированного белка дизайнера является регуляторным домен - например, промотор или репрессор из репликации - сайт связывания в природе будет затенены факторы транскрипции, что приводит к соответствующему уменьшению или увеличению, соответственно, в транскрипциидля связанного гена . [26] Аналогичным образом, если последовательность-мишень представляет собой экзон , дизайнерский «цинковый палец» будет скрывать последовательность от комплексов транскрипции РНК-полимеразы , что приводит к усеченному или иным образом нефункциональному продукту гена. [22]

Эффекторные домены, связанные с цинковым пальцем, также могут иметь сопоставимые эффекты. Это функция этих эффекторных доменов, которые, возможно, являются наиболее важными с точки зрения использования дизайнерских белков с цинковыми пальцами для терапевтической модуляции генов. Если домен метилазы связан с дизайнерским белком цинкового пальца, когда белок цинкового пальца связывается с целевой последовательностью ДНК , это впоследствии приведет к увеличению состояния метилирования ДНК в этой области. Скорость транскрипции затронутых таким образом генов будет снижена. [27] Многие из эффекторных доменов функционируют, чтобы напрямую модулировать ДНК - например, посредством метилирования, расщепления [28] или рекомбинации последовательности ДНК-мишени [29]- или путем модуляции его скорости транскрипции - например , ингибирование транскрипция с помощью репрессор доменов , которые блокируют транскрипционная машина, [30] содействие транскрипции с активацией доменами , которые вербуют транскрипционную машину к месту, [31] или гистонов - или другие эпигенетические домены -модификации , которые влияют на хроматине состояние и способность транскрипционного аппарата получать доступ к затронутым генам. [32] Эпигенетическая модификация является основной темой в определении различных уровней экспрессии генов, что объясняется идеей о том, насколько сильно запутана цепь ДНК - от гистонов на локальном уровне до хроматина на хромосоме.уровень - может влиять на доступность последовательностей ДНК для аппарата транскрипции, тем самым влияя на скорость, с которой она может быть транскрибирована. [23] Если вместо прямого воздействия на нить ДНК, как описано выше, дизайнерский белок «цинковый палец» вместо этого влияет на состояние эпигенетической модификации для целевой области ДНК, аналогичным образом может осуществляться модуляция экспрессии гена.

В первом случае, чтобы успешно продемонстрировать использование дизайнерских белков с цинковыми пальцами для модуляции экспрессии генов in vivo , Choo et al [26] разработали белок, состоящий из трех доменов с цинковыми пальцами, которые нацелены на конкретную последовательность на онкогене слияния BCR-ABL. . Этот специфический онкоген участвует в развитии острого лимфобластного лейкоза . Онкоген обычно позволяет лейкозным клеткам размножаться в отсутствие определенных факторов роста, что является признаком рака . За счет включения сигнала ядерной локализации с трехдоменным белком цинкового пальца для облегчения связывания белка с геномной ДНК в ядре, Choo и др. смогли продемонстрировать, что созданный ими белок может блокировать транскрипцию онкогена in vivo. Клетки лейкемии стали зависимыми от обычных факторов роста, вернув клеточный цикл под контроль нормальной регуляции . [26]

Посттранскрипционная модуляция генов [ править ]

Основным подходом к посттранскрипционной модуляции генов является РНК-интерференция (РНКи). Основная проблема с использованием РНКи в модуляции генов - это доставка лекарств к клеткам-мишеням. [33] [34] Модуляция гена РНКи была успешно применена к мышам для лечения воспалительного заболевания кишечника на мышиной модели. [35] В этом лечении использовались стабилизированные наночастицы, нацеленные на интегрин бета-7, на основе липосом, улавливающие короткие интерферирующие РНК (миРНК). Существует несколько других форм доставки РНКи, в том числе: доставка полиплекса, конъюгаты лиганд-миРНК, голая доставка, доставка неорганических частиц с использованием наночастиц золота и сайт-специфическая локальная доставка. [36]

Клиническое значение [ править ]

С другой стороны, дизайнерские белки с цинковыми пальцами прошли несколько клинических испытаний . Эффективность и безопасность EW-A-401, сконструированного фактора транскрипции цинкового пальца, в качестве фармакологического средства для лечения хромоты , сердечно-сосудистого заболевания, изучалась в клинических испытаниях. [37] Белок состоит из сконструированной плазмидной ДНК, которая побуждает пациента производить сконструированный фактор транскрипции, мишенью которого является ген фактора роста эндотелия сосудов A (VEGF-A) , который положительно влияет на развитие кровеносных сосудов . Хотя еще не одобрено СШАУправление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов (FDA) завершило два клинических исследования фазы I , которые идентифицируют этот белок с цинковыми пальцами как многообещающий и безопасный потенциальный терапевтический агент для лечения заболеваний периферических артерий у людей. [38]

См. Также [ править ]

  • Фактор искусственной транскрипции
  • Антисмысловая терапия
  • Генная терапия
  • РНК-интерференция

Ссылки [ править ]

  1. Перейти ↑ Young WB, Link CJ (2000). «Химерный ретровирусный вспомогательный вирус и последовательность IRES пикорнавируса для устранения метилирования ДНК для улучшенных ретровирусных упаковывающих клеток» . Журнал вирусологии . 74 (11): 5242–5249. DOI : 10,1128 / JVI.74.11.5242-5249.2000 . PMC  110878 . PMID  10799600 .
  2. ^ а б в г д Уил Т.Г., Хайма Х.Дж., Ротс М.Г. (2003). «Терапевтическая модуляция функции эндогенного гена с помощью агентов с заданной специфичностью последовательности ДНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (21): 6064–6078. DOI : 10.1093 / NAR / gkg815 . PMC 275457 . PMID 14576293 .  
  3. ^ а б Сарджент, RG .; Kim, S .; Грюнерт, округ Колумбия. (2011). «Модификация генов на основе олиго / полинуклеотидов: стратегии и терапевтический потенциал» . Олигонуклеотиды . 21 (2): 55–75. DOI : 10.1089 / oli.2010.0273 . PMC 3078494 . PMID 21417933 .  
  4. ^ a b Саймон, П .; Cannata, F .; Concordet, JP; Джованнанджели, К. (август 2008 г.). «Нацеливание ДНК с образующими триплекс олигонуклеотидами для модификации последовательности гена». Биохимия . 90 (8): 1109–16. DOI : 10.1016 / j.biochi.2008.04.004 . PMID 18460344 . 
  5. ^ Чжоу, Y .; Kierzek, E .; Лоо, ЗП .; Антонио, М .; Yau, YH .; Чуах, YW .; Гейфман-Шохат, С .; Kierzek, R .; Чен, Г. (июль 2013 г.). «Распознавание дуплексов РНК химически модифицированными триплексообразующими олигонуклеотидами» . Nucleic Acids Res . 41 (13): 6664–73. DOI : 10.1093 / NAR / gkt352 . PMC 3711454 . PMID 23658228 .  
  6. ^ a b Guntaka, RV .; Варма, BR .; Вебер, К.Т. (Январь 2003 г.). «Триплекс-образующие олигонуклеотиды как модуляторы экспрессии генов». Int J Biochem Cell Biol . 35 (1): 22–31. DOI : 10.1016 / s1357-2725 (02) 00165-6 . PMID 12467644 . 
  7. ^ Фариа, М .; Дерево, компакт-диск .; Perrouault, L .; Nelson, JS .; Winter, A .; Уайт, MR .; Helene, C .; Джованнанджели, К. (апрель 2000 г.). «Направленное ингибирование элонгации транскрипции в клетках, опосредованное триплекс-образующими олигонуклеотидами» . Proc Natl Acad Sci USA . 97 (8): 3862–7. DOI : 10.1073 / pnas.97.8.3862 . PMC 18107 . PMID 10760257 .  
  8. ^ а б Редди Б.С., Шарма С.К., Lown JW (2001). «Последние разработки в области селективных эффекторов ДНК малой бороздки». Curr. Med. Chem . 8 (5): 475–508. DOI : 10.2174 / 0929867003373292 . PMID 11281837 . 
  9. ^ Dervan РВ (2001). «Молекулярное распознавание ДНК малыми молекулами». Биоорг. Med. Chem . 9 (9): 2215–2235. DOI : 10.1016 / s0968-0896 (01) 00262-0 . PMID 11553460 . 
  10. ^ a b White S, Szewcxyk JW, Turner JM, Baird EE, Dervan PB (1998). «Распознавание четырех пар оснований Уотсона-Крика в малой бороздке ДНК синтетическими лигандами» (PDF) . Природа . 391 (6666): 468–471. DOI : 10.1038 / 35106 . PMID 9461213 . S2CID 205023593 .   
  11. ^ Dervan PB, Edelson BS (2003). «Распознавание малой бороздки ДНК пирролимидазольными полиамидами». Curr. Opin. Struct. Биол . 13 (3): 284–299. DOI : 10.1016 / s0959-440x (03) 00081-2 . PMID 12831879 . 
  12. ^ Лаун JW (1988). «Лекситропсины: рациональный дизайн агентов чтения последовательности ДНК в качестве новых противораковых агентов и потенциальных клеточных зондов». Anticancer Drug Des . 3 (1): 25–40. PMID 2838035 . 
  13. ^ Trauger JW, Baird Е.Е., Dervan РВ (1996). «Распознавание ДНК с помощью сконструированных лигандов при субнаномолярных концентрациях». Природа . 382 (6591): 559–561. DOI : 10.1038 / 382559a0 . PMID 8700233 . S2CID 4335955 .  
  14. ^ Wemmer DE (2000). «Разработаны лиганды малых бороздок, специфичные для последовательности». Анну. Rev. Biophys. Biomol. Struct . 29 : 439–461. DOI : 10.1146 / annurev.biophys.29.1.439 . PMID 10940255 . 
  15. ^ Kers I, Dervan PB (2002). «Поиск оптимального линкера в тандемных шпильках из полиамидов». Биоорг. Med. Chem . 10 (10): 3339–3349. DOI : 10.1016 / s0968-0896 (02) 00221-3 . PMID 12150881 . 
  16. ^ Weyermann P, Dervan PB (2002). «Распознавание десяти пар оснований ДНК с помощью димеров шпильки голова к голове» (PDF) . Варенье. Chem. Soc . 124 (24): 6872–6878. DOI : 10.1021 / ja020258k . PMID 12059208 .  
  17. ^ Gottesfeld JM, Нили л, Trauger JW, Baird Е.Е., Dervan РВ (1997). «Регуляция экспрессии генов небольшими молекулами». Природа . 387 (6629): 202–205. DOI : 10.1038 / 387202a0 . PMID 9144294 . S2CID 4358491 .  
  18. ^ Коулл JJ, он G, Меландер C, Рукер VC, Dervan PB, Марголис DM (2002). «Направленная дерепрессия длинного концевого повтора вируса иммунодефицита человека 1 типа пирролимидазольными полиамидами» . J. Virol . 76 (23): 12349–12354. DOI : 10.1128 / jvi.76.23.12349-12354.2002 . PMC 136904 . PMID 12414976 .  
  19. ^ Ван Ю.Д., Dziegielewski Дж, Вюрца Н.Р., Dziegielewska В, Dervan ПБ, Beerman Т.А. (2003). «Сшивание ДНК и биологическая активность шпильки полиамид-хлорамбуцил конъюгата» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (21): 1208–1215. DOI : 10.1093 / NAR / gkg215 . PMC 150233 . PMID 12582240 .  
  20. ^ Ван Ю.Д., Dziegielewski Дж, Чанг А.Ю., Dervan ПБ, Beerman Т.А. (2002). «Внеклеточные и клеточные активности конъюгата полиамид-CBI, селективного по последовательности ДНК» . J. Biol. Chem . 277 (45): 42431–42437. DOI : 10.1074 / jbc.M207179200 . PMID 12196541 . 
  21. ^ Пандиан Н.Г., Накано Y, Сато S, Моринага Н, Бандо Т, Нагасе Н, Н Сугияма (2012). «Синтетическая малая молекула для быстрой индукции множественных генов плюрипотентности в эмбриональных фибробластах мыши» . Научные отчеты . 2 (544): 544. DOI : 10.1038 / srep00544 . PMC 3408130 . PMID 22848790 .  
  22. ^ a b c d Papworth, M .; Колашинская, П .; Минчук, М. (январь 2006 г.). «Дизайнерские протеины с цинковыми пальцами и их применение». Джин . 366 (1): 27–38. DOI : 10.1016 / j.gene.2005.09.011 . PMID 16298089 . 
  23. ^ a b c Уотсон, Джеймс Д. (2008). Молекулярная биология гена . Сан-Франциско: Пирсон / Бенджамин Каммингс. п. 595. ISBN 978-0-8053-9592-1.
  24. ^ Desjarlais, JR .; Берг, JM. (Март 1993 г.). «Использование структуры консенсусной последовательности цинкового пальца и правил специфичности для разработки специфических ДНК-связывающих белков» . Proc Natl Acad Sci USA . 90 (6): 2256–60. DOI : 10.1073 / pnas.90.6.2256 . PMC 46065 . PMID 8460130 .  
  25. ^ Исалан, М .; Klug, A .; Чу, Ю. (июль 2001 г.). «Быстрый, общеприменимый метод создания цинковых пальцев, иллюстрируемый нацеливанием на промотор ВИЧ-1» . Nat Biotechnol . 19 (7): 656–60. DOI : 10.1038 / 90264 . PMC 2677679 . PMID 11433278 .  
  26. ^ a b c Choo, Y .; Sánchez-García, I .; Клуг, А. (декабрь 1994 г.). «Репрессия in vivo сайт-специфическим ДНК-связывающим белком, разработанным против онкогенной последовательности» (PDF) . Природа . 372 (6507): 642–5. DOI : 10.1038 / 372642a0 . hdl : 10261/6295 . PMID 7990954 . S2CID 12701336 .   
  27. ^ Карвин, CD .; Parr, RD .; Кладде, депутат. (Ноябрь 2003 г.). «Сайт-селективное нацеливание in vivo метилирования ДНК цитозина-5 белками цинкового пальца» . Nucleic Acids Res . 31 (22): 6493–501. DOI : 10.1093 / NAR / gkg853 . PMC 275549 . PMID 14602907 .  
  28. ^ Kim, YG .; Cha, J .; Чандрасегаран, С. (февраль 1996 г.). «Гибридные рестрикционные ферменты: слияния цинковых пальцев с доменом расщепления Fok I» . Proc Natl Acad Sci USA . 93 (3): 1156–60. DOI : 10.1073 / pnas.93.3.1156 . PMC 40048 . PMID 8577732 .  
  29. ^ Урнов, ФД .; Miller, JC .; Lee, YL .; Beausejour, CM .; Rock, JM .; Август, S .; Джеймисон, AC .; Porteus, MH .; и другие. (Июнь 2005 г.). «Высокоэффективная коррекция эндогенных генов человека с использованием разработанных нуклеаз типа« цинковые пальцы »». Природа . 435 (7042): 646–51. DOI : 10,1038 / природа03556 . PMID 15806097 . S2CID 4390010 .  
  30. ^ Beerli, RR .; Dreier, B .; Барбас, CF. (Февраль 2000 г.). «Положительная и отрицательная регуляция эндогенных генов с помощью сконструированных факторов транскрипции» . Proc Natl Acad Sci USA . 97 (4): 1495–500. DOI : 10.1073 / pnas.040552697 . PMC 26462 . PMID 10660690 .  
  31. ^ Лара, H .; Wang, Y .; Beltran, AS .; Хуарес-Морено, К .; Юань, X .; Като, S .; Leisewitz, AV .; Cuello Fredes, M .; и другие. (Август 2012 г.). «Нацеливание на серозный эпителиальный рак яичников с помощью дизайнерских факторов транскрипции цинкового пальца» . J Biol Chem . 287 (35): 29873–86. DOI : 10.1074 / jbc.M112.360768 . PMC 3436144 . PMID 22782891 .  
  32. ^ Сноуден, AW .; Zhang, L .; Урнов, Ф .; Dent, C .; Jouvenot, Y .; Чжун, X .; Rebar, EJ .; Джеймисон, AC .; и другие. (Декабрь 2003 г.). «Подавление фактора роста эндотелия сосудов А в клетках глиобластомы с использованием сконструированных факторов транскрипции цинкового пальца». Cancer Res . 63 (24): 8968–76. PMID 14695215 . 
  33. ^ Бельке, Массачусетс. (Апрель 2006 г.). «Прогресс в использовании миРНК in vivo» . Mol Ther . 13 (4): 644–70. DOI : 10.1016 / j.ymthe.2006.01.001 . PMC 7106286 . PMID 16481219 .  
  34. ^ Dykxhoorn, DM .; Либерман, Дж. (2006). «Запуск интерференции: перспективы и препятствия на пути использования малых интерферирующих РНК в качестве низкомолекулярных препаратов». Annu Rev Biomed Eng . 8 : 377–402. CiteSeerX 10.1.1.418.758 . DOI : 10.1146 / annurev.bioeng.8.061505.095848 . PMID 16834561 .  
  35. ^ Пер, D .; Парк, EJ .; Morishita, Y .; Карман, CV .; Симаока, М. (февраль 2008 г.). «Системная лейкоцит-направленная доставка siRNA, показывающая, что циклин D1 является противовоспалительной мишенью» . Наука . 319 (5863): 627–30. DOI : 10.1126 / science.1149859 . PMC 2490797 . PMID 18239128 .  
  36. ^ Rettig, GR .; Бельке, Массачусетс. (Март 2012 г.). «Прогресс в использовании миРНК-II in vivo» . Mol Ther . 20 (3): 483–512. DOI : 10.1038 / mt.2011.263 . PMC 3293614 . PMID 22186795 .  
  37. ^ "Идентификатор NCT00080392. Модуляция фактора роста эндотелия сосудов (VEGF) с использованием сконструированного фактора транскрипции цинкового пальца для лечения перемежающейся хромоты нижних конечностей" . ClinicalTrials.gov . Национальные институты здоровья США. 30 декабря 2011 . Проверено 25 июля 2013 года .
  38. ^ Giacca, M .; Zacchigna, S. (июнь 2012 г.). «Генная терапия VEGF: терапевтический ангиогенез в клинике и за ее пределами» . Gene Ther . 19 (6): 622–9. DOI : 10.1038 / gt.2012.17 . PMID 22378343 .