| Термококк ксис | |
|---|---|
| Научная классификация | |
| Домен: | |
| Королевство: | |
| Тип: | |
| Учебный класс: | |
| Заказ: | |
| Семья: | |
| Род: | |
| Разновидность: | Т. kodakarensis |
| Биномиальное имя | |
| Термококк кодакаренсис Атоми и др., 2004 г. [1] | |
Thermococcus kodakarensis является вид из термофильных архей . В штамме T. kodakarensis KOD1 является одним из наиболее изученных членов рода .
История [ править ]
T. kodakarensis был изолирован от сольфатары у берега острова Кодакара , Кагосима , Япония. [2] Изолят первоначально назывался Pyrococcus kodakarensis KOD1 , но был переклассифицирован как вид Thermococcus на основании последовательности 16S рРНК . [1] Ранние исследования T. kodakarensis были направлены в основном на его термостабильные ферменты, но его относительная простота обращения и генетических манипуляций, которым способствовала естественная компетентность , сделали его привлекательной системой для изучения нескольких биологических процессов. [3] [4]
Свойства [ править ]
Клетки T. kodakarensis представляют собой кокки неправильной формы диаметром 1-2 мкм, часто встречающиеся парами, и обладают высокой подвижностью за счет лофотрихов архаеллы . Клеточная стенка состоит из слоя диэфирных и тетраэфирных липидов и внешнего гликопротеинового покрытия. [1] [2] T. kodakarensis является облигатным анаэробом и гетеротрофом , быстро растущим на различных органических субстратах в присутствии элементарной серы , выделяя газообразный сероводород . Время генерации оценивается в 40 минут при оптимальных условиях. [2] Потребность в элементарной сере снижается, когдапируват или крахмал используется для роста. При отсутствии серы, водорода получают вместо сероводорода. [1] Рост возможен при температуре 60–100 ° C, оптимальная - 85 ° C. [1] Как и другие морские организмы, для оптимального роста требуются высокие концентрации соли, а в разбавленных растворах может происходить лизис клеток.
Геном [ править ]
В 2005 г. был полностью секвенирован геном T. kodakarensis KOD1 . Геном состоит из одной кольцевой хромосомы из 2 088 737 пар оснований, кодирующих предсказанные 2306 белков. [5]
Ссылки [ править ]
- ^ a b c d e Атоми, Х., Т. Фукуи, Т. Канаи, М. Морикава и Т. Иманака. 2004. Описание Thermococcus kodakaraensis sp. nov., хорошо изученная гипертермофильная архея, ранее известная как Pyrococcus sp. KOD1. Археи 1: 263–267.
- ^ a b c Морикава, М., Я. Идзава, Н. Рашид, Т. Хоаки и Т. Иманака. 1994. Очистка и характеристика термостабильной тиоловой протеазы из недавно выделенного гипертермофильного Pyrococcus sp. Прикладная и экологическая микробиология 60: 4559–4566.
- ^ Сато, Т., Т. Фукуи, Х. Атоми и Т. Иманака. 2003. Направленное разрушение генов путем гомологичной рекомбинации у гипертермофильных архей Thermococcus kodakaraensis KOD1. Журнал бактериологии 185: 210–220.
- ^ Сато, Т., Т. Фукуи, Х. Атоми и Т. Иманака. 2005. Улучшенная и универсальная система трансформации, позволяющая множественные генетические манипуляции с гипертермофильным Archaeon Thermococcus kodakaraensis . Прикладная и экологическая микробиология 71: 3889–3899. Исследование генома 15: 352–363.
- ^ Фукуи, Т., Х. Атоми, Т. Канаи, Р. Мацуми, С. Фудзивара и Т. Иманака. 2005. Полная последовательность генома гипертермофильной археи Thermococcus kodakaraensis KOD1 и сравнение сгеномами Pyrococcus . Исследование генома 15: 352–363.
Дальнейшее чтение [ править ]
Elshawadfy, Ashraf M .; Кейт, Брайан Дж .; Ooi, H'Ng Ee; Родственник, Томас; Хеслоп, Полина; Коннолли, Бернард А. (27 мая 2014 г.). «Гибриды ДНК-полимеразы, полученные из ферментов семейства B Pyrococcus furiosus и Thermococcus kodakarensis: повышение эффективности полимеразной цепной реакции» . Границы микробиологии . 5 (224): 224. DOI : 10,3389 / fmicb.2014.00224 . PMC 4034419 . PMID 24904539 .
Хва, Куо-Юань; Субрамани, Бупати; Шэнь, Сан-Тай; Ли, Ю-Мэй (27 марта 2014 г.). «Межмолекулярная дисульфидная связь необходима для термостабильности и термоактивности β-гликозидазы из Thermococcus kodakarensis KOD1». Прикладная микробиология и биотехнология . 98 (18): 7825–7836. DOI : 10.1007 / s00253-014-5731-6 . PMID 24728717 .
Кишимото, Асако; Кита, Акико; Исибаши, Такуя; Томита, Хироя; Ёкудзи, Юсуке; Иманака, Тадаюки; Атоми, Харуюки; Мики, Кунио (сентябрь 2014 г.). «Кристаллическая структура фосфопантотенатсинтетазы из Thermococcus kodakarensis» . Белки: структура, функции и биоинформатика . 82 (9): 1924–1936. DOI : 10.1002 / prot.24546 . PMID 24638914 . Проверено 10 ноября 2014 года .
